로앤비

제1조(목적)
이 법은 자유로운 제조·물류·유통 및 무역활동 등이 보장되는 자유무역지역을 지정·운영함으로써 외국인투자의 유치, 무역의 진흥, 국제물류의 원활화 및 지역개발 등을 촉진하여 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다.

제2조(정의)
이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. [개정 2011.6.30, 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
1. "자유무역지역"이란 「관세법」, 「대외무역법」등 관계 법률에 대한 특례와 지원을 통하여 자유로운 제조·물류·유통 및 무역활동 등을 보장하기 위한 지역으로서 제4조에 따라 지정된 지역을 말한다.
2. "입주기업체"란 제10조제1항제1호부터 제5호까지 및 같은 조 제2항에 따른 입주 자격을 갖춘 자로서 제11조에 따라 입주계약을 체결한 자를 말한다.
3. "지원업체"란 제10조제1항제6호에 따른 입주 자격을 갖춘 자로서 제11조에 따라 입주계약을 체결한 자를 말한다.
4. "외국인투자기업"이란 「외국인투자 촉진법」 제2조제1항제6호에 따른 기업으로서 같은 법 제4조제3항 또는 제4항에 따라 외국인투자가 제한되는 업종에 해당하지 아니하는 업종을 경영하는 기업을 말한다.
5. "공장"이란 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 공장을 말한다.
6. "관세등"이란 관세, 부가가치세, 임시수입부가세, 주세, 개별소비세, 교통·에너지·환경세, 농어촌특별세 또는 교육세를 말한다.
7. "관세영역"이란 자유무역지역 외의 국내지역을 말한다.
8. "수입"이란 「관세법」 제2조제1호에 따른 수입을 말한다.
9. "수출"이란 「관세법」 제2조제2호에 따른 수출을 말한다.
10. "외국물품"이란 「관세법」 제2조제4호에 따른 외국물품을 말한다.
11. "내국물품"이란 「관세법」 제2조제5호에 따른 내국물품을 말한다.
12. "지식서비스산업"이란 「산업발전법」 제8조제2항에 따른 지식서비스산업을 말한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제3조(다른 법률과의 관계)
① 자유무역지역에서는 이 법에 규정된 사항을 제외하고는 「관세법」을 적용하지 아니한다. 다만, 자유무역지역에 제5조제3호에 따른 통제시설이 설치되어 있지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.
② 입주기업체 중 외국인투자기업에 대하여는 다음 각 호의 법률을 적용하지 아니한다. [개정 2011.8.4 제11029호(특수임무유공자 예우 및 단체설립에 관한 법률), 2011.9.15 제11042호(보훈보상대상자 지원에 관한 법률)] [[시행일 2012.7.1]]
1. 「고용상 연령차별금지 및 고령자고용촉진에 관한 법률」 제12조
2. 「국가유공자 등 예우 및 지원에 관한 법률」 제31조,「보훈보상대상자 지원에 관한 법률」 제35조,「5·18민주유공자예우에 관한 법률」 제22조,「특수임무유공자 예우 및 단체설립에 관한 법률」 제21조
3. 「장애인고용촉진 및 직업재활법」 제28조
③ 자유무역지역의 지정 및 운영에 관하여 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에 이 법과 다른 규정이 있는 경우에는 이 법을 우선하여 적용한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제4조(자유무역지역의 지정 등)
① 중앙행정기관의 장이나 특별시장·광역시장·특별자치시장·도지사 또는 특별자치도지사(이하 "시·도지사"라 한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관계 중앙행정기관의 장 및 관계 시·도지사와의 협의를 거쳐 산업통상자원부장관에게 자유무역지역의 지정을 요청할 수 있다. 이 경우 시·도지사는 제8조제1항 각 호의 구분에 따른 자유무역지역 관리권자에게 그 시·도지사를 대신하여 관계 중앙행정기관의 장 및 관계 시·도지사와 협의하여 줄 것을 요청할 수 있으며, 요청을 받은 자유무역지역 관리권자는 특별한 사유가 없으면 그 요청에 따라야 한다. [개정 2013.3.23 제11690호(정부조직법), 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
② 중앙행정기관의 장 또는 시·도지사는 제1항에 따라 자유무역지역의 지정을 요청하려면 대통령령으로 정하는 사항이 포함된 자유무역지역 기본계획을 작성하여 산업통상자원부장관에게 제출하여야 한다. [개정 2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
③ 산업통상자원부장관은 제1항에 따라 지정이 요청된 지역의 실정과 지정의 필요성 및 제5조에 따른 지정 요건을 검토한 후 기획재정부장관, 국토교통부장관 등 대통령령으로 정하는 관계 중앙행정기관의 장(이하 이 조에서 "관계 중앙행정기관의 장"이라 한다)과 협의하여 자유무역지역을 지정한다. 다만, 제7조에 따라 자유무역지역 예정지역으로 지정된 지역의 전부 또는 일부를 자유무역지역으로 지정하려는 경우에는 관계 중앙행정기관의 장과 협의를 거치지 아니할 수 있다. [개정 2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
④ 산업통상자원부장관은 제3항에 따라 자유무역지역을 지정하였을 때에는 그 지역의 위치·경계·면적과 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 고시하고, 그 내용을 지체 없이 관계 중앙행정기관의 장 및 시·도지사에게 통지하여야 한다. [개정 2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
⑤ 제4항에 따른 통지를 받은 시·도지사는 그 내용을 14일 이상 일반인이 열람할 수 있게 하여야 한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제5조(자유무역지역의 지정 요건)
자유무역지역은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 지역에 대하여 지정한다. [개정 2011.8.4 제11020호(산업입지 및 개발에 관한 법률), 2016.3.29 제14113호(공항시설법)] [[시행일 2017.3.30]]
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역으로서 화물 처리능력 등 대통령령으로 정하는 기준에 적합할 것
가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조제8호에 따른 산업단지
나. 「공항시설법」 제2조제3호에 따른 공항 및 배후지(背後地)
다. 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제2조제2호 및 제6호에 따른 물류터미널 및 물류단지
라. 「항만법」 제2조제1호에 따른 항만 및 배후지
2. 도로 등 사회간접자본시설이 충분히 확보되어 있거나 확보될 수 있을 것
3. 물품의 반입·반출을 효율적으로 관리하기 위하여 필요한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설(이하 "통제시설"이라 한다)이 설치되어 있거나 통제시설의 설치계획이 확정되어 있을 것
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제6조(자유무역지역의 변경 등)
① 제4조제1항에 따라 자유무역지역의 지정을 요청한 중앙행정기관의 장 또는 시·도지사는 자유무역지역의 운영을 위하여 필요한 경우에는 산업통상자원부장관에게 그 자유무역지역의 위치·경계 또는 면적의 변경을 요청할 수 있다. [개정 2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
② 산업통상자원부장관은 자유무역지역의 지정 사유가 없어졌다고 인정하거나 관계 중앙행정기관의 장 또는 시·도지사로부터 지정해제 요청을 받은 경우에는 자유무역지역의 지정을 해제할 수 있다. [개정 2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
③ 제1항 또는 제2항에 따른 자유무역지역의 변경 또는 지정해제에 관하여는 제4조제3항 본문 및 같은 조 제4항·제5항을 준용한다. 다만, 자유무역지역을 변경하는 경우로서 면적의 일부 변경 등 대통령령으로 정하는 경미한 사항의 변경에 관하여는 제4조제3항 본문을 준용하지 아니한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제7조(자유무역지역 예정지역의 지정 등)
① 산업통상자원부장관은 중앙행정기관의 장 또는 시·도지사의 요청에 따라 제5조제1호각 목의 어느 하나에 해당하는 지역(그 예정지를 포함한다)을 자유무역지역 예정지역(이하 "예정지역"이라 한다)으로 지정할 수 있다. [개정 2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
② 제1항에 따라 예정지역의 지정을 요청한 중앙행정기관의 장 또는 시·도지사는 필요한 경우 산업통상자원부장관에게 그 예정지역의 위치·경계 또는 면적의 변경을 요청할 수 있다. [개정 2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
③ 예정지역의 지정기간은 3년 이내로 한다. 다만, 산업통상자원부장관은 해당 예정지역에 대한 개발계획의 변경 등으로 지정기간의 연장이 불가피하다고 인정하는 경우에는 3년의 범위에서 지정기간을 연장할 수 있다. [개정 2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
④ 산업통상자원부장관은 예정지역의 지정기간이 만료되기 전에 자유무역지역으로 지정할 것인지 여부를 결정하여야 한다. [개정 2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
⑤ 산업통상자원부장관은 제4항에 따라 자유무역지역으로 지정하지 아니하기로 결정한 경우에는 그 예정지역의 지정을 즉시 해제하여야 한다. [개정 2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
⑥ 예정지역의 지정·변경 또는 지정해제에 관하여는 제4조를 준용한다. 다만, 예정지역을 변경하는 경우로서 면적의 일부 변경 등 대통령령으로 정하는 경미한 사항의 변경에 관하여는 제4조제3항 본문을 준용하지 아니한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제8조(관리권자)
① 자유무역지역의 구분별 관리권자(이하 "관리권자"라 한다)는 다음 각 호와 같다. [개정 2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
1. 제5조제1호가목에 따른 산업단지: 산업통상자원부장관
2. 제5조제1호나목에 따른 공항 및 배후지: 국토교통부장관
3. 제5조제1호다목에 따른 물류터미널 및 물류단지: 국토교통부장관
4. 제5조제1호라목에 따른 항만 및 배후지: 해양수산부장관
② 관리권자는 자유무역지역의 관리에 관한 다음 각 호의 업무를 수행한다.
1. 입주기업체 및 지원업체의 사업활동 지원
2. 공공시설의 유지 및 관리
3. 각종 지원시설의 설치 및 운영
4. 그 밖에 자유무역지역의 관리 또는 운영에 관한 업무
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제9조(자유무역지역의 구분)
관리권자는 관리업무를 효율적으로 운영하기 위하여 자유무역지역을 그 기능 및 특성에 따라 생산시설지구, 지식서비스시설지구, 물류시설지구, 지원시설지구, 그 밖에 대통령령으로 정하는 지구로 구분할 수 있다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제10조(입주 자격)
① 자유무역지역에 입주할 수 있는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로 한다. [개정 2018.4.17] [[시행일 2018.10.18]]
1. 수출을 주목적으로 하는 제조업종의 사업을 하려는 자로서 수출 비중 등이 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 자
1의2. 수출을 주목적으로 하려는 국내복귀기업(「해외진출기업의 국내복귀 지원에 관한 법률」 제7조에 따라 지원대상 국내복귀기업으로 선정된 기업을 말한다)으로서 복귀 이전 총매출액 대비 대한민국으로의 수출액을 제외한 매출액의 비중 등이 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 자
2. 제조업종 또는 지식서비스산업에 해당하는 업종(제4호부터 제6호까지의 규정에 해당하는 업종은 제외한다)의 사업을 하려는 외국인투자기업으로서 외국인투자비중 및 수출비중 등이 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 자. 다만, 국내 산업구조의 고도화와 국제경쟁력 강화를 위하여 대통령령으로 정하는 업종에 해당하는 외국인투자기업에 대하여는 수출비중을 적용하지 아니한다.
3. 지식서비스산업에 해당하는 업종(제4호부터 제6호까지의 규정에 해당하는 업종은 제외한다)의 사업을 하려는 자로서 수출비중 등이 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 자
4. 수출입거래를 주목적으로 하는 도매업종의 사업을 하려는 자로서 수출입거래 비중 등이 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 자
5. 물품의 하역·운송·보관·전시 또는 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업을 하려는 자
6. 입주기업체의 사업을 지원하는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종의 사업을 하려는 자
7. 대통령령으로 정하는 공공기관
8. 국가기관
② 관리권자는 제조업 또는 지식서비스산업에 해당하는 업종의 사업을 하려는 자가 제1항제1호 또는 제3호의 요건을 갖추지 아니한 경우에도 국제물류의 원활화와 지역개발 및 수출촉진 등을 위하여 필요하다고 인정하여 산업통상자원부령으로 정하는 경우에는 산업통상자원부장관과 협의를 거쳐 자유무역지역에 입주하게 할 수 있다. [개정 2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제11조(입주계약)
① 자유무역지역에 입주하여 사업을 하려는 자는 관리권자와 그 입주에 관한 계약(이하 "입주계약"이라 한다)을 체결하여야 한다. 입주계약을 변경하려는 경우에도 또한 같다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
② 제1항에 따른 입주계약을 체결할 때에 관리권자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자와 우선적으로 입주계약을 체결할 수 있다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
1. 외국인투자기업
2. 「조세특례제한법」 제121조의2제1항제1호에 따른 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 고도의 기술을 수반하는 사업을 하는 자
3. 수출을 주목적으로 하는 사업을 하려는 자
③ 관리권자는 제1항에 따라 입주계약을 체결하는 경우에는 입주 목적 달성을 위하여 필요한 조건을 붙일 수 있다. 그 조건은 공공의 이익을 증진하기 위하여 필요한 최소한도에 한하여야 하며, 부당한 의무를 부과하여서는 아니 된다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
④ 제1항에 따른 입주계약 및 계약의 변경에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]
[본조제목개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]

제12조(결격사유)
다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제11조제1항에 따른 입주계약을 체결할 수 없다. [개정 2014.1.21, 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
1. 피성년후견인
2. 삭제 [2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
3. 이 법 또는 「관세법」을 위반하여 징역형의 실형을 선고받고 그 집행이 끝나거나(집행이 끝난 것으로 보는 경우를 포함한다) 집행이 면제된 날부터 2년이 지나지 아니한 사람
4. 이 법 또는 「관세법」을 위반하여 징역형의 집행유예를 선고받고 그 유예기간 중에 있는 사람
5. 제56조, 제57조, 제59조 부터 제61조까지, 「관세법」 제269조 부터 제271조까지 또는 같은 법 제274조에 따라 벌금형 또는 통고처분을 받은 자로서 그 벌금형 또는 통고처분을 이행한 후 2년이 지나지 아니한 자. 다만, 제68조, 「관세법」 제279조에 따라 처벌된 법인 또는 개인은 제외한다.
6. 관세 또는 내국세를 체납한 자
7. 제1호 및 제3호부터 제6호까지의 규정에 해당하는 사람을 임원(해당 법인의 자유무역지역의 운영업무를 직접 담당하거나 이를 감독하는 사람으로 한정한다)으로 하는 법인
8. 제15조제1항 또는 제2항에 따라 입주계약이 해지된 후 2년이 지나지 아니한 자
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제13조
삭제 [2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]

제14조(공장설립등의 완료신고 등)
① 자유무역지역에 입주하려는 자가 제11조제1항에 따른 입주계약을 체결한 경우에는 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제13조에 따른 공장의 신설·증설 또는 업종변경(이하 이 조에서 "공장설립등"이라 한다)의 승인 및 같은 법 제20조에 따른 공장의 신설·증설·이전 또는 업종변경의 승인을 받은 것으로 본다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
② 입주기업체에 대하여 공장설립등의 완료신고, 공장의 등록, 공장등록의 증명, 공장의 등록취소 및 과태료 등 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제11조제2항, 제15조제1항, 제16조제1항·제3항·제4항·제6항부터 제10항까지, 제17조, 제55조제2항제1호·제3호·제5호·제6호 및 제55조제3항을 적용할 때에는 "입주기업체"는 이 법에 따른 "입주기업체"로, "입주계약"은 이 법에 따른 "입주계약"으로, "관리기관" 및 "시장·군수 또는 구청장"은 각각 "관리권자"로 본다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
③ 제조업 외의 업종에 대한 기준건축면적률의 적용에 관하여는 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제12조를 준용한다. 이 경우 "제33조제6항에 따른 산업시설구역"은 "자유무역지역"으로 본다.
④ 제11조에 따라 입주계약을 체결한 자가 제조업종 외의 사업을 하기 위하여 입주계약을 체결한 바에 따라 시설을 설치한 경우에는 제3항에 따른 기준건축면적률에 적합하도록 요건을 갖추어 대통령령으로 정하는 바에 따라 관리권자에게 미리 사업개시의 신고를 하여야 한다. 변경계약을 체결한 자의 경우에도 또한 같다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제15조(입주계약의 해지 등)
① 관리권자는 입주기업체 또는 지원업체(이하 "입주기업체등"이라 한다)가 부정한 방법으로 입주계약을 체결한 경우에는 입주계약을 해지하여야 한다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
② 관리권자는 입주기업체등이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 입주계약을 해지할 수 있다. 다만, 제1호 및 제3호의 경우 관리권자가 시정을 명한 후 산업통상자원부령으로 정하는 기간 이내에 입주기업체등이 이를 이행하는 때에는 그러하지 아니하다. [개정 2013.3.23 제11690호(정부조직법), 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
1. 제10조에 따른 입주 자격을 상실한 경우
2. 제11조제1항에 따른 입주계약을 체결한 사업 외의 사업을 한 경우
3. 제11조제3항에 따른 입주계약을 체결할 때 부여된 조건을 이행하지 아니한 경우
4. 제12조에 따른 결격사유에 해당하게 된 경우(법인의 임원 중 제12조제1호·제3호부터 제6호까지의 규정에 해당하는 사람이 있는 경우 3개월 이내에 교체하여 임명하는 경우는 제외한다)
5. 삭제 [2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
6. 폐업한 경우
③ 제1항이나 제2항에 따라 입주계약이 해지된 자는 그 해지 당시의 수출 또는 수입 계약에 대한 이행업무 및 산업통상자원부령으로 정하는 잔무 처리업무를 제외하고는 그 사업을 즉시 중지하여야 한다. [개정 2013.3.23 제11690호(정부조직법), 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
④ 제1항이나 제2항에 따라 입주계약이 해지된 자는 외국물품, 자유무역지역 안으로 반입신고를 한 제29조제1항제2호·제3호의 물품, 「수출용원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법」 제4조제3호에 따라 관세영역에서 자유무역지역 안으로 공급한 물품(이하 "외국물품등"이라 한다)의 종류 및 수량 등을 고려하여 6개월의 범위에서 그 자유무역지역을 관할하는 세관장(이하 "세관장"이라 한다)이 정하는 기간 이내에 잔여 외국물품등을 자유무역지역 밖으로 반출하거나 다른 입주기업체에 양도하여야 한다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
⑤ 제1항이나 제2항에 따라 입주계약이 해지된 자는 자유무역지역에 소유하는 토지나 공장·건축물 또는 그 밖의 시설(이하 "공장등"이라 한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 다른 입주기업체나 입주 자격이 있는 제3자에게 양도하여야 한다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 제25조제1항·제2항 및 같은 조 제5항에 따라 해당 토지 또는 공장등을 처분하여야 한다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
1. 제5항에 따라 양도되지 아니한 토지 또는 공장등을 처분하는 경우
2. 제14조제2항에 따른 공장설립등의 완료신고 전에 입주계약이 해지된 경우
3. 제14조제4항 전단에 따른 사업개시의 신고 전에 입주계약이 해지된 경우
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]
[본조제목개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]

제16조(입주계약 체결 등의 통보)
관리권자는 제11조제1항에 따라 입주계약(변경계약을 포함한다)을 체결하거나 제15조제1항 또는 제2항에 따라 입주계약을 해지한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세관장에게 통보하여야 한다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]
[본조제목개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]

제17조(국유의 토지 또는 공장등의 임대 및 매각)
① 관리권자는 자유무역지역 및 예정지역에 있는 국가가 소유하는 토지 또는 공장등에 대하여 그 중앙관서의 장으로부터 관리전환을 받거나 기획재정부장관의 관리·처분에 관한 지정을 받아 대통령령으로 정하는 바에 따라 입주기업체등에 임대하거나 매각할 수 있다.
② 관리권자가 제1항에 따라 입주기업체등에 토지 또는 공장등을 임대하거나 매각하는 경우 그 임대료 또는 매각가격은 「국유재산법」 제32조제1항·제44조 및 제47조에도 불구하고 관리권자가 기획재정부장관과 협의하여 정한 후 공고하는 바에 따른다. 이 경우 필요하면 그 가격을 외화(外貨)로 표시할 수 있다.
③ 관리권자가 제1항에 따라 입주기업체에 대하여 국가가 소유하는 토지 또는 공장등을 임대하는 경우 그 임대기간은 「국유재산법」 제35조제1항 및 제46조제1항에도 불구하고 50년 이내로 할 수 있다. 다만, 관리권자가 필요하다고 인정하는 경우에는 50년의 범위에서 그 기간을 갱신할 수 있다.
④ 관리권자가 제1항에 따라 지원업체에 대하여 국가가 소유하는 토지 또는 공장등을 임대하는 경우 그 임대기간은 「국유재산법」 제35조제1항 및 제46조제1항에도 불구하고 10년 이내로 할 수 있다. 다만, 관리권자가 필요하다고 인정하는 경우에는 10년의 범위에서 그 기간을 갱신할 수 있다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제18조(공유의 토지 또는 공장등의 임대 및 매각)
① 지방자치단체의 장은 자유무역지역 및 예정지역에 있는 지방자치단체가 소유하는 토지 또는 공장등을 관리권자와 협의를 거쳐 입주기업체등에 임대하거나 매각할 수 있다.
② 지방자치단체의 장이 제1항에 따라 임대하거나 매각하는 토지 또는 공장등의 임대료 또는 매각가격은 「공유재산 및 물품 관리법」 제22조 부터 제24조까지, 제30조 및 제32조 부터 제34조까지의 규정에도 불구하고 조례로 정하는 바에 따른다. 이 경우 필요하면 그 가격을 외화로 표시할 수 있다.
③ 지방자치단체의 장이 제1항에 따라 입주기업체에 대하여 지방자치단체가 소유하는 토지 또는 공장등을 임대하는 경우 그 임대기간은 「공유재산 및 물품 관리법」 제21조 및 제31조에도 불구하고 50년 이내로 할 수 있다. 다만, 지방자치단체의 장이 필요하다고 인정하는 경우에는 50년의 범위에서 그 기간을 갱신할 수 있다.
④ 지방자치단체의 장이 제1항에 따라 지원업체에 대하여 지방자치단체가 소유하는 토지 또는 공장등을 임대하는 경우 그 임대기간은 「공유재산 및 물품 관리법」 제21조 및 제31조에도 불구하고 10년 이내로 할 수 있다. 다만, 지방자치단체의 장이 필요하다고 인정하는 경우에는 10년의 범위에서 그 기간을 갱신할 수 있다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제19조(토지 또는 공장등 매입대금의 납부연기 및 분할납부)
① 관리권자는 자유무역지역에 있는 국가가 소유하는 토지 또는 공장등을 매각할 때에 매입자가 매입대금을 한꺼번에 내는 것이 곤란하다고 인정하는 경우에는 「국유재산법」 제50조에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부기한을 연장하거나 분할납부하게 할 수 있다.
② 지방자치단체의 장은 자유무역지역에 있는 지방자치단체가 소유하는 토지 또는 공장등을 매각할 때에 매입자가 매입대금을 한꺼번에 내는 것이 곤란하다고 인정하는 경우에는 「공유재산 및 물품 관리법」 제37조에도 불구하고 조례로 정하는 바에 따라 납부기한을 연장하거나 분할납부하게 할 수 있다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제20조(임대료의 감면 등)
① 관리권자 또는 지방자치단체의 장은 자유무역지역에 입주한 외국인투자기업을 「외국인투자 촉진법」 제18조에 따른 외국인투자지역에 입주한 외국인투자기업으로 보아 같은 법 제13조제7항 또는 제9항에 따라 임대료를 감면할 수 있다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
② 관리권자 또는 지방자치단체의 장은 「조세특례제한법」 제121조의2제1항제1호에 따른 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 고도의 기술을 수반하는 사업을 하는 외국인투자기업에 대하여는 제1항에 따른 감면 외에 추가로 임대료를 감면할 수 있다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제21조(임대료 등의 독촉 및 체납처분)
① 관리권자는 제17조제1항에 따라 토지 또는 공장등을 임차한 입주기업체등이 임대료를 기한까지 내지 아니하면 대통령령으로 정하는 기간을 넘지 아니하는 기한을 정하여 독촉을 하고, 독촉한 기한까지 임대료를 내지 아니하면 그 임대계약을 해지하거나 국세 체납처분의 예에 따라 임대료를 징수할 수 있다.
② 제18조제1항에 따라 임대한 토지 또는 공장등의 임대료의 독촉 등에 관하여는 제1항을 준용한다. 이 경우 "국세 체납처분의 예"는 "지방세 체납처분의 예"로 본다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제22조(영구시설물등의 축조)
① 제17조제1항에 따라 국가가 소유하는 토지를 임차한 자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 조건으로 토지를 임차한 자는 「국유재산법」 제18조에도 불구하고 그 토지 위에 공장이나 그 밖의 영구시설물(이하 이 조에서 "영구시설물등"이라 한다)을 축조할 수 있다.
1. 임대기간이 끝나는 때에 영구시설물등을 국가에 기부하는 조건으로 토지를 임차한 자
2. 임대기간이 끝나는 때에 원상으로 회복하여 반환하는 조건으로 토지를 임차한 자
② 제18조제1항에 따라 지방자치단체가 소유하는 토지를 임차한 자로서 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 조건으로 토지를 임차한 자는 「공유재산 및 물품 관리법」 제13조에도 불구하고 그 토지 위에 영구시설물등을 축조할 수 있다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제23조(공장등의 건축 등에 관한 특례)
① 이 법을 적용할 때 공장등을 건축하는 자는 입주기업체가 사용할 공장등을 건축하는 계약을 체결한 경우에 그 계약의 이행에 필요한 범위에서 그 공장등을 입주기업체에 인도할 때까지는 입주기업체로 본다.
② 이 법을 적용할 때 공장등과 기계·기구 등의 설비를 임대 또는 분양하는 자는 이를 입주기업체에 임대 또는 분양하는 경우에 그 임대 또는 분양이 완료될 때까지는 입주기업체로 본다.
③ 자유무역지역에서 공장등을 건축하는 경우에 「건축법」을 적용할 때에는 "특별시장·광역시장·특별자치시장·도지사·특별자치도지사" 또는 "시장·군수·구청장"을 각각 "관리권자"로 본다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
④ 관리권자는 다음 각 호에 해당하는 경우에는 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제3조제1항 및 제8조제3항에도 불구하고 외국인투자기업을 대신하여 그 신고를 대행할 수 있다. [개정 2016.1.19 제13797호(부동산 거래신고 등에 관한 법률), 2016.1.27] [[시행일 2017.1.20]]
1. 외국인투자기업이 자유무역지역 안의 토지를 취득하는 계약을 체결한 경우
2. 자유무역지역 안의 토지를 가지고 있는 대한민국국민이나 대한민국의 법령에 따라 설립된 법인 또는 단체가 외국인투자기업으로 변경된 때 그 외국인투자기업이 해당 토지를 계속 보유하려는 경우
[전문개정 2011.4.14] [[시행일 2011.7.15]]

제24조
삭제 [2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]

제25조(토지 또는 공장등의 처분제한)
① 입주기업체등은 제14조제2항에 따른 공장설립등의 완료신고 전 또는 같은 조 제4항 전단에 따른 사업개시의 신고 전에 제17조제1항, 제18조제1항 또는 이 조 제2항에 따라 취득한 토지(이 조 제6항에 따라 분할된 토지를 포함한다) 또는 공장등을 처분하려는 경우에는 이를 관리권자에게 양도하여야 한다.
② 관리권자가 제1항에 따른 토지 또는 공장등을 양수하기 곤란하다고 인정하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 입주기업체등으로 하여금 관리권자가 선정한 다른 입주기업체등이나 입주 자격이 있는 제3자에게 이를 양도하게 할 수 있다.
③ 입주기업체등이 제14조제2항에 따른 공장설립등의 완료신고 후 또는 같은 조 제4항 전단에 따른 사업개시의 신고 후에 제17조제1항 또는 제18조제1항에 따라 취득한 토지 또는 공장등을 양도 또는 임대[전대(轉貸)를 포함한다. 이하 같다]하거나 이를 타인으로 하여금 사용하게 하는 경우 그 계약 당사자는 입주기업체등이나 입주 자격이 있는 제3자로 한정한다.
④ 제3항의 경우에 국가 또는 지방자치단체가 소유하는 토지 위에 건축한 공장등을 양도 또는 임대하거나 이를 타인으로 하여금 사용하게 할 때에는 관리권자에게 그 사실을 신고하여야 한다.
⑤ 제1항 및 제2항에 따른 토지의 양도가격은 그가 취득한 가격에 대통령령으로 정하는 이자 및 비용을 합산한 금액으로 하고, 공장등의 양도가격은 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자의 시가감정액을 고려하여 결정할 수 있다. 다만, 입주기업체등이 요청한 경우 토지의 양도가격은 그가 취득한 가격에 대통령령으로 정하는 이자 및 비용을 합산한 금액 이하로 할 수 있다. [개정 2016.1.19 제13782호(감정평가 및 감정평가사에 관한 법률)] [[시행일 2016.9.1]]
⑥ 입주기업체등이 소유하고 있는 토지를 분할하려는 경우에는 미리 관리권자와 협의하여 산업통상자원부령으로 정하는 면적 이상으로 분할하여야 한다. [개정 2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
⑦ 세관장은 입주기업체가 외국물품등을 사용하여 건축한 공장등을 공장등의 완료신고 또는 사업개시일부터 3년 이내에 지원업체에 임대·양도한 경우에는 입주기업체로부터 면제되었거나 환급된 관세등을 즉시 징수하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 세관장의 허가를 받아 공장등의 일부를 지원업체에 임대한 경우는 제외한다. [신설 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제26조(경매 등에 의하여 취득한 토지 또는 공장등의 사용 등)
① 자유무역지역 안의 토지 또는 공장등을 경매나 그 밖에 법률에 따라 취득한 자는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 이를 처분 또는 사용하여야 한다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
1. 대통령령으로 정하는 바에 따라 제11조에 따른 입주계약을 체결할 것. 다만, 입주기업체를 인수 또는 합병한 자가 입주 자격을 갖추고 당초 계약한 업종의 사업을 하는 경우에는 입주계약을 체결한 것으로 본다.
2. 제1호에 따라 입주계약을 체결(입주계약을 체결한 것으로 보는 경우를 포함한다)하지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 다른 입주기업체나 입주 자격이 있는 제3자에게 양도할 것
3. 제2호에 따라 양도가 이루어지지 아니하는 경우에는 관리권자에게 양도할 것
② 제1항제3호에 따라 관리권자에게 양도하는 경우의 양도가격에 관하여는 제25조제5항을 준용한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제27조(통제시설의 설치 등)
① 관리권자는 관세청장과 협의를 거쳐 자유무역지역에 통제시설을 설치하고, 그 운영시기를 공고하여야 한다.
② 관리권자는 통제시설을 유지·관리하여야 한다.
③ 관세청장은 통제시설의 보수 또는 확충이 필요하다고 인정할 때에는 관리권자에게 통제시설의 보수 또는 확충을 요청할 수 있다. 이 경우 관리권자는 특별한 사유가 없으면 그 요청에 따라야 한다.
④ 관리권자는 자유무역지역을 출입하는 사람 및 자동차에 대한 기록을 산업통상자원부령으로 정하는 방법으로 관리하여야 하며, 세관장이 출입기록을 요청하는 경우 특별한 사유가 없으면 이에 따라야 한다. [신설 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제28조(공동시설의 유지비)
① 관리권자는 자유무역지역 안의 공동시설 중 산업통상자원부령으로 정하는 시설의 관리·운영에 필요한 비용(이하 이 조에서 "유지비"라 한다)을 입주기업체등으로부터 받을 수 있다. [개정 2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
② 유지비의 부담에 관한 기준·방법과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 유지비의 독촉 및 체납처분에 관하여는 제21조제1항을 준용한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제28조의2(자유무역지역 운영지침 등)
① 산업통상자원부장관은 대통령령으로 정하는 바에 따라 자유무역지역 운영지침을 수립하여 관보에 고시하여야 한다. 이를 변경하는 경우에도 또한 같다. [개정 2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
② 관리권자는 자유무역지역을 효율적으로 관리하기 위하여 필요한 경우에는 자유무역지역별로 제8조제2항 각 호에 따른 업무가 포함된 입주관리 요령을 공고할 수 있다. 이를 변경하는 경우에도 또한 같다.
③ 제2항에 따라 공고하려는 입주관리 요령이 지방자치단체가 소유하는 토지 또는 공장등과 관계되는 경우 관리권자는 해당 지방자치단체의 장과 협의하여야 한다.
[본조신설 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제29조(물품의 반입 또는 수입)
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품을 자유무역지역 안으로 반입하려는 자는 관세청장이 정하는 바에 따라 세관장에게 반입신고를 하여야 한다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
1. 외국물품. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 물품으로서 관세청장이 정하는 자료를 제출하는 물품은 제외한다.
가. 국외에서 반입되는 물품으로서 이를 적재한 선박·항공기 또는 그 밖의 운송수단에서 다른 선박·항공기 또는 그 밖의 운송수단으로 옮겨 싣는 화물
나. 「관세법」 제241조에 따른 수출 신고(이하 "수출신고"라 한다)가 수리(受理)된 물품
2. 입주기업체가 자유무역지역에서 사용 또는 소비하려는 내국물품 중 제45조제1항 및 제2항의 적용을 받으려는 물품으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 물품
가. 기계, 기구, 설비 및 장비와 그 부분품
나. 원재료, 윤활유, 사무용컴퓨터 및 건축자재
다. 그 밖에 사업목적을 달성하는 데에 필요하다고 인정하여 관세청장이 정하는 물품
3. 「부가가치세법」 제52조제1항제1호에 해당하는 자(이하 "비거주자등"이라 한다)가 국외반출을 목적으로 자유무역지역에 보관하려는 내국물품 중 제45조제2항의 적용을 받으려는 물품으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 물품
가. 국내사업자와 직접 계약에 따라 공급받을 것
나. 대금은 외국환은행을 통하여 원화로 지급할 것
다. 비거주자등이 지정하는 입주기업체에게 인도할 것
② 세관장은 반입신고를 하지 아니하고 자유무역지역 안으로 반입된 내국물품에 대하여 그 물품을 반입한 자가 신청한 경우에는 내국물품 확인서를 발급할 수 있다. 이 경우 내국물품 확인서의 발급절차와 그 밖에 필요한 사항은 관세청장이 정하여 고시한다.
③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 반입을 하려는 자는 「관세법」 제241조에 따른 수입 신고(이하 "수입신고"라 한다)를 하고 관세등을 내야 한다.
1. 입주기업체 외의 자가 외국물품을 자유무역지역 안으로 반입하려는 경우
2. 제10조제1항제1호부터 제3호까지 및 같은 조 제2항에 따른 입주 자격을 갖춘 입주기업체가 자유무역지역에서 사용 또는 소비하기 위하여 외국물품을 자유무역지역 안으로 반입하려는 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 외국물품을 반입하는 경우는 제외한다.
가. 기계, 기구, 설비 및 장비와 그 부분품
나. 원재료(입주기업체가 수입신고하려는 원재료는 제외한다), 윤활유, 사무용컴퓨터 및 건축자재
다. 그 밖에 사업목적을 달성하는 데에 필요하다고 인정하여 관세청장이 정하는 물품
3. 제10조제1항제4호 및 제5호에 따른 입주 자격을 갖춘 입주기업체가 자유무역지역에서 자기가 직접 사용 또는 소비하기 위하여 외국물품(제2호 각 목에 해당하는 물품 중 해당 사업목적을 달성하는 데에 필요한 물품은 제외한다)을 자유무역지역 안으로 반입하려는 경우
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 반출을 하려는 자는 수입신고를 하고 관세등을 내야 한다.
1. 자유무역지역에서 외국물품등의 전부 또는 일부를 원재료로 하여 제조·가공·조립·보수 등의 과정을 거친 후 그 물품을 관세영역으로 반출하려는 경우
2. 외국물품등을 자유무역지역에서 그대로 관세영역으로 반출하려는 경우
⑤ 제4항에도 불구하고 제1항제3호의 내국물품은 자유무역지역에서 관세영역으로 반출해서는 아니 된다. [신설 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제30조(국외로의 반출 및 수출)
① 외국물품등을 자유무역지역에서 국외로 반출(외국 무역선 또는 외국 무역기에 대한 공급을 포함한다. 이하 같다)하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세관장에게 신고하여야 한다. 다만, 제29조제1항제1호각 목의 어느 하나에 해당하는 물품으로서 관세청장이 정하는 자료를 제출하는 물품에 대하여는 그러하지 아니하다.
② 제1항에 따른 국외 반출신고에 관하여는 「관세법」 제226조, 제241조제2항, 제242조, 제245조, 제246조제1항·제2항, 제247조제1항 단서, 제249조, 제250조제1항 본문·제2항·제3항 및 제251조를 준용한다. 이 경우 「관세법」 제226조제1항 중 "수출입"은 "국외 반출"로, 같은 조 제2항 중 "수출입물품"은 "국외 반출물품"으로, 같은 법 제242조 단서 및 제251조제1항·제2항 중 "수출신고"는 "국외 반출신고"로, 같은 법 제242조 단서 중 "수출물품"은 "국외 반출물품"으로, 같은 법 제245조제1항·제2항, 제246조제1항, 제247조제1항 단서, 제249조 및 제250조제2항·제3항 중 "수출"은 "국외 반출"로 본다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
③ 외국물품등이 아닌 물품을 자유무역지역에서 국외로 반출하려는 자는 수출신고를 하여야 한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제31조(내국물품의 반출 확인)
① 외국물품등이 아닌 내국물품을 자유무역지역에서 관세영역으로 반출하려는 자는 내국물품 확인서, 세금계산서 등 내국물품으로 반입된 사실을 증명하는 서류(이하 "내국물품 반입증명서류"라 한다)를 세관장에게 제출하여야 한다. 다만, 출입 차량, 출입자의 휴대품 등 대통령령으로 정하는 물품에 대하여는 그러하지 아니하다.
② 제1항에 따라 내국물품을 반출하려는 자는 관세청장이 정하는 내국물품 반출목록신고서를 세관장에게 제출하는 것으로 내국물품 반입증명서류의 제출을 갈음할 수 있다. 다만, 세관장이 내국물품 반입증명서류의 제출을 요구하는 경우에는 이에 따라야 한다.
③ 제2항 본문의 경우 내국물품을 반출하려는 자는 같은 항에 따른 내국물품 반출목록신고서를 제출한 날부터 5년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간 동안 내국물품 반입증명서류를 보관하여야 한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제32조(수출입승인에 대한 특례 등)
① 「대외무역법」 제11조에 따라 수입 또는 수출이 제한된 물품(같은 법 제46조에 따라 조정명령을 받은 물품은 제외한다)을 자유무역지역 안으로 반입하거나 자유무역지역으로부터 외국으로 반출하려는 자는 산업통상자원부장관(제5조제1호나목부터 라목까지의 규정에 해당하는 지역의 경우는 세관장으로 한다. 이하 이 조에서 같다)의 승인을 받아야 한다. 이 경우 산업통상자원부장관의 승인은 「대외무역법」에 따른 승인으로 본다. [개정 2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
② 「대외무역법」 제12조에 따라 통합하여 공고되는 수출·수입요령에 해당되는 품목의 물품은 관계 행정기관이 정하여 고시하는 수출·수입요령에도 불구하고 자유무역지역 안으로 반입하거나 자유무역지역으로부터 외국으로 반출할 수 있다. 다만, 마약, 총기, 부패한 식품 등 해당 통합 공고에서 따로 정하는 수입제한 품목에 해당하는 물품은 그러하지 아니하다.
③ 제1항에 따른 물품을 관세영역으로 반출하려면 산업통상자원부장관의 승인을 받아야 한다. 이 경우 산업통상자원부장관의 승인은 「대외무역법」에 따른 승인으로 본다. [개정 2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
④ 제2항에 따른 물품을 관세영역으로 반출할 때에는 「대외무역법」 제12조에 따른 통합 공고에서 정한 수출·수입요령에 따른다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제33조(외국물품등의 일시 반출)
입주기업체는 자유무역지역 안에 반입된 외국물품등을 물품의 수리(修理), 견본품의 전시, 시험검사 등의 목적으로 관세영역으로 일시 반출하려는 경우에는 반출 허용기간 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 세관장의 허가를 받아야 한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제34조(역외작업)
① 입주기업체는 외국물품등(외국으로부터 직접 반출장소에 반입하려는 물품을 포함한다)을 가공 또는 보수하기 위하여 관세영역으로 반출하려는 경우에는 그 가공 또는 보수 작업(이하 "역외작업"이라 한다)의 범위, 반출기간, 대상물품, 반출장소를 정하여 세관장에게 신고하여야 한다.
② 세관장은 제1항에 따른 신고가 이 법에 적합하게 이루어졌을 때에는 이를 지체 없이 수리하여야 한다.
③ 역외작업의 범위, 반출기간, 대상물품 등에 관한 사항은 대통령령으로 정한다.
④ 역외작업의 신고 수리에 관하여는 「관세법」 제187조제4항 및 제6항을 준용한다. 이 경우 「관세법」 제187조제4항 및 제6항 중 "허가"는 "신고 수리"로, "보세공장"은 "자유무역지역"으로, "운영인"은 "입주기업체"로 본다.
⑤ 제4항에 따라 준용되는 「관세법」 제187조제6항에 따라 관세등을 징수하는 물품에 대한 과세물건 확정의 시기는 제2항에 따른 신고 수리가 있은 때로 한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제35조(역외작업 물품의 반출신고 등)
① 입주기업체가 역외작업에 의하여 가공 또는 보수된 물품을 반출장소에서 반출장소 외의 관세영역으로 반출하려는 경우에는 제29조제4항을 준용한다.
② 입주기업체가 역외작업에 의하여 가공 또는 보수된 물품을 반출장소에서 국외로 직접 반출하려는 경우에는 제30조제1항 및 제2항을 준용한다.
③ 입주기업체가 역외작업의 공정에서 발생한 폐품을 처분하려는 경우에는 세관장에게 신고하여야 한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제36조(보세운송)
① 외국물품등은 자유무역지역과 다른 자유무역지역 또는 「관세법」 제213조제1항 각 호의 장소 간에 한정하여 보세운송할 수 있다.
② 제1항에 따른 보세운송에 관하여는 「관세법」 제213조제2항부터 제5항까지 및 제214조 부터 제220조까지의 규정을 준용한다. 이 경우 「관세법」 제213조제5항에 따라 준용되는 같은 법 제247조제2항의 "보세구역"은 "자유무역지역"으로 본다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제37조(물품의 반출 등)
① 자유무역지역 중 공항 또는 항만으로서 관세청장이 지정하는 지역에 반입되어 수입신고되거나 장치(藏置)된 물품(제29조제3항제2호각 목의 어느 하나에 해당하는 물품으로서 입주기업체가 직접 사용·소비하는 것은 제외한다)의 반출, 장치기간, 매각 등에 관하여는 「관세법」 제157조의2·제177조제1항제1호 및 제208조 부터 제212조까지의 규정을 준용한다. 이 경우 「관세법」 제157조의2 중 "보세구역"은 "자유무역지역"으로, 같은 법 제177조제1항 중 "특허보세구역" 또는 "보세창고"는 각각 "자유무역지역"으로 본다.
② 입주기업체는 제1항에 따른 지역 외의 지역에 반입한 날부터 1년 이내의 범위에서 관세청장이 정하는 기간이 지난 외국물품이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 관세청장이 정하여 고시하는 바에 따라 세관장에게 그 외국물품의 매각을 요청할 수 있다.
1. 화주(貨主)가 분명하지 아니한 경우
2. 화주가 부도 또는 파산한 경우
3. 화주의 주소·거소 등 그 소재를 알 수 없는 경우
4. 화주가 수취를 거절하는 경우
③ 제2항에 따른 세관장의 외국물품의 매각에 관하여는 「관세법」 제208조 부터 제212조까지의 규정을 준용하되, 같은 법 제208조제1항 중 "보세구역"은 "자유무역지역"으로, "장치기간이 지나면"은 "매각 요청을 접수하면"으로, 같은 조 제2항 중 "장치기간이 지난 물품" 및 제209조제1항 중 "장치기간경과물품"은 각각 "매각요청물품"으로 본다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제38조(재고 기록 등)
① 입주기업체는 다음 각 호의 물품에 대하여 관세청장이 정하여 고시하는 바에 따라 그 품명, 규격, 수량, 가격, 보수작업의 내용 등 재고관리에 필요한 사항을 기록·관리하여야 한다. 다만, 관세청장이 정하여 고시하는 금액 이하의 물품 등 대통령령으로 정하는 물품에 대하여는 그러하지 아니하다.
1. 자유무역지역 안으로 반입한 물품
2. 자유무역지역에서 사용·소비하거나 생산한 물품
3. 자유무역지역으로부터 반출한 물품
4. 제3항에 따라 외국물품등을 폐기한 후에 남는 경제적 가치를 가진 물품
② 입주기업체는 제1항 각 호에 따른 물품이 제29조제1항제2호에 따른 내국물품에 해당하는 경우에는 그 물품에 대한 재고관리에 필요한 사항을 다른 물품과 구분하여 기록·관리하여야 한다.
③ 입주기업체는 외국물품등을 멸실·분실한 경우 또는 폐기하려는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세관장에게 신고하여야 한다.
④ 입주기업체는 제1항 또는 제2항에 따라 기록한 자료를 대통령령으로 정하는 기간 동안 보존하여야 한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제39조(입주기업체의 재고관리 상황의 조사 등)
① 세관장은 제38조에 따른 재고관리의 이행 여부를 확인하기 위하여 소속 공무원으로 하여금 입주기업체에 대하여 조사를 하게 할 수 있다. 이 경우 조사를 하는 공무원은 그 권한을 표시하는 증표를 지니고 이를 관계인에게 보여 주어야 한다.
② 세관장은 입주기업체에 대하여 제1항에 따른 조사에 필요한 회계장부, 원재료 및 제품의 관리대장, 그 밖에 필요한 자료의 제출을 요구할 수 있다.
③ 입주기업체는 정당한 사유 없이 제1항에 따른 조사를 거부·방해 또는 기피하거나 제2항에 따른 자료제출을 거부하여서는 아니 된다.
④ 세관장은 제1항에 따라 조사를 한 결과 외국물품등의 재고가 부족한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 입주기업체로부터 그에 해당하는 관세등을 지체 없이 징수하여야 한다. 다만, 제38조제3항에 따른 분실신고를 한 물품이 자유무역지역에 있는 것이 확인되는 경우 또는 재해나 그 밖의 부득이한 사유로 물품이 멸실된 경우에는 그러하지 아니하다.
⑤ 관리권자는 자유무역지역의 효율적인 관리·운영을 위하여 필요한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관세청장에게 입주기업체의 물품 반입·반출실적에 대한 자료의 제공을 요청할 수 있다. [신설 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제40조(물품의 폐기)
① 세관장은 자유무역지역에 있는 물품 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품에 대하여는 화주 및 반입자와 그 위임을 받은 자(이하 "화주등"이라 한다)에게 국외 반출 또는 폐기를 명하거나 화주등에게 미리 통보한 후 직접 이를 폐기할 수 있다. 다만, 화주등에게 통보할 시간적 여유가 없는 특별한 사정이 있을 때에는 그 물품을 폐기한 후 지체 없이 화주등에게 통보하여야 한다.
1. 사람의 생명이나 재산에 해를 끼칠 우려가 있는 물품
2. 부패 또는 변질된 물품
3. 유효기간이 지난 물품
4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 물품으로서 관세청장이 정하여 고시하는 물품
② 세관장은 제1항에 따른 통보를 할 때에 화주등의 주소 또는 거소를 알 수 없거나 그 밖의 부득이한 사유로 통보를 할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공고로써 통보를 갈음할 수 있다.
③ 제1항에 따라 화주등이 물품을 국외로 반출하거나 폐기한 경우 또는 세관장이 폐기한 경우 그 비용은 화주등이 부담한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제40조의2(반입정지 등)
① 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 6개월의 범위에서 해당 입주기업체에 대하여 자유무역지역으로의 물품반입을 정지시킬 수 있다.
1. 제29조제3항에 따른 수입신고 및 관세등의 납부를 하지 아니하고 외국물품을 사용·소비하기 위하여 자유무역지역 안으로 반입한 경우
2. 제29조제4항에 따른 수입신고 및 관세등의 납부를 하지 아니하고 외국물품등을 자유무역지역에서 관세영역으로 반출한 경우
3. 제30조에 따른 국외 반출신고 시 법령에 따라 국외 반출에 필요한 허가·승인·추천·증명 또는 그 밖의 조건을 구비하지 아니하거나 부정한 방법으로 구비한 경우
4. 제35조제1항에 따라 준용되는 제29조제4항에 따른 역외작업 물품의 반출신고 및 관세등의 납부의무를 위반한 경우
5. 제38조에 따른 재고 기록 등의 의무를 위반한 경우
6. 제39조제3항을 위반하여 정당한 사유 없이 조사를 거부·방해 또는 기피하거나 자료제출을 거부한 경우
7. 「관세법」 제269조, 제270조, 제270조의2, 제271조(제268조의2의 미수범과 제268조의2의 죄를 범할 목적으로 그 예비를 한 자는 제외한다) 및 제274조에 따른 위반사유에 해당하는 경우
② 세관장은 제1항에 따른 물품반입의 정지처분이 그 이용자에게 심한 불편을 주거나 공익을 해칠 우려가 있는 경우에는 입주기업체에 대하여 물품반입의 정지처분을 갈음하여 해당 입주기업체 운영에 따른 매출액의 100분의 3 이하의 과징금을 부과할 수 있다. 이 경우 매출액 산정, 과징금의 금액, 과징금의 납부기한 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제2항에 따른 과징금을 납부하여야 할 자가 납부기한까지 납부하지 아니한 경우 과징금의 징수에 관하여는 국세 체납처분의 예에 따라 징수한다.
[본조신설 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]

제41조(물품의 반입ㆍ반출의 금지 등)
① 누구든지 「관세법」 제234조 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품을 자유무역지역 안으로 반입하거나 자유무역지역 밖으로 반출할 수 없다.
② 세관장은 국민보건 또는 환경보전에 지장을 초래하는 물품이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 물품에 대하여는 자유무역지역 안으로의 반입과 자유무역지역 밖으로의 반출을 제한할 수 있다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제41조의2(지식재산권의 보호)
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지식재산권을 침해하는 물품은 자유무역지역 안으로 반입하거나 자유무역지역 밖으로 반출할 수 없다. [개정 2012.6.1 제11458호(종자산업법)] [[시행일 2013.6.2]]
1. 「상표법」에 따라 설정등록된 상표권
2. 「저작권법」에 따른 저작권과 저작인접권
3. 「식물신품종 보호법」에 따라 설정등록된 품종보호권
4. 「농산물품질관리법」또는 「수산물품질관리법」에 따라 등록되거나 조약·협정 등에 따라 보호대상으로 지정된 지리적표시권 또는 지리적표시
5. 「특허법」에 따라 설정등록된 특허권
6. 「디자인보호법」에 따라 설정등록된 디자인권
② 관세청장 및 세관장은 자유무역지역에서 제1항 각 호에 따른 지식재산권을 침해하는 물품을 단속하기 위하여 필요한 조치를 할 수 있다.
③ 제2항에 따른 조치에 관하여는 「관세법」제235조제2항부터 제7항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 “수출입” 은 “반입·반출”로, “통관 보류”는 “반입·반출 보류”로, “환적, 복합환적”은 “제29조 제1항제1호가목에 따른 이적”으로, “수출입신고”는 “반입신고, 수입신고, 수출신고 및 국외반출신고”로, “환적 또는 복합환적 신고된 물품”은 “제29조제1항제1호가목에 해당하는 물품으로서 같은 호 각 목 외의 부분 단서의 관세청장이 정하는 자료를 제출한 물품”으로, “보세구역”은 “자유무역지역”으로 본다.
[본조신설 2011.6.30] [[시행일: 부칙참조(제10808호)]

제42조(물품의 검사 등)
① 자유무역지역에서 반출·반입·수출·수입되는 물품에 대하여는 세관장이 검사 또는 확인할 수 있다.
② 제1항에 따른 물품의 검사 또는 확인은 그 물품이 장치되어 있는 장소에서 한다. 다만, 공항 또는 항만 지역으로서 관세청장이 지정하는 지역에 장치되어 있는 물품 또는 정밀한 검사가 필요한 물품에 대하여는 그러하지 아니하다.
③ 세관장은 자유무역지역을 출입하는 자가 휴대하거나 운송하는 물품 또는 운송수단에 대하여 관세청장이 정하여 고시하는 바에 따라 이를 검사할 수 있다.
④ 제1항에 따른 검사 또는 확인에 관하여는 「관세법」 제246조제2항 또는 제3항을 준용한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제43조(「관세법」의 적용)
자유무역지역 안의 외국물품등을 관세영역으로 반출하는 경우에는 이 법에서 정한 경우를 제외하고는 「관세법」을 적용한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제44조(자유무역지역에서 생산한 물품에 대한 관세등의 부과기준)
제29조제4항제1호의 경우 그 반출되는 물품은 외국으로부터 우리나라에 도착된 외국물품으로 보아 관세등을 부과한다. 이 경우 제29조제1항제2호에 따른 반입신고를 하지 아니한 내국물품을 대통령령으로 정하는 바에 따라 세관장의 승인을 받아 원재료로 사용하였을 때에는 그 내국물품의 수량 또는 가격을 제조·가공·조립·보수한 물품의 과세표준에서 공제한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제45조(관세등의 면제 또는 환급 등)
① 입주기업체가 제29조제1항제2호에 따라 반입신고를 한 내국물품에 대하여는 「주세법」 제31조제1항제1호, 「개별소비세법」 제15조제1항제1호 또는 「교통·에너지·환경세법」 제13조제1항제1호에 따라 수출하거나 「수출용원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법」 제4조제1호 또는 제3호에 따라 수출 또는 공급하는 것으로 보아 관세등을 면제하거나 환급한다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
② 입주기업체가 제29조제1항제2호·제3호에 따라 반입신고를 한 내국물품에 대해서는 「부가가치세법」 제21조제1항에 따라 수출에 해당하는 것으로 보아 부가가치세의 영세율(零稅律)을 적용한다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
③ 자유무역지역에서 입주기업체 간에 공급하거나 제공하는 외국물품등과 용역에 대하여는 부가가치세의 영세율을 적용한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제46조(예정지역에서의 관세등의 면제)
① 예정지역 또는 제3조제1항 단서에 따라 「관세법」을 적용받는 자유무역지역에서 제10조제1항제1호부터 제5호까지의 규정에 해당하는 입주기업체가 건물 및 공장을 건축하기 위하여 외국에서 반입하는 대통령령으로 정하는 시설재(施設材)에 대하여는 관세등을 면제한다.
② 제1항에 따라 관세등이 면제된 물품의 사후관리 등에 관하여는 「관세법」 제102조 및 제103조를 적용한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제47조(법인세 등 조세감면)
외국인투자기업인 입주기업체에 대하여는 「조세특례제한법」에서 정하는 바에 따라 법인세, 소득세, 취득세, 등록면허세, 재산세, 종합토지세 등의 조세를 감면할 수 있다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제48조(교통유발부담금의 면제)
입주기업체의 공장등에 대하여는 「도시교통정비 촉진법」 제36조에 따른 교통유발부담금을 면제한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제49조(입주기업체의 기술개발활동 지원 등)
① 국가나 지방자치단체는 자유무역지역에 있는 입주기업체의 기술개발활동 및 인력양성을 촉진하기 위하여 필요한 자금을 지원할 수 있다.
② 국가나 지방자치단체는 자유무역지역에 있는 입주기업체의 사업을 지원하기 위하여 입주기업체에 임대하는 공장등의 유지·보수와 의료시설·교육시설·주택 등 각종 기반시설의 확충에 노력하여야 하며, 그에 필요한 자금을 지원할 수 있다.
③ 제1항 및 제2항에 따른 지원기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제50조
삭제 [2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제51조(행정기구 등의 설치)
① 산업통상자원부장관은 자유무역지역을 관리·운영하고 수출산업을 지원하기 위하여 행정기구를 설치·운영할 수 있다. [개정 2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
② 입주기업체의 기업활동에 필요한 업무를 관장하는 기관은 관세·조세의 부과·징수, 출입국관리, 검역 등의 업무를 신속하게 처리하기 위하여 자유무역지역 안에 출장소를 설치하거나 그 직원을 상주시킬 수 있다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제52조
삭제 [2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]

제53조
삭제 [2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]

제54조(청문)
① 관리권자는 제15조제1항 또는 제2항에 따라 입주계약을 해지하려면 청문을 하여야 한다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
② 세관장이 제40조의2제1항에 따라 반입정지를 하려면 청문을 하여야 한다. [신설 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제55조(권한의 위임ㆍ위탁)
① 중앙행정기관의 장은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 권한의 일부를 관리권자에게 위탁할 수 있다.
② 산업통상자원부장관 또는 주무부장관은 입주기업체가 도입하는 외자에 관하여 「외국인투자 촉진법」에 따른 권한의 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 관리권자에게 위탁할 수 있다. [개정 2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
③ 관리권자는 이 법에 따른 권한 중 그 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 소속 기관의 장, 시·도지사, 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다)에게 위임하거나 관세청장 또는 그 소속 기관의 장이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 법인에 위탁할 수 있다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제55조의2(벌칙 적용 시의 공무원 의제)
제55조제3항에 따라 관리권자로부터 위탁받은 업무에 종사하는 법인의 임원 및 직원은 「형법」 제129조 부터 제132조까지의 규정을 적용할 때에는 공무원으로 본다.
[본조신설 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제56조(벌칙)
제41조제1항을 위반하여 물품을 반입 또는 반출한 자는 7년 이하의 징역 또는 7천만원 이하의 벌금에 처한다. [개정 2014.1.21]
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제57조(벌칙)
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 5년 이하의 징역 또는 관세액의 10배와 물품의 원가 중 높은 금액에 상당하는 금액 이하의 벌금에 처한다.
1. 제29조제3항을 위반하여 수입신고 및 관세등의 납부를 하지 아니하고 외국물품을 사용·소비하거나 자유무역지역 안으로 반입한 자
2. 제35조제1항을 위반하여 역외작업에 의하여 가공 또는 보수된 물품을 관세영역으로 반출한 자
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 「관세법」 제269조·제270조 및 「특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 제6조에 따라 처벌한다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
1. 제29조제4항에 따른 수입신고 및 관세등의 납부를 하지 아니하고 외국물품등을 자유무역지역에서 관세영역으로 반출한 자
2. 제29조제5항의 의무를 위반하여 제29조제1항제3호의 내국물품을 자유무역지역에서 관세영역으로 반출한 자
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제58조(벌칙)
다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 3년 이하의 징역 또는 3천만원 이하의 벌금에 처한다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
1. 제11조제1항에 따른 입주계약 또는 변경계약을 체결하지 아니하거나 부정한 방법으로 입주계약 또는 변경계약을 체결하여 자유무역지역에서 사업을 한 자
2. 제15조제1항 또는 제2항에 따라 입주계약이 해지된 후 같은 조 제3항의 업무 외에 그 사업을 한 자
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제59조(벌칙)
제30조에 따른 국외 반출신고를 한 자 중 법령에 따라 국외 반출에 필요한 허가·승인·추천·증명 또는 그 밖의 조건을 구비하지 아니하거나 부정한 방법으로 이를 구비하여 국외 반출한 자는 1년 이하의 징역 또는 2천만원 이하의 벌금에 처한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제60조(벌칙)
다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 2천만원 이하의 벌금에 처한다.
1. 제15조제5항 또는 제6항을 위반하여 토지 또는 공장등을 양도한 자
2. 제25조제1항부터 제3항까지의 규정을 위반하여 토지 또는 공장등을 양도한 자
3. 제30조제1항 또는 제35조제2항을 위반하여 국외 반출신고를 하지 아니하거나 거짓으로 국외 반출신고를 하고 자유무역지역 밖으로 반출한 자
4. 제38조제1항 또는 제2항을 위반하여 재고 기록을 기록·관리하지 아니하거나 거짓으로 재고를 기록·관리한 자
5. 제38조제4항에 따른 재고 기록을 보존하지 아니한 자
6. 제39조제3항을 위반하여 정당한 사유 없이 조사를 거부·방해 또는 기피하거나 자료제출을 거부한 자
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제61조(벌칙)
다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 1천만원 이하의 벌금에 처한다.
1. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 제29조제2항에 따른 내국물품 확인서를 발급받은 자
2. 제33조를 위반하여 허가를 받지 아니하고 외국물품등을 일시 반출하거나 반출 허용기간이 지난 후에도 이를 반입하지 아니한 자
3. 제34조제1항 또는 제35조제3항을 위반하여 신고를 하지 아니하고 역외작업을 하거나 역외작업의 공정에서 발생한 폐품을 처분한 자
4. 제36조제2항에 따라 준용되는 「관세법」 제213조제2항 또는 제219조제2항을 위반하여 신고하지 아니하거나 승인을 받지 아니하고 보세운송을 한 자
5. 제38조제3항을 위반하여 멸실 또는 분실의 신고를 하지 아니하거나 폐기신고 없이 외국물품등을 폐기한 자
6. 제41조제2항에 따라 제한된 물품을 반입 또는 반출한 자
7. 제42조에 따른 검사 또는 확인을 거부·방해 또는 기피한 자
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제62조(교사범 등)
① 그 정황을 알면서 제56조·제57조 및 제59조에 따른 행위를 교사(敎唆)하거나 방조한 자는 정범(正犯)에 준하여 처벌한다.
② 제56조·제57조 및 제59조의 죄를 범할 목적으로 예비한 자와 그 미수범은 본죄(本罪)에 준하여 처벌한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제63조(밀수 전용 운반기구의 몰수)
제56조의 죄에 전용(專用)되는 선박·자동차 또는 그 밖의 운반기구는 소유자가 범죄에 사용된다는 정황을 알았던 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이를 몰수한다.
1. 범죄 물품을 적재하거나 적재하려고 한 경우 또는 적재하였던 사실이 있는 경우
2. 검거를 기피할 목적으로 권한 있는 공무원의 정지명령을 받고 정지하지 아니하거나 적재된 범죄 물품을 해상(海上)에서 투기·파괴 또는 훼손한 경우
3. 범죄 물품을 해상에서 인수 또는 취득하거나 인수 또는 취득하려고 한 경우
4. 범죄 물품을 운반한 경우
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제64조(범죄에 사용된 물품의 몰수 등)
① 제56조의 죄에 사용하기 위하여 특수한 가공을 한 물품은 누구의 소유이든지 몰수하거나 그 효용(效用)을 제거한다.
② 제56조의 죄의 대상에 해당하는 물품이 다른 물품 중에 포함되어 있는 경우 그 물품이 범인의 소유인 경우에는 그 다른 물품도 몰수할 수 있다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제65조(밀수품의 취득죄 등)
① 제56조·제57조 및 제59조에 해당하는 물품을 취득·양여·운반·보관 또는 알선하거나 감정한 자는 3년 이하의 징역 또는 물품의 원가 이하에 상당하는 벌금에 처한다.
② 제1항의 죄를 범할 목적으로 예비한 자와 그 미수범은 본죄에 준하여 처벌한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제66조(징역과 벌금의 병과)
제56조·제57조 및 제59조의 죄를 범한 자는 정상(情狀)에 따라 징역과 벌금을 병과(倂科)할 수 있다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제67조(몰수ㆍ추징)
① 제56조의 경우에는 그 물품을 몰수한다.
② 제57조의 경우에는 범인이 소유 또는 점유하는 그 물품을 몰수한다.
③ 제1항이나 제2항에 따라 몰수할 물품의 전부 또는 일부를 몰수할 수 없을 때에는 그 몰수할 수 없는 물품의 범칙 당시의 국내 도매가격에 상당하는 금액을 범인으로부터 추징한다.
④ 제68조제1항의 법인 또는 개인은 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때에는 범인으로 본다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제68조(양벌 규정 및 「형법」 규정의 배제)
① 법인의 대표자나 법인 또는 개인의 대리인, 사용인, 그 밖의 종업원이 그 법인 또는 개인의 업무에 관하여 제56조 부터 제62조까지의 어느 하나에 해당하는 위반행위를 하면 그 행위자를 벌하는 외에 그 법인 또는 개인에게도 해당 조문의 벌금형을 과(科)한다. 다만, 법인 또는 개인이 그 위반행위를 방지하기 위하여 해당 업무에 관하여 상당한 주의와 감독을 게을리하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.
② 이 법에서 규정한 벌칙에 위반되는 행위를 한 자에 대하여는 「관세법」 제278조를 준용한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제69조(조사 및 처분)
제56조, 제57조, 제59조, 제60조제3호부터 제6호까지 및 제61조부터 제68조까지에서 규정한 벌칙에 위반되는 행위를 한 자는 「관세법」 제283조제1항에 따른 관세범으로 보아 같은 법 제12장(제283조부터 제319조까지)을 적용한다.
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

제70조(과태료)
① 제15조제5항·제6항 또는 제26조를 위반하여 토지 또는 공장등을 양도하지 아니한 자에게는 500만원 이하의 과태료를 부과한다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게는 200만원 이하의 과태료를 부과한다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
1. 제14조제4항을 위반하여 사업개시의 신고를 하지 아니하거나 거짓 신고를 하고 사업을 시작한 자
2. 제15조제4항을 위반하여 잔여 외국물품등을 자유무역지역 밖으로 반출하지 아니하거나 다른 입주기업체에 양도하지 아니한 자
3. 삭제 [2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
4. 제29조제1항을 위반하여 같은 항 제1호의 외국물품에 대하여 반입신고를 하지 아니하거나 거짓으로 반입신고를 하고 자유무역지역 안으로 반입한 자
5. 제29조제1항을 위반하여 같은 항 제2호의 내국물품에 대하여 반입신고를 거짓으로 하여 자유무역지역 안으로 반입한 자
6. 제29조제1항을 위반하여 같은 항 제3호의 내국물품에 대하여 반입신고를 하지 아니하거나 거짓으로 하여 자유무역지역 안으로 반입한 자
7. 제30조제2항에 따라 준용되는 「관세법」 제251조제1항을 위반하여 물품을 적재한 자
8. 제31조제1항을 위반하여 내국물품 반입증명서류를 제출하지 아니하거나 거짓 내국물품 반입증명서류를 제출하여 내국물품을 관세영역으로 반출한 자
9. 제31조제2항 단서를 위반하여 내국물품 반입증명서류를 제출하지 아니하거나 거짓 내국물품 반입증명서류를 제출한 자
10. 제31조제3항을 위반하여 해당 기간 동안 내국물품 반입증명서류를 보관하지 아니한 자
11. 제36조제2항에 따라 준용되는 「관세법」 제214조 부터 제216조까지의 규정 중 어느 하나를 위반하여 보세운송을 한 자
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게는 100만원 이하의 과태료를 부과한다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
1. 제25조제4항에 따른 공장등의 양도·임대 또는 사용에 대하여 신고를 하지 아니한 자
2. 제30조제2항에 따라 준용되는 「관세법」 제245조제3항 또는 제249조를 위반하여 관계 자료를 제출하지 아니하거나 신고사항을 보완하지 아니한 자
3. 제37조제1항에 따라 준용되는 「관세법」 제157조의2를 위반하여 물품을 자유무역지역 밖으로 반출하지 아니한 자
4. 정당한 사유 없이 제40조제1항에 따른 세관장의 국외 반출명령 또는 폐기명령을 이행하지 아니한 자
5. 삭제 [2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 과태료는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세관장(제1항, 제2항제1호 및 제3항제1호의 경우에는 관리권자를 말한다)이 부과·징수한다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]

부칙
제1조 (施行日) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (수출자유지역에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 수출자유지역설치법에 의하여 설치된 수출자유지역은 이 법에 의하여 자유무역지역으로 지정된 것으로 본다.
②이 법 시행당시 종전의 수출자유지역설치법 제8조의 규정에 의하여 입주허가를 받은 자는 이 법 제9조의 개정규정에 의한 입주허가를 받은 것으로 본다.
③이 법 시행당시 종전의 수출자유지역설치법 제13조의 규정에 의하여 산업자원부장관의 승인과 세관장의 허가를 받은 경우에는 이 법 제27조 및 제28조의 개정규정에 의하여 산업자원부장관 또는 세관장의 승인을 얻은 것으로 본다.
제3조 (벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 수출자유지역설치법의 규정에 의한다.
제4조 (다른 법률과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 수출자유지역설치법을 인용한 경우 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 이 법 또는 이 법의 해당 조문을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2000.12.29. 법6305호]
제1조(적용례) 이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제8조 생략

부칙 [2001.8.14.]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(물품의 수입신고 및 관세납부에 관한 적용례) 제20조제3항제2호의 개정규정은 이 법 시행 이후 최초로 관세지역으로 반출하고자 하는 수입신고분부터 적용한다.
제3조(내국물품의 신고에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제20조제1항의 규정에 의하여 세관장에게 신고한 내국물품중 제20조제2항의 개정규정에 의하여 대통령령으로 정한 내국물품은 내국물품확인을 받은 것으로 본다.
제4조(내국물품의 반출의 신고에 대한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제21조제1항의 규정에 의하여 관세지역으로 내국물품의 반출을 세관장에게 신고한 경우는 제21조제1항의 개정규정에 의한 증빙서류를 제출한 것으로 본다.

부칙 [2002.1.26. 법률제6642호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제8조 생략

부칙 [2002.12.30. (공업배치및공장설립에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 2003년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제6조 및 제8조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) ① 내지 [18] 생략
<19>자유무역지역의지정등에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제2조제3호, 제9조제3항 및 제4항중 "공업배치및공장설립에관한법률"을 각각 "산업집적활성화및공장설립에관한법률"로 한다.
[20] 내지 [28] 생략

부칙 [2004.3.22.]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (다른 법률의 폐지) 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률은 이를 폐지한다.
제3조 (수입신고수리물품의 반출에 관한 적용례) 제37조의 개정규정에 의하여 준용되는 관세법 제157조의2의 규정은 이 법 시행후 수입신고가 수리되는 분부터 적용한다.
제4조 (관세자유지역에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을 위한관세자유지역의지정및운영에관한법률에 의하여 지정된 관세자유지역은 제4조의 개정규정에 의한 자유무역지역으로, 관세자유지역예정지역은 제7조의 개정규정에 의한 예정지역으로 각각 지정된 것으로 본다.
제5조 (관세자유지역의 등록업체 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률 제11조의 규정에 의하여 세관장에게 등록업체로 등록을 한 자와 지원업체로서 입주계약을 체결한 자는 제11조의 개정규정에 의하여 각각 입주기업체 또는 지원업체의 입주허가를 받은 것으로 본다.
②이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률의 규정에 의하여 등록을 받은 세관장은 이 법 시행후 3월 이내에 등록업체현황 등에 관한 사항을 제8조제1항제2호 내지 제4호의 규정에 의한 관리권자에게 각각 통보하여야 한다.
제6조 (자유무역지역의 입주허가기업체에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 자유무역지역의지정등에관한법률 제9조의 규정에 의한 입주허가를 행한 관리권자는 세관장에게 그 입주기업체에 대한 허가사항을 통보하여야 한다.
제7조 (입주허가의 결격사유에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 자유무역지역의지정등에관한법률 제9조의 규정에 의하여 입주허가를 받은 자(부칙 제5조제1항의 규정에 의하여 입주허가를 받은 것으로 보는 자를 포함한다) 또는 그 임원인 자가 이 법 시행전에 발생한 사유로 인하여 제12조제2호 내지 제7호의 개정규정에 의한 결격사유에 해당하게 된 경우에는 동조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제8조 (외국물품등의 사용ㆍ소비에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률에 의한 관세자유지역안으로 반입된 동법 제28조제1항 각호의 1에 해당하는 외국물품등을 이 법 시행후 사용ㆍ소비하고자 하는 자는 관세법 제241조의 규정에 의한 수입신고를 하고 관세등을 납부하여야 한다.
제9조 (견품의 반출에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률 제21조의 규정에 의한 견품의 반출허가 또는 종전의 자유무역지역의지정등에관한법률 제28조의 규정에 의한 물품의 일시반출ㆍ반입승인은 제33조의 개정규정에 의한 일시반출의 허가로 본다.
제10조 (역외작업의 신고 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률 제22조의 규정에 의한 역외작업의 신고 또는 종전의 자유무역지역의지정등에관한법률 제27조의 규정에 의한 역외가공의 승인은 제34조의 개정규정에 의한 세관장의 역외작업의 신고수리로 본다.
제11조 (외국물품등의 멸실신고 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률 제24조제2항의 규정에 의한 외국물품등의 멸실ㆍ분실 또는 폐기에 관한 신고 또는 종전의 자유무역지역의지정등에관한법률 제23조제2항의 규정에 의한 외국물품과 공급물품의 멸실 또는 분실에 관한 신고는 제38조제3항의 개정규정에 의한 외국물품등의 멸실ㆍ분실 또는 폐기신고로 본다.
제12조 (관세등의 면제ㆍ환급 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률 제30조의 규정에 의한 관세등의 면제 또는 환급과 동법 제31조의 규정에 의한 부가가치세의 영세율적용은 제45조의 개정규정에 의한 관세등의 면제 또는 환급과 부가가치세의 영세율의 적용으로 본다.
제13조 (임대료의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률 제33조의 규정에 의한 임대료의 감면 또는 종전의 자유무역지역의지정등에관한법률 제31조제2항 및 제3항의 규정에 의한 임대료의 감면은 제20조의 개정규정에 의한 임대료의 감면으로 본다.
제14조 (벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률과 자유무역지역의지정등에관한법률의 규정에 의한다.
제15조 (다른 법률의 개정) ①수출용원재료에대한관세등환급에관한특례법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제3호중 "수출자유지역설치법에 의한 수출자유지역안"을 "자유무역지역의지정및운영에관한법률에 의한 자유무역지역안"으로 한다.
②전기통신기본법중 다음과 같이 개정한다.
제30조의2제1항제5호중 "자유무역지역의지정등에관한법률"을 "자유무역지역의지정및운영에관한법률"로 한다.
③제주국제자유도시특별법중 다음과 같이 개정한다.
제44조제1항중 "자유무역지역의지정등에관한법률"을 "자유무역지역의지정및운영에관한법률"로 한다.
④조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항제23호를 다음과 같이 한다.
23. 자유무역지역의지정및운영에관한법률
제16조 (다른 법률과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법률에서 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률과 자유무역지역의지정등에관한법률 또는 그 규정을 인용하고 있는 경우 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2005.1.14 법률 제7335호 (부동산가격공시및감정평가등에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) ①내지 <19>생략
<20>자유무역지역의지정및운영에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제25조제5항 본문중 "지가공시및토지등의평가에관한법률"을 "부동산가격공시및감정평가에관한법률"로 한다.
<21>내지 <24>생략
제12조 생략

부칙 [2006.3.3 제7864호(대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) 제①항 내지 제④항 생략
⑤자유무역지역의지정및운영에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항제4호중 "「중소기업의 사업영역 보호 및 기업간 협력증진에 관한 법률」 제4조 및 제12조"을 "「대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」 제30조"로 한다.
제⑥항 생략

부칙 [2006.12.26 제8085호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
②(자유무역지역 입주자격에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 자유무역지역 입주허가를 받은 자의 입주자격 유지 여부에 관하여는 제10조제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따라 입주허가를 받은 것으로 본다.

부칙[2006.12.30 제8138호]
제1조(시행일) 이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제2조제1항제2호의 개정규정은 2007년 7 월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조(다른 법률의 개정) ①, ② 생략
③자유무역지역의지정및운영에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제6호중 “교통세”를 “교통·에너지·환경세”로 한다.
제45조제1항중 “교통세법”을 “「교통·에너지·환경세법」”으로 한다.
④ 내지 ⑨ 생략
제6조 생략

부칙 [2007.4.11 제8356호(대외무역법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑦ 생략
⑧자유무역지역의지정및운영에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제32조제1항 전단 중 “대외무역법 제14조의 규정에 의하여”를 “「대외무역법 제11조에 따라”로, “제43조의 규정에 의하여”를 “제46조에 따라”로 하고, 같은 조 제2항 본문 중 “대외무역법 제15조의 규정에 의하여”를 “「대외무역법」 제12조에 따라”로 하며, 같은 조 제4항 중 “대외무역법 제15조의 규정에 의한”을 “「대외무역법」 제12조에 따른”으로 한다.
⑨ 내지 ⑩ 생략
제7조 생략

부칙 [2007.7.27 제8566호(특수임무수행자 지원 및 단체설립에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) ① 내지 ④ 생략
⑤자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항제2호중 “「특수임무수행자 지원에 관한 법률」”을 “「특수임무수행자 지원 및 단체설립에 관한 법률」”로 한다.
⑥ 내지 ⑨ 생략

부칙 [2007.8.3 제8616호(물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑥ 생략
⑦자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1호다목을 다음과 같이 하고, 같은 호 라목을 삭제한다.
다. 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제2조제2호 및 제6호에 따른 물류터미널 및 물류단지
제8조제1항제3호를 다음과 같이 하고, 같은 항 제4호를 삭제한다.
3. 제5조제1호다목의 물류터미널 및 물류단지 : 건설교통부장관
⑧ 내지 ⑩ 생략
제12조 생략

부칙 [2007.12.31 제8829호(개별소비세법)]
제1조(시행일) 이 법은 2008년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑧ 생략
⑨자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제6호 중 “특별소비세”를 “개별소비세”로 한다.
제45조제1항 중 “「특별소비세법」”을 “「개별소비세법」”으로 한다.
⑩ 내지 ⑬ 생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 <388> 까지 생략
<389> 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항부터 제5항까지, 제6조제1항·제2항, 제7조제1항·제2항·제3항 단서·제4항·제5항, 제8조제1항제1호, 제10조제2항, 제32조제1항·제3항, 제50조제3항 중 "산업자원부장관"을 각각 "지식경제부장관"으로 한다.
제8조제1항제2호 및 제3호 중 "건설교통부장관"을 각각 "국토해양부장관"으로 하며, 같은 항 제5호 중 "해양수산부장관"을 "국토해양부장관"으로 한다.
제13조 본문 및 제1호부터 제3호까지, 제14조제2항, 제15조제2항제5호·제3항, 제28조제1항, 제52조 중 "산업자원부령"을 각각 "지식경제부령"으로 한다.
제50조제1항 중 "산업자원부"를 "지식경제부"로 한다.
제4조제4항, 제17조제1항·제2항 및 제55조제2항 중 "재정경제부장관"을 각각 "기획재정부장관"으로 한다.
<390> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.3.28 제9071호(도시교통정비 촉진법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2009년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제9조까지 생략
제10조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <19> 까지 생략
<20> 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제48조 중 "「도시교통정비 촉진법」 제18조의 규정에 의한"을 "「도시교통정비 촉진법」 제36조에 따른"으로 한다.
<21> 부터 <23> 까지 생략
제11조 생략

부칙 [2008.12.26 제9243호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2009. 1.30 제9374호(외국인투자 촉진법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조(다른 법률의 개정) ① 및 ② 생략
③ 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제55조제2항 중 “기획재정부장관”을 “지식경제부장관”으로 한다.
④ 생략

부 칙[2009.1.30 제9401호(국유재산법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 부터 <58> 까지 생략
<59> 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제17조제1항 중 “관리환”을 “관리전환”으로 하고, 같은 조 제2항 전단 중 “「국유재산법」 제25조제1항ㆍ제34조 및 제38조제1항”을 “「국유재산법」 제32조제1항ㆍ제44조 및 제47조”로 하며, 같은 조 제3항 본문 및 제4항 본문 중 “「국유재산법」 제27조제1항 및 제36조제1항”을 각각 “「국유재산법」 제35조제1항 및 제46조제1항”으로 한다.
제19조제1항 중 “「국유재산법」 제40조”를 “「국유재산법」 제50조”로 한다.
제22조제1항 각 호 외의 부분 중 “「국유재산법」 제24조제3항 및 제38조제1항”을 “「국유재산법」 제18조 및 제47조”로 한다.
<60> 부터 <86> 까지 생략
제11조 생략

부 칙[2009.4.1 제9587호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대하여 벌칙을 적용할 때에는 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2009.6.9 제9780호(항공법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제10조까지 생략
제11조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑩ 까지 생략
⑪ 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1호나목 중 “「항공법」 제2조제5호의 규정에 의한”을 “「항공법」 제2조제7호에 따른”으로 한다.
⑫ 부터 <19> 까지 생략
제12조 생략

부 칙[2011.4.14 제10590호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(공장설립등의 완료신고 및 사업개시의 신고에 관한 적용례) 제14조제2항 및 제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 입주허가 또는 변경허가를 받는 자부터 적용한다.
제3조(토지 또는 공장등의 처분제한에 관한 적용례) 제25조제1항, 제3항 및 제5항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 입주기업체등이 취득 또는 분할한 토지이거나 취득한 공장등부터 적용한다.
제4조(토지의 분할에 관한 적용례) 제25조제6항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 분할되는 토지부터 적용한다.
제5조(공장등록에 관한 증서를 갈음하는 입주확인서에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 발급된 입주확인서는 제14조제2항의 개정규정에 따라 관리권자가 발급한 공장등록증명서로 본다.

부 칙[2011.6.30 제10808호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제41조의2의 개정규정은 「대한민국과 유럽연합 및 그 회원국 간의 자유무역협정」이 발효하는 날(제41조의2제1항제5호에 따른 특허권 및 같은 항 제6호에 따른 디자인권은 발효 일 이후 2년이 되는 날)부터 시행한다.
②(적용례) 제41조의2의 개정규정은 같은 개정규정 시행 후 최초로 제29조에 따른 반입신고(제29조제1항제1호가목 에 해당하는 물품으로서 같은 호 각 목 외의 부분 단서의 관세청장이 정하는 자료제출을 포함한다) 또는 수입신고, 제30조에 따른 국외반출신고 또는 수출신고 및 제36조에 따른 보세운송신고를 하는 물품부터 적용한다.

부 칙[2011.8.4 제11020호(산업입지 및 개발에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ①부터 <19>까지 생략
<20> 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1호가목 중 “「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조제5호”를 “「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조제8호”로 한다.
<21>부터 <25>까지 생략
제11조 생략

부 칙[2011.8.4 제11029호(특수임무유공자 예우 및 단체설립에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑤까지 생략
⑥ 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항제2호 중 “「특수임무수행자 지원 및 단체설립에 관한 법률」”을 “「특수임무유공자 예우 및 단체설립에 관한 법률」”로 한다.
⑦부터 ⑩까지 생략

부 칙[2011.9.15 제11042호(보훈보상대상자 지원에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 2012년 7월 1일부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 개정) ①부터 <20>까지 생략
<21> 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항제2호 중 “「국가유공자 등 예우 및 지원에 관한 법률」 제31조”를 “「국가유공자 등 예우 및 지원에 관한 법률」 제31조, 「보훈보상대상자 지원에 관한 법률」 제35조”로 한다.
<22>부터 <27>까지 생략

부 칙[2012.6.1 제11458호(종자산업법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑤까지 생략
⑥ 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제41조의2제1항제3호 중 “「종자산업법」”을 “「식물신품종 보호법」”으로 한다.
⑦ 생략
제6조 생략

부 칙[2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
② 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <413>까지 생략
<414> 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항 전단, 같은 조 제2항, 같은 조 제3항 본문, 같은 조 제4항, 제6조제1항·제2항, 제7조제1항·제2항, 같은 조 제3항 단서, 같은 조 제4항·제5항, 제8조제1항제1호, 제10조제2항, 제28조의2제1항 전단, 제32조제1항 전단 및 후단, 같은 조 제3항 전단 및 후단, 제51조제1항 및 제55조제2항 중 "지식경제부장관"을 각각 "산업통상자원부장관"으로 한다.
제4조제3항 본문 및 제8조제1항제2호·제3호 중 "국토해양부장관"을 각각 "국토교통부장관"으로 한다.
제8조제1항제4호 중 "국토해양부장관"을 "해양수산부장관"으로 한다.
제10조제2항, 제13조 각 호 외의 부분, 같은 조 제1호부터 3호까지, 제15조제2항 각 호 외의 부분 단서, 같은 항 제6호, 같은 조 제3항, 제25조제6항, 제28조제1항 및 제52조 전단 중 "지식경제부령"을 각각 "산업통상자원부령"으로 한다.
<415>부터 <710>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2014.1.21 제12301호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(금치산자 등에 대한 경과조치) 제12조제1호의 개정규정에 따른 피성년후견인에는 법률 제10429호 민법 일부개정법률 부칙 제2조에 따라 금치산 또는 한정치산 선고의 효력이 유지되는 사람을 포함하는 것으로 본다.

부 칙[2016.1.19 제13782호(감정평가 및 감정평가사에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 2016년 9월 1일부터 시행한다.
제2조부터 제6조까지 생략
제7조(다른 법률의 개정) ①부터 <19>까지 생략
<20> 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제25조제5항 본문 중 "「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」"을 "「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」"로 한다.
<21>부터 <25>까지 생략
제8조 생략

부 칙[2016.1.19 제13797호(부동산 거래신고 등에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ①부터 <28>까지 생략
<29> 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제23조제4항 중 "「외국인토지법」 제4조제1항 및 제6조"를 "「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제3조제1항 및 제8조제3항"으로 한다.
<30>부터 <44>까지 생략
제11조 생략

부 칙[2016.1.27 제13856호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(입주허가에서 입주계약으로의 변경에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 제11조에 따라 입주허가를 받은 자는 제11조의 개정규정에 따른 입주계약을 체결한 자로 본다. 다만, 종전의 제13조 각 호에 따른 조치이행 및 제15조제2항제5호에 따른 입주허가의 취소는 종전의 규정에 따른다.
② 이 법 시행 당시 종전의 제12조제8호에 따라 입주허가를 받을 수 없는 자는 그 입주허가가 취소된 날부터 2년이 경과할 때까지는 제12조제8호의 개정규정에 따라 입주계약을 체결할 수 없는 자로 본다.
제3조(벌칙 및 과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대한 벌칙 및 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 따른다.
제4조(다른 법률의 개정) ① 관세법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제254조의2제6항 단서 중 "입주허가를 받아"를 "입주계약을 체결하여"로 한다.
② 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제121조의12제1항제2호 중 "입주허가가 취소된 경우"를 "입주계약이 해지된 경우"로 한다.

부 칙[2016.3.29 제14113호(공항시설법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제16조까지 생략
제17조(다른 법률의 개정) ①부터 <17>까지 생략
<18> 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1호나목 중 "「항공법」 제2조제7호"를 "「공항시설법」 제2조제3호"로 한다.
<19>부터 <25>까지 생략
제18조 생략

부 칙[2018.4.17 제15575호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(입주자격에 관한 적용례) 제10조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 입주계약을 체결하는 국내복귀기업과 외국인투자기업부터 적용한다.