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제41조(적용 제외)
조선소에서 건조·수리 또는 시험운전을 할 목적으로 선박 등을 이동하거나 운항하기 위하여 보유·관리하는 예선에 대하여는 예선업에 관한 이 법의 규정을 적용하지 아니한다.

부칙 [2007.4.11 제8379호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제12조제1항제3호의 개정규정은 2007년 9월 28일부터 시행하고, 부칙 제10조제11항의 개정규정은 2008년 1월 20일부터 시행한다.
제2조(시행일에 관한 경과조치) 부칙 제1조 단서에 따라 제12조제1항제3호의 개정규정이 시행되기 전까지는 그에 해당하는 종전의 제11조제1항제3호를 적용한다.
제3조(항만공사 착수 및 준공시기에 관한 적용례) 제11조의 개정 규정은 법률 제5807호 항만법중개정법률의 시행일인 1999년 8월 6일 이후 최초로 항만공사 실시계획의 승인을 받거나 신고를 한 것부터 적용한다.
제4조(내진설계에 관한 적용례) 제31조제2항의 개정규정은 법률 제5807호 항만법중개정법률의 시행일인 1999년 8월 6일 이후 최초로 항만공사 실시계획을 수립하거나 이를 변경하는 항만공사부터 적용한다.
제5조(장기체류화물의 처리에 관한 적용례) 제68조의 개정규정은 법률 제5807호 항만법중개정법률의 시행일인 1999년 8월 6일 이후 최초로 통관절차가 완료된 화물부터 적용한다.
제6조(항만공사 실시계획 승인에 관한 경과조치) 법률 제5807호 항만법중개정법률의 시행일인 1999년 8월 6일 당시 종전의 규정에 따라 항만공사 실시계획의 승인을 받았거나 승인을 신청한 자 중 제10조제3항의 개정규정에 따라 이를 신고하여야 하는 자에 해당하는 자는 같은 조 같은 항의 개정규정에 따라 이를 신고한 자로 본다.
제7조(준공전 사용허가에 관한 경과조치) 법률 제5807호 항만범중 개정법률의 시행일인 1999년 8월 6일 당시 종전의 제12조제4항 단서 에 따라 준공전 사용의 허가를 받거나 이를 신청한 자는 제13조제4항 단서의 개정규정에 따라 준공전 사용의 신고를 한자 또는 준공전 사용의 허가를 받거나 이를 신청한 자로 본다.
제8조(처분 등에 관한 일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따른 행정기관의 행위나 행정기관에 대한 행위는 그에 해당하는 이 법에 따른 행정기관의 행위나 행정기관에 대한 행위로 본다.
제9조(벌칙이나 과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대하여 벌칙이나 과태료 규정을 적용할 때에는 종전의 규정에 따른다.
제10조(다른 법률의 개정) ①개항질서법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제42조의2 중 “항만법 제70조의”을 “「항만법」 제77조”로 한다.
②교통시설특별회계법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조제1항제2호 중 “항만법 제27조”를 “「항만법」 제32조”로 한다.
③도선법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제37조의2 중 “「항만법」 제70조의3”을 “「항만법」 제77조”로 한다.
④부담금관리기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 제106호 중 “항만법 제53조”를 “「항만법」 제58조”로 한다.
⑤선박직원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제25조의2 중 “「항만법」 제70조의3”을 “「항만법」 제77조”로 한다.
⑥선원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제130조의2 중 “항만법 제70조의3”을 “「항만법」 제77조”로 한다.
⑦제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제144조제7호를 다음과 같이 한다.
7. 「항만법」 제2조제6호, 제7조제2항 단서(제4조제1항제1호 단서에 따라 항만기본계획을 변경하는 경우는 제외한다), 제9조제1항부터 제3항까지, 제10조제2항·제3항, 제13조제1항·제2항·제4항 단서, 제14조, 제16조, 제18조, 제19조제2항, 제25조, 제26조제1항, 제27조, 제28조제1항, 제29조, 제32조부터 제34조까지, 제36조, 제37조, 제40조, 제51조부터 제54조까지, 제56조, 제58조, 제62조, 제63조(이양된 권한에 대한 법령위반 등의 처분 또는 조치로 한정한다), 제64조, 제67조부터 제71조까지, 제73조 (이양된 권한에 관한 청문으로 한정 한다), 제74조, 제75조, 제79조부터 제84조까지의 규정. 다만, 같은 법 제7조제2항 단서, 제9조제1항부터 제3항까지, 제10조제2항·제3항, 제13조제1항·제2항, 제13조제4항 단서, 제14조, 제16조, 제18조, 제19조제2항, 제53조, 제56조 및 제71조의 경우에는 연안항에 대한 권한을 포함한다. [개정 2007.8.3] [[시행일 2008.2.4]]
⑧토지이용규제 기본법 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 제196호의 근거법률란 중 “「항만법」 제36조”를 “「항만법」 제43조”로 하고, 같은 표 제197호의 근거법률란 중 “「항만법」 제49조제1항”을 “「항만법」 제54조제1항”으로 한다.
⑨항만공사법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제31조 전단 중 “항만법 제64조”를 “「항만법」 제68조”로 한다.
⑩항만운송사업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제29조의2 중 “항만법 제70조의3”을 “「항만법」 제77조”로 한다.
⑪법률 제8260호 해양환경관리법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제19호 중 “「항만법」 제22조”를 “「항만법」 제23조”로 한다.
제11조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「항만법」 또는 그 규정을 인용한 경우에 이 법 가운데 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 규정을 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2007.8.3 제8628호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(의제범위의 확대에 따른 적용례) 제12조제1항제1호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 고시되는 항만공사부터 적용한다.
제3조(예선업의 등록에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 예선업을 등록한 자는 제34조제2항제4호의 개정규정에 따른 예선업을 등록한 것으로 본다.
제4조(손실보상에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제64조제1항제3호에 따른 처분으로 인하여 발생한 손실보상에 대하여는 제70조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
제5조(사단법인 한국항만협회에 대한 경과조치) ①이 법 시행 전에 「민법」 제32조에 따라 설립된 사단법인 한국항만협회(이하 “사단법인 한국항만협회”라 한다)는 그 지위의 승계에 관하여 이사회의 의결을 거쳐 해양수산부장관의 승인을 받은 때에는 제77조의3의 개정규정에 따라 설립된 항만협회로 본다.
②사단법인 한국항만협회가 제1항에 따른 승인을 받은 때에는 지체 없이 제77조의3의 개정규정에 따른 항만협회의 설립등기를 하여야 한다. 이 경우 사단법인 한국항만협회는 「민법」 중 법인의 해산 및 청산에 관한 규정에도 불구하고 해산된 것으로 본다.
③제2항에 따라 해산된 사단법인 한국항만협회의 모든 재산과 권리·의무는 이 법에 따라 설립된 항만협회가 포괄승계하고, 그 재산과 권리·의무에 관한 등기부나 그 밖의 공부에 표시된 사단법인 한국항만협회의 명의는 이 법에 따라 설립된 항만협회의 명의로 본다.
④제1항에 따라 설립된 항만협회에 포괄승계되는 재산의 가액은 제2항에 따른 설립등기일 전일의 장부가액으로 한다.
⑤이 법 시행 당시 종전의 사단법인 한국항만협회가 행한 행위 또는 종전의 사단법인 한국항만협회에 대하여 행하여진 행위는 이 법에 따라 설립된 항만협회가 행한 행위 또는 이 법에 따라 설립된 항만협회에 대하여 행하여진 행위로 본다.
⑥이 법 시행 당시 종전의 사단법인 한국항만협회의 임직원은 이 법 따라 설립된 항만협회의 임직원으로 본다. 이 경우 임원의 임기는 종전의 사단법인 한국항만협회 정관의 규정에 따른 임기의 남은 기간으로 한다.

부칙 [2007.12.27 제8819호(공유수면관리법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제13조제3항제1호의 개정규정은 2008년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략
제8조(다른 법률의 개정) ① 내지 <41> 생략
<42>항만법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조제1항제4호 중 “인가나”를 “승인이나”로 한다.
<43> 생략
제9조 생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, ···<생략>···, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법의 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <682> 까지 생략
<683> 항만법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제6호 각 목 외의 부분, 제4조제1항 각 호 외의 부분 및 제6호, 제5조제1항·제2항 및 제3항 전단·후단, 제9조제1항 본문, 제11조 본문, 제12조제1항제5호, 제15조, 제17조, 제19조제1항 및 제2항 전단, 제23조, 제24조제2항, 제31조제2항, 제34조제1항 및 제2항제4호 단서, 제36조 각 호 외의 부분 본문, 제37조제1항 및 제3항, 제40조제1항 및 제2항, 제42조제1항, 같은 조 제3항 전단 및 제4항, 제43조제1항 및 제2항 전단, 같은 조 제3항 및 제4항 전단·후단, 제44조제1항 및 제2항, 제45조제1항 본문 및 단서, 같은 조 제2항 및 제4항 전단·후단, 제46조제2항 및 제3항, 제49조, 제56조제1항, 제61조, 제65조 각 호 외의 부분, 제66조 각 호 외의 부분 전단, 제69조제1항, 제70조제2항, 제75조제1항, 제76조제1항 및 제3항, 제77조의3제1항·제4항 및 제5항, 제78조제1항·제2항 및 제85조제2항부터 제4항까지 중 "해양수산부장관"을 각각 "국토해양부장관"으로 한다.
제2조제6호다목7), 제8조, 제9조제3항제3호 및 제4항·제5항, 제11조 단서, 제13조제2항 및 제4항 단서, 제25조제2항, 제26조제2항, 제27조제1항 및 제2항, 제28조제1항제3호 및 제2항·제3항, 제29조제1항 각 호 외의 부분 및 제2항, 제30조제2항, 제31조제1항, 제32조제4항, 제34조제2항제1호 및 제3호, 제51조제5항, 제54조제3항, 제58조제2항, 제74조 본문 및 제79조 중 "해양수산부령"을 각각 "국토해양부령"으로 한다.
제4조제2항 및 제78조제1항 중 "지방해양수산청장"을 "지방해양항만청장"으로 한다.
제22조제1항 중 "해양수산부"를 "국토해양부"로 한다.
제54조제4항 후단을 삭제한다.
<684> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.3.21 제8976호(도로법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제8조까지 생략
제9조(다른 법률의 개정) ① 부터 <91> 까지 생략
<92> 항만법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제12조제1항제7호 중 “제40조”를 “제38조”로 한다.
<93> 부터 <99> 까지 생략
제10조 생략