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제5조(다른 법률과의 관계)
①근로기준법 제2조 내지 제9조·제14조 내지 제16조·제30조·제30조의2·제31조의2·제107조·제109조·제110조 및 제111조의 규정은 선원의 근로관계에 관하여 이를 적용한다.<개정 1990·8·1>
②직업훈련기본법은 선원의 교육·훈련에 관하여는 이를 적용하지 아니한다.

부칙 <제3751호,1984.8.7>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1월이 경과한 날로부터 시행한다. 다만, 제63조 및 제64조의 규정은 1985년 7월 1일부터, 제78조의 규정은 1987년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (선원근로계약에 관한 경과조치) ①이 법 시행전에 생긴 사유로 인하여 선박소유자가 선원에게 지급하여야 할 임금·수당·송환비용 또는 재해보상에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
②이 법 시행전에 체결된 선원근로계약중 특정계약에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제3조 (임금등의 조정에 관한 경과조치) 해운항만청장은 이 법 시행전에 일반계약에 의하여 선원을 고용한 선박소유자가 제47조 내지 제51조 및 제67조 내지 제71조의 규정을 적용함에 있어 선원로동조합과 협의한 경우에는 이 법 시행일로부터 1년의 범위 안에서 동 규정의 전부 또는 일부의 규정을 적용하지 아니하게 할 수 있다. 이 경우 선원로동조합이 없거나 협의가 이루어지지 아니하는 경우에는 해운항만청장이 이를 조정할 수 있다.

부칙 <제3961호,1987.11.28>
①(시행일) 이 법은 1988년 1월 1일부터 시행한다.
②(벌칙적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 <제4255호,1990.8.1>
①(시행일) 이 법은 공포후 1월이 경과한 날부터 시행한다.
②(주근로시간에 관한 경과조치) 제57조 내지 제59조의 개정규정에 의한 1주간 근로시간 44시간은 1991년 12월 31일까지 46시간으로 한다.
③(퇴직금에 관한 경과조치) 선원의 퇴직금에 관한 규정을 적용함에 있어 이 법 시행일까지의 근속년삭에 따른 퇴직금에 대하여는 제51조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다. 이 경우 퇴직금 산정의 기준이 되는 기본급의 산정방법등에 대하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부칙(해운법) <제4546호,1993.3.10>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) ①및 ②생략
③선원법중 다음과 같이 개정한다.
제103조제1항중 "해운업법"을 "해운법"으로 한다.
④내지 ⑥생략

(항만법) <제4925호,1995.1.5>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①내지 ③생략
④선원법중 다음과 같이 개정한다.
제14장에 제130조의2를 다음과 같이 신설한다.
제130조의2 (민원사무의 전산처리등) 이 법에 의한 민원사무의 전산처리등에 관하여는 항만법 제70조의3의 규정을 준용한다.
⑤생략
제4조 생략

(한국어업기술훈련소법) <제5364호,1997.8.22>
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제8조 생략
제9조 (다른 법률의 개정) 선원법중 다음과 같이 개정한다.
제99조를 다음과 같이 한다.
제99조 (선원의 직업안정업무) ①해양수산부장관은 필요한 선원인력을 확보하고 선원의 직업안정을 도모하기 위하여 다음 각호의 업무를 행한다.
1. 선원의 취업알선·모집 및 직업보도에 관한 업무
2. 선원인력의 수요·공급의 실태파악을 위한 선원의 등록과 실업대책에 관한 업무
3. 선원관리사업에 대한 지도·감독에 관한 업무
4. 선원에 대한 적성검사에 관한 업무
5. 선원년금 기타 선원의 복지사업에 관한 업무
②해양수산부장관은 제1항의 규정에 의한 업무의 일부를 대통령령이 정하는 바에 의하여 한국해양수산연수원에 위탁할 수 있다.
③제2항의 규정에 의하여 해양수산부장관으로부터 업무의 일부를 수탁한 한국해양수산연수원은 대통령령이 정하는 바에 의하여 선원을 고용하고 있는 선박소유자 또는 제103조의 규정에 의한 선원관리사업을 영위하는 자로부터 필요한 경비를 징수할 수 있다.
④제2항의 규정에 의하여 해양수산부장관으로부터 업무의 일부를 수탁한 한국해양수산연수원에 대한 감독에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제100조 제1항 내지 제4항중 "선원등록기관"을 각각 "한국해양수산연수원"으로 하고 동조제1항 및 제2항중 "해양항만청장"을 각각 "해양수산부장관"으로 한다.
제107조를 다음과 같이 한다.
제107조 (선원의 교육훈련의 위탁) ①해양수산부장관은 대통령령이 정하는 바에 의하여 제106조의 규정에 의한 선원의 교육훈련업무를 한국해양수산연수원에 위탁할 수 있다.
②선원을 고용하고 있는 선박소유자 또는 제106조의 규정에 의한 교육훈련을 받는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 교육훈련에 필요한 경비를 부담 한다.
③제1항의 규정에 의하여 해양수산부장관으로부터 선원의 교육훈련업무를 수탁한 한국해양수산연수원에 대한 감독에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제108조중 "해운항만청장은 제99조제2항의 규정에 의한 선원등록기관·제107조제1항의 규정에 의한 선원교육기관"을 "해양수산부장관은 제99조제2항 및 제107조1항의 규정에 의하여 업무를 수탁한 한국해양수산연수원"으로 한다.