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제16조(직무 및 조직)
①원장의 지휘·감독하에 회계검사·감찰·심사결정 및 감사원에 관한 행정사무를 처리하기 위하여 감사원에 사무처를 둔다. [개정 95·1·5]
②사무처에 실장·국장을 두되 필요한 경우에는 그 밑에 감사원규칙이 정하는 보조기관을 둘 수 있다. 이 경우 실장·국장의 명칭은 감사원규칙이 정하는 바에 따라 본부장·단장·팀장 등으로 달리 정할 수 있으며, 명칭을 달리 정한 보조기관은 이 법을 적용함에 있어서 실장·국장으로 본다. [개정 2006.12.28]
③제2항의 규정에 따른 실장·국장 그 밖의 보조기관의 설치와 사무분장은 감사원규칙으로 정한다. [개정 2006.12.28]
④원장·사무총장·실장·국장 밑에 정책의 기획, 계획의 입안, 연구·조사, 심사·평가 및 홍보 등을 통하여 그를 보좌하는 보좌기관을 감사원규칙이 정하는 바에 따라 둘 수 있다. [신설 2006.12.28]

부칙 [70·12·31]
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법 시행당시의 감사위원은 제3조의 규정에 의한 정원에 불구하고 임기만료시까지 재임한다.

부칙 [73·1·25]
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②(다른 법률과의 관계) 감사원의 감사를 배제하거나 제한하는 다른 법률의 규정은 이법의 시행일로부터 그 효력을 상실한다. 다만, 국가정보원법 및 군수품관리법의 규정은 예외로 한다. [개정 95·1·5, 99·1·21]
③(국등의 존속에 관한 경과조치등) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 설치된 국,실, 과는 이 법 제16조제2항의 규정에 의한 규칙에 의하여 설치된 것으로 보며, 이 법시행당시의 사무차장은 제19조제1항의 규정에 의한 별정직으로 이 법 시행일에 임명된것으로 본다.

부칙 [95·1·5]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(심사청구기간에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 행하여진 처분에 대한 심사청구기간은 종전의 규정에 의한다.
③(행정소송과의 관계에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 감사원의 심사청구 및 결정을 거친 행정기관의 장의 처분에 대하여는 종전의 규정에 의한다.

부 칙[1999·1·21]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ⑪생략
⑫감사원법중 다음과 같이 개정한다.
법률 제2446호 감사원법중개정법률 부칙 제2항 단서중 "국가안전기획부법"을 "국가정보원법"으로 한다.
⑬ 내지 ⑭생략
제4조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 국가안전기획부법을 인용한 경우에는 국가정보원법을, 국가안전기획부를 인용한 경우에는 국가정보원을, 국가안전기획부장을 인용한 경우에는 국가정보원장을 각각 인용한 것으로 본다.

부칙 [99·8·31]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(원장의 정년에 관한 경과조치) 이 법 시행당시의 원장에 대하여는 제6조제2항 단서의 개정규정은 이를 적용하지 아니한다.
③(징계 또는 문책사유의 시효에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 시효기간이 1월 미만인 징계 또는 문책사유에 대하여는 제32조의2의 개정규정은 이를 적용하지 아니한다.

부 칙[1999·12·31]
제1조 (시행일) 이 법은 2000년 1월 1일부터 시행한다.<단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ① 내지 <19>생략
<20>감사원법중 다음과 같이 개정한다.
제23조제9호중 "기금관리기본법 제2조"를 "기금관리기본법 제2조의2"로 한다.
<21> 내지 <22>생략
제4조 생략

부 칙[2002.1.19 제6622호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①생략
②감사원법중 다음과 같이 개정한다.
제5조제2항중 "감사위원의 보수"를 "감사위원은 정무직으로 하고 그 보수"로 한다.
③ 내지 ⑥생략

부칙 [2004.3.5]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2005.3.31 (민법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제4편제2장(제778조 내지 제789조, 제791조 및 제793조 내지 제796조), 제826조제3항 및 제4항, 제908조의2 내지 제908조의8, 제963조, 제966조, 제968조, 제4편제8장(제980조 내지 제982조, 제984조 내지 제987조, 제989조 및 제991조 내지 제995조)의 개정규정과 부칙 제7조(제2항 및 제29항을 제외한다)의 규정은 2008년 1월 1일 부터 시행한다.
제2조 내지 제6조 생략
제7조(다른 법률의 개정)①내지③생략
④감사원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조제1항제2호중 "친족 · 호주 · 가족"을 "친족"으로 한다.
⑤내지[29]생략

부칙 [2005.5.26 제7521호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2006.10.4 제8050호(국가재정법)]
제1조(시행일) 이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제56조의 규정은 법률에 따라 정부회계에 관한 기준이 마련되어 시행되는 회계연도부터, 부칙 제11조제14항, 동조제17항(「국유재산법」 제48조제4항 관련 규정에 한한다) 및 동조제29항(「물품관리법」 제21조 관련 규정에 한한다)의 규정은 각각 2008년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조(다른 법률의 개정) ①감사원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제23조제1항제9호 중 “기김관리기본법 제2조의2”를 “「국가재정법」 제5조”로 한다.
② 내지 <59> 생략
제12조 생략

부칙 [2006.12.28 제8132호]
제1조(시행일) 이 법은 2007년 7월 1일부터 시행한다. 다만, 제16조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(감사위원회 임용자격에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 1급 이상의 공무원으로 재직한 경력이 있는 자를 감사위원으로 임명하는 경우 그 임용자격은 제7조제1호의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따FMS다.
제3조(고위감사공무원단에 속하게 되는 공무원에 대한 경과조치) ①이 법 시행 당시 감사원 사무차장·감사교육원장·평가연구원장·실장·국장 및 이에 상당하는 보좌기관과 감사원규칙에서 고위감사공무원단에 속하는 공무원으로 보하도록 정한 직위에 임용되어 재직 중이거나 파견·휴직 등으로 인사관리되고 있는 1급 내지 3급의 일반직공무원과 이에 상당하는 별정직공무원 및 계약직공무원은 이 법 시행일부터 이 법에 따른 고위감사공무원단에 속하는 것으로 본다.
②이 법 시행 당시 종전의 규정에 따른 임용절차가 진행 중인 경우 이미 진행된 임용절차는 이 법에 따라 임용절차가 진행된 것으로 본다.
제4조(적격심사에 관한 경과조치) 부칙 제3조제1항에 해당하는 자에 대하여 제17조의3제1항제1호 본문의 규정을 적용함에 있어서는 이 법 시행일을 임용된 날로 본다.
제5조(다른 법률과의 관계) 이 법 시행 당시 종전의 감사원 소속의 1급 내지 3급의 일반직공무원이나 이에 상당하는 별정직공무원 또는 계약직공무원을 다른 법률(「국가공무원법」을 제외한다)에서 규정하고 있는 자격요건 등에 해당하도록 하는 것이 해당 법률의 취지에 명백히 반하지 아니하는 한 그 자격요건 등에는 이 법에 따른 고위감사공무원단에 속하는 일반직공무원·별정직공무원 또는 계약직공무원이 포함되는 것으로 본다.

부칙 [2007.8.3 제8635호(자본시장과 금융투자업에 관한 법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 1년 6개월이 경과한 날부터 시행한다. [단서생략]
제2조 내지 41조 생략
제42조 (다른 법률의 개정) ① 내지 <24> 생략
<25>감사원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조제5호 중 "「증권거래법」 제2조제13항제3호 및 동조제15항의 규정에 의한 주권상장법인·협회등록법인"을 "「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제15항제3호에 따른 주권상장법인"으로 한다.
<26> 내지 <67> 생략
제43조 내지 제44조 생략