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제12조(비과세소득)
(비과세소득) 다음 각호의 소득에 대하여는 소득세를 과세하지 아니한다. [개정 95·12·29 법5031, 96·8·14, 97·1·13 법5259·법5291, 98·12·28, 99·12·28, 2000·1·12]
1. 이자소득중 공익신탁의 이익
2. 부동산임대소득중 전답을 작물생산에 이용하게 함으로 인하여 발생하는 소득 및 대통령령이 정하는 주택의 임대소득
3. 사업소득중 대통령령이 정하는 농가부업소득
4. 근로소득과 퇴직소득중 다음 각목의 1에 해당하는 소득 [개정 2001.12.31.]
가. 대통령령이 정하는 복무중인 병이 받는 급여
나. 법률에 의하여 동원된 자가 동원직장에서 받는 급여
다. 산업재해보상보험법에 의하여 수급권자가 지급받는 요양급여·휴업급여 ·장해급여·간병급여·유족급여·유족특별 급여·장해특별급여 및 장의비 또는 근로의 제공으로 인한 부상·질병 또는 사망과 관련하여 근로자나 그 유족이 지급받는 배상·보상 또는 위자의 성질이 있는 급여[본목개정 2000.12.29.][[시행일 2001.1.1.]]
라. 근로기준법 또는 선원법에 의하여 근로자·선원 및 그 유족이 지급받는 요양보상금·휴업보상금·상병보상금·일시 보상금·장해보상금·유족보상금· 행방불명보상금·소지품유실보상금·장의비 및 장제비[본목개정 2000.12.29.][[시행일 2001.1.1.]]
마. 고용보험법에 의하여 받는 실업급여 및 국민연금법에 의하여 받는 반환일시금(사망으로 인하여 받는 것에 한한다)·사망일시금
바. 공무원연금법·군인연금법·사립학교교직원 연금법 또는 별정우체국법에 의하여 지급받는 요양비·요양일시금·장해보상금·사망조위금·사망보상금·유족보상금·유족일시금·유족연금일시금·유족연금부가금·유족연금특별부가금·재해부조금 및 재해보상금 또는 신체·정신상의 장해·질병으로 인한 휴직기간중에 받는 급여[본목개정 2000.12.29.][[시행일 2001.1.1.]]
사. 대통령령이 정하는 학자금
아. 대통령령이 정하는 실비변상적인 성질의 급여
자. 외국정부(외국의 지방자치단체 및 연방국가인 외국의 지방정부를 포함한다. 이하 같다) 또는 대통령령이 정하는 국제기관에 근무하는 자로서 대통령령이 정하는 자가 받는 급여. 다만, 그 외국정부가 그 나라에서 근무하는 우리나라 공무원이 받는 급여에 대하여 소득세를 과세하지 아니하는 경우에 한한다.
차. 국가유공자등예우및지원에관한법률에 의하여 받는 보상금·학자금 및 전직대통령예우에관한법률에 의하여 받는 연금[본호개정 2000.12.29.][[시행일 2001.1.1.]]
카. 작전임무를 수행하기 위하여 외국에 주둔중인 군인·군무원이 받는 급여
타. 종군한 군인·군무원이 전사(전상으로 인한 사망을 포함한다. 이하 같다)한 경우 그 전사한 날이 속하는 연도의 급여
파. 국외 또는 남북교류협력에관한법률에 의한 북한지역에서 근로를 제공하고 받는 대통령령이 정하는 급여[본호개정 2000.12.29.]
하. 국민건강보험법·고용보험법· 국민연금법·공무원연금법· 사립학교교직원연금법 또는 군인연금법에 의하여 국가·지방자치단체 또는 사용자가 부담하는 부담금[본목개정 2000.12.29.][[시행일 2001.1.1.]]
거. 생산 및 관련직에 종사하는 근로자로서 급여수준 및 직종등을 감안하여 대통령령이 정하는 근로자가 대통령령이 정하는 연장시간근로·야간근로 또는 휴일근로로 인하여 받는 급여
너. 대통령령이 정하는 식사 또는 식사대
4의2. 일시재산소득중 다음 각목의 1에 해당하는 소득 [[시행일 2001·1·1]]
가. 문화재보호법에 의하여 국가지정문화재로 지정된 서화·골동품의 양도로 인하여 발생하는 소득
나. 서화·골동품을 대통령령이 정하는 박물관 또는 미술관에 양도함으로 인하여 발생하는 소득
4의3. 연금소득중 다음 각목의 1에 해당하는 소득[본호신설 2000.12.29., 2001.12.31.]
가. 국민연금법에 의하여 지급받는 유족연금·장애연금
나. 공무원연금법·군인연금법·사립학교교직원 연금법 또는 별정우체국법에 의하여 지급받는 유족연금·장해연금
다. 산업재해보상보험법에 의하여 지급받는 각종 연금
5. 기타소득중 다음 각목의 1에 해당하는 소득
가. 국가유공자등예우및지원에관한법률에 의하여 받는 보상금·학자금 및 북한이탈주민의보호및정착지원에관한법률에 의하여 받는 정착금·보로금 및 기타 금품
나. 국가보안법에 의하여 받는 상금과 보로금
다. 상훈법에 의한 훈장과 관련하여 받는 부상 기타 대통령령이 정하는 상금과 부상
라. 종업원의 직무와 관련된 우수발명으로서 대통령령이 정하는 것에 대하여 사용자로부터 받는 보상금

부칙 [95·12·29 법5031]
제1조 (시행일) 이 법은 1996년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제17조·제56조제1항 ·제165조 및 법률 제4803호 부칙 제8조의 개정규정은 1997년 1월 1일부터 시행하고, 제12조제4호의2·제20조의2제1항제 1호의 개정규정은 2001년 1월 1일부터 시행한다. [개정 97·12·13]
제2조 (적용례) 이 법은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
제3조 (일시재산소득에 관한 적용례) 제4조제1항제1호·제12조제4호의2 및 제20조의2의 개정규정은 각 해당 조항의 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
제4조 (세액감면신청에 관한 적용례) 제13조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 과세표준을 신고하는 분 또는 근로를 제공하고 지급받는 급여분부터 적용한다.
제5조 (채권등의 소득금액 계산에 관한 적용례) ①제46조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 이자등을 지급받거나 법인에게 매도하는 분부터 적용한다.
②이 법 시행전에 발행한 채권등으로서 이 법 시행후 최초로 이자등을 지급받거나 법인에게 매도하는 것에 대하여는 당해 채권등의 발행일 또는 직전 원천징수일부터 1995년 12월 31일까지 발생한 이자상당액에 대하여도 당해 이자등을 지급받는 자에게 이자소득이 귀속되는 것으로 보아 제46조의 규정을 적용하되, 원천징수시 과세표준과 세액의 계산은 종전의 규정을 적용한다.
제6조 (중도해지로 인한 이자소득금액 계산의 특례에 관한 적용례) 제46조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생한 이자소득으로서 중도해지로 감액된 분부터 적용한다.
제7조 (소액부징수에 관한 적용례) 제86조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 원천징수시기가 도래하는 분부터 적용한다.
제8조 (양도소득에 관한 적용례) ①이 법중 양도소득에 관한 규정은 각 해당 조항 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 다만, 제165조의 개정규정은 1997년 1월 1일이후 최초로 부동산매매계약을 체결하는 분(등기부에 기재된 등기원인일을 말한다)부터 적용한다. [개정 96·12·30 법5191]
②제112조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 납기가 도래하는 분부터 적용한다.
③법률 제4803호 부칙 제8조의 개정규정은 1997년 1월 1일이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제9조 (비거주자의 국내원천소득에 관한 적용례) 제119조제1호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득을 지급하는 것부터 적용한다.
제10조 (원천징수의무에 관한 적용례) 제127조제6항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득을 지급하는 것부터 적용한다.
제11조 (지급조서제출에 관한 적용례) 제164조제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득을 지급하는 것부터 적용한다.
제12조 (부동산양도신고등에 관한 적용례) 제165조의 개정규정은 1997년 1월 1일이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제13조 (다른 법령의 개정) 농어촌특별세법중 다음과 같이 개정한다. 제5조제4항제1호중 "100분의 20을"을 "100분의 15를"로 한다.

부칙 [95·12·29 법5108]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제8조 생략

부칙 [96·8·14]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행일이 속하는 과세기간분부터 적용한다.
제3조 (연도중 퇴직자에 대한 초과납부세액의 환급) ①이 법 시행전의 퇴직으로 인하여 종전 규정을 적용하여 거주자의 1996년도분 근로소득세액이 연말정산되었거나 퇴직소득세액이 원천징수된 경우로서 당해 세액이 이 법의 개정규정에 의하여 납부할 세액을 초과하는 경우에는 제70조 또는 제71조의 규정에 의한 과세표준확정신고에 의하여 초과납부한 세액을 환급받을 수 있다.
②제1항의 규정에 의한 환급신청 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부칙 [96·12·30 법5191]
제1조 (시행일) 이 법은 1997년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
제3조 (우리사주조합원의 배당소득에 관한 적용례) 제14조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 신고기한이 도래하는 분부터 적용한다.
제4조 (보고불성실가산세등에 관한 적용례) 제81조 및 제163조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 분에 대한 계산서부터 적용한다.
제5조 (양도소득세에 관한 적용례) ①이 법중 양도소득에 관한 규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
②제95조제4항 단서, 제97조제4항 및 제6항, 제101조제2항, 제104조제2항 단서의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 배우자로부터 증여받아 양도하는 분부터 적용한다.
③제112조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 납기가 도래하는 분부터 적용한다.
제6조 (국내원천소득에 관한 적용례) 제119조제11호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급하는 소득분부터 적용한다.

부칙 [96·12·30 법5193]
제1조 (시행일) 이 법은 1997년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제15조 생략

부칙 [97·1·13 법5259]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제13조 생략

부칙 [97·1·13 법5291]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략

부칙 [97·8·28]
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략

부칙 [97·12·13]
①(시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다.
②(특별공제에 대한 적용례) 제52조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하는 보육비용을 지급하는 분부터 적용한다.

부칙 [97·12·31]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제14조 생략

부칙 [98·1·13]
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 4월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제12조 생략

부칙 [98·4·10]
①(시행일) 이 법은 공포한 날이 속하는 달의 다음 달 1일부터 시행한다.
②(특별수선충당금에 관한 적용례) 제30조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 종료하는 과세연도에 필요경비에 산입하는 분부터 적용한다.
③(원천징수세율에 관한 적용례) 제129조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급하는소득분부터 적용한다.
④(경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제30조의 규정에 의하여 계상된 특별수선충당금이 있는 경우에는 종전의 규정에 의하여 특별수선을 위한 비용과 상계하거나 총수입금액에 산입하여야 한다.

부칙 [98·9·16 법5552]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날이 속하는 달의 다음달 1일부터 시행한다.
제2조 (원천징수세율에 관한 규정의 적용례) ①제62조제1항제1호 가목(2)의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세기간분부터 적용한다.
②제129조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득을 지급하는 분부터 적용한다. 다만, 제46조제1항의 규정에 의한 채권등에 대하여는 이 법 시행후 최초로 발생되는 분부터 적용한다.
제3조 (다른 법률의 개정) ①농어촌특별세법중 다음과 같이 개정한다. 제5조제4항제1호를 다음과 같이 한다.
1. 이자·배당소득에 다음 각목의 1의 율을 곱하여 계산한 금액 가. 이자소득의 경우에는 100분의 22
나. 배당소득의 경우에는 100분의 20
②금융실명거래및비밀보장에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제5조중 "100분의 20"을 "100분의 22"로 한다.

부칙 제12조제2항을 삭제한다.

부칙 제12조제4항제2호중 "제2항"을 "소득세법 제129조제1항제1호 다목 및 동항제2호"로 한다.
제4조 (다른 법률의 개정에 따른 적용례) ①부칙 제3조제1항의 농어촌특별세법의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득을 지급하는 분부터 적용한다. 다만, 제46조제1항의 규정에 의한 채권등에 대하여는 이 법 시행후 최초로 발행되는 분부터 적용한다.
②부칙 제3조제2항의 금융실명거래및비밀보장에관한법률의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득을 지급하는 분부터 적용한다. 다만, 제46조제1항의 규정에 의한채권등에 대하여는 이 법 시행후 최초로 발행되는 분부터 적용한다.

부칙 [98·9·16 법5559]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 2월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제9조 생략

부칙 [98·12·28]
제1조 (시행일) 이 법은 1999년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제17조제2항(분할에 관한 부분에 한한다)·제40조제3항제3호 및 제48조제1항제1호의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제81조제8항 내지 제10항의 개정규정은 2000년 1월 1일부터 시행하며, 제163조제2항 및 제165조제1항·제2항·제5항의 개정규정은 1999년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다. 다만, 제17조제2항(분할에 관한 부분에 한한다)·제40조제3항제3호 및 제48조제1항제1호의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세기간분부터 적용하고, 제82조제1항제3호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 수시부과를 신청하는 분부터 적용한다.
제3조 (양도소득세에 관한 적용례) 이 법중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행후최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제4조 (의제배당에 관한 적용례) ①제17조제2항제2호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 자본에 전입하는 분부터 적용한다. 다만, 동호 가목(합병평가차익등 및 분할평가차익등에 한한다)의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 합병하거나 이 법 시행일이 속하는 과세기간에 분할함에 따라 발생하는 것을 자본에 전입하는 분부터 적용한다.
②제17조제2항제6호의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세기간에 최초로 분할하는 분부터 적용한다.
제5조 (국내사업장이 없는 비거주자의 유가증권양도에 관한 적용례) 제126조제3항 및 제156조제1항제4호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제6조 (농·축·수산물 수탁자 등의 계산서 작성·교부에 대한 적용례) 제163조제2항의 개정규정은 1999년 7월 1일이후 최초로 재화를 공급하는 분부터 적용한다.
제7조 (접대비의 필요경비불산입에 관한 특례) ①제35조제1항제3호의 개정규정을 적용함에 있어서 이 법 시행일부터 1999년 12월 31일이내에 종료하는 과세기간의 경우에는 동호 표의 개정규정에 불구하고 그 적용률을 다음과 같이 한다.
┌─────────┬───────── ────────────────┐
│ 수입금액 │ 적용률 │
├─────────┼───────── ────────────────┤
│ 100억원이하 │ 1만분의 30 │
├─────────┼───────── ────────────────┤
│ 100억원초과 │ 3천만원＋100억원을 초과하는 금액의 1만분의 15 │
│ 500억원이하 │ │
├─────────┼───────── ────────────────┤
│ 500억원초과 │ 9천만원＋500억원을 초과하는 금액의 1만분의 4 │
└─────────┴───────── ────────────────┘
②제35조제2항 및 제4항의 개정규정을 적용함에 있어서 이 법 시행일이후 1999년 12월 31일이내에 종료하는 과세기간의 경우에는 종전의 제35조제3항 단서의 규정에 의한 기밀비중 제35조제1항의 개정규정에 의한 합계액의 100분의 10에 상당하는 금액의 범위안에서 이를 업무와 관련하여 지출한 접대비로 보며, 이에 대하여는 제35조제2항의 개정규정을 적용하지 아니한다.
제8조 (중도 퇴직자에 대한 초과납부세액의 환급) ①제48조제1항제1호의 개정규정을 적용함에 있어서 이 법 시행전의 퇴직으로 인하여 종전의 규정을 적용하여거주자의 1998년도분 퇴직소득세액이 원천징수된 경우로서 당해 세액이 이 법의 개정규정에 의하여 납부할 세액을 초과하는 경우에는 제71조의 규정에 의한 과세표준확정신고에 의하여 초과납부한 세액을 환급받을 수 있다.
②제1항의 규정에 의한 환급신청에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부칙 [99·8·31]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행일이 속하는 과세기간분부터 적용한다.
③(부동산양도신고에 관한 적용례) 제165조제2항의 개정규정은 1999년 7월 1일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

부칙 [99·12·28]
제1조 (시행일) 이 법은 2000년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제14조·제62조 및 제129조의 개정규정과 부칙 제6조제2항의 규정에 의한 법률 제5493호 금융실명거래및비밀보장에관한법률 부칙 제12조의 개정규정은 2004년 1월 1일부터 시행하고, 제81조제1항 및 제87조제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다. 다만, 제14조·제62조 및 제129조의 개정규정과 부칙 제6조제2항의 규정에 의한 법률 제5493호 금융실명거래및비밀보장에관한법률 부칙 제12조의 개정규정은 2001년 1월 1일 이후 최초로 발생하여 지급하는 소득분부터 적용하고, 제81조제1항 및 제87조제2항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세기간분부터 적용한다.
제3조 (장기채권의 이자와 할인액에 관한 적용례) 제62조제5항의 규정에 의한 장기채권으로서 발행일부터 최종상환일까지의 기간이 10년 이상인 경우 2000년 12월 31일 이전에 발생한 이자와 할인액을 2001년 1월 1일 이후에 지급받는 거주자가 제62조제5항의 규정에 의하여 관할세무서장에게 장기채권의 이자소득분리과세를 신청하는 때에는 2000년 12월 31일 이전에 발생한 이자와 할인액에 대하여는 100분의 25의 세율을 적용한다.
제4조 (원천징수세율에 관한 규정의 과세특례 및 적용례) 제129조제1항 다목의 개정규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 이자소득금액에 대한 원천징수세율은 동 규정에 불구하고 100분의 20으로 한다.
1. 2000년 1월 1일부터 12월 31일까지 발생한 소득. 다만, 1999년 12월 31일 이전에 지급한 소득을 제외한다.
2. 2001년 1월 1일 이후 발생한 것으로서 2000년 1월 1일부터 12월 31일까지 지급하는 소득
제5조 (양도소득세에 관한 적용례) ①이 법중 양도소득세에 관한 규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
②제99조제1항제1호 나목 및 동조제3항의 개정규정은 2001년 1월 1일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 다만, 제99조제1항제1호 나목의 개정규정에 해당하는 자산으로서 2000년 1월 1일부터 동년 12월 31일까지 양도하는 분에 대한 기준시가의 산정에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제6조 (다른 법률의 개정) ①농어촌특별세법중 다음과 같이 개정한다. 제5조제4항제1호를 다음과 같이 한다.
1. 이자·배당소득에 다음 각목의 1의 율을 곱하여 계산한 금액 가. 이자소득의 경우에는 100분의 20(2001년 1월 1일 이후부터는 100분의 15) 나. 배당소득의 경우에는 100분의 20(2001년 1월 1일 이후부터는 100분의 15)
②금융실명거래및비밀보장에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제5조중 "100분의 22"를 "100분의 20(2001년 1월 1일 이후부터는 100분의 15)"로 한다.
법률 제5493호 금융실명거래및비밀보장에관한법률 부칙 제12조를 삭제한다.
제7조 (다른 법률의 개정에 따른 적용례) 부칙 제6조제1항의 규정에 의한 농어촌특별세법의 개정규정 및 부칙 제6조제2항에 의한 금융실명거래및비밀보장에관한법률 제5조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하여 지급하는 소득분부터 적용한다. 이 경우 2001년 1월 1일 이후 적용되는 세율(각각 100분의 15)은 2001년 1월 1일 이후 발생하여 지급하는 소득분부터 적용한다.

부칙 [2000·1·12]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제6조 생략

부칙 [2000·10·23]
①(시행일) 이 법은 공포한 날이 속하는 달의 다음 달 1일부터 시행한다.
②(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행후 지급하는 분부터 적용한다. 다만, 제34조제1항 내지 제3항 및 제52조제6항 내지 제9항의 개정규정중 기부금과 관련된 규정과 제52조제1항제6호의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세기간에 지급하는 분부터 적용한다.
③(주택임차자금 등의 원리금 상환시 적용되는 소득공제에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제52조제1항제5호의 규정을 적용받고 있는 근로소득이 있는 거주자에 대하여는 2005년 12월 31일이 속하는 과세기간의 종료일까지 종전의 제52조제1항제5호의 규정을 적용하되, 소득공제금액의 연간 한도액을 적용함에 있어 종전의 제52조제1항제5호 본문중 "연 180만원"을 "연 300만원"으로 본다. 이 경우 근로소득이 있는 거주자가 제52조제2항 내지 제5항의 개정규정을 적용받을 수 있는 때에는 각 과세기간별로 당해 근로소득이 있는 거주자의 선택에 의하여 동 개정규정을 적용받을 수 있다.

부칙 [2000·12·29 법6292]
제1조 (시행일) 이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제12조제4호 파목· 제35조제2항·제52조제1항제4호·동 조제12항 및 제126조의2의 개정규정은 공포한 날부터, 제46조 및 제130조의 개정규정은 2001년 7월 1일부터, 제48조제1항제1호의 개정규정은 2002년 1월 1일부터, 제80조제2항제2호·제81조제5항·제164조제1항제6호 및 제164조의2의 개정규정은 2002년 7월 1일부터 , 제15조제2호·제59조의2·제146조 제1항 및 제148조의 개정규정은 2003년 1월 1일부터, 제20조의3제1항제3호의 개정규정은 2005년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
제3조 (양도소득세에 관한 적용례) 이 법중 양도소득세에 관한 규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제4조 (납세지에 관한 적용례) 제7조제1항제4호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급하는 분부터 적용한다.
제5조 (의제배당에 관한 적용례) 제17조제4항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주식의 소각이나 자본의 감소, 해산·합병 또는 분할하는 분부터 적용한다.
제6조 (퇴직연금에 대한 적용례) 제20조의3제1항제3호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 퇴직함으로써 지급받는 소득분부터 적용한다.
제7조 (접대비의 필요경비불산입에 관한 적용례) 제35조제5항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지출하는 분부터 적용한다.
제8조 (채권등의 소득금액의 계산등에 관한 적용례) 제46조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 채권등의 이자등을 지급받거나 매도하는 분부터 적용한다. 다만, 이 법 시행전에 발행한 채권등으로서 이자등의 계산기간이 이 법 시행전과 이 법 시행후의 기간에 걸치는 경우 이 법 시행후 당해 채권등의 이자등의 최초 지급일까지는 종전의 제46조의 규정을 적용한다.
제9조 (연금보험료 소득공제에 대한 적용례) ①제51조의3의 개정규정을 적용함에 있어 2001년 1월 1일부터 2001년 12월 31일까지 납부한 연금보험료에 대하여는 당해 기간중 납부한 보험료의 100분에 50에 상당하는 금액을 공제한다.
②제51조의3의 개정규정을 적용함에 있어서 공무원연금법·군인연금법·사립학교교직원연금법 또는 별정우체국법에 의한 소급기여금 또는 소급부담금은 공제대상 연금보험료에서 제외한다.[신설 2001.12.31.]
제10조 (보험료공제와 의료비공제에 관한 적용례) 제52조제1항제2호의2 및 제3호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급하는 분부터 적용한다.
제11조 (교육비공제 등에 관한 적용례) 제12조제4호 파목·제35조제2항· 제52조제1항제4호 및 동조제12항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세기간에 지급 또는 지출하는 분부터 적용한다.
제12조 (중간예납에 관한 적용례) 제65조 내지 제67조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 중간예납기간에 대한 중간예납세액분부터 적용한다.
제13조 (비거주자의 국내원천소득에 대한 적용례) ①제119조제9호·제12호, 제126조제1항 단서 및 제156조제1항제4호 단서의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
②제119조제13호 및 제156조제7항·제8항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
제14조 (비거주자의 유가증권양도소득 신고·납부 특례에 대한 적용례) 제126조의2의 개정규정은 이 법 공포일이후 최초로 조세조약에서 정한 과세기준을 충족하는 분부터 적용한다.
제15조 (지급조서의 제출에 관한 적용례) 제164조(제1항제6호를 제외한다)의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급하는 분부터 적용한다.
제16조 (비거주자 소득의 지급조서에 대한 적용례) 제80조제2항제2호· 제81조제5항·제164조제1항제6호 및 제164조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급하는 분부터 적용한다.
제17조 (퇴직소득세액공제에 관한 특례) ①제15조제2호·제59조의2·제146 조제1항 및 제148조의 개정규정을 적용함에 있어서 2003년 1월 1일부터 2004년 12월 31일이내에 종료하는 과세기간의 경우에는 동 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용하되, 종전의 제59조의2의 규정중 "100분의 50"과 "24만원"은 각각 "100분의 25"와 "12만원"으로 본다.
제18조 (비과세소득의 과세전환에 따른 경과조치) 2002년 1월 1일 이후에 국민연금법·공무원연금법·군인연금법·사립학교교직원연금법 또는 별정우체국법에 의하여 지급받는 연금 또는 일시금중 제20조의3 또는 제22조의 개정규정에 의한 과세대상소득을 제외한 소득에 대하여는 소득세를 과세하지 아니한다.
제19조 (퇴직소득에 대한 경과조치) 제20조의3제1항제3호의 개정규정에 의한 연금소득에 해당하는 소득으로서 2004년 12월 31일 이전에 퇴직함으로써 지급받는 소득은 이를 종전의 제22조의 규정에 의한 퇴직소득으로 보아 종전의 규정을 적용한다.

부칙 [2001.3.28. 법6429호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터2년을 넘지 아니하는 범위내에서 대통령령이 정하는 날부터 시행한다.
제2조 내지 제11조 생략

부칙 [2001.12.31.]
제1조(시행일) 이 법은 2002년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제14조제3항·제25조제1항·제51조의3제4항 및 제81조제8항의 개정규정은 공포한 날부터, 제156조의2·제164조의2제1항 및 제165조의 개정규정은 2002년 7월 1일부터 각각 시행한다.
제2조(적용시한) 제158조제4항의 개정규정은 2002년 12월 31일까지 소득을 지급하는 분에 한하여 이를 적용한다.
제3조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
제4조(양도소득세에 관한 일반적 적용례) 이 법중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제5조(납세지에 관한 적용례) 제7조제1항제4호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급하는 분부터 적용한다.
제6조(분리과세대상소득에 관한 적용례) 제14조제3항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세기간에 발생하는 소득분부터 적용한다.
제7조(총수입금액계산의 특례에 관한 적용례) 제25조제1항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세기간에 발생하는 소득분부터 적용한다.
제8조(기부금 소득공제에 관한 적용례) 제34조제2항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급하는 분부터 적용한다.
제9조(접대비의 필요경비불산입에 관한 적용례) 제35조제3항 및 제4항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지출하는 분부터 적용한다.
제10조(연금보험료 소득공제에 관한 적용례) 제51조의3제4항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세기간 분부터 적용하되 2001년 1월 1일부터 2001년 12월 31일까지 납부한 연금보험료에 대하여는 당해 기간중 납부한 보험료의 100분의 50에 상당하는 금액을 공제한다.
제11조(교육비 공제등에 관한 적용례) 제52조제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급하는 분부터 적용한다.
제12조(증빙불비가산세에 관한 적용례) 제81조제8항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세기간에 재화 또는 용역을 공급받는 분부터 적용한다.
제13조(양도소득세에 관한 적용례) ①제114조제4항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 신고하는 분부터 적용한다.
②제165조의 개정규정을 적용함에 있어 이 법 시행후 양도하는 분으로서 이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 부동산양도신고를 하는 경우에는 종전의 규정을 적용한다.
제14조(비거주자의 국내원천소득등에 대한 적용례) ①제119조제2호 및 제13호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 배당소득 또는 기타소득으로 처분하는 분부터 적용한다.
②제120조제2항제5호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
③제126조의2제3항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 신고·납부하는 분부터 적용한다.
제15조(비거주자의 국내원천소득 비과세등의 신청에 관한 적용례) 제156조의2의 개정규정은 2002년 7월 1일 이후 최초로 비과세하거나 면제되는 분부터 적용한다.
제16조(수입재화에 대한 계산서 교부에 관한 적용례) 제163조제3항 및 제4항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 수입하는 분부터 적용한다.
제17조(비거주자 소득의 지급조서에 관한 적용례) 제164조의2제1항의 개정규정은 2002년 7월 1일 이후 최초로 지급하는 분부터 적용한다.

부칙 [2002.12.18.]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제47조제2항, 제52조, 제89조제3호, 제95조, 제96조제1항제1호, 제97조 및 제105조제1항제1호의 개정규정은 2003년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) 이 법은 2002년 8월 29일 이후 최초로 소득세의 과세표준을 신고하거나 소득세를 결정하는 분부터 적용한다.
제3조 (양도소득세에 관한 일반적 적용례) 이 법중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제4조 (근로소득공제에 관한 적용례) 제47조제2항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
제5조 (기본공제에 관한 적용례) 제50조의 개정규정은 2002년 8월 29일이후 최초로 소득세의 과세표준을 신고하거나 소득세를 결정하거나 연말정산하는 분부터 적용한다.
제6조 (보험료공제 등에 관한 적용례) 제52조제1항 및 제5항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급하는 분부터 적용한다.
제7조 (가산세에 관한 적용례) 제81조제7항제2호의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세기간부터 적용한다.
제8조 (원천징수납부불성실가산세에 관한 적용례) 제158조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 연말정산하는 분부터 적용한다.

부칙 [2002.12.30. (도시및주거환경정비법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제17조 생략
제18조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ⑫ 생략
⑬소득세법중 다음과 같이 개정한다.
제52조제4항제3호중 "도시재개발법"을 "도시및주거환경정비법"으로 한다.
⑭ 생략
[개정 2003.5.29. 법률 제6916호 주택법] [[시행일 2003.11.30.]]

부칙 [2003.5.29. 법률 제6916호 주택법]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 단서생략
제2조 및 제11조 생략
제12조 (다른 법률의 개정)
① ~ <20> 생략
<21>소득세법중 다음과 같이 개정한다.
제52조제3항 및 동조제4항제3호중 “주택건설촉진법”을 각각 “주택법”으로 한다.
<22> 이하 생략
- 이하 생략 -

부칙 [2003.07.30.]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(근로소득공제 및 근로소득세액공제에 관한 특례) ①제47조제1항의 개정규정에 불구하고 2003년 1월 1일부터 2003년 12월 31일까지의 과세기간분의 경우에는 총급여액에서 다음의 금액을 공제한다.
[총금여액] [공제액]
500만원 이하 총급여액
500만원 초과 1천500만원 이하 500만원 + 500만원을 초과하는 금액의 1000분의 475
1천500만원 초과 3천만원 이하 975만원 + 1천500만원을 초과하는 금액의 100분의 15
3천만원 초과 4천500만원 이하 1천200만원 + 3천만원을 초과하는 금액의 100분의 10
4천500만원 초과 1천350만원 + 4천500만원을 초과하는 금액의 100분의 5
②제59조제1항의 개정규정에 불구하고 2003년 1월 1일부터 2003년 12월 31일까지의 과세기간분의 경우에는 당해 근로소득에 대한 종합소득산출세액에서 다음의 금액을 공제한다. 다만, 공제세액이 45만원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 없는 것으로 한다.
[근로소득에 대한 종합소득산출세액] [공제액]
50만원 이하 산출세액의 100분의50
50만원 초과 25만원 + 50만원을 초과하는 금액의 100분의 30