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제16조(입주계약 체결 등의 통보)
관리권자는 제11조제1항에 따라 입주계약(변경계약을 포함한다)을 체결하거나 제15조제1항 또는 제2항에 따라 입주계약을 해지한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세관장에게 통보하여야 한다. [개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]
[전문개정 2011.4.14][[시행일 2011.7.15]]
[본조제목개정 2016.1.27] [[시행일 2016.7.28]]

부칙
제1조 (施行日) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (수출자유지역에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 수출자유지역설치법에 의하여 설치된 수출자유지역은 이 법에 의하여 자유무역지역으로 지정된 것으로 본다.
②이 법 시행당시 종전의 수출자유지역설치법 제8조의 규정에 의하여 입주허가를 받은 자는 이 법 제9조의 개정규정에 의한 입주허가를 받은 것으로 본다.
③이 법 시행당시 종전의 수출자유지역설치법 제13조의 규정에 의하여 산업자원부장관의 승인과 세관장의 허가를 받은 경우에는 이 법 제27조 및 제28조의 개정규정에 의하여 산업자원부장관 또는 세관장의 승인을 얻은 것으로 본다.
제3조 (벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 수출자유지역설치법의 규정에 의한다.
제4조 (다른 법률과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 수출자유지역설치법을 인용한 경우 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 이 법 또는 이 법의 해당 조문을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2000.12.29. 법6305호]
제1조(적용례) 이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제8조 생략

부칙 [2001.8.14.]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(물품의 수입신고 및 관세납부에 관한 적용례) 제20조제3항제2호의 개정규정은 이 법 시행 이후 최초로 관세지역으로 반출하고자 하는 수입신고분부터 적용한다.
제3조(내국물품의 신고에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제20조제1항의 규정에 의하여 세관장에게 신고한 내국물품중 제20조제2항의 개정규정에 의하여 대통령령으로 정한 내국물품은 내국물품확인을 받은 것으로 본다.
제4조(내국물품의 반출의 신고에 대한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제21조제1항의 규정에 의하여 관세지역으로 내국물품의 반출을 세관장에게 신고한 경우는 제21조제1항의 개정규정에 의한 증빙서류를 제출한 것으로 본다.

부칙 [2002.1.26. 법률제6642호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제8조 생략

부칙 [2002.12.30. (공업배치및공장설립에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 2003년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제6조 및 제8조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) ① 내지 [18] 생략
<19>자유무역지역의지정등에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제2조제3호, 제9조제3항 및 제4항중 "공업배치및공장설립에관한법률"을 각각 "산업집적활성화및공장설립에관한법률"로 한다.
[20] 내지 [28] 생략

부칙 [2004.3.22.]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (다른 법률의 폐지) 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률은 이를 폐지한다.
제3조 (수입신고수리물품의 반출에 관한 적용례) 제37조의 개정규정에 의하여 준용되는 관세법 제157조의2의 규정은 이 법 시행후 수입신고가 수리되는 분부터 적용한다.
제4조 (관세자유지역에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을 위한관세자유지역의지정및운영에관한법률에 의하여 지정된 관세자유지역은 제4조의 개정규정에 의한 자유무역지역으로, 관세자유지역예정지역은 제7조의 개정규정에 의한 예정지역으로 각각 지정된 것으로 본다.
제5조 (관세자유지역의 등록업체 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률 제11조의 규정에 의하여 세관장에게 등록업체로 등록을 한 자와 지원업체로서 입주계약을 체결한 자는 제11조의 개정규정에 의하여 각각 입주기업체 또는 지원업체의 입주허가를 받은 것으로 본다.
②이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률의 규정에 의하여 등록을 받은 세관장은 이 법 시행후 3월 이내에 등록업체현황 등에 관한 사항을 제8조제1항제2호 내지 제4호의 규정에 의한 관리권자에게 각각 통보하여야 한다.
제6조 (자유무역지역의 입주허가기업체에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 자유무역지역의지정등에관한법률 제9조의 규정에 의한 입주허가를 행한 관리권자는 세관장에게 그 입주기업체에 대한 허가사항을 통보하여야 한다.
제7조 (입주허가의 결격사유에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 자유무역지역의지정등에관한법률 제9조의 규정에 의하여 입주허가를 받은 자(부칙 제5조제1항의 규정에 의하여 입주허가를 받은 것으로 보는 자를 포함한다) 또는 그 임원인 자가 이 법 시행전에 발생한 사유로 인하여 제12조제2호 내지 제7호의 개정규정에 의한 결격사유에 해당하게 된 경우에는 동조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제8조 (외국물품등의 사용ㆍ소비에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률에 의한 관세자유지역안으로 반입된 동법 제28조제1항 각호의 1에 해당하는 외국물품등을 이 법 시행후 사용ㆍ소비하고자 하는 자는 관세법 제241조의 규정에 의한 수입신고를 하고 관세등을 납부하여야 한다.
제9조 (견품의 반출에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률 제21조의 규정에 의한 견품의 반출허가 또는 종전의 자유무역지역의지정등에관한법률 제28조의 규정에 의한 물품의 일시반출ㆍ반입승인은 제33조의 개정규정에 의한 일시반출의 허가로 본다.
제10조 (역외작업의 신고 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률 제22조의 규정에 의한 역외작업의 신고 또는 종전의 자유무역지역의지정등에관한법률 제27조의 규정에 의한 역외가공의 승인은 제34조의 개정규정에 의한 세관장의 역외작업의 신고수리로 본다.
제11조 (외국물품등의 멸실신고 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률 제24조제2항의 규정에 의한 외국물품등의 멸실ㆍ분실 또는 폐기에 관한 신고 또는 종전의 자유무역지역의지정등에관한법률 제23조제2항의 규정에 의한 외국물품과 공급물품의 멸실 또는 분실에 관한 신고는 제38조제3항의 개정규정에 의한 외국물품등의 멸실ㆍ분실 또는 폐기신고로 본다.
제12조 (관세등의 면제ㆍ환급 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률 제30조의 규정에 의한 관세등의 면제 또는 환급과 동법 제31조의 규정에 의한 부가가치세의 영세율적용은 제45조의 개정규정에 의한 관세등의 면제 또는 환급과 부가가치세의 영세율의 적용으로 본다.
제13조 (임대료의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률 제33조의 규정에 의한 임대료의 감면 또는 종전의 자유무역지역의지정등에관한법률 제31조제2항 및 제3항의 규정에 의한 임대료의 감면은 제20조의 개정규정에 의한 임대료의 감면으로 본다.
제14조 (벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률과 자유무역지역의지정등에관한법률의 규정에 의한다.
제15조 (다른 법률의 개정) ①수출용원재료에대한관세등환급에관한특례법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제3호중 "수출자유지역설치법에 의한 수출자유지역안"을 "자유무역지역의지정및운영에관한법률에 의한 자유무역지역안"으로 한다.
②전기통신기본법중 다음과 같이 개정한다.
제30조의2제1항제5호중 "자유무역지역의지정등에관한법률"을 "자유무역지역의지정및운영에관한법률"로 한다.
③제주국제자유도시특별법중 다음과 같이 개정한다.
제44조제1항중 "자유무역지역의지정등에관한법률"을 "자유무역지역의지정및운영에관한법률"로 한다.
④조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항제23호를 다음과 같이 한다.
23. 자유무역지역의지정및운영에관한법률
제16조 (다른 법률과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법률에서 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률과 자유무역지역의지정등에관한법률 또는 그 규정을 인용하고 있는 경우 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2005.1.14 법률 제7335호 (부동산가격공시및감정평가등에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) ①내지 <19>생략
<20>자유무역지역의지정및운영에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제25조제5항 본문중 "지가공시및토지등의평가에관한법률"을 "부동산가격공시및감정평가에관한법률"로 한다.
<21>내지 <24>생략
제12조 생략

부칙 [2006.3.3 제7864호(대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) 제①항 내지 제④항 생략
⑤자유무역지역의지정및운영에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항제4호중 "「중소기업의 사업영역 보호 및 기업간 협력증진에 관한 법률」 제4조 및 제12조"을 "「대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」 제30조"로 한다.
제⑥항 생략

부칙 [2006.12.26 제8085호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
②(자유무역지역 입주자격에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 자유무역지역 입주허가를 받은 자의 입주자격 유지 여부에 관하여는 제10조제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따라 입주허가를 받은 것으로 본다.

부칙[2006.12.30 제8138호]
제1조(시행일) 이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제2조제1항제2호의 개정규정은 2007년 7 월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조(다른 법률의 개정) ①, ② 생략
③자유무역지역의지정및운영에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제6호중 “교통세”를 “교통·에너지·환경세”로 한다.
제45조제1항중 “교통세법”을 “「교통·에너지·환경세법」”으로 한다.
④ 내지 ⑨ 생략
제6조 생략

부칙 [2007.4.11 제8356호(대외무역법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑦ 생략
⑧자유무역지역의지정및운영에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제32조제1항 전단 중 “대외무역법 제14조의 규정에 의하여”를 “「대외무역법 제11조에 따라”로, “제43조의 규정에 의하여”를 “제46조에 따라”로 하고, 같은 조 제2항 본문 중 “대외무역법 제15조의 규정에 의하여”를 “「대외무역법」 제12조에 따라”로 하며, 같은 조 제4항 중 “대외무역법 제15조의 규정에 의한”을 “「대외무역법」 제12조에 따른”으로 한다.
⑨ 내지 ⑩ 생략
제7조 생략

부칙 [2007.7.27 제8566호(특수임무수행자 지원 및 단체설립에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) ① 내지 ④ 생략
⑤자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항제2호중 “「특수임무수행자 지원에 관한 법률」”을 “「특수임무수행자 지원 및 단체설립에 관한 법률」”로 한다.
⑥ 내지 ⑨ 생략

부칙 [2007.8.3 제8616호(물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑥ 생략
⑦자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1호다목을 다음과 같이 하고, 같은 호 라목을 삭제한다.
다. 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제2조제2호 및 제6호에 따른 물류터미널 및 물류단지
제8조제1항제3호를 다음과 같이 하고, 같은 항 제4호를 삭제한다.
3. 제5조제1호다목의 물류터미널 및 물류단지 : 건설교통부장관
⑧ 내지 ⑩ 생략
제12조 생략

부칙 [2007.12.31 제8829호(개별소비세법)]
제1조(시행일) 이 법은 2008년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑧ 생략
⑨자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제6호 중 “특별소비세”를 “개별소비세”로 한다.
제45조제1항 중 “「특별소비세법」”을 “「개별소비세법」”으로 한다.
⑩ 내지 ⑬ 생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 <388> 까지 생략
<389> 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항부터 제5항까지, 제6조제1항·제2항, 제7조제1항·제2항·제3항 단서·제4항·제5항, 제8조제1항제1호, 제10조제2항, 제32조제1항·제3항, 제50조제3항 중 "산업자원부장관"을 각각 "지식경제부장관"으로 한다.
제8조제1항제2호 및 제3호 중 "건설교통부장관"을 각각 "국토해양부장관"으로 하며, 같은 항 제5호 중 "해양수산부장관"을 "국토해양부장관"으로 한다.
제13조 본문 및 제1호부터 제3호까지, 제14조제2항, 제15조제2항제5호·제3항, 제28조제1항, 제52조 중 "산업자원부령"을 각각 "지식경제부령"으로 한다.
제50조제1항 중 "산업자원부"를 "지식경제부"로 한다.
제4조제4항, 제17조제1항·제2항 및 제55조제2항 중 "재정경제부장관"을 각각 "기획재정부장관"으로 한다.
<390> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.3.28 제9071호(도시교통정비 촉진법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2009년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제9조까지 생략
제10조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <19> 까지 생략
<20> 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제48조 중 "「도시교통정비 촉진법」 제18조의 규정에 의한"을 "「도시교통정비 촉진법」 제36조에 따른"으로 한다.
<21> 부터 <23> 까지 생략
제11조 생략

부칙 [2008.12.26 제9243호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2009. 1.30 제9374호(외국인투자 촉진법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조(다른 법률의 개정) ① 및 ② 생략
③ 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제55조제2항 중 “기획재정부장관”을 “지식경제부장관”으로 한다.
④ 생략

부 칙[2009.1.30 제9401호(국유재산법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 부터 <58> 까지 생략
<59> 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제17조제1항 중 “관리환”을 “관리전환”으로 하고, 같은 조 제2항 전단 중 “「국유재산법」 제25조제1항ㆍ제34조 및 제38조제1항”을 “「국유재산법」 제32조제1항ㆍ제44조 및 제47조”로 하며, 같은 조 제3항 본문 및 제4항 본문 중 “「국유재산법」 제27조제1항 및 제36조제1항”을 각각 “「국유재산법」 제35조제1항 및 제46조제1항”으로 한다.
제19조제1항 중 “「국유재산법」 제40조”를 “「국유재산법」 제50조”로 한다.
제22조제1항 각 호 외의 부분 중 “「국유재산법」 제24조제3항 및 제38조제1항”을 “「국유재산법」 제18조 및 제47조”로 한다.
<60> 부터 <86> 까지 생략
제11조 생략

부 칙[2009.4.1 제9587호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대하여 벌칙을 적용할 때에는 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2009.6.9 제9780호(항공법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제10조까지 생략
제11조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑩ 까지 생략
⑪ 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1호나목 중 “「항공법」 제2조제5호의 규정에 의한”을 “「항공법」 제2조제7호에 따른”으로 한다.
⑫ 부터 <19> 까지 생략
제12조 생략

부 칙[2011.4.14 제10590호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(공장설립등의 완료신고 및 사업개시의 신고에 관한 적용례) 제14조제2항 및 제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 입주허가 또는 변경허가를 받는 자부터 적용한다.
제3조(토지 또는 공장등의 처분제한에 관한 적용례) 제25조제1항, 제3항 및 제5항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 입주기업체등이 취득 또는 분할한 토지이거나 취득한 공장등부터 적용한다.
제4조(토지의 분할에 관한 적용례) 제25조제6항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 분할되는 토지부터 적용한다.
제5조(공장등록에 관한 증서를 갈음하는 입주확인서에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 발급된 입주확인서는 제14조제2항의 개정규정에 따라 관리권자가 발급한 공장등록증명서로 본다.

부 칙[2011.6.30 제10808호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제41조의2의 개정규정은 「대한민국과 유럽연합 및 그 회원국 간의 자유무역협정」이 발효하는 날(제41조의2제1항제5호에 따른 특허권 및 같은 항 제6호에 따른 디자인권은 발효 일 이후 2년이 되는 날)부터 시행한다.
②(적용례) 제41조의2의 개정규정은 같은 개정규정 시행 후 최초로 제29조에 따른 반입신고(제29조제1항제1호가목 에 해당하는 물품으로서 같은 호 각 목 외의 부분 단서의 관세청장이 정하는 자료제출을 포함한다) 또는 수입신고, 제30조에 따른 국외반출신고 또는 수출신고 및 제36조에 따른 보세운송신고를 하는 물품부터 적용한다.

부 칙[2011.8.4 제11020호(산업입지 및 개발에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ①부터 <19>까지 생략
<20> 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1호가목 중 “「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조제5호”를 “「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조제8호”로 한다.
<21>부터 <25>까지 생략
제11조 생략

부 칙[2011.8.4 제11029호(특수임무유공자 예우 및 단체설립에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑤까지 생략
⑥ 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항제2호 중 “「특수임무수행자 지원 및 단체설립에 관한 법률」”을 “「특수임무유공자 예우 및 단체설립에 관한 법률」”로 한다.
⑦부터 ⑩까지 생략

부 칙[2011.9.15 제11042호(보훈보상대상자 지원에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 2012년 7월 1일부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 개정) ①부터 <20>까지 생략
<21> 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항제2호 중 “「국가유공자 등 예우 및 지원에 관한 법률」 제31조”를 “「국가유공자 등 예우 및 지원에 관한 법률」 제31조, 「보훈보상대상자 지원에 관한 법률」 제35조”로 한다.
<22>부터 <27>까지 생략

부 칙[2012.6.1 제11458호(종자산업법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) ①부터 ⑤까지 생략
⑥ 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제41조의2제1항제3호 중 “「종자산업법」”을 “「식물신품종 보호법」”으로 한다.
⑦ 생략
제6조 생략

부 칙[2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
② 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <413>까지 생략
<414> 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항 전단, 같은 조 제2항, 같은 조 제3항 본문, 같은 조 제4항, 제6조제1항·제2항, 제7조제1항·제2항, 같은 조 제3항 단서, 같은 조 제4항·제5항, 제8조제1항제1호, 제10조제2항, 제28조의2제1항 전단, 제32조제1항 전단 및 후단, 같은 조 제3항 전단 및 후단, 제51조제1항 및 제55조제2항 중 "지식경제부장관"을 각각 "산업통상자원부장관"으로 한다.
제4조제3항 본문 및 제8조제1항제2호·제3호 중 "국토해양부장관"을 각각 "국토교통부장관"으로 한다.
제8조제1항제4호 중 "국토해양부장관"을 "해양수산부장관"으로 한다.
제10조제2항, 제13조 각 호 외의 부분, 같은 조 제1호부터 3호까지, 제15조제2항 각 호 외의 부분 단서, 같은 항 제6호, 같은 조 제3항, 제25조제6항, 제28조제1항 및 제52조 전단 중 "지식경제부령"을 각각 "산업통상자원부령"으로 한다.
<415>부터 <710>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2014.1.21 제12301호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(금치산자 등에 대한 경과조치) 제12조제1호의 개정규정에 따른 피성년후견인에는 법률 제10429호 민법 일부개정법률 부칙 제2조에 따라 금치산 또는 한정치산 선고의 효력이 유지되는 사람을 포함하는 것으로 본다.

부 칙[2016.1.19 제13782호(감정평가 및 감정평가사에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 2016년 9월 1일부터 시행한다.
제2조부터 제6조까지 생략
제7조(다른 법률의 개정) ①부터 <19>까지 생략
<20> 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제25조제5항 본문 중 "「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」"을 "「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」"로 한다.
<21>부터 <25>까지 생략
제8조 생략

부 칙[2016.1.19 제13797호(부동산 거래신고 등에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ①부터 <28>까지 생략
<29> 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제23조제4항 중 "「외국인토지법」 제4조제1항 및 제6조"를 "「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제3조제1항 및 제8조제3항"으로 한다.
<30>부터 <44>까지 생략
제11조 생략

부 칙[2016.1.27 제13856호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(입주허가에서 입주계약으로의 변경에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 당시 종전의 제11조에 따라 입주허가를 받은 자는 제11조의 개정규정에 따른 입주계약을 체결한 자로 본다. 다만, 종전의 제13조 각 호에 따른 조치이행 및 제15조제2항제5호에 따른 입주허가의 취소는 종전의 규정에 따른다.
② 이 법 시행 당시 종전의 제12조제8호에 따라 입주허가를 받을 수 없는 자는 그 입주허가가 취소된 날부터 2년이 경과할 때까지는 제12조제8호의 개정규정에 따라 입주계약을 체결할 수 없는 자로 본다.
제3조(벌칙 및 과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대한 벌칙 및 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 따른다.
제4조(다른 법률의 개정) ① 관세법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제254조의2제6항 단서 중 "입주허가를 받아"를 "입주계약을 체결하여"로 한다.
② 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제121조의12제1항제2호 중 "입주허가가 취소된 경우"를 "입주계약이 해지된 경우"로 한다.

부 칙[2016.3.29 제14113호(공항시설법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제16조까지 생략
제17조(다른 법률의 개정) ①부터 <17>까지 생략
<18> 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1호나목 중 "「항공법」 제2조제7호"를 "「공항시설법」 제2조제3호"로 한다.
<19>부터 <25>까지 생략
제18조 생략

부 칙[2018.4.17 제15575호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(입주자격에 관한 적용례) 제10조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 입주계약을 체결하는 국내복귀기업과 외국인투자기업부터 적용한다.