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제5조(다른 법률과의 관계)
① 「근로기준법」 제2조제1호부터 제3호까지, 제3조부터 제10조까지, 제36조, 제38조, 제40조, 제68조, 제107조(제7조부터 제9조까지 또는 제40조를 위반한 경우로 한정한다), 제109조(제36조를 위반한 경우로 한정한다), 제110조(제10조를 위반한 경우로 한정한다) 및 제114조(제6조를 위반한 경우로 한정한다)의 규정은 선원의 근로관계에 관하여 이를 적용한다. [개정 90·8·1, 97·8·22 법5366, 2006.10.4, 2007.4.11 제8372호( 「근로기준법」 )]
② 「근로자직업능력 개발법」 은 선원의 교육·훈련에 관하여는 이를 적용하지 아니한다. [개정 97·12·24, 2006.10.4] [[시행일 2007.4.5]]

부칙 [1962.1.10 제963호]
①본법은 공포한 날로부터 시행한다.
②1943년 3월 28일 제령 제4호 조선선원령은 이를 폐지한다

부칙 [1966.12.9 제1844호]
이 법은 공포한 날로부터 시행한다.

부칙 [1973.2.5 제2467호]
이 법은 공포한 날로부터 시행한다.

부칙 [1975.12.31 제2886호(정부조직법)]
①(시행일) 이 법은 30일이 경과한 날로부터 시행한다.
②(항만청 신설에 따른 관계법률의 정비) 1. 내지 8. 생략
9. 선원법 제6조제1항, 제19조제2항, 제56조의2제1항, 제66조제1항, 제78조제1호, 제80조, 제110조, 제113조제1항중, "교통부장관"을 각각 "항만청장"으로 하고, 동법 제19조제2항중 "지방해운국장"을 "지방항만관리청장"으로 한다.
10. 내지 12. 생략

부칙 [1977.12.16 제3011호(정부조직법)]
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②내지 ④생략
⑤(항만청의 명칭변경에 따른 관계법률의 정비) 1. 생략
2. 해상운송사업법·선원법·선원보험법·항만운송사업법·항만법중 "항만청장"을 "해운항만청장"으로, "지방항만관리청장"을 "지방해운항만청장"으로 한다.
3. 내지 7. 생략

부칙 [1981.12.31 제3492호(사법경찰관리의직무를행할자와그직무범위에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 1982년 2월 1일부터 시행한다.
제2조 (관계법률의 개정) 1. 내지 7. 생략
8. 선원법중 다음과 같이 개정한다.
제115조를 다음과 같이 한다.
제115조 (사법경찰권) 선원근로감독관은 선박소유자와 선원의 이 법 또는 근로기준법 위반의 죄에 관하여 사법경찰관리의직무를행할자와그직무범위에관한법률이 정하는 바에 의하여 사법경찰관의 직무를 행한다.
9. 내지 11. 생략
제3조 (경과조치) ①생략
②이 법 시행전에 근로기준법, 선원법 또는 광산보안법에 의한 근로감독관, 선원근로감독관 또는 광산보안관이 행한 사법경찰관의 직무는 이 법에 의하여 행한 것으로 본다.
제4조 생략

부칙 [1983.12.31 제3715호(선박직원법)]
제1조 (시행일) 이 법은 1984년 4월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ①선원법중 다음과 같이 개정한다.
제3조중 "선박통신사"를 "통신장 및 통신사"로 한다.
②생략

부칙 [1984.8.7 제3751호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1월이 경과한 날로부터 시행한다. 다만, 제63조 및 제64조의 규정은 1985년 7월 1일부터, 제78조의 규정은 1987년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (선원근로계약에 관한 경과조치) ①이 법 시행전에 생긴 사유로 인하여 선박소유자가 선원에게 지급하여야 할 임금·수당·송환비용 또는 재해보상에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
②이 법 시행전에 체결된 선원근로계약중 특정계약에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제3조 (임금등의 조정에 관한 경과조치) 해운항만청장은 이 법 시행전에 일반계약에 의하여 선원을 고용한 선박소유자가 제47조 내지 제51조 및 제67조 내지 제71조의 규정을 적용함에 있어 선원노동조합과 협의한 경우에는 이 법 시행일로부터 1년의 범위 안에서 동 규정의 전부 또는 일부의 규정을 적용하지 아니하게 할 수 있다. 이 경우 선원노동조합이 없거나 협의가 이루어지지 아니하는 경우에는 해운항만청장이 이를 조정할 수 있다.

부칙 [1987.11.28 제3961호]
①(시행일) 이 법은 1988년 1월 1일부터 시행한다.
②(벌칙적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [1990.8.1 제4255호]
①(시행일) 이 법은 공포후 1월이 경과한 날부터 시행한다.
②(주근로시간에 관한 경과조치) 제57조 내지 제59조의 개정규정에 의한 1주간 근로시간 44시간은 1991년 12월 31일까지 46시간으로 한다.
③(퇴직금에 관한 경과조치) 선원의 퇴직금에 관한 규정을 적용함에 있어 이 법 시행일까지의 근속연수에 따른 퇴직금에 대하여는 제51조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다. 이 경우 퇴직금 산정의 기준이 되는 기본급의 산정방법등에 대하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부칙(해운법) [1993.3.10 제4546호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) ① 및 ②생략
③선원법중 다음과 같이 개정한다.
제103조제1항중 "해운업법"을 "해운법"으로 한다.
④내지 ⑥생략

부칙 [1995.1.5 제4925호(港灣法)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①내지 ③생략
④선원법중 다음과 같이 개정한다.
제14장에 제130조의2를 다음과 같이 신설한다.
제130조의2 (민원사무의 전산처리등) 이 법에 의한 민원사무의 전산처리등에 관하여는 항만법 제70조의3의 규정을 준용한다.
⑤생략
제4조 생략

부칙 [1997.8.22 제5364호(한국어업기술훈련소법)]
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제8조 생략
제9조 (다른 법률의 개정) 선원법중 다음과 같이 개정한다.
제99조를 다음과 같이 한다.
제99조 (선원의 직업안정업무) ①해양수산부장관은 필요한 선원인력을 확보하고 선원의 직업안정을 도모하기 위하여 다음 각호의 업무를 행한다.
1. 선원의 취업알선·모집 및 직업보도에 관한 업무
2. 선원인력의 수요·공급의 실태파악을 위한 선원의 등록과 실업대책에 관한 업무
3. 선원관이사업에 대한 지도·감독에 관한 업무
4. 선원에 대한 적성검사에 관한 업무
5. 선원연금 기타 선원의 복지사업에 관한 업무
②해양수산부장관은 제1항의 규정에 의한 업무의 일부를 대통령령이 정하는 바에 의하여 한국해양수산연수원에 위탁할 수 있다.
③제2항의 규정에 의하여 해양수산부장관으로부터 업무의 일부를 수탁한 한국해양수산연수원은 대통령령이 정하는 바에 의하여 선원을 고용하고 있는 선박소유자 또는 제103조의 규정에 의한 선원관이사업을 영위하는 자로부터 필요한 경비를 징수할 수 있다.
④제2항의 규정에 의하여 해양수산부장관으로부터 업무의 일부를 수탁한 한국해양수산연수원에 대한 감독에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제100조 제1항 내지 제4항중 "선원등록기관"을 각각 "한국해양수산연수원"으로 하고 동조제1항 및 제2항중 "해양항만청장"을 각각 "해양수산부장관"으로 한다.
제107조를 다음과 같이 한다.
제107조 (선원의 교육훈련의 위탁) ①해양수산부장관은 대통령령이 정하는 바에 의하여 제106조의 규정에 의한 선원의 교육훈련업무를 한국해양수산연수원에 위탁할 수 있다.
②선원을 고용하고 있는 선박소유자 또는 제106조의 규정에 의한 교육훈련을 받는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 교육훈련에 필요한 경비를 부담 한다.
③제1항의 규정에 의하여 해양수산부장관으로부터 선원의 교육훈련업무를 수탁한 한국해양수산연수원에 대한 감독에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제108조중 "해운항만청장은 제99조제2항의 규정에 의한 선원등록기관·제107조제1항의 규정에 의한 선원교육기관"을 "해양수산부장관은 제99조제2항 및 제107조1항의 규정에 의하여 업무를 수탁한 한국해양수산연수원"으로 한다.

부칙 [1997.8.22 제5366호]
①(시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제2조제1항제3호의 개정규정은 1999년 1월 1일부터 시행한다.
②(항해당직자의 근로시간에 관한 적용례) 항해당직자의 근로시간은 제55조제1항의 개정규정에 불구하고 1998년 12월 31일까지는 54시간으로 하고 매년 2시간씩 단축하여 2003년 1월1일부터는 44시간으로 한다.
③(선원근로계약에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 체결된 선원근로계약은 이 법에 의하여 체결된 것으로 본다.
④(임금·수당등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 생긴 사유로 인하여 선박소유자가 선원에게 지급하여야 할 임금·수당·보상 또는 송환에 든 비용에 관하여는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [1997.12.24 제5474호(근로자직업훈련촉진법)]
제1조 (시행일) 이 법은 1999년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략
제8조 (다른 법률의 개정) ①내지 ⑦생략
⑧선원법중 다음과 같이 개정한다.
제5조제2항중 "직업훈련기본법"을 "근로자직업훈련촉진법"으로 한다.
⑨내지 ⑫생략
제9조 생략

부칙 [1999.2.5 제5809호(해양사고의조사및심판에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ①내지 ⑧생략
⑨선원법중 다음과 같이 개정한다.
제21조제1호중 "해난이"를 "해양사고가"로 한다.
제93조중 "해난사고"를 "해양사고"로 한다.
⑩내지 <17>생략

부칙 [1999.4.15 제5973호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제130조의3제2항의 개정규정은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
②(위생관리자에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 위생관리자는 이 법에 의한 의료관리자로, 종전의 규정에 의한 위생관리자자격증은 이 법에 의한 의료관리자자격증으로 본다.
③(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2001.3.28 제6457호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제3조 및 제6조의 규정은 센터의 설립일부터, 부칙 제4조 및 제5조의 규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (퇴직금 지급에 관한 적용례) 제51조제5항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 선원의 책임없는 사유로 선원근로계약이 해지된 분부터 적용한다.
제3조 (구직 및 구인등록에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 한국해양수산연수원에 구직 또는 구인등록을 한 자는 이 법에 의한 센터에 구직 또는 구인등록을 한 것으로 본다.
제4조 (사단법인 한국선원복지고용촉진센터에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시의 사단법인 한국선원복지고용촉진센터는 총회의 결의에 의하여 그의 모든 재산과 권리·의무를 이 법에 의한 센터가 승계할 것을 해양수산부장관에게 신청할 수 있다.
②사단법인 한국선원복지고용촉진센터는 제1항의 규정에 의한 신청에 대하여 해양수산부장관의 승인을 얻은 때에는 민법중 법인의 해산 및 청산에 관한 규정에 불구하고 해산된 것으로 보며, 사단법인 한국선원복지고용촉진센터에 속하였던 모든 재산과 권리·의무는 이 법에 의한 센터가 포괄승계한다.
제5조 (센터의 설립준비) ①해양수산부장관은 이 법의 공포일후 1월 이내에 6인 이내의 설립위원을 위촉하여 센터의 설립에 관한 사무와 설립 당시의 이사 및 감사의 선임에 관한 사무를 담당하게 하여야 한다.
②센터의 설립 당시의 이사장은 부칙 제5조제1항의 규정에 의하여 선임된 이사들이 이사회를 개최하여 선임하되, 해양수산부장관의 승인을 얻어야 한다.
③설립위원은 이 법의 공포일후 3월 이내에 센터의 정관을 작성하여 해양수산부장관의 인가를 받아야 한다.
④설립위원은 제2항의 규정에 의한 인가를 받은 때에는 지체없이 연명으로 센터의 설립등기를 하여야 한다.
⑤설립위원은 센터의 설립등기를 마친 때에는 센터의 이사장에게 사무를 인계하여야 하고, 사무인계가 끝난 때에는 해촉된 것으로 본다.
제6조 (사단법인 한국선원복지고용촉진센터의 직원에 관한 경과조치) 이 법 시행당시의 사단법인 한국선원복지고용촉진센터의 직원은 이 법에 의한 센터의 직원으로 본다.
제7조 (과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 종전의 제44조제2항의 위반행위에 대한 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제8조 (다른 법률의 개정) 한국해양수산연수원법중 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제4호를 삭제하고, 동항제5호중 "제3호 및 제4호외에"를 "제3호외에"로 한다.

부칙 [2002.5.13 제6703호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2005.3.31 제7479호]
이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제3조제12호, 제45조의4 내지 제45조의6 및 제143조제2호·제3호·제3호의2의 개정규정 중 선원신분증명서에 관한 사항은 2005년 6월 1일부터, 제27조의 개정규정은 공포 후 1년이 경과한 날부터, 제51조의2 및 제139조제3호의3의 개정규정 중 「수산업법」 제41조의 규정에 의한 근해어업에 종사하는 어선의 선박소유자의 임금채권보장보험 등에의 가입에 관한 사항은 2006년 7월 1일부터, 선원의 근로시간 등에 관한 제55조·제60조 및 제138조제4호의 개정규정은 다음 각호의 구분에 따른 날부터 각각 시행한다.
1. 상시 500인 이상의 선원을 사용하는 사업 또는 사업장 : 공포 후 6월이 경과한 날
2. 상시 100인 이상 500인 미만의 선원을 사용하는 사업 또는 사업장 : 2006년 7월 1일
3. 상시 50인 이상 100인 미만의 선원을 사용하는 사업 또는 사업장 : 2007년 7월 1일
4. 상시 20인 이상 50인 미만의 선원을 사용하는 사업 또는 사업장 : 2008년 7월 1일
5. 상시 20인 미만의 선원을 사용하는 사업 또는 사업장 : 2011년 1월 1일

부칙 [2006.10.4 제8041호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
②(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2007.1.3 제8224호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제14조, 제45조제3항, 제113조제2항, 제114조 및 제126조의 개정규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
②(외국선박의 감독에 관한 적용례) 제114조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 대한민국의 항구 안(정박지를 포함한다)에 입항하는 외국선박부터 적용한다.

부칙 [2007.4.11 제8372호(근로기준법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조 내지 제15조 생략
제16조(다른 법률의 개정) ① 내지 <16> 생략
<17>선원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항 중 “「근로기준법」제2조 내지 제9조· 제14조 내지 제16조·제36조·제37조·제39조·제66조·제110조(제6조·제7조·제8조 또는 제39조의 규정에 위반한 경우에 한한다)·제112조(제36조의 규정에 위반한 경우에 한한다)·제113조(제9조의 규정에 위반한 경우에 한한다) 및 제115조(제5조의 규정에 위반한 경우에 한한다)”를 “「근로기준법」 제2조제1호부터 제3호까지, 제3조부터 제10조까지, 제36조, 제38조, 제40조, 제68조, 제107조(제7조부터 제9조까지 또는 제40조를 위반한 경우로 한정한다), 제109조(제36조를 위반한 경우로 한정한다), 제110조(제10조를 위반한 경우로 한정한다) 및 제114조(제6조를 위반한 경우로 한정한다)”로 하고, 제51조의2제5항 중 “「근로기준법」 제37조제2항”을 “「근로기준법」 제38조제2항”으로 한다.
<18> 내지 <24> 생략
제17조 생략

부칙 [2007.4.11 제8379호(항만법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제12조제1항제3호의 개정규정은 2007년 9월 28일부터 시행하고, 부칙 제10조제11항의 개정규정은 2008년 1월 20일부터 시행한다.
제2조 내지 제9조 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑤ 생략
⑥선원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제130조의2 중 “항만법 제70조의3”을 “「항만법」 제77조”로 한다.
⑦ 내지 ⑪ 생략
제11조 생략

부칙 [2007.4.11 제8381호(해운법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제17조제2항의 개정규정은 2007년 11월 4일부터 시행한다.
제2조 내지 제16조 생략
제17조(다른 법률의 개정) ① 내지 ② 생략
③선원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항제4호 단서 중 “「해운법」제26조제1항 또는 제2항”을 “「해운법」제24조제1항이나 제2항”으로 한다.
제103조제1항 중 “「해운법」제34조”를 “「해운법」제33조”로 한다.
④ 내지 ⑤ 생략
제18조 생략