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제3조(회계의 운용·관리)
이 회계는 산업자원부장관이 운용·관리한다.<개정 1997.12.13, 1998.12.28>

부칙 <제4752호,1994.3.24>
제1조 (시행일) 이 법은 1995년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (다른 법률의 개정) 에너지리용합리화법중 다음과 같이 개정한다.
제17조중 "제51조의 규정에 의한 에너지리용합리화기금,"을 삭제한다.
제5장(제51조 내지 제54조)을 삭제한다.
제69조제3호를 다음과 같이 한다.
3. 에너지리용합리화를 위한 자금의 융자 및 지원
제71조의 제목 "(기금의 운용과 예산회계등)"을 "(예산회계등)"으로 하고, 동조제2항중 "기금의 운용계획과 공단의"를 "공단의"로 한다.
제3조 (에너지리용합리화기금의 폐지에 따른 경과조치) ①이 법의 시행으로 인하여 폐지되는 종전의 에너지리용합리화법 제51조의 규정에 의한 에너지리용합리화기금에 속하는 자산과 채권·채무 기타의 권리·의무는 이 회계가 이를 승계한다.
②이 법의 시행으로 인하여 폐지되는 종전의 에너지리용합리화기금에 관한 1994년도 기금운용계획의 집행 및 기금결산에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제4조 (해외자원개발기금재산의 귀속) ①이 법 시행당시의 해외자원개발사업법 제11조의 규정에 의한 해외자원개발기금중 대한광업진흥공사에 설치되어 있는 기금(이하 "해외광물개발기금"이라 한다)에 속하는 자산과 채권·채무 기타의 권리·의무는 이 법 시행일에 이 회계에 귀속한다. 다만, 종전의 해외광물개발기금으로 취득한 고정자산은 이 회계에서 대한광업진흥공사에 보조한 것으로 본다.
②제1항 단서의 규정에 의하여 보조한 것으로 보는 자산의 가액은 1994년 12월 31일 현재의 장부가액을 기준으로 한다.
③제1항의 규정에 의하여 이 회계에 귀속되는 해외광물개발기금의 1994년도 기금운용계획의 집행 및 기금결산에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제5조 (석유사업기금등의 승계) 법률 제4753호 석유사업법중개정법률 부칙 제2조, 법률 제4754호 석탄산업법중개정법률 부칙 제2조, 이 법 부칙 제3조 및 제4조의 규정에 의하여 종전의 석유사업기금, 석탄산업육성기금, 석탄산업안정기금, 에너지이용합리화기금 및 해외광물개발기금으로부터 이 회계가 승계하거나 이 회계에 귀속되는 자산과 채권·채무 기타의 권리·의무는 다음 각호의 구분에 따라 각 계정의 소속으로 한다.
1. 융자사업과 그에 부대되는 자산 및 권리·의무는 융자및유가완충계정
2. 제1호외의 자산 및 권리·의무는 투자계정

부칙(석유사업법) <제5092호,1995.12.29>
제1조 (시행일) 이 법은 1997년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) ①에너지및자원사업특별회계법중 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제1호중 "석유사업법 제13조의2"를 "석유사업법 제14조"로, 제5조제1항제2호중 "석유사업법 제17조의2"를 "석유사업법 제18조"로 한다.
②내지 ④생략
제5조 생략

부칙(고압가스안전관리법) <제5184호,1996.12.12>
①(시행일) 이 법은 1997년 1월 1일부터 시행한다.
②(다른 법률의 개정) 에너지및자원사업특별회계법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호 라목을 다음과 같이 하고, 동호에 마목을 다음과 같이 신설한다.
라. 가스의 안전관리와 유통구조의 개선사업
마. 가목 내지 라목의 사업과 관련된 연구개발 및 부대사업
제5조제1항제5호 내지 제11호를 제6호 내지 제12호로 하고, 동항에 제5호를 다음과 같이 신설한다.
5. 고압가스안전관리법 제34조의2의 규정에 의한 안전관리부담금 및 가산금

부칙(정부부처명칭등의변경에따른건축법등의정비에관한법율) <제5454호,1997.12.13>
이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>

부칙 <제5597호,1998.12.28>
①(시행일) 이 법은 1999년 1월 1일부터 시행한다.
②(한국석유개발공사가 보조금으로 취득·보유한 자산의 출자전환) 이 법 시행당시 석유비축기지의 건설, 석유비축기지의 유지·보수 및 비축유구입을 목적으로 종전의 제5조제2항제2호의 규정에 의하여 이 회계에서 한국석유개발공사법에 의한 한국석유개발공사(이하 "한국석유개발공사"라 한다)에 보조를 하여 한국석유개발공사가 취득·보유하고 있는 자산중 한국석유개발공사의 리사회의 의결을 거쳐 산업자원부장관의 승인을 얻은 것은 제5조제2항제3호의 개정규정에 의하여 이 회계에서 한국석유개발공사에 출자한 것으로 본다. 이 경우 그 출자한 것으로 보는 자산의 가액은 1998년 12월 31일 현재 한국석유개발공사의 장부가액을 기준으로 한다.

부칙(한국석유공사법) <제5622호,1998.12.31>
제1조 (시행일) 이 법은 1999년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (명칭변경에 따른 경과조치) ①이 법 시행당시의 한국석유개발공사는 이를 한국석유공사로 본다.
②이 법 시행당시의 한국석유개발공사의 명의로 행한 행위 기타 법률관계에 있어서는 이를 한국석유공사의 명의로 행한 것으로 본다.
③이 법 시행당시 등기부 기타 공부상의 한국석유개발공사의 명의는 이를 한국석유공사의 명의로 본다.
④이 법 시행당시 다른 법령에서 한국석유개발공사법 또는 한국석유개발공사를 인용하고 있는 경우에는 그에 갈음하여 한국석유공사법 또는 한국석유공사를 인용한 것으로 본다.
제3조 (다른 법률의 개정) ①에너지및자원사업특별회계법중 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제6호중 "한국석유개발공사법"을 "한국석유공사법"으로 한다.
②생략

부칙(기금관리기본법) <제6101호,1999.12.31>
제1조 (시행일) 이 법은 2000년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①내지 ⑩생략
⑩에너지및자원사업특별회계법중 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항에 제6호의2를 다음과 같이 신설한다.
6의2. 진폐의예방과진폐근로자의보호등에관한법률 제31조 및 제34조의 규정에 의한 부담금 및 연체금
⑪내지 <22>생략
제4조 생략

(부담금관리기본법) <제6589호,2001.12.31>
제1조 (시행일) 이 법은 2002년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제7조 생략
제8조 (다른 법율의 개정) ①내지 ⑥생략
⑦에너지및자원사업특별회계법중 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제6호의2를 삭제한다.
⑩생략