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제72조(어장관리에 관한 명령)
①시장·군수 또는 자치구의 구청장은 어장의 오염 및 병해방지를 위하여 어업의 면허를 받은 자에 대하여 다음 각호에 관하여 필요한 조치를 명할 수 있다.<개정 1995·12·30>
1. 어장의 시설물 또는 양식물의 이전·철거·폐기·수거와 시설물의 개수
2. 어장의 경운·폐기물의 수거 또는 어장환경의 개선
3. 휴업등 어장리용의 제한 또는 금지
4. 기타 어장관리에 관하여 필요한 사항
②시장·군수 또는 자치구의 구청장은 어장의 효율적인 이용·관리를 위하여 정비 개발이 필요하다고 인정할 때에는 어업권자의 사전동의를 얻어 어장을 정비·개발할 수 있다.<개정 1995·12·30>
③제1항 및 제2항의 규정에 의한 어장의 관리 및 양식어장의 정비·개발등에 관하여 필요한 사항은 해양수산부령으로 정한다.<개정 1995·12·30, 1996·8·8>

부칙 <제4252호,1990.8.1>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (이미 면허등을 받은 어업의 경과조치) 이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 면허·허가 또는 승인을 얻었거나 신고한 어업과 수산제조업은 그 유효기간만료일까지 이 법에 의하여 면허·허가 또는 승인을 얻었거나 신고한 것으로 본다.
제3조 (면허어업의 종류에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 면허받은 어업은 이 법 시행일부터 "양식어업"중 바닥을 이용하거나 해조류 또는 대통령령이 정하는 수산동물을 양식하는 어업은 "제1종양식어업"으로, 그 외의 양식어업은 "제2종양식어업"으로, "정치어업"은 "정치망어업"으로, "제1종공동어업"은 "공동어업"으로 본다.
제4조 (제2종공동어업 및 제3종공동어업에 관한 경과조치) ①이 법 시행전에 면허받고 그 유효기간중에 있는 제2종공동어업 또는 제3종공동어업은 그 유효기간의 만료일에 5년을 합산한 기간까지는 그 면허가 유효한 것으로 본다.
②이 법 시행전에 면허의 연장허가를 받고 그 연장허가기간중에 있는 제2종공동어업 또는 제3종공동어업은 그 면허의 최초의 연장허가일부터 5년까지는 그 면허가 유효한 것으로 본다.
제5조 (어선의 총톤수에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 법률 제3641호 선박법개정법률 부칙 제3조 본문의 규정에 의하여 선박법의 종전의 규정에 따라 총톤수가 측정된 어선에 대하여 이 법 시행이후 개측할 때까지는 제41조제1항 및 제2항중 "8톤"을 각각 "10톤"으로 본다.
제6조 (이미 담보에 제공된 어업권에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 어촌계 또는 지구별조합이 가진 어업권으로서 종전의 규정에 의하여 담보에 제공된 공동어업권을 제외한 어업권은 종전의 규정에 의한다.
제7조 (관리선에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 면허받은 어업의 어장에서 사용하는 어선은 이 법 시행일부터 1년까지는 이 법에 의하여 시·도지사의 지정을 받은 관리선으로 본다.
제8조 (어촌계 등의 어장관리에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 어촌계 또는 지구별조합이 그 소유한 어업권에 대하여 인가를 받은 어촌계 또는 지구별조합의 어장관리규정은 이 법 시행일로부터 1년까지는 이 법에 의하여 승인받은 어장관리규약으로 본다.
제9조 (행정처분에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 종전의 규정에 해당하여 받은 행정처분은 이 법에 의한 행정처분으로 본다.
제10조 (주소이전에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 어업권의 유효기간의 잔여기간이 2년미만인 어업권을 가진 자로서 그 어업권의 유효기간이 만료됨에 따라 그 어업권의 유효기간만료일부터 소급하여 1년이내에 당해 수면에서 새로 동종어업의 면허를 받기 위하여 그 수면이 위치하는 시·도의 관할구역안으로 주소를 이전한 자는 제10조제2호의 규정에 불구하고 당해 시·도의 관할구역안에서 1년전부터 계속하여 주소를 가진 자로 본다.
제11조 (입어자에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 입어자로 등록되어 있는 자는 이 법에 의한 입어자로 본다.
②이 법 시행당시 공동어업의 어장안에서 입어관행이 있는 것으로 인정되는 자로서 종전의 규정에 의하여 어업권원부에 입어자로 등록하지 아니한 자는 이 법 시행일부터 2년이내에 제16조의 규정에 의하여 어업권원부에 등록을 한 경우에 한하여 입어자로 본다.
제12조 (보호수면에 관한 경과조치) ①이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 지정된 보호수면은 이 법에 의하여 지정된 보호수면으로 본다.
②이 법 시행당시의 보호수면에서의 어로행위는 그 보호수면지정기간의 만료일까지 종전의 규정에 의한다. 다만, 이 법 시행일부터 2년이 경과한 때에는 당해 보호수면에서는 제69조제2항의 규정에 의한 어로행위를 하여서는 아니된다.
③이 법 시행당시의 보호수면안에서 종전의 규정에 의하여 매립·준설하거나 기타 공사를 하기 위하여 해양수산부장관 또는 시·도지사와 협의한 자는 이 법에 의하여 해양수산부장관 또는 시·도지사와 협의하였거나 승인을 얻은 것으로 본다.<개정 1996·8·8>
제13조 (어업권의 보상에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 면허어업에 대한 처분으로 인한 보상은 종전의 규정에 의한다.
제14조 (벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용은 종전의 규정에 의한다.
제15조 (다른 법률의 개정) ①농촌근대화촉진법중 다음과 같이 개정한다.
제6조중 "수산업법 제40조의 규정에 의한 종래의 관행에 의하여 어업하는 자를 말한다"를 "수산업법 제2조제7호의 규정에 의한 입어자를 말한다"로 한다.
②내수면어업개발촉진법중 다음과 같이 개정한다.
제3조의2 및 제3조의3을 각각 다음과 같이 신설한다.
제3조의2 (이 법을 적용하는 수면) ①공공용수면이 아닌 내수면에는 특별한 규정이 없는 한 이 법을 적용하지 아니한다.
②공공용수면이 아닌 수면이 공공용수면과 련접하여 하나가 된 내수면에는 이 법을 적용한다.
제3조의3 (내수면어업과 사유수면) 공공용수면과 련접하여 하나가 된 사유수면의 점유자 또는 부지의 소유자는 도지사의 허가를 받아 내수면어업에 관한 이용을 제한 또는 금지할 수 있다.
제10조제2항제1호를 다음과 같이 한다.
1. 수산업법 제34조제1항 각호에 해당하는 사유가 있거나 연장허가를 하고자 하는 수면이 다른 법령의 규정에 의하여 어업행위가 제한 또는 금지되고 있는 수면일 때
제11조제2항중 "제24조제2항 및 제3항"을 "제15조제2항 및 제3항"으로 한다.
제11조의2를 다음과 같이 신설한다.
제11조의2 (처분시의 권리의무의 승계) ①이 법 또는 이 법에 의한 명령·처분 또는 그 제한이나 조건에 의하여 어업권자에게 생긴 권리의무는 어업권과 같이 이전한다. 하천에 관한 법령에 의하여 하천의 점유에 관하여 어업권자에게 생긴 권리의무도 또한 같다.
③공유수면매립법중 다음과 같이 개정한다.
제6조제2호를 다음과 같이 한다.
2. 어업권자 또는 수산업법 제2조제7호의 규정에 의한 입어자
④보건범죄단속에관한특별조치법중 다음과 같이 개정한다.
제10조중 "축산물위생처리법 제4조, 수산업법 제44조"를 "축산물위생처리법 제4조"로 한다.
⑤다른 법령에서 수산업법 또는 그 규정을 인용하는 경우에 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 이 법 또는 이 법의 해당조항을 인용한 것으로 본다.

부칙(해양오염방지법) <제4365호,1991.3.8>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (다른 법률의 개정) 수산업법중 다음과 같이 개정한다.
제82조제1항중 "해양오염방지법 제2조제7호"를 "해양오염방지법 제2조제10호"로 한다.
제3조 내지 제13조 생략

부칙 <제5131호,1995.12.30>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (폐지법률) 수산진흥법은 이를 폐지한다.
제3조 (면허어업에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 면허받은 어업으로서 제1종양식어업 및 제2종양식어업중 해조류를 양식하는 어업, 패류를 양식하는 어업 및 패류외의 수산동물을 양식하는 어업은 각각 이 법에 의한 해조류양식어업·패류양식어업 및 어류등양식어업으로, 공동어업은 이 법에 의한 마을어업과 협동양식어업(양식의 경우에 한한다)으로 본다.
제4조 (어업면허의 금지기간에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 어업의 면허가 금지되고 있는 자에 대한 어업면허의 금지기간에 관하여는 제11조제2항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제5조 (어장관리선의 지정에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 시·도지사로부터 지정을 받은 어장관리선은 이 법에 의하여 시장·군수 또는 자치구의 구청장으로부터 지정을 받은 어장관리선으로 본다. 이 경우 종전의 규정에 의하여 지정을 받은 어장관리선의 경우에는 그 어선이 폐선될 때까지 제27조제1항의 개정규정에 불구하고 어선의 소유자에게 어장관리선의 지정을 할 수 있다.
제6조 (면허어업자등의 휴업에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 어업개시전에 휴업을 한 후 그 휴업기간이 종료되지 아니한 면허어업자 및 허가어업자에 대한 휴업기간은 제30조제1항의 개정규정에 불구하고 그 휴업기간의 만료일까지 종전의 규정에 의한다.
제7조 (어촌계등의 어장관리에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 어촌계 또는 지구별조합이 승인을 얻은 어장관리규약은 제38조제1항의 개정규정에 의하여 신고한 것으로 본다.
제8조 (륙상양식어업 및 륙상종묘생산어업에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 종전의 제41조제2항의 규정에 의하여 어업허가를 받은 륙상양식어업 및 종묘생산어업(륙상에서 수산종묘를 생산하는 어업에 한한다)은 당해 허가의 유효기간만료일까지 종전의 규정에 의한다.
제9조 (종전의 어업면허 및 행정처분등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 종전의 규정(이 법의 개정과 관련되는 부분에 한한다)에 의하여 행한 어업면허·행정처분·명령·지정 기타 행정기관의 행위 또는 각종신청·신고 기타 행정기관에 대한 행위는 그에 해당하는 이 법의 개정규정에 의한 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제10조 (벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제11조 (다른 법률의 개정) 어선법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항제1호중 "수산제조업"을 "수산물가공업"으로 한다.
제12조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 규정을 인용하고 있는 경우에 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 경우에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 인용하는 것으로 본다.

부칙(정부조직법) <제5153호,1996.8.8>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 30일이내에 제41조의 개정규정에 의한 해양수산부와 해양경찰청의 조직에 관한 대통령령의 시행일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①내지 <60>생략
<61>수산업법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항, 제6조제1항, 제8조제1항제4호, 제41조제1항 본문, 제42조, 제44조제1항, 제46조제1항, 제47조제1항, 제53조제1항, 제56조제1항·제2항, 제60조제1항, 제67조, 제68조제1항, 제69조제1항, 제70조제1항 본문, 제80조, 제90조제1항제1호, 동조제3항, 제92조 및 부칙 제12조제3항중 "수산청장"을 각각 "해양수산부장관"으로 한다.
제89조중 "수산청"을 "해양수산부"로 한다.
제8조제3항, 제13조제4항, 제27조제5항, 제28조제3항, 제29조제2항, 제34조제3항, 제37조제4항, 제41조제4항·제6항, 제43조, 제46조제3항, 제47조제2항, 제50조제2항, 제58조제1항, 제68조제2항, 제71조제3항, 제72조제3항, 제77조제2항 및 제97조제4호중 "농림수산부령"을 각각 "해양수산부령"으로 한다.
<62>법률 제5131호 수산업법중개정법률중 다음과 같이 개정한다.
제4조제2항, 제5조제1항, 제8조제1항제7호, 제28조제2항·제3항, 제42조제1항 내지 제3항, 제49조제1항, 제50조제1항 본문, 제53조제3항, 제54조의2제1항, 제56조제1항, 제72조의2제1항, 제79조의2제2항·제3항, 제79조의4제1항, 제90조제1항제1호·제4항 전단 및 제93조의2중 "수산청장"을 각각 "해양수산부장관"으로 한다.
제9조제4항 후단, 제13조제6항, 제18조제1항 단서, 제32조제2항, 제35조 본문, 제38조제1항, 제44조제1항 후단, 동조제6항 후단, 제44조의2제4항, 제46조제4항, 제72조제3항, 제72조의2제3항, 제79조의4제3항 및 제98조제1항제4호·제13호중 "농림수산부령"을 각각 "해양수산부령"으로 한다.
<63>내지 <69>생략
제4조 (조직폐지 및 신설에 따른 다른 법령과의 관계) ①및 ②생략
③이 법 시행당시 수산업법중 제28조제1항, 제48조, 제49조제1항 및 제50조제1항 본문중 "수산청장"은 이를 각각 "해양수산부장관"으로 보고, 제10조제4호의 "농림수산부령"은 "해양수산부령"으로 본다.

부칙(행정절차법의시행에따른공인회계사법등의정비에관한법율) <제5453호,1997.12.13>
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략

부칙(정부부처명칭등의변경에따른건축법등의정비에관한법율) <제5454호,1997.12.13>
이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>

부칙(공유수면매립법) <제5911호,1999.2.8>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제6조 생략
제7조 (다른 법률의 개정) ①내지 ⑦생략
⑧수산업법중 다음과 같이 개정한다.
제17조제2항중 "공유수면매립법 제14조"를 "공유수면매립법 제26조"로 한다.
⑨내지 <35>생략
제8조 생략