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제5조(다른 법률과의 관계)
①근로기준법 제2조 내지 제9조·제14조 내지 제16조· 제36조·제37조·제39조·제66조· 제110조(제6조·제7조·제8조 또는 제39조의 규정에위반한 경우에 한한다)·제112조(제36조의 규정에 위반한 경우에 한한다)· 제113조(제9조의 규정에 위반한 경우에 한한다) 및 제115조(제5조의 규정에 위반한 경우에 한한다)의 규정은 선원의 근로관계에 관하여 이를 적용한다. [개정 90·8·1, 97·8·22 법5366]
②근로자직업훈련촉진법은 선원의 교육·훈련에 관하여는 이를 적용하지 아니한다. [개정 97·12·24]

부칙
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1월이 경과한 날로부터 시행한다. 다만, 제63조 및 제64조의 규정은 1985년 7월 1일부터, 제78조의 규정은 1987년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (선원근로계약에 관한 경과조치) ①이 법 시행전에 생긴 사유로 인하여 선박소유자가 선원에게 지급하여야 할 임금·수당·송환비용 또는 재해보상에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
②이 법 시행전에 체결된 선원근로계약중 특정계약에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제3조 (임금등의 조정에 관한 경과조치) 해운항만청장은 이 법 시행전에 일반계약에 의하여 선원을 고용한 선박소유자가 제47조 내지 제51조 및 제67조 내지 제71조의 규정을 적용함에 있어 선원노동조합과 협의한 경우에는 이 법 시행일로부터 1년의 범위안에서 동 규정의 전부 또는 일부의 규정을 적용하지 아니하게 할 수 있다. 이 경우 선원노동조합이 없거나 협의가 이루어지지 아니하는 경우에는 해운항만청장이 이를 조정할 수 있다.

부칙 [87·11·28]
①(시행일) 이 법은 1988년 1월 1일부터 시행한다.
②(벌칙적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [90·8·1]
①(시행일) 이 법은 공포후 1월이 경과한 날부터 시행한다.
②(주근로시간에 관한 경과조치) 제57조 내지 제59조의 개정규정에 의한 1주간 근로시간 44시간은 1991년 12월 31일까지 46시간으로 한다.
③(퇴직금에 관한 경과조치) 선원의 퇴직금에 관한 규정을 적용함에 있어 이 법 시행일까지의 근속연수에 따른 퇴직금에 대하여는 제51조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다. 이 경우 퇴직금 산정의 기준이 되는 기본급의 산정방법등에 대하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부칙 [93·3·10]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [95·1·5]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [97·8·22 법5364]
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제9조 생략

부칙 [97·8·22 법5366]
①(시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제2조제1항제3호의 개정규정은 1999년 1월 1일부터 시행한다.
②(항해당직자의 근로시간에 관한 적용례) 항해당직자의 근로시간은 제55조제1항의 개정규정에 불구하고 1998년 12월 31일까지는 54시간으로 하고 매년 2시간씩 단축하여 2003년 1월 1일부터는 44시간으로 한다.
③(선원근로계약에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 체결된 선원근로계약은 이 법에 의하여 체결된 것으로 본다.
④(임금·수당등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 생긴 사유로 인하여 선박소유자가 선원에게 지급하여야 할 임금·수당·보상 또는 송환에 든 비용에 관하여는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [97·12·24]
제1조 (시행일) 이 법은 1999년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제9조 생략

부칙 [99·2·5]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제6조 생략

부칙 [99·4·15]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제130조의3제2항의 개정규정은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
②(위생관리자에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 위생관리자는 이법에 의한 의료관리자로, 종전의 규정에 의한 위생관리자자격증은 이 법에 의한 의료관리자자격증으로 본다.
③(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2001·3·28]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제3조 및 제6조의 규정은 센터의 설립일부터, 부칙 제4조 및 제5조의 규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (퇴직금 지급에 관한 적용례) 제51조제5항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 선원의 책임없는 사유로 선원근로계약이 해지된 분부터 적용한다.
제3조 (구직 및 구인등록에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 한국해양수산연수원에 구직 또는 구인등록을 한 자는 이 법에 의한 센터에 구직 또는 구인등록을 한 것으로 본다.
제4조 (사단법인 한국선원복지고용촉진센터에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시의 사단법인 한국선원복지고용촉진센터는 총회의 결의에 의하여 그의 모든 재산과 권리·의무를 이 법에 의한 센터가 승계할 것을 해양수산부장관에게 신청할 수 있다.
②사단법인 한국선원복지고용촉진센터는 제1항의 규정에 의한 신청에 대하여 해양수산부장관의 승인을 얻은 때에는 민법중 법인의 해산 및 청산에 관한 규정에 불구하고 해산된 것으로 보며, 사단법인 한국선원복지고용촉진센터에 속하였던 모든 재산과 권리·의무는 이 법에 의한 센터가 포괄승계한다.
제5조 (센터의 설립준비) ①해양수산부장관은 이 법의 공포일후 1월 이내에 6인 이내의 설립위원을 위촉하여 센터의 설립에 관한 사무와 설립 당시의 이사 및 감사의 선임에 관한 사무를 담당하게 하여야 한다.
②센터의 설립 당시의 이사장은 부칙 제5조제1항의 규정에 의하여 선임된 이사들이 이사회를 개최하여 선임하되, 해양수산부장관의 승인을 얻어야 한다.
③설립위원은 이 법의 공포일후 3월 이내에 센터의 정관을 작성하여 해양수산부장관의 인가를 받아야 한다.
④설립위원은 제2항의 규정에 의한 인가를 받은 때에는 지체없이 연명으로 센터의 설립등기를 하여야 한다.
⑤설립위원은 센터의 설립등기를 마친 때에는 센터의 이사장에게 사무를 인계하여야 하고, 사무인계가 끝난 때에는 해촉된 것으로 본다.
제6조 (사단법인 한국선원복지고용촉진센터의 직원에 관한 경과조치) 이 법 시행당시의 사단법인 한국선원복지고용촉진센터의 직원은 이 법에 의한 센터의 직원으로 본다.
제7조 (과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 종전의 제44조제2항의 위반행위에 대한 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제8조 (다른 법률의 개정) 한국해양수산연수원법중 다음과 같이 개정한다. 제5조제1항제4호를 삭제하고, 동항제5호중 "제3호 및 제4호외에"를 "제3호외에"로 한다.

부칙 [2002.5.13.]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.