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제31조(공익근무요원의 복무 및 보수등)
①제26조제1항제1호의 규정에 의한 공익근무요원을 배정받은 기관의 장은 복무분야를 지정하여 복무하게 하여야 하며, 그 복무에 관하여 필요한 사항은 이 법에 정하는 사항을 제외하고는 대통령령으로 정한다. 이 경우 공익근무요원의 직무상 행위는 공무수행으로 본다. <개정 1999.2.5>
②제1항의 규정에 의하여 공익근무요원을 배정받은 기관의 장이 공익근무요원의 복무분야를 지정 또는 변경하는 때에는 미리 관할지방병무청장과 협의하여야 한다. <개정 1999.2.5>
③제26조제1항제3호의 규정에 의한 공익근무요원은 해당분야의 특기계발 및 복무에 관한 문화관광부장관의 지휘·감독을 받아 복무하여야 한다. <개정 1999.2.5>
④제26조제1항제1호의 규정에 의한 공익근무요원은 출·퇴근 근무하며, 소속기관장의 지휘·감독을 받는다. 다만, 출·퇴근 근무가 곤란하거나 업무수행의 특수성등에 따라 필요한 경우에는 합숙근무를 하게 할 수 있다.
⑤국가기관·지방자치단체 또는 공공단체의 장은 제26조제1항제1호의 규정에 의한 공익근무요원에 대하여 보수 및 직무수행에 필요한 여비등을 지급하여야 하며, 그 기준등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 1999.2.5>
⑥삭제 <1999.2.5>
⑦제26조제1항제4호의 규정에 의한 공익근무요원은 국제협력요원에관한법률이 정하는 바에 따라 외교통상부장관의 지휘·감독을 받아 복무하여야 한다. <신설 2000.12.26>
⑧제26조제1항제4호의 규정에 의한 공익근무요원에 대하여는 국제협력요원에관한법률이 정하는 바에 따라 보수 및 직무수행에 필요한 여비 등을 지급한다. <신설 2000.12.26>

부칙 <제4685호,1993.12.31>
제1조 (시행일) 이 법은 1994년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제11조의 규정에 의한 거주지 징병검사와 제29조의 규정에 의한 공익근무요원소집은 1995년 1월 1일부터 시행한다. 이 경우 1994년 12월 31일까지의 징병검사는 종전의 제11조(제3항을 제외한다)의 규정에 의한다.
제2조 (폐지법률) ①병역의무의특례규제에관한법률(이하 "특례규제법"이라 한다)은 이를 폐지한다.
②종전의 병역법 및 제1항의 규정에 의하여 폐지되는 특례규제법에 의한 대통령령 및 국방부령은 이 법에 저촉되지 아니하는 한 이 법에 의한 대통령령 및 국방부령이 제정될 때까지 그 효력을 가진다.
제3조 (보충역에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 보충역은 이 법에 의한 보충역으로 본다. 다만, 부칙 제4조제3항 및 제11조의 규정에 의하여 제2국민역으로 편입된 사람을 제외한다.
제4조 (보충역의 방위소집실시등에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 방위소집대상자(1993년 12월 31일이전에 징병검사를 받은 사람으로서 1994년 1월 1일부터 1994년 12월 31일까지 보충역으로 병역처분이 변경된 사람을 포함한다)에 대하여는 1994년 12월 31일까지 종전의 규정에 의하여 방위소집을 실시하되, 1994년 12월 31일까지 방위소집이 되지 아니한 사람은 공익근무요원으로 소집하여 1년 6월 복무하게 한다. 다만, 1972년 12월 31일이전에 출생한 사람으로서 종전의 제54조제1항제2호 또는 제3호에 해당하는 사람은 원에 의하여 그 방위소집복무기간 또는 공익근무요원복무기간을 6월로 단축할 수 있다. <개정 1994.12.31>
②적 또는 무장공비의 침투가 예상되는 해안등의 취약지역(취약지역)과 농어촌지역에 거주하는 현역병입영대상자에 대하여는 1994년 12월 31일까지 종전의 규정에 의하여 보충역에 편입하여 방위소집을 실시할 수 있다.
③이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 방위소집되어 복무중인 사람, 제1항 또는 제2항의 규정에 의한 방위소집대상자 또는 방위소집된 사람이 제62조제1항제1호 또는 제65조제1항제3호에 해당하는 때에는 제2국민역으로 편입할 수 있다.
④이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 방위소집되어 복무중인 사람, 제1항 또는 제2항의 규정에 의한 방위소집대상자 및 방위소집된 사람에 대한 병역의무의 감면등에 관하여는 종전의 제55조제3항, 제57조제1항(제3호를 제외한다), 제58조, 제60조 및 1991년 2월 1일전의 병역법 제55조제2항(이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 방위소집되어 복무중인 사람 및 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 방위소집되어 복무하는 사람으로서 1972년 12월 31일전에 출생한 사람에 한한다)의 규정에 의한다.
⑤이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 방위소집되어 복무중인 사람, 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 방위소집되어 복무하는 사람의 복무는 종전의 규정에 의하되, 영창일수는 복무기간에 이를 산입한다.
⑥이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 방위소집되어 복무중인 사람, 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 방위소집되어 복무하는 사람의 보상 및 가료는 종전의 제65조제1항 및 제2항의 규정에 의한다.
⑦이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 방위소집대상자로서 정당한 사유없이 방위소집을 기피하고 있는 사람 및 제1항 또는 제2항의 규정에 의한 방위소집을 정당한 사유없이 기피하는 사람의 소집의무 면제연령에 관하여는 제71조제1항제1호의 규정을 준용한다.
제5조 (특례보충역등에 대한 경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 특례규제법에 의하여 연구요원 또는 기능요원으로서의 특예보충역에 편입되어 복무중인 사람은 제36조의 규정에 의한 전문연구요원 또는 산업기능요원으로 본다.
②부칙 제4조제1항의 규정에 의한 방위소집대상자는 제36조의 규정에 불구하고 1994년 12월 31일까지는 전문연구요원 또는 산업기능요원으로 편입할 수 있다.
③이 법 시행당시 전문연구요원 또는 산업기능요원이나 제2항의 규정에 의하여 편입되는 전문연구요원·산업기능요원으로서 1994년 12월 31까지 그 편입이 취소된 사람의 방위소집에 관하여는 부칙 제4조의 규정에 의한다.
④이 법 시행당시 종전의 법률 제4157호 특례규제법 부칙 제4조·제5조·제6조·제7조·제9조 또는 제11조제1항의 규정을 적용받는 사람에 대한 전임·특예보충역편입·예비역장교등의 병적편입 또는 복무에 관하여는 1990년 4월 1일전의 병역법 또는 대학원졸업생등의병역특례에관한특별조치법의 규정에 의한다.
⑤제4항의 규정에 의한 사람중 예술·체능특기자로서 특예보충역에 편입되었거나 편입되는 사람의 복무기간은 제4항의 규정에 불구하고 제26조제1항제3호의 규정에 의한 공익근무요원의 의무복무기간으로 한다.
⑥제4항의 규정에 의한 사람중 의무예비역장교의 병적에 편입되었거나 편입되는 사람은 제1항 및 제34조의 규정에 불구하고 공중보건의사 또는 국제협력의사로 종사하게 할 수 있다.
⑦제4항의 규정에 의한 사람(종전의 법률 제4157호 특례규제법 부칙 제11조제1항의 규정을 적용받은 사람을 제외한다)이 1990년 4월 1일전의 병역법 제43조제3항·제46조제2항 또는 제51조제2항의 규정에 해당되는 경우에는 제71조의 규정에 불구하고 현역병으로 입영하게 하거나 공익근무요원으로 소집한다. 다만, 1994년 12월 31일까지는 방위소집대상자에 해당하는 사람은 부칙 제4조의 규정에 의하여 방위소집한다.
⑧종전의 법률 제4157호 특례규제법 부칙 제11조제1항의 규정을 적용받는 사람이 1990년 4월 1일전의 병역법 제43조제3항·제46조제2항 또는 제51조제2항의 규정에 해당하는 경우에는 1990년 4월 1일전의 병역법에 의하여 현역병으로 입영하게 하거나 방위소집하되, 1995년 1월 1일부터는 현역병입영대상자에 해당하지 아니하는 사람은 공익근무요원으로 소집한다. 이 경우 방위소집은 부칙 제4조의 규정에 의한다.
⑨이 법 시행당시 종전의 특례규제법 제16조의 규정에 의하여 군사교육을 받은 사람은 이 법에 의한 교육소집을 받은 것으로 본다.
제6조 (병력동원소집대상자에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 방위소집되어 복무중인 사람 및 방위소집복무를 마친 사람과 부칙 제4조제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 방위소집되어 복무중인 사람 및 방위소집복무를 마친 사람은 이 법에 의한 병력동원소집대상자로 본다.
제7조 (교육소집대상자등에 관한 경과조치) 다음 각호의 1에 해당하는 사람은 제53조 및 제55조제1항의 규정에 의한 전시근로소집대상자 또는 교육소집대상자로 본다. <개정 1997.1.13>
1. 부칙 제4조제3항의 규정에 의하여 제2국민역에 편입된 사람
2. 부칙 제11조의 규정에 의하여 제2국민역에 편입된 사람
3. 종전의 제58조제2항의 규정에 의하여 방위소집이 면제된 사람
제8조 (학생군사교육을 받은 사람의 복무기간단축에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 고등학교이상의 학교에 재학하는 학생으로서 군사교육을 받은 사람에 대한 방위병의 복무기간단축에 관하여는 제57조제1항의 규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제9조 (의무·법무·군종장교등의 복무기간에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제50조의 규정에 의하여 의무·법무 또는 군종분야의 현역장교의 병적이나 특수병과사관후보생병적에 편입된 사람과 기본병과분야의 현역장교의 병적에 편입된 사람의 복무기간에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제10조 (특수병과사관후보생의 병적에서 제적된 사람등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 특수병과사관후보생의 병적에서 제적된 사람의 방위소집에 관하여는 제58조제3항의 규정에 불구하고 1994년 12월 31일까지는 부칙 제4조의 규정에 의한다.
제11조 (가사사정등으로 인하여 보충역으로 편입된 사람등에 대한 제2국민역편입에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제54조제1항제1호 또는 제57조제1항제3호의 규정에 의하여 보충역에 편입된 사람, 방위소집이 면제되거나 해제된 보충역은 제62조제1항제1호 또는 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 제2국민역에 편입된 것으로 본다.
제12조 (가사사정으로 인한 복무기간의 단축등에 관한 경과조치) 종전의 제54조제1항제2호 또는 제3호에 해당하는 사람에 대한 병역감면은 다음의 구분에 의한다.
1. 1972년 12월 31일이전에 출생한 사람은 현역병(제21조·제24조 및 제25조의 규정에 의하여 복무하는 사람을 포함한다) 또는 공익근무요원의 복무기간을 제63조 및 종전의 제55조제2항의 규정에 불구하고 6월로 단축할 수 있다.
2. 1974년 12월 31일전에 출생한 사람은 제62조제1항 및 제63조제2항의 규정에 불구하고 종전의 제54조 및 제55조제2항의 규정에 의한다.
3. 이 법 시행당시 종전의 특례규제법 제5조 또는 제6조의 규정에 의하여 전임된 사람은 종전의 특례규제법 제7조제2항의 규정에 의한다.
제13조 (국외려행신고에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 방위소집복무를 마친 사람 및 방위소집이 면제된 사람과 부칙 제4조의 규정에 의하여 방위소집복무를 마친 사람 및 방위소집이 면제된 사람은 이 법에 의한 국외여행신고대상자로 본다.
제14조 (병역특례심의위원회등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 특례규제법 제9조의 규정에 의한 병역특예심의위원회는 이 법의 규정에 의한 병무심의위원회가 구성될 때까지 존속하며, 그 때까지 이 위원회에서 행한 행위는 이 법의 규정에 의한 병무심의위원회가 행한 것으로 본다.
제15조 (행정처분등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정 또는 종전의 특례규제법에 의하여 병무청장, 지방병무청장등이 행한 병역처분 기타 행정기관의 행위 또는 각종 출원 기타 행정기관에 대한 행위는 그에 해당하는 이 법에 의한 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제16조 (벌칙에 관한 경과조치) ①이 법 시행전의 병역법 또는 특례규제법의 위반행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 병역법 또는 특례규제법에 의한다. 다만, 종전의 병역법 제73조제1항의 규정에 의한 신고불이행자에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 제84조제1항을 적용한다.
②부칙 제4조제1항 또는 제2항의 규정에 의한 방위소집의 입영을 기피한 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 제88조제1항의 규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제17조 (다른 법률의 개정) ①전투경찰대설치법중 다음과 같이 개정한다.
1. 제2조의3제1항중 "병역의무의특례규제에관한법률 제5조제1항"을 "병역법 제24조제1항"으로 하고, 동조제2항 및 제3항중 "병역의무의특례규제에관한법률 제5조제2항"을 각각 "병역법 제24조제2항"으로 한다.
2. 제3조제1항중 "병역의무의특례규제에관한법률 제5조제1항"을 "병역법 제24조제1항"으로 하고, 동조제2항중 "병역의무의특례규제에관한법률 제5조제2항"을 "병역법 제24조제2항"으로 하며, 동조제3항중 "병역의무의특례규제에관한법률 제5조제2항"을 "병역법 제24조제2항"으로, "방위소집대상자"를 "병역법 제26조제1항제1호의 규정에 의한 공익근무요원소집대상자"로 한다.
②교정시설경비교도대설치법중 다음과 같이 개정한다.
제3조중 "병역의무의특례규제에관한법률 제6조"를 "병역법 제25조"로 한다.
③농어촌등보건의료를위한특별조치법중 다음과 같이 개정한다.
1. 제2조제1항중 "병역의무의특례규제에관한법률 제8조 및 제12조의 규정에 의하여 특례보충역에 편입된 의사 또는 치과의사"를 "병역법 제34조제1항의 규정에 의하여 공중보건의사에 편입된 의사·치과의사 또는 한의사"로 한다.
2. 제4조중 "병역의무의특례규제에관한법률 제8조 및 제12조의 규정에 의하여 특례보충역에 편입된 의사 또는 치과의사"를 "병역법 제34조제1항의 규정에 의하여 공중보건의사에 편입된 의사·치과의사 또는 한의사"로 한다.
3. 제5조제1항 및 제13조제1항중 "의사 또는 치과의사"를 각각 "의사·치과의사 또는 한의사"로 한다.
4. 제7조제1항중 "병역의무의특례규제에관한법률 제13조의 규정에 의하여 방위소집복무를 마친 것으로 본다"를 "병역법 제34조제2항의 규정에 의하여 공익근무요원복무를 마친 것으로 본다"로 한다.
5. 제9조제1항중 "병역법 제50조제5항의 규정에 의하여 의무분야의 현역장교의 병적에 편입된 자가 받는 군사교육기간외에"를 "병역법 제55조의 규정에 의하여 받는 교육소집기간외에"로 한다.
④군형법중 다음과 같이 개정한다.
제1조제3항제2호중 "병역법 제49조"를 "병역법 제57조"로 한다.
⑤군인보수법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항중 "(방위소집·병력동원훈련소집 또는 교육소집된 자를 제외한다)"를 "(병력동원훈련소집 및 교육소집된 자를 제외한다)"로 한다.
⑥경찰대학설치법중 다음과 같이 개정한다.
제11조중 "병역법 제49조"를 "병역법 제57조"로 한다.
⑦세무대학설치법중 다음과 같이 개정한다.
제11조중 "병역법 제49조"를 "병역법 제57조"로 한다.
⑧방위산업에관한특례조치법중 다음과 같이 개정한다.
제11조제2항중 "병역의무의특례규제에관한법률"을 "병역법"으로 한다.
⑨군인사법중 다음과 같이 개정한다.
제6조제3항중 "병역법 제49조의"를 "병역법 제57조의"로 한다.
제11조제1항제3호중 "병역법 제49조"를 "병역법 제57조"로 하고, 동조제2항제4호중 "병역법 제49조"를 "병역법 제57조"로, "병역법 제72조제2항제6호"를 "병역법 제83조제2항제5호"로 한다.
제12조제1항제2호중 "의사 또는 치과의사국가시험"을 "의사·치과의사 또는 한의사국가시험"으로 한다.
제15조제1항 단서중 "법무, 의무 및 군종장교로서 임용되는 자는"을 "법무·의무 및 군종장교로서 임용되는 자와 판사·검사 또는 변호사의 자격이 있는 자나 5급 공개경쟁채용시험에 합격한 자로서 기본병과장교에 임용되는 자는"으로 한다.
제26조제4항중 "병역법 제49조"를 "병역법 제57조"로 한다.
⑩국가유공자예우등에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항제4호중 "방위소집해제"를 "상근예비역소집해제"로 한다.
제5조제5항중 "방위병으로 소집된 자와 병역의무의특례규제에관한법률 제5조 및 제6조"를 "상근예비역으로 소집된 자, 병역법 제26조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 공익근무요원으로 소집된 자, 병역법 제24조 및 제25조"로 한다.
제18조 (다른 법률 개정에 따른 경과조치) ①전투경찰대설치법 제3조제3항의 개정규정에 불구하고 방위소집대상자에 대하여는 1994년 12월 31일까지는 종전의 규정에 의한다.
②군인보수법 제2조제1항의 개정규정에 불구하고 방위소집된 사람에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
③국가유공자예우등에관한법률 제4조제1항제4호 및 제5조제5항의 개정규정에 불구하고 방위소집이 해제된 사람 또는 해제되는 사람과 방위소집된 사람에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
제19조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 병역법 또는 특례규제법의 규정을 인용 또는 준용한 경우에 이 법에서 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당조항을 각각 인용 또는 준용한 것으로 본다.

부칙 <제4840호,1994.12.31>
①(시행일) 이 법은 1995년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제79조제2항의 개정규정은 1996년 1월 1일부터 시행한다.
②(공중보건의사의 편입 취소등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 제35조제1항제3호에 해당하는 공중보건의사의 편입취소·현역병으로의 입영 또는 공익근무요원으로의 소집에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
③(공익법무관의 복무기간에 관한 경과조치) 1993년 12월 31일이전에 법무분야의 특수병과사관후보생의 병적에 편입된 사람으로서 법무분야의 현역장교의 병적에 편입되지 아니하고 공익법무관으로 편입된 사람의 복무기간은 1993년 12월 31일이전에 법무분야의 특수병과사관후보생의 병적에 편입된 사람으로서 법무분야의 현역장교의 병적에 편입된 사람의 복무기간과 같은 기간으로 한다. 이 경우 제55조제1항의 규정에 의한 교육소집기간과 공익법무관에관한법률에 의한 직무교육소집기간은 이를 복무기간에 산입한다.
④(학군무관후보생과정출신장교등의 복무기간에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 복무중인 제57조의 규정에 의한 학군무관후보생과정 출신의 장교 또는 하사관과 학군무관후보생과정을 이수중인 사람의 복무기간은 종전의 규정에 의한다.
⑤(장교등의 보충역편입에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 보충역에 편입된 장교·준사관 또는 하사관으로서 제66조제3항 내지 제5항의 규정에 의하여 보충역 편입처분이 취소되지 아니한 사람은 제66조제1항의 개정규정에 의하여 보충역의 장교·준사관 또는 하사관으로 편입된 것으로 본다. 이 경우 종전의 규정에 의하여 보충역에 편입된 장교·준사관 또는 하사관이 사망으로 인하여 보충역편입처분이 취소되지 아니한 때에도 또한 같다.

부칙(정부조직법) <제5153호,1996.8.8>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 30일이내에 제41조의 개정규정에 의한 해양수산부와 해양경찰청의 조직에 관한 대통령령의 시행일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①내지 ⑬생략
⑭병역법중 다음과 같이 개정한다.
제24조제1항·제2항·제3항 단서 및 제4항중 "경찰청장"을 각각 "경찰청장 또는 해양경찰청장"으로 한다.
⑮내지 <69>생략
제4조 생략

부칙 <제5161호,1996.8.16>
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(보상등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 제26조제1항제1호의 규정에 의한 공익근무요원으로 복무중 순직한 사람의 유족과 공상 또는 공무상 질병으로 인하여 제2국민역에 편입되거나 병역이 면제된 사람 및 그 가족등에 대하여는 제75조 및 제75조의2의 개정규정에 의하여 보상을 행한다.

부칙 <제5271호,1997.1.13>
제1조 (시행일) 이 법은 1997년 5월 1일부터 시행한다.
제2조 (적용예) 제41조제4항의 개정규정은 이 법 시행일 이후에 전문연구요원 또는 산업기능요원의 편입취소사유가 발생한 경우부터 적용한다.
제3조 (상근예비역소집대상자의 선발에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 상근예비역소집대상으로 지원한 사람은 종전의 규정에 의하여 상근예비역소집대상자로 선발한다.
제4조 (지정업체 선정에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 지정업체로 선정된 연구기관·기간산업체 및 방위산업체는 이 법의 규정에 의하여 지정업체로 선정된 것으로 본다.
제5조 (다른 법률의 개정) 향토예비군설치법중 다음과 같이 개정한다.
제13조제2항중 "전시근무소집"을 "전시근로소집"으로 한다.

부칙(정부부처명칭등의변경에따른건축법등의정비에관한법율) <제5454호,1997.12.13>
이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>

부칙 <제5757호,1999.2.5>
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제2조제1항제6호·제9조·제10조·제11조제1항 및 제69조의 개정규정은 1999년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 (적용예) ①제33조제1항의 규정에 의한 정당한 근무명령에 따르지 아니한 사람에 대한 경고처분은 1999년 1월 1일이후에 경고사유가 발생한 경우부터 적용하고, 1998년 12월 31일이전에 종전의 제33조제1항제4호의 규정에 의하여 공익근무요원의 취소사유에 해당하는 자에 대하여는 제33조제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
②제71조제1항제6호 내지 제8호의 개정규정은 1969년 1월 1일이후 출생자부터 이를 적용한다.
제3조 (공익근무요원의 소집등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제26조제1항제2호의 규정에 의한 공익근무요원은 2000년 12월 31일까지 소집하고, 그 소집·복무 및 소집해제등에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제4조 (의무예비역장교에 대한 징병전담의사 편입에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 법율 제4685호 병역법개정법률 부칙 제5조제4항 및 제6항의 규정이 적용되는 사람은 제34조의 개정규정에 불구하고 징병전담의사로 편입할 수 있다.
제5조 (행정처분등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 병무청장·지방병무청장등이 행한 병역처분 기타 행정기관의 행위 또는 각종 출원 기타 행정기관에 대한 행위는 각각 그에 해당하는 이 법에 의한 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제6조 (벌칙 및 과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙 또는 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제7조 (다른 법률의 개정) ①교정시설경비교도대설치법중 다음과 같이 개정한다.
제3조중 "전임"을 "전환복무"로 한다.
②군형법중 다음과 같이 개정한다.
제1조제2항 단서중 "전임"을 "전환복무"로 한다.
③전투경찰대설치법중 다음과 같이 개정한다.
제2조의3의 제목중 "전임"을 "전환복무"로 하며, 동조제1항 내지 제3항중 "전임"을 각각 "전환복무"로 한다.
제3조의 제목 "(전임대상자의 요청 및 추천)"을 "(전환복무대상자의 요청 및 추천)"으로 하며, 동조제1항 내지 제3항중 "전임대상자"를 각각 "전환복무대상자"로 한다.
제8조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 병역법의 규정을 인용 또는 준용한 경우 이 법에 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법의 해당규정을 각각 인용 또는 준용한 것으로 본다.

부칙(농업·농촌기본법) <제5758호,1999.2.5>
제1조 (시행일) 이 법은 2000년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제9조 생략
제10조 (다른 법률의 개정) ①내지 ⑩생략
⑪병역법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항제14호중 "농어촌발전특별조치법 제7조의 규정에 의한 농업회사법인"을 "농업·농촌기본법 제16조의 규정에 의한 농업회사법인"으로 한다.
제36조제5항중 "농어촌발전특별조치법 제4조의 규정에 의한 농업인후계자 및 어업인후계자(이하 "농·어업인후계자"라 한다)를 "농업·농촌기본법 제12조의 규정에 의한 후계농업인 및 농어촌발전특별조치법 제4조의 규정에 의한 어업인후계자(이하 "후계자·어업인"이라 한다)"로 한다.
제38조 본문중 "농·어업인후계자를"을 "후계농·어업인을"로 하고, 동조제4호중 "농·어업인후계자"를 "후계농·어업인"으로 한다.
제40조 본문중 "농·어업인후계자"를 "후계농·어업인"으로 한다.
⑫내지 <19>생략
제11조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 농업기본법, 농산물가격유지법 및 농수산물수출진흥법의 규정을 인용하고 있는 경우에 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당규정을 인용한 것으로 본다.

부칙 <제6058호,1999.12.28>
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제7조제1항, 제36조제5항, 제70조제1항·제2항·제5항, 제78조제1항·제2항, 제83조제2항제7호 및 제84조의 개정규정은 2000년 1월 1일부터 시행한다.
②(행정처분등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 행한 병역처분·명령 기타 병무지청장의 행위 또는 신청·신고 기타 병무청장에 대한 행위는 각각 그에 해당하는 지방병무청장의 행위 또는 지방병무청장에 대한 행위로 본다.
③(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

<제6287호,2000.12.26>
①(시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제2조제1항제9호, 제26조제1항제4호·제2항, 제27조제2항, 제28조제1항, 제29조제1항제2호, 제31조제7항·제8항, 제32조제4항·제5항, 제33조제2항·제5항, 제68조제1호 및 제71조제1항제2호의 개정규정은 2001년 1월 1일부터 시행한다.
②(다른 법율의 개정) 국제협력요원에관한법율중 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호 및 제4조제1항중 "병역법 제26조제1항제2호"를 각각 "병역법 제26조제1항제4호"로 한다.
제11조제2항중 "병무청장"을 "지방병무청장"으로 한다.
③(처분 등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 행정기관이 행한 결정·편입 등 행위 또는 배정요청·추천 등 행정기관에 대한 행위는 이 법에 의한 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.

(군인사법) <제6290호,2000.12.26>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (다른 법율의 개정) ①내지 ⑧생략
⑨병역법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항제4호중 "하사관후보생(하사관후보생)"을 "부사관후보생(부사관후보생)"으로, "하사관후보생"을 "부사관후보생"으로 한다.
제5조제1항제1호중 "하사관(하사관)"을 "부사관(부사관)"으로 하고, 동조제2항중 "하사관"을 각각 "부사관"으로 한다.
제57조제2항중 "하사관후보생"을 "부사관후보생"으로, "하사관"을 "부사관"으로 한다.
제66조제1항, 제72조제1항·제2항 및 제83조제1항제5호중 "하사관"을 각각 "부사관"으로 한다.
⑩내지 ⑮생략
제3조 및 제4조 생략

<제6502호,2001.8.14>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (다른 법율의 개정) ①교정시설경비교도대설치법중 다음과 같이 개정한다.
제3조중 "병역법 제25조"를 "병역법 제24조"로 한다.
②전투경찰대설치법중 다음과 같이 개정한다.
제2조의3제1항중 "병역법 제24조제1항"을 "병역법 제24조제2항"으로 하고, 동조제2항 및 제3항중 "병역법 제24조제2항"을 각각 "병역법 제25조제1항"으로 한다.
제3조제1항중 "병역법 제24조제1항"을 "병역법 제24조제2항"으로 하고, 동조제2항 및 제3항중 "병역법 제24조제2항"을 각각 "병역법 제25조제1항"으로 한다.

<제6547호,2001.12.29>
이 법은 2002년 7월 1일부터 시행한다.