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제3조(회계의 운용·관리)
이 회계는 지식경제부장관이 운용·관리한다. [개정 1997.12.13, 1998.12.28, 2008.2.29 제8852호(정부조직법)]

부칙 [94·3·24]
제1조 (시행일) 이 법은 1995년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (다른 법률의 개정) 에너지이용합리화법중 다음과 같이 개정한다. 제17조중 "제51조의 규정에 의한 에너지이용합리화기금,"을 삭제한다. 제5장(제51조 내지 제54조)을 삭제한다.
제69조제3호를 다음과 같이 한다.
3. 에너지이용합리화를 위한 자금의 융자 및 지원 제71조의 제목 "(기금의 운용과 예산회계등)"을 "(예산회계등)"으로 하고, 동조제2항중 "기금의 운용계획과 공단의"를 "공단의"로 한다.
제3조 (에너지이용합리화기금의 폐지에 따른 경과조치) ①이 법의 시행으로 인하여 폐지되는 종전의 에너지이용합리화법 제51조의 규정에 의한 에너지이용합리화기금에 속하는 자산과 채권·채무 기타의 권리·의무는 이 회계가 이를 승계한다.
②이 법의 시행으로 인하여 폐지되는 종전의 에너지이용합리화기금에 관한 1994년도 기금운용계획의 집행 및 기금결산에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제4조 (해외자원개발기금재산의 귀속) ①이 법 시행당시의 해외자원개발사업법 제11조의 규정에 의한 해외자원개발기금중 대한광업진흥공사에 설치되어 있는 기금(이하 "해외광물개발기금"이라 한다)에 속하는 자산과 채권·채무 기타의 권리·의무는 이 법 시행일에 이 회계에 귀속한다. 다만, 종전의 해외광물개발기금으로 취득한 고정자산은 이 회계에서 대한광업진흥공사에 보조한 것으로 본다.
②제1항 단서의 규정에 의하여 보조한 것으로 보는 자산의 가액은 1994년 12월 31일 현재의 장부가액을 기준으로 한다.
③제1항의 규정에 의하여 이 회계에 귀속되는 해외광물개발기금의 1994년도 기금운용계획의 집행 및 기금결산에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제5조 (석유사업기금등의 승계) 법률 제4753호 석유사업법중개정법률 부칙 제2조, 법률 제4754호 석탄산업법중개정법률 부칙 제2조, 이 법 부칙 제3조 및 제4조의 규정에 의하여 종전의 석유사업기금, 석탄산업육성기금, 석탄산업안정기금, 에너지이용합리화기금 및 해외광물개발기금으로부터 이 회계가 승계하거나 이 회계에 귀속되는 자산과 채권·채무 기타의 권리·의무는 다음 각호의 구분에 따라 각 계정의 소속으로 한다.
1. 융자사업과 그에 부대되는 자산 및 권리·의무는 융자및유가완충계정
2. 제1호외의 자산 및 권리·의무는 투자계정

부칙 [95·12·29]
제1조 (시행일) 이 법은 1997년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제5조 생략

부칙 [96·12·12]
①(시행일) 이 법은 1997년 1월 1일부터 시행한다.
②생략

부칙 [97·12·13]
이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]

부칙 [98·12·28]
①(시행일) 이 법은 1999년 1월 1일부터 시행한다.
②(한국석유개발공사가 보조금으로 취득·보유한 자산의 출자전환) 이 법 시행당시 석유비축기지의 건설, 석유비축기지의 유지·보수 및 비축유구입을 목적으로 종전의 제5조제2항제2호의 규정에 의하여 이 회계에서 한국석유개발공사법에 의한 한국석유개발공사(이하 "한국석유개발공사"라 한다)에 보조를 하여 한국석유개발공사가 취득·보유하고 있는 자산중 한국석유개발공사의 이사회의 의결을 거쳐 산업자원부장관의 승인을 얻은 것은 제5조제2항제3호의 개정규정에 의하여 이 회계에서 한국석유개발공사에 출자한 것으로 본다. 이 경우 그 출자한 것으로 보는 자산의 가액은 1998년 12월 31일 현재 한국석유개발공사의 장부가액을 기준으로 한다.

부칙 [98·12·31]
제1조 (시행일) 이 법은 1999년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략

부칙 [99·12·31]
제1조 (시행일) 이 법은 2000년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [2001.12.31. 법률제6589호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제8조 생략

부칙 [2004.10.22. 법률 제7240호(석유및석유대체연료사업법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ⑨ 생략
⑩에너지및자원사업특별회계법중 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제1호중 "석유사업법 제14조"를 "석유및석유대체연료사업법 제14조 및 제35조"로 한다.
제5조제1항제2호중 "석유사업법 제18조"를 "석유및석유대체연료사업법 제18조 및 제37조"로 한다.
⑪ 내지 ⑮ 생략
제6조 생략

부칙 [2004.12.31 제7284호(신에너지및재생에너지개발·이용·보급촉진법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) ①내지 ④생략
⑤에너지및자원사업특별회계법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호 다목을 다음과 같이 한다.
다. 에너지절약 및 신·재생에너지사업
⑥내지 ⑧생략
제5조 생략

부칙 [2005.5.31 제7553호]
이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2006.10.4 제8050호(국가재정법)]
제1조(시행일) 이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제56조의 규정은 법률에 따라 정부회계에 관한 기준이 마련되어 시행되는 회계연도부터, 부칙 제11조제14항, 동조제17항(「국유재산법」 제48조제4항 관련 규정에 한한다) 및 동조제29항(「물품관리법」 제21조 관련 규정에 한한다)의 규정은 각각 2008년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조(다른 법률의 개정) ① 내지 <40> 생략
<41>에너지및자원사업특별회계법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조 중 “예산회계법 제38조”를 “「국가재정법」 제48조”로 한다.
제12조제2항 중 “예산회계법”을 “「국가재정법」”으로 한다.
<42> 내지 <59> 생략
제12조 생략

부칙 [2006.12.30 제8152호]
이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 [2007.4.11 제8355호(광업법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑫ 생략
⑬에너지및자원사업특별회계법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제4호 중 “광업법 제102조의2의 규정에 의한”을 “「광업법」 제87조에 따른”으로 한다.
⑭ 내지 <20> 생략
제6조 생략

부칙 [2007.12.21 제8765호(도시가스사업법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제21조제1항 및 제54조제1항제8호의 개정규정은 2008년 1월 4일부터 시행하고, 제40조의2제3항의 개정규정은 2009년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제6조 생략
제7조(다른 법률의 개정) ① 생략
②에너지및자원사업특별회계법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항에 제2호의2를 다음과 같이 신설한다.
2의2. 「도시가스사업법」 제10조의8에 따른 과징금
③ 생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <376> 까지 생략
<377> 에너지및자원사업특별회계법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호, 제3조, 제6조제4항, 제8조제4항, 제13조제1항·제2항·제3항, 제14조제1항·제2항·제3항, 제15조 중 "산업자원부장관"을 각각 "지식경제부장관"으로 한다.
<378> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부 칙[2009.1.30 제9346호(교통·에너지·환경세법)]
제1조(시행일) 이 법은 2022년 1월 1일부터 시행한다. [개정 2009.12.31 제9901호(교통·에너지·환경세법), 2013.1.1 제11603호(교통·에너지·환경세법), 2015.12.15 제13550호(교통·에너지·환경세법), 2018.12.31 제16096호(교통·에너지·환경세법)]
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑥ 까지 생략
⑦ 에너지및자원사업특별회계법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조를 다음과 같이 한다.
제7조(일반회계로부터의 전입) 이 회계는 세출재원을 확보하기 위하여 예산에서 정하는 바에 따라 일반회계로부터 전입을 받을 수 있다.
⑧ 부터 ⑪ 까지 생략

부 칙[2010.1.1 제9929호]
①(시행일) 이 법은 2010년 2월 8일부터 시행한다.
②(유가완충준비금 폐지에 따른 경과조치) 이 법 시행에 따라 폐지되는 제13조의 유가완충준비금(이자 포함)은 이 법 시행일에 에너지및자원사업특별회계의 투자계정으로 세입 조치한다.