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제56조(고유목적사업준비금의 손금산입)
①법 제29조제1항 본문중 "대통령령이 정하는 법인"이라 함은 법인으로 보는 단체중 다음 각호의 1에 해당하는 법인외의 법인을 말한다.
1. 제36조제1항제1호 및 제2호에 해당하는 법인
2. 상속세및증여세법시행령 제12조 각호의 1에 해당하는 법인
3. 법령에 의하여 설치된 기금
②법 제29조제1항제1호의 규정을 적용함에 있어서 금융보험업을 영위하는 비영리내국법인이 제111조제2항 각호의 1에 해당하는 법인에게 일시적으로 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자소득은 이를 법 제29조제1항제1호의 금액으로 본다.
③법 제29조제1항제4호에서 "수익사업에서 발생한 소득"이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금 및 법 제24조제2항의 규정에 의한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조제1항제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및 법 제13조제1호의 규정에 의한 결손금과 법 제24조제2항의 규정에 의한 기부금을 차감한 금액을 말한다.
④법 제29조제1항제4호에서 "대통령령이 정하는 율"이라 함은 100분의 50을 말한다.
⑤법 제29조제1항에서 "고유목적사업"이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다.
⑥법 제29조제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액과 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 의료보험·연금관리 및 공제사업 등을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.
⑦법 제29조제4항에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이라 함은 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
1. 당해 고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액
2. 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 4의 율
⑧법 제29조제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 재정경제부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다.

<제15970호,1998.12.31>
제1조 (시행일) 이 영은 1999년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제5조, 제9조, 제12조 내지 제15조, 제72조, 제82조 내지 제85조, 제88조, 제96조, 제97조, 제116조, 제120조, 제123조, 제124조의 개정규정(분할에 관한 부분에 한한다) 및 제36조제2항, 제56조제1항 및 제62조제1항제5호·제14호의 개정규정과 부칙 제13조제1항의 규정은 공포한 날부터, 제54조 및 제120조제2항 내지 제4항의 개정규정은 2000년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용예) 이 영은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다. 다만, 청산소득에 관한 법인세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 해산 또는 합병하거나 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 분할하는 분부터 적용하고, 특별부가세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제3조 (합병 및 분할에 관한 특예에 관한 적용예) 제5조, 제9조제3항, 제15조제2항 및 제3항, 제24조제4항, 제72조제1항제3호 및 제4호, 제80조 내지 제85조, 제88조제1항제8호 가목, 제96조제2항 내지 제4항, 제97조제6항, 제116조제2항 및 제120조제7항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 합병하거나 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 분할하는 분부터 적용한다.
제4조 (부당행위계산부인 등에 관한 적용예) ①제11조제9호, 제87조 내지 제89조, 제106조제1항제3호 자목의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 거래하는 분부터 적용한다.
②제90조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도에 거래하는 분부터 적용한다.
③제131조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제5조 (의제배당에 관한 적용예) 제12조 내지 제14조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 주식의 소각등 또는 자본등에 전입하거나 해산하는 분부터 적용한다. 다만, 합병 또는 분할에 관한 개정부분은 이 영 시행후 최초로 합병하거나 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 분할하는 분부터 적용한다.
제6조 (감가상각비 손금산입에 관한 적용예) ①제24조 내지 제34조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도에 감가상각하는 분부터 적용한다.
②제24조제5항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도에 시설대여하는 분부터 적용한다.
제7조 (손금계산에 관한 적용예) ①제36조제2항 및 제56조제1항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 지출하거나 손금산입하는 분부터 적용한다.
②제44조제2항제2호 및 제4호의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 지급하는 분부터 적용한다.
③제54조의 개정규정은 2000년 1월 1일이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용한다.
④제56조(제1항을 제외한다) 내지 제67조(제58조 및 제62조제1항제5호·제14호를 제외한다)의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도에 손금산입하는 분부터 적용한다.
⑤제58조 및 제62조제1항제5호·제14호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 손금산입하는 분부터 적용한다.
제8조 (손익의 귀속사업연도 등에 관한 적용예) ①제68조·제69조 및 제71조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도에 자산 등의 판매·양도·임대·용역제공 등을 개시하는 분부터 적용한다.
②제70조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도에 수입하거나 지급하는 분부터 적용한다.
③제72조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 취득하는 분부터 적용한다.
④제73조 내지 제76조 및 제78조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도에 평가하는 분부터 적용한다.
⑤제77조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도에 지출 및 발생되거나 기부하는 분부터 적용한다.
제9조 (결정 등에 관한 적용예) ①제105조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 결정 또는 경정하는 분부터 적용한다.
②제110조제5항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 공제받은 환급세액에 대하여 징수하는 분부터 적용한다.
제10조 (원천징수에 관한 적용예) ①제111조제1항제7호 및 동조제2항제1호(제61조제2항제18호 및 제22호의 개정규정이 적용되는 부분에 한한다) 및 제115조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 지급하는 분부터 적용한다.
②제116조제1항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 해산하는 분부터 적용한다.
제11조 (가산세 등에 관한 적용예) ①제118조 및 제119조제1항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도에 대한 법인세를 징수하는 분부터 적용한다.
②제120조제1항 및 제157조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도에 대한 제출분부터 적용한다.
③제120조제2항(계산서에 관한 부분을 제외한다) 내지 제4항의 개정규정은 2000년 1월 1일이후 최초로 재화 또는 용역을 공급받는 분부터 적용하고, 제158조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 재화 또는 용역을 공급받는 분부터 적용한다.
④부칙 제18조제1항의 개정규정중 국제조세조정에관한법율시행령 제41조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 상호합의를 개시하는 것으로서 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용한다.
제12조 (감가상각비 손금산입에 관한 특예) ①이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일 현재 감가상각자산을 소유하고 있는 법인은 제26조제1항 및 제3항의 개정규정에 따라 그 자산에 대하여 적용할 동조제1항의 개정규정에 의한 감가상각방법을 당해 사업연도의 법인세 과세표준의 신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.
②제1항의 규정에 의하여 감가상각방법을 신고하여야 할 법인이 이를 신고하지 아니한 경우 그 감가상각자산의 감가상각방법은 제26조제4항 각호의 개정규정에 의한 감가상각방법으로 한다.
③이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일 현재 감가상각자산을 소유하고 있는 법인은 제28조제1항·제3항 및 제29조제1항·제2항의 개정규정에 따라 제28조제1항제2호의 개정규정에 해당하는 자산에 대하여 적용할 내용연수를 당해 사업연도의 법인세 과세표준의 신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 하며, 제29조제1항의 개정규정에 의한 승인을 얻고자 하는 경우에는 당해 사업연도의 종료일이전 3월이 되는 날까지 납세지 관할지방국세청장에게 신청하여야 한다. 이 경우 제28조제1항제1호의 개정규정에 해당하는 자산은 동 개정규정의 내용연수에 의한다.
④제3항의 규정에 의하여 내용연수를 신고하여야 할 법인이 이를 신고하지 아니한 경우 그 감가상각자산의 내용연수는 제28조제1항제2호의 개정규정에 의한 기준내용연수로 한다.
⑤이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일 현재 소유하고 있는 감가상각자산에 대하여 제24조 내지 제34조의 개정규정을 적용함에 있어서 당해 자산의 취득가액은 그 개시일 현재의 취득가액으로 한다.
⑥이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일 현재 소유하고 있는 감가상각자산에 대하여 제24조 내지 제34조의 개정규정을 적용함에 있어서 그 개시일 현재의 개별자산별 감가상각누계액은 다음 각호에 의한다.
1. 1994년 12월 31일이전에 취득한 자산의 경우 그 개시일 현재 계상되어 있는 개별자산별 감가상각충당금
2. 1995년 1월 1일이후에 취득한 자산의 경우 그 개시일 현재 개별자산을 양도한 것으로 보아 종전의 제63조의 규정을 준용하여 계산한 개별자산별 감가상각누계액. 다만, 개별자산별로 감가상각비조정명세서를 작성·보관하고 있는 경우에는 당해 개별자산의 감가상각누계액으로 할 수 있다.
⑦이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일 현재 소유하고 있는 감가상각자산에 대하여 제24조 내지 제34조의 개정규정을 적용함에 있어서 그 개시일 현재의 개별자산별 상각부인액(손금추인이 되지 아니한 금액)은 다음 각호에 의한다.
1. 1994년 12월 31일이전에 취득한 자산의 경우 대통령령 제14468호 법인세법시행령중개정령의 시행전 법인세법시행령 제54조 각호별(동조제3호의 경우에는 각 자산별) 상각부인액에 개별자산의 상각부인액이 개별자산의 상각부인액합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액
2. 1995년 1월 1일이후에 취득한 자산의 경우 그 개시일 현재 개별자산을 양도한 것으로 보아 종전의 제63조의 규정을 준용하여 계산한 개별자산별 상각부인액. 다만, 개별자산별로 감가상각비조정명세서를 작성·보관하고 있는 경우에는 동일내용연수별 상각부인액에 동일내용연수내의 개별자산의 상각부인액이 동일내용연수내의 개별자산의 상각부인액합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 할 수 있다.
⑧이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일현재 소유하고 있는 감가상각자산에 대하여 제24조 내지 제34조의 개정규정을 적용함에 있어서 그 자산중 종전의 제55조의2의 규정을 적용받은 자산에 대하여는 그 개시일 현재 제30조의 개정규정을 적용받은 것으로 본다.
⑨이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일 현재 종전의 제48조제3항의 규정을 적용받고 있는 자산에 대하여 당해 자산의 시설대여기간이 종료될 때까지는 종전의 규정에 의한다.
⑩이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일 현재 대통령령 제14468호 법인세법시행령중개정령의 시행전의 법인세법시행령 제51조의 규정의 적용대상이 되는 자산에 대하여 당해 자산에 대한 감가상각이 종료될 때까지는 종전의 규정에 의한다.
⑪이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일 현재 종전의 제84조의 규정에 의하여 각 사업연도에 손금에 산입한 특별감가상각비로서 익금에 산입하지 아니한 금액의 처리에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
⑫이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일 현재 법율 제4806호 조세감면규제법중개정법율 부칙 제11조의 적용대상이 되는 자산의 특별감가상각비의 손금산입등에 대하여는 종전의 제84조 및 제30조의 개정규정에 의한다.
제13조 (대손금 등의 손금산입에 관한 특예) ①정부업무를 위탁받아 수행하는 법인이 1998년 12월 31일이전에 파산선고를 받은 법인에 대하여 보유하고 있는 채권의 경우에는 제62조의 개정규정에 불구하고 동 채권에서 배당추산액을 공제한 금액을 당해 파산선고일이 속하는 사업연도의 대손금으로 손금에 산입할 수 있다.
②제47조제1항의 개정규정을 적용함에 있어서 1999년 12월 31일이 속하는 사업연도에 있어서는 제47조제1항의 개정규정중 "100분의 10"은 이를 "100분의 20"으로 한다.
③제88조제1항제6호의 개정규정을 적용함에 있어서 이 영 시행일 현재 종전의 제46조제2항제7호 단서의 규정에 의한 대부자금이 있는 경우 그 자금에 대하여 2001년 12월 31일까지는 제88조제1항제6호의 개정규정에 의한 금전의 대부로 보지 아니한다.
④이 영 시행일 현재 제87조제1항의 개정규정에 의한 특수관계가 없는 법인의 주식을 주채권은행의 승인을 얻어 합병을 목적으로 취득한 경우로서 1999년 12월 31일이전에 당해 법인을 합병한 경우에는 제88조제2항 단서의 개정규정에 불구하고 특수관계가 없는 법인간의 합병으로 보아 법 제45조제1항제1호의 규정을 적용한다.
제14조 (계산서 미교부에 대한 가산세의 특예) 법 제76조제9항의 규정에 의한 가산세를 적용함에 있어서 농수산물유통및가격안정에관한법율 제2조의 규정에 의한 중도매인에 대하여 2000년 12월 31일까지는 제120조제2항의 개정규정에 해당하는 법인으로 본다.
제15조 (일반적 경과조치) 이 영 시행전에 종전의 규정에 의하여 과세하였거나 과세하여야 할 법인세에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제16조 (공과금 등의 손금산입에 관한 경과조치) ①제23조의 개정규정을 적용함에 있어서 대통령령 제15564호 법인세법시행령중개정령의 시행전의 법인세법시행령 제25조제1항 각호(제2호를 제외한다)에 규정된 공과금중 제23조의 개정규정에 해당하는 공과금은 2001년 12월 31일이전에 종료하는 사업연도까지는 이를 제23조의 개정규정에 해당하는 공과금으로 보지 아니한다.
②제42조제3항의 개정규정을 적용함에 있어서 금융기관등이 1999년 12월 31일이 속하는 사업연도까지 종전의 제44조제3항의 규정에 의하여 지출한 경비는 종전의 규정에 의한다.
제17조 (손익의 귀속사업연도 등에 관한 경과조치) ①이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일전에 자산 등의 판매·양도·임대·용역제공 등을 개시한 것에 대한 손익의 귀속사업연도에 관하여는 종전의 제36조 및 제37조의2의 규정에 의한다.
②이 영 시행당시 종전의 제38조의2제1항 및 제7항의 규정에 의한 환율조정계정의 잔액 및 재평가적립금과 상계처리한 금액에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
③이 영 시행당시 종전의 제38조의 규정에 의한 이연자산의 미상각잔액에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
④이 영 시행당시 종전의 제43조의2제9항제8호 및 제14호의 규정을 적용받는 주식에 대하여는 종전의 규정을 적용한다. <신설 1999.12.31>
제18조 (다른 법령의 개정) ①국제조세조정에관한법율시행령중 다음과 같이 개정한다.
제7조제2항제1호중 "법인세법 제26조제1항"을 "법인세법 제60조제1항"으로 하고, 제18조제1항중 "법인세법 제15조제1항제4호"를 "법인세법 제18조제2호"로 하며, 제25조제3항중 "법인세법시행령 제39조"를 "법인세법시행령 제93조제4항"으로 하고, 제25조제5항 및 제6항중 "법인세법 제32조제5항"을 각각 "법인세법 제67조"로 하며, 제27조제1항 본문·제28조 및 제28조의2중 "법인세법 제26조제1항"을 각각 "법인세법 제60조제1항"으로 하고, 제36조의2제1항중 "법인세법 제19조 각호"를 "법인세법 제16조제1항 각호"로 하며, 제36조의2제2항중 "법인세법 제15조제1항제4호"를 "법인세법 제18조제2호"로 하고, 제41조중 "법인세법시행령 제113조의3"을 "법인세법시행령 제119조제1항"으로 한다.
②자산재평가법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제4조의2제1호중 "법인세법 제1조제1항제1호"를 "법인세법 제3조제2항제1호"로, 동조제2호중 "법인세법 제1조제1항제7호"를 "법인세법 제3조제2항제6호"로 한다.
③특별소비세법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제2조중 "법인세법시행령 제46조의2"를 "법인세법시행령 제87조제2항"으로 한다.
④교육세법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제5조중 "법인세법 제12조제1항"을 "법인세법 제30조제1항"으로 한다.
⑤교통세법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제2조중 "법인세법시행령 제46조의2"를 "법인세법시행령 제87조제2항"으로 한다.
⑥증권거래세법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제1조중 "법인세법시행령 제46조"를 "법인세법시행령 제87조제1항"으로 하고, 제1조의3중 "법인세법시행령 제7조"를 "법인세법시행령 제8조"로 한다.
제19조 (다른 법령과의 관계) 이 영 시행당시 다른 법령에서 종전의 법인세법시행령을 인용한 경우 이 영중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 영의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

<제16658호,1999.12.31>
제1조 (시행일) 이 영은 2000년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제49조·제62조제1항·제77조 및 대통령령 제15970호 법인세법시행령 부칙 제17조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제1조제2호·제6호, 제57조제1항제1호, 제58조제1항, 제61조제2항제8호 및 제111조제2항제9호·제11호의 개정규정은 2000년 7월 1일부터 시행하며, 제2조·제41조 및 제162조의 개정규정은 2001년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용예) 이 영은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용한다. 다만, 제49조·제62조제1항·제77조 및 대통령령 제15970호 법인세법시행령 부칙 제17조의 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 사업연도 분부터 적용한다.
제3조 (익금불산입액의 계산 등에 관한 적용예) ①제20조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 성과배분상여금을 지급하는 분부터 적용한다.
②제81조 및 제89조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 합병하는 분부터 적용한다.
③제108조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 수시부과하는 분부터 적용한다.
④제122조 및 제123조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 청산소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.
⑤제132조제7항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터, 동조제8항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
⑥제161조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 제출하는 분부터 적용한다.
제4조 (비영리외국법인의 기술용역사업소득 등에 관한 적용예) 제2조제1항제2호 및 제162조제2호의 개정규정은 2001년 1월 1일 이후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
제5조 (접대비의 손금불산입에 관한 적용예) 제41조제6항의 개정규정은 2001년 1월 1일 이후 최초로 개시되는 사업연도에 지출하는 분부터 적용한다.

<제16703호,2000.2.7>
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
②(적용예) 제45조제1항제4호 다목의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 신고하는 분부터 적용한다.

(우체국보험특별회계법시행령) <제16762호,2000.3.28>
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정) ①내지 ③생략
④법인세법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제111조제1항제7호중 "체신예금·보험에관한법율에 의한 체신예금"을 "우체국예금·보험에관한법율에 의한 우체국예금"으로, "체신예금"을 "우체국예금"으로 한다.
⑤내지 <16>생략

<제16810호,2000.5.16>
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
②(적용예) 제113조제2항제2호 가목 단서의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 공개시장에서 발행하는 국채의 이자소득분부터 적용한다.