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제16조(직무 및 조직)
①원장의 지휘·감독하에 회계검사·감찰·심사결정 및 감사원에 관한 행정사무를 처리하기 위하여 감사원에 사무처를 둔다. [개정 95·1·5]
②사무처에 실·국·과를 두되 그 설치와 분장사무는 감사원규칙으로 정한다. [개정 73·1·25, 95·1·5]
③실에는 실장, 국에는 국장, 과에는 과장을 두되, 실장 또는 국장밑에 그 업무를 보좌하는 담당관을 둘 수 있다. [신설 95·1·5]

부칙 [70·12·31]
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법 시행당시의 감사위원은 제3조의 규정에 의한 정원에 불구하고 임기만료시까지 재임한다.

부칙 [73·1·25]
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②(다른 법률과의 관계) 감사원의 감사를 배제하거나 제한하는 다른 법률의 규정은 이법의 시행일로부터 그 효력을 상실한다. 다만, 국가정보원법 및 군수품관리법의 규정은 예외로 한다. [개정 95·1·5, 99·1·21]
③(국등의 존속에 관한 경과조치등) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 설치된 국,실, 과는 이 법 제16조제2항의 규정에 의한 규칙에 의하여 설치된 것으로 보며, 이 법시행당시의 사무차장은 제19조제1항의 규정에 의한 별정직으로 이 법 시행일에 임명된것으로 본다.

부칙 [95·1·5]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(심사청구기간에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 행하여진 처분에 대한 심사청구기간은 종전의 규정에 의한다.
③(행정소송과의 관계에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 감사원의 심사청구 및 결정을 거친 행정기관의 장의 처분에 대하여는 종전의 규정에 의한다.

부 칙[1999·1·21]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ⑪생략
⑫감사원법중 다음과 같이 개정한다.
법률 제2446호 감사원법중개정법률 부칙 제2항 단서중 "국가안전기획부법"을 "국가정보원법"으로 한다.
⑬ 내지 ⑭생략
제4조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 국가안전기획부법을 인용한 경우에는 국가정보원법을, 국가안전기획부를 인용한 경우에는 국가정보원을, 국가안전기획부장을 인용한 경우에는 국가정보원장을 각각 인용한 것으로 본다.

부칙 [99·8·31]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(원장의 정년에 관한 경과조치) 이 법 시행당시의 원장에 대하여는 제6조제2항 단서의 개정규정은 이를 적용하지 아니한다.
③(징계 또는 문책사유의 시효에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 시효기간이 1월 미만인 징계 또는 문책사유에 대하여는 제32조의2의 개정규정은 이를 적용하지 아니한다.

부 칙[1999·12·31]
제1조 (시행일) 이 법은 2000년 1월 1일부터 시행한다.<단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ① 내지 <19>생략
<20>감사원법중 다음과 같이 개정한다.
제23조제9호중 "기금관리기본법 제2조"를 "기금관리기본법 제2조의2"로 한다.
<21> 내지 <22>생략
제4조 생략

부 칙[2002.1.19 제6622호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①생략
②감사원법중 다음과 같이 개정한다.
제5조제2항중 "감사위원의 보수"를 "감사위원은 정무직으로 하고 그 보수"로 한다.
③ 내지 ⑥생략

부칙 [2004.3.5]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2005.3.31 (민법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제4편제2장(제778조 내지 제789조, 제791조 및 제793조 내지 제796조), 제826조제3항 및 제4항, 제908조의2 내지 제908조의8, 제963조, 제966조, 제968조, 제4편제8장(제980조 내지 제982조, 제984조 내지 제987조, 제989조 및 제991조 내지 제995조)의 개정규정과 부칙 제7조(제2항 및 제29항을 제외한다)의 규정은 2008년 1월 1일 부터 시행한다.
제2조 내지 제6조 생략
제7조(다른 법률의 개정)①내지③생략
④감사원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조제1항제2호중 "친족 · 호주 · 가족"을 "친족"으로 한다.
⑤내지[29]생략

부칙 [2005.5.26 제7521호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.