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제56조(고유목적사업준비금의 손금산입)
①법 제29조제1항 본문중 "대통령령이 정하는 단체"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 단체를 말한다.[개정 2001.12.31.

]
1. 제36조제1항제1호에 해당하는 단체
2. 삭제[2001.12.31.

]
3. 법령에 의하여 설치된 기금
②법 제29조제1항제1호의 규정을 적용함에 있어서 금융보험업을 영위하는 비영리내국법인이 한국표준산업분류상 금융보험업을 영위하는 법인에게 일시적으로 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자소득은 이를 법 제29조제1항제1호의 금액으로 본다.[개정 2001.12.31.

]
③법 제29조제1항제4호에서 "수익사업에서 발생한 소득"이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금 및 법 제24조제2항의 규정에 의한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조제1항제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및 법 제13조제1호의 규정에 의한 결손금과 법 제24조제2항의 규정에 의한 기부금을 차감한 금액을 말한다.
④ 삭제 [2004.3.22

] [[시행일 2005.1.1]]
⑤법 제29조제1항에서 "고유목적사업"이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다.
⑥법 제29조제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. [개정 2000·12·29., 2001.12.31.

2002.12.30

, 2003.12.30

]
1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액
2. 특별법에 의하여 설립된 법인(당해 법인에 설치되어 운영되는 기금중 국세기본법 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험·연금관리·공제사업 및 제2조제1항제8호에서 규정된 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액 [[시행일 2003.01.01.]]
3. 의료업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)이 의료기기 등 재정경제부령이 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액
4. 농업협동조합법에 의한 농업협동조합중앙회가 법 제61조제1항의 규정에 의하여 계상한 고유목적사업준비금을 회원에게 무상으로 대여하는 금액
5. 농업협동조합법에 의한 농업협동조합중앙회가 농업협동조합의구조개선에관한법률에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액
6. 수산업협동조합법에 의한 수산업협동조합중앙회가 수산업협동조합의구조개선에관한법률에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액
7. 신용협동조합법에 의한 신용협동조합중앙회가 동법에 의한 신용협동조합예금자보호기금에 출연하는 금액
8. 새마을금고법에 의한 새마을금고연합회가 동법에 의한 예금자보호준비금에 출연하는 금액
9. 산림조합법에 의한 산림조합중앙회가 동법에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액
⑦법 제29조제4항에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이라 함은 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. [개정 2002.12.30.

] [[시행일 2003.01.01.]]
1. 당해 고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액
2. 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율 [[시행일 2003.01.01.]]
⑧법 제29조제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 재정경제부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
⑨제6항제3호의 규정을 적용받고자 하는 의료법인은 손금으로 계상한 고유목적사업준비금상당액을 재정경제부령이 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다. [신설 2000·12·29]

부칙
제1조 (시행일) 이 영은 1999년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제5조, 제9조, 제12조 내지 제15조, 제72조, 제82조 내지 제85조, 제88조, 제96조, 제97조, 제116조, 제120조, 제123조, 제124조의 개정규정(분할에 관한 부분에 한한다) 및 제36조제2항, 제56조제1항 및 제62조제1항제5호·제14호의 개정규정과 부칙 제13조제1항의 규정은 공포한 날부터, 제54조 및 제120조제2항 내지 제4항의 개정규정은 2000년 1월 1일부터시행한다.
제2조 (일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다. 다만, 청산소득에 관한 법인세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 해산 또는 합병하거나 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 분할하는 분부터 적용하고, 특별부가세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제3조 (합병 및 분할에 관한 특례에 관한 적용례) 제5조, 제9조제3항, 제15조제2항 및 제3항, 제24조제4항, 제72조제1항제3호 및 제4호, 제80조 내지 제85조, 제88조제1항제8호 가목, 제96조제2항 내지 제4항, 제97조제6항, 제116조제2항 및 제120조제7항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 합병하거나 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 분할하는 분부터 적용한다.
제4조 (부당행위계산부인 등에 관한 적용례) ①제11조제9호, 제87조 내지 제89조, 제106조제1항제3호 자목의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 거래하는 분부터 적용한다.
②제90조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도에 거래하는 분부터 적용한다.
③제131조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제5조 (의제배당에 관한 적용례) 제12조 내지 제14조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 주식의 소각등 또는 자본등에 전입하거나 해산하는 분부터 적용한다. 다만, 합병 또는 분할에 관한 개정부분은 이 영 시행후 최초로 합병하거나 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 분할하는 분부터 적용한다.
제6조 (감가상각비 손금산입에 관한 적용례) ①제24조 내지 제34조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도에 감가상각하는 분부터 적용한다.
②제24조제5항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도에 시설대여하는 분부터 적용한다.
제7조 (손금계산에 관한 적용례) ①제36조제2항 및 제56조제1항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 지출하거나 손금산입하는 분부터 적용한다.
②제44조제2항제2호 및 제4호의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 지급하는 분부터 적용한다.
③제54조의 개정규정은 2000년 1월 1일이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다.
④제56조(제1항을 제외한다) 내지 제67조(제58조 및 제62조제1항제5호·제14호를 제외한다)의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도에 손금산입하는 분부터 적용한다.
⑤제58조 및 제62조제1항제5호·제14호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 손금산입하는 분부터 적용한다.
제8조 (손익의 귀속사업연도 등에 관한 적용례) ①제68조·제69조 및 제71조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도에 자산 등의 판매·양도·임대· 용역제공 등을 개시하는 분부터 적용한다.
②제70조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도에 수입하거나 지급하는 분부터 적용한다.
③제72조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 취득하는 분부터 적용한다.
④제73조 내지 제76조 및 제78조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도에 평가하는 분부터 적용한다.
⑤제77조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도에 지출 및 발생되거나기부하는 분부터 적용한다.
제9조 (결정 등에 관한 적용례) ①제105조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 결정 또는 경정하는 분부터 적용한다.
②제110조제5항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 공제받은 환급세액에 대하여 징수하는 분부터 적용한다.
제10조 (원천징수에 관한 적용례) ①제111조제1항제7호 및 동조제2항제1호(제61조제2항제18호 및 제22호의 개정규정이 적용되는 부분에 한한다) 및 제115조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 지급하는 분부터 적용한다.
②제116조제1항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 해산하는 분부터 적용한다.
제11조 (가산세 등에 관한 적용례) ①제118조 및 제119조제1항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도에 대한 법인세를 징수하는 분부터 적용한다.
②제120조제1항 및 제157조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도에 대한 제출분부터 적용한다.
③제120조제2항(계산서에 관한 부분을 제외한다) 내지 제4항의 개정규정은 2000년 1월 1일이후 최초로 재화 또는 용역을 공급받는 분부터 적용하고, 제158조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 재화 또는 용역을 공급받는 분부터 적용한다.
④부칙 제18조제1항의 개정규정중 국제조세조정에관한법률시행령 제41조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 상호합의를 개시하는 것으로서 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다.
제12조 (감가상각비 손금산입에 관한 특례) ①이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일 현재 감가상각자산을 소유하고 있는 법인은 제26조제1항 및 제3항의 개정규정에 따라 그 자산에 대하여 적용할 동조제1항의 개정규정에 의한 감가상각방법을 당해 사업연도의 법인세 과세표준의 신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.
②제1항의 규정에 의하여 감가상각방법을 신고하여야 할 법인이 이를 신고하지 아니한경우 그 감가상각자산의 감가상각방법은 제26조제4항 각호의 개정규정에 의한 감가상각방법으로 한다.
③이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일 현재 감가상각자산을 소유하고 있는 법인은 제28조제1항·제3항 및 제29조제1항·제2항의 개정규정에 따라 제28조제1항제2호의 개정규정에 해당하는 자산에 대하여 적용할 내용연수를 당해 사업연도의 법인세 과세표준의 신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 하며, 제29조제1항의 개정규정에 의한 승인을 얻고자 하는 경우에는 당해 사업연도의 종료일이전 3월이 되는 날까지 납세지 관할지방국세청장에게 신청하여야 한다. 이 경우 제28조제1항제1호의 개정규정에 해당하는 자산은 동 개정규정의 내용연수에 의한다.
④제3항의 규정에 의하여 내용연수를 신고하여야 할 법인이 이를 신고하지 아니한 경우 그 감가상각자산의 내용연수는 제28조제1항제2호의 개정규정에 의한 기준내용연수로 한다.
⑤이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일 현재 소유하고 있는 감가상각자산에 대하여 제24조 내지 제34조의 개정규정을 적용함에 있어서 당해 자산의 취득가액은 그 개시일 현재의 취득가액으로 한다.
⑥이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일 현재 소유하고 있는 감가상각자산에 대하여 제24조 내지 제34조의 개정규정을 적용함에 있어서 그 개시일 현재의 개별자산별 감가상각누계액은 다음 각호에 의한다.
1. 1994년 12월 31일이전에 취득한 자산의 경우 그 개시일 현재 계상되어 있는 개별자산별 감가상각충당금
2. 1995년 1월 1일이후에 취득한 자산의 경우 그 개시일 현재 개별자산을 양도한 것으로 보아 종전의 제63조의 규정을 준용하여 계산한 개별자산별 감가상각누계액. 다만, 개별자산별로 감가상각비조정명세서를 작성·보관하고 있는 경우에는 당해 개별자산의 감가상각누계액으로 할 수 있다.
⑦이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일 현재 소유하고 있는 감가상각자산에 대하여 제24조 내지 제34조의 개정규정을 적용함에 있어서 그 개시일 현재의 개별자산별 상각부인액(손금추인이 되지 아니한 금액)은 다음 각호에 의한다.
1. 1994년 12월 31일이전에 취득한 자산의 경우 대통령령 제14468호 법인세법시행령중개정령의 시행전 법인세법시행령 제54조 각호별(동조제3호의 경우에는 각 자산별) 상각부인액에 개별자산의 상각부인액이 개별자산의 상각부인액합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액
2. 1995년 1월 1일이후에 취득한 자산의 경우 그 개시일 현재 개별자산을 양도한 것으로 보아 종전의 제63조의 규정을 준용하여 계산한 개별자산별 상각부인액.다만, 개별자산별로 감가상각비조정명세서를 작성·보관하고 있는 경우에는 동일내용연수별 상각부인액에 동일내용연수내의 개별자산의 상각부인액이 동일내용연수내의 개별자산의 상각부인액합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 할 수 있다.
⑧이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일현재 소유하고 있는 감가상각자산에 대하여 제24조 내지 제34조의 개정규정을 적용함에 있어서 그 자산중 종전의 제55조의2의 규정을 적용받은 자산에 대하여는 그 개시일 현재 제30조의 개정규정을 적용받은 것으로 본다.
⑨이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일 현재 종전의 제48조제3항의 규정을 적용받고 있는 자산에 대하여 당해 자산의 시설대여기간이 종료될 때까지는 종전의 규정에 의한다.
⑩이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일 현재 대통령령 제14468호 법인세법시행령중개정령의 시행전의 법인세법시행령 제51조의 규정의 적용대상이 되는 자산에 대하여 당해 자산에 대한 감가상각이 종료될 때까지는 종전의 규정에 의한다.
⑪이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일 현재 종전의 제84조의 규정에 의하여 각 사업연도에 손금에 산입한 특별감가상각비로서 익금에 산입하지 아니한 금액의 처리에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
⑫이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일 현재 법률 제4806호 조세감면규제법중개정법률 부칙 제11조의 적용대상이 되는 자산의 특별감가상각비의 손금산입등에 대하여는 종전의 제84조 및 제30조의 개정규정에 의한다.
제13조 (사업비 등의 손금산입에 관한 특례) ①정부업무를 위탁받아 수행하는 법인이 1998년 12월 31일이전에 파산선고를 받은 법인에 대하여 보유하고 있는 채권의경우에는 제62조의 개정규정에 불구하고 동 채권에서 배당추산액을 공제한 금액을 당해 파산선고일이 속하는 사업연도의 대손금으로 손금에 산입할 수 있다.
②제47조제1항의 개정규정을 적용함에 있어서 1999년 12월 31일이 속하는 사업연도에 있어서는 제47조제1항의 개정규정중 "100분의 10"은 이를 "100분의 20"으로 한다.
③제88조제1항제6호의 개정규정을 적용함에 있어서 이 영 시행일 현재 종전의 제46조제2항제7호 단서의 규정에 의한 대부자금이 있는 경우 그 자금에 대하여 2001년 12월 31일까지는 제88조제1항제6호의 개정규정에 의한 금전의 대부로 보지 아니한다.
④이 영 시행일 현재 제87조제1항의 개정규정에 의한 특수관계가 없는 법인의 주식을 주채권은행의 승인을 얻어 합병을 목적으로 취득한 경우로서 1999년 12월 31일이전에 당해 법인을 합병한 경우에는 제88조제2항 단서의 개정규정에 불구하고 특수관계가 없는 법인간의 합병으로 보아 법 제45조제1항제1호의 규정을 적용한다.
제14조(계산서 미교부에 대한 가산세의 특례) 법 제76조제9항의 규정에 의한 가산세를 적용함에 있어서 농수산물유통및가격안정에관한법률 제2조의 규정에 의한 중도매인에 대하여 2001년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지는 제120조제2항의 규정에 해당하는 법인으로 보고, 중도매인이 2002년 1월 1일부터 2002년 12월 31일까지의 기간중에 종료하는 사업연도부터 2007년 1월 1일부터 2007년 12월 31일까지의 기간중에 종료하는 사업연도까지는 각 사업연도별로 계산서를 교부한 금액이 총매출액에서 차지하는 비율이 다음 비율 이상인 경우 당해 사업연도에는 제120조제2항의 규정에 해당하는 법인으로 보되, 이 경우 중도매인이 각 사업연도별로 계산서를 교부한 금액이 총매출액에서 차지하는 비율이 다음 비율에 미달하는 경우에는 각 사업연도별로 총매출액에 다음 비율을 적용하여 계산한 금액과 계산서를 교부한 금액과의 차액을 공급가액으로 보아 가산세를 부과한다.

 ┌───────────────────────────┬────────┐
│                       사업연도                       │      비율      │
├───────────────────────────┼────────┤
│  2002년 1월 1일부터 2002년 12월 31일까지의 기간중에│   100분의 10   │
│  종료하는 사업연도                                   │                │
├───────────────────────────┼────────┤
│  2003년 1월 1일부터 2003년 12월 31일까지의 기간중에│   100분의 20   │
│  종료하는 사업연도                                   │                │
├───────────────────────────┼────────┤
│  2004년 1월 1일부터 2005년 12월 31일까지의 기간중에│   100분의 40   │
│  종료하는 사업연도                                   │                │
├───────────────────────────┼────────┤
│  2006년 1월 1일부터 2007년 12월 31일까지의 기간중에│   100분의 80   │
│  종료하는 사업연도                                   │                │
└───────────────────────────┴────────┘

[전문개정 2001·12·31.]
제15조 (일반적 경과조치) 이 영 시행전에 종전의 규정에 의하여 과세하였거나 과세하여야 할 법인세에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제16조 (공과금 등의 손금산입에 관한 경과조치) ①제23조의 개정규정을 적용함에 있어서 대통령령 제15564호 법인세법시행령중개정령의 시행전의 법인세법시행령 제25조제1항 각호(제2호를 제외한다)에 규정된 공과금중 제23조의 개정규정에 해당하는 공과금은 2001년 12월 31일이전에 종료하는 사업연도까지는 이를 제23조의 개정규정에 해당하는 공과금으로 보지 아니한다.
②제42조제3항의 개정규정을 적용함에 있어서 금융기관등이 1999년 12월 31일이 속하는 사업연도까지 종전의 제44조제3항의 규정에 의하여 지출한 경비는 종전의 규정에 의한다.
제17조 (손익의 귀속사업연도 등에 관한 경과조치) ①이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일전에 자산 등의 판매·양도·임대·용역제공 등을 개시한 것에 대한 손익의 귀속사업연도에 관하여는 종전의 제36조 및 제37조의2의 규정에 의한다.
②이 영 시행당시 종전의 제38조의2제1항 및 제7항의 규정에 의한 환율조정계정의 잔액 및 재평가적립금과 상계처리한 금액에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
③이 영 시행당시 종전의 제38조의 규정에 의한 이연자산의 미상각잔액에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
④이 영 시행당시 종전의 제43조의2제9항제8호 및 제14호의 규정을 적용받는 주식에 대하여는 종전의 규정을 적용한다. [신설 99·12·31]
제18조 (다른 법령의 개정) ①국제조세조정에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
제7조제2항제1호중 "법인세법 제26조제1항"을 "법인세법 제60조제1항"으로 하고, 제18조제1항중 "법인세법 제15조제1항제4호"를 "법인세법 제18조제2호"로 하며, 제25조제3항중 "법인세법시행령 제39조"를 "법인세법시행령 제93조제4항"으로 하고, 제25조제5항 및 제6항중 "법인세법 제32조제5항"을 각각 "법인세법 제67조"로 하며, 제27조제1항 본문·제28조 및 제28조의2중 "법인세법 제26조제1항"을 각각 "법인세법 제60조제1항"으로 하고, 제36조의2제1항중 "법인세법 제19조 각호"를 "법인세법 제16조제1항 각호"로 하며, 제36조의2제2항중 "법인세법 제15조제1항제4호"를 "법인세법 제18조제2호"로 하고, 제41조중 "법인세법시행령 제113조의3"을 "법인세법시행령 제119조제1항"으로 한다.
②자산재평가법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제4조의2제1호중 "법인세법 제1조제1항제1호"를 "법인세법 제3조제2항제1호"로, 동조제2호중 "법인세법 제1조제1항제7호"를 "법인세법 제3조제2항제6호"로 한다.
③특별소비세법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제2조중 "법인세법시행령 제46조의2"를 "법인세법시행령 제87조제2항"으로 한다.
④교육세법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제5조중 "법인세법 제12조제1항"을 "법인세법 제30조제1항"으로 한다.
⑤교통세법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제2조중 "법인세법시행령 제46조의2"를 "법인세법시행령 제87조제2항"으로 한다.
⑥증권거래세법시행령중 다음과 같이 개정한다.
제1조중 "법인세법시행령 제46조"를 "법인세법시행령 제87조제1항"으로 하고, 제1조의3중 "법인세법시행령 제7조"를 "법인세법시행령 제8조"로 한다.
제19조 (다른 법령과의 관계) 이 영 시행당시 다른 법령에서 종전의 법인세법시행령을인용한 경우 이 영중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 영의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부칙 [99·12·31]
제1조 (시행일) 이 영은 2000년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제49조·제62조제1항·제77조 및 대통령령 제15970호 법인세법시행령 부칙 제17조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제1조제2호·제6호, 제57조제1항제1호, 제58조제1항, 제61조제2항제8호 및 제111조제2항제9호·제11호의 개정규정은 2000년 7월 1일부터 시행하며, 제2조제1항제2호 및 제41조의 개정규정은 2001년 1월 1일부터 시행하고, 제162조의 개정규정은 2002년 1월 1일부터 시행한다. [개정 2000·12·29]
제2조 (일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다. 다만, 제49조·제62조제1항·제77조 및 대통령령 제15970호 법인세법시행령 부칙 제17조의 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 사업연도분부터 적용한다.
제3조 (익금불산입액의 계산 등에 관한 적용례) ①제20조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 성과배분상여금을 지급하는 분부터 적용한다.
②제81조 및 제89조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 합병하는 분부터 적용한다.
③제108조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 수시부과하는 분부터 적용한다.
④제122조 및 제123조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 청산소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.
⑤제132조제7항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터, 동조제8항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
⑥제161조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 제출하는 분부터 적용한다.
제4조(비영리외국법인의 기술용역사업소득 등에 관한 적용례) ①제2조제1항제2호의 개정규정은 2001년 1월 1일이후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
②제162조의 개정규정은 2002년 1월 1일부터 발생하는 소득분부터 적용한다. [전문개정 2000·12·29]
제5조 (접대비의 손금불산입에 관한 적용례) 제41조제6항의 개정규정은 2001년 1월 1일 이후 최초로 개시되는 사업연도에 지출하는 분부터 적용한다.

부칙 [2000·2·7]
① (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
② (적용례) 제45조제1항제4호 다목의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 신고하는 분부터 적용한다.

부칙 [2000·3·28]
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략

부칙 [2000·5·16]
① (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
② (적용례) 제113조제2항제2호 가목 단서의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 공개시장에서 발행하는 국채의 이자소득분부터 적용한다.

부칙 [2000.12.29]
제1조 (시행일) 이 영은 2001년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제29조의2· 제53조제4항·제61조제2항·제62조 제1항·제63조제1항 및 제3항제2호· 제82조제3항제2호·제85조제1항제3 호 및 제2항제3호·제86조제4항·제138조의2의 개정규정은 공포한 날부터, 제112조제1항·제113조 및 제114조·제131조의2· 제136조의2·제138조의3의 개정규정은 2001년 7월 1일부터, 제54조제3 항 및 제4항의 개정규정은 2002년 1월 1일부터, 제162조의2의 개정규정은 2002년 7월 1일부터 시행한다.[개정 2001.12.31.]
제2조 (일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다.
제3조 (재산가액의 평가 등에 관한 적용례) 제14조제1항제1호의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 합병하거나 분할하는 분부터 적용한다.
제4조 (이월결손금에 관한 적용례) 제18조제1항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 법원으로부터 확인받은 결손금분부터 적용한다.
제5조 (중고자산 등의 내용연수 등에 관한 적용례) 제29조의2의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 중고자산을 취득하거나 합병 또는 분할하는 분 및 1999년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도에 재평가한 분부터 적용한다. 다만, 재평가자산에 대하여는 이 영 시행일이 속하는 사업연도의 법인세 과세표준 신고시 내용연수변경신고서를 제출하는 경우에 한하여 동 개정규정을 적용한다.
제6조 (업무무관자산에 대한 지급이자의 손금불산입에 관한 적용례) 제53조제4항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 차입하는 분부터 적용한다.
제7조 (대손충당금의 손금산입 등에 관한 적용례) 제61조제2항·제62조제1항· 제63조제1항 및 제3항제2호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 손금산입하는 분부터 적용한다.
제8조 (분할평가차익상당액의 손금산입 등에 관한 적용례) 제82조제3항제2호 단서, 제85조제1항제3호 단서 및 제2항제3호 단서의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 합병하거나 분할하는 분부터 적용한다.
제9조 (교환으로 인한 자산양도차익상당액의 손금산입에 관한 적용례) 제86조제4항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 자산을 교환하는 분부터 적용한다.
제10조 (소득처분에 관한 적용례) 제106조제4항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 사업연도에 수정신고하는 분부터 적용한다.
제11조 (의제원천징수세액공제액 등에 관한 적용례) 제112조제1항·제113조·제114조·제136조의2 및 제138조의3의 개정규정은 2001년 7월 1일 이후 최초로 채권등을 매도하거나 이자등을 지급받는 분부터 적용한다. 다만, 2001년 7월 1일전에 발행한 채권등으로서 이자등의 계산기간이 2001년 7월 1일전과 2001년 7월 1일 이후의 기간에 걸치는 경우 2001년 7월 1일 이후 당해 채권등의 이자등의 최초 지급일까지는 종전의 제112조제1항·제113조 및 제114조의 규정을 적용한다.
제12조 (외국법인의 국내원천소득에 대한 적용례) ①제129조제3항, 제131조의2, 제132조제7항 및 제10항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용하다.
②제132조제1항 및 제9항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
제13조 (외국법인의 유가증권양도소득 신고 등의 특례에 관한 적용례) 제138조의2의 개정규정은 이 영 공포일 이후 최초로 조세조약에서 정한 과세기준을 충족하는 분부터 적용한다.
제14조 (외국법인의 국내원천소득 등에 대한 지급조서 제출에 관한 적용례) 제162조의2의 개정규정은 2002년 7월 1일 이후 최초로 지급하는 분부터 적용한다.[개정 2001.12.31.]
제15조 (단체퇴직보험료등의 익금산입에 관한 경과조치) 이 영 시행전에 종전의 제45조제3항의 규정에 의하여 손금에 산입한 단체퇴직보험료등의 익금산입에 관하여는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2001.8.14]
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (의제원천징수세액 공제등에 관한 적용례) ①제112조제3항의 개정규정은 2001년 7월 1일 이후 최초로 채권등이 발행되거나 채권등의 이자계산기간이 시작되는 분부터 적용한다.
②제113조제4항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 법 제73조제8항의 규정에 의하여 공제받는 분부터 적용한다.
③제113조제10항의 개정규정은 2001년 7월 1일 이후 최초로 채권등이 발행되거나 채권등의 이자계산기간이 시작되는 분중 이 영 시행후 최초로 매도하는 분부터 적용한다.
제3조 (외국법인의 전자장외거래에 관한 적용례) 제132조제7항제2호 단서의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제4조 (외국법인의 채권등의 이자등에 대한 원천징수특례에 관한 적용례) 제138조의3제5항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 환급신청하는 분부터 적용한다.
제5조 (특별부가세에 관한 적용례) 제144조의2의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 결정하거나 경정하는 분(2001년 1월 1일 이후 양도된 분에 한한다)부터 적용한다.

부칙 [2001.12.31]
제1조 (시행일) 이 영은 2002년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제14조제1항제1호·제56조제6항제4호·제57조제2항·제61조제2항·제62조제5항·제70조제4항·제72조제1항제3호·제73조제2호 및 제5호·제75조제1항·제76조·제85조·제86조의2·대통령령 제15970호 법인세법시행령개정령 부칙 제14조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제138조의4 및 제162조의2의 개정규정은 2002년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다.
제3조 (납세지의 변경신고에 관한 적용례) 제9조제3항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 합병 또는 분할하는 분부터 적용한다.
제4조 (재산가액의 평가 등에 관한 적용례) 제14조제1항제1호의 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 사업연도에 주식등을 취득하는 분부터 적용한다.
제5조 (지주회사의 수입배당금액의 익금불산입에 관한 적용례) 제17조의2제3항 단서의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 배당받는 분부터 적용한다.
제6조 (고유목적사업준비금의 손금산입에 관한 적용례) 제56조제6항제4호의 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 사업연도에 대여하는 분부터 적용한다.
제7조 (책임준비금등의 손금산입에 관한 적용례) 제57조제2항의 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 사업연도에 손금산입하는 분부터 적용한다.
제8조 (대손충당금의 손금산입에 관한 적용례) 제61조제2항의 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 사업연도에 손금산입하는 분부터 적용한다.
제9조 (대손금의 범위에 관한 적용례) 제62조제5항의 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 사업연도에 채권을 재조정하는 분부터 적용한다.
제10조 (보험료 등의 귀속사업연도에 관한 적용례) ①제70조제3항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 유가증권을 매매하는 분부터 적용한다.
②제70조제4항의 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 사업연도에 수익으로 계상하는 분부터 적용한다.
제11조 (자산의 취득가액에 관한 적용례) 제72조제1항제3호의 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 사업연도에 합병·분할하는 분부터 적용한다.
제12조 (유가증권 등의 평가 등에 관한 적용례) 제73조제2호 및 제5호·제75조제1항 및 제76조의 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 사업연도에 평가하는 분부터 적용한다.
제13조 (물적분할로 인한 자산양도차익상당액의 손금산입에 관한 적용례) 제83조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 분할하거나 합병하는 분부터 적용한다.
제14조 (합병·분할시 자산·부채의 승계 등에 관한 적용례) 제85조의 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 사업연도에 합병하거나 분할하는 분부터 적용한다.
제15조 (유동화전문회사 등에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제86조의2의 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 사업연도분부터 적용한다.
제16조 (토지등양도소득에 대한 과세특례 등에 관한 적용례) 제92조의2·제97조제1항·제99조의2·제102조제4항 및 제110조제1항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제17조 (소득처분에 관한 적용례) 제106조제4항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 수정신고하는 분부터 적용한다.
제18조 (원천징수 대상소득의 범위에 관한 적용례) ①제111조제2항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 이자소득을 지급하는 분부터 적용한다.
②제111조제6항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 발행한 채권의 이자소득을 지급하는 분부터 적용한다.
제19조 (의제원천징수세액공제 등에 관한 적용례) ①제113조제2항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 채권을 발행하는 분부터 적용한다.
②제113조제11항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 채권을 중도매도하는 분부터 적용한다.
제20조 (합병에 의한 청산소득금액의 계산에 관한 적용례) 제122조제1항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 합병하는 분부터 적용한다.
제21조 (국내사업장이 없는 외국법인등의 토지등양도소득금액의 계산에 관한 적용례) 제129조의2의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제22조 (국내원천소득의 범위에 관한 적용례) 제132조제10항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 주식등을 양도하는 분부터 적용한다.
제23조 (외국법인의 채권등에 대한 원천징수에 관한 적용례) 제138조의3제3항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 이자등을 지급하거나 채권등을 매도하는 분부터 적용한다.
제24조 (주식등변동상황명세서의 제출 등에 관한 적용례) ①제161조제5항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 제출하는 주식등변동상황명세서부터 적용한다.
②제164조의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 재화 또는 용역을 공급하거나 수입하는 분부터 적용한다.
제25조 (외국법인의 국내원천소득 등에 대한 지급조서 제출에 관한 적용례) 제162조의2의 개정규정은 2002년 7월 1일 이후 최초로 지급하는 분부터 적용한다.
제26조 (계산서 미교부 등에 대한 가산세에 관한 적용례) 대통령령 제15970호 법인세법시행령개정령 부칙 제14조의 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 사업연도분부터 적용한다.
제27조 (접대비의 수입금액계산기준 등에 관한 특례) 제40조제1항제1호의 개정규정을 적용함에 있어서 2003년 12월 31일 이전에 개시하는 사업연도의 경우에는 동호의 개정규정에 불구하고 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 매출액으로 한다.
1. 2002년 1월 1일 이후 2002년 12월 31일 이전에 개시하는 사업연도 : 매출액 + 증권거래법 제2조제8항제2호 내지 제7호의 규정에 의한 영업과 관련한 수입수수료의 19배에 상당하는 금액
2. 2003년 1월 1일 이후 2003년 12월 31일 이전에 개시하는 사업연도 : 매출액 + 증권거래법 제2조제8항제2호 내지 제7호의 규정에 의한 영업과 관련한 수입수수료의 14배에 상당하는 금액
제28조 (이연자산 가액의 손금산입에 관한 경과조치) 이 영 시행전에 발생한 창업비·개업비·연구개발비·사채발행비 및 사용수익기부자산가액의 손금산입에 관하여는 제24조의 개정규정 및 제26조의 개정규정에 불구하고 종전의 제77조의 규정에 의한다.
제29조 (교환으로 인한 자산양도차익상당액의 손금산입에 관한 경과조치) 법 제50조의 규정에 의하여 교환으로 발생한 사업용고정자산의 양도차익상당액을 손금에 산입하는 금액을 계산함에 있어서 당해 자산이 종전의 제67조제1항의 규정에 의하여 재평가상당액을 손금에 산입한 토지인 경우에는 제86조제4항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제30조 (다른 법령의 개정) 개발이익환수에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
제11조 전단 및 후단중 "양도소득세 또는 특별부가세"를 각각 "양도소득세"로 한다.

부칙 [2002.12.30]
제1조 (시행일) 이 영은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제19조제5호의2·제24조제1항제2호 바목 및 아목·제26조(제1항제5호의 개정규정을 제외한다)·제28조·제63조·제89조제3항 및 제158조제4항의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용한다.
제3조 (손비의 범위에 관한 적용례) 제19조제5호의2의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 발생한 감가상각비 상당액을 손금산입하는 분부터 적용한다.
제4조 (개발비 감가상각에 관한 적용례) 제24조제1항제2호바목·제26조제1항제6호·제4항제4호 및 제28조제1항제2호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 발생한 개발비부터 적용한다.
제5조 (주파수이용권 등의 감가상각에 관한 적용례) 제24조제1항제2호 아목·제26조제1항제8호·제4항제5호 및 제28조제1항제2호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 감가상각하는 분부터 적용한다.
제6조 (고유목적사업준비금 잔액의 익금산입시 가산세율에 관한 적용례) 제56조제7항제2호의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 법정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다.
제7조 (구상채권상각충당금의 손금산입에 관한 적용례) 제63조의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도 분부터 적용한다.
제8조 (국고보조금의 손금산입에 관한 적용례) 제64조제6항제3호의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 지급받는 분부터 적용한다.
제9조 (자산의 취득가액에 관한 적용례) 제72조제3항제3호의 개정 규정은 이 영 시행후 최초로 취득한 분부터 적용한다.
제10조 (시가의 범위 등에 관한 적용례) 제89조제3항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 대여하는 분부터 적용한다
제11조 (소득처분에 관한 적용례) 제106조제1항제3호의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 신고· 결정 또는 경정하는 분부터 적용한다.
제12조 (결손금 조정에 따른 환급세액의 가산세율에 관한 적용례) 제110조제5항제2호의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 법정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다.
제13조 (원천징수 대상소득의 범위에 관한 적용례) 제111조제2항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 내국법인에게 지급하는 분부터 적용한다.
제14조 (미납부가산세율에 관한 적용례) 제119조제1항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 법정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다.
제15조 (지출증빙 등에 관한 적용례) 제158조제4항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도분부터 적용한다.
제16조 (창업비의 손금산입에 대한 경과조치) 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일 전에 발생한 창업비의 손금산입에 관하여는 제24조제1항제2호마목·제26조제1항제5호 및 제26조제4항제4호의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제17조 (미납부가산세 등에 관한 경과조치) 이 영 시행일 전에 법정신고기한이 경과한 분에 대한 제56조제7항제2호 또는 제110조제5항제2호의 규정에 의한 이자상당액 또는 제119조제1항의 규정에 의한 미납부가산세는 종전의 규정에 의하여 계산한다

부칙 [2003.12.30 대통령령 제18174호]
제1조 (시행일) 이 영은 2004년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제2조제1항제8호ㆍ제56조제6항ㆍ제86조의2제1항ㆍ제97조제4항 및 제9항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제14조ㆍ제17조ㆍ제40조ㆍ제70조ㆍ제73조ㆍ제75조ㆍ제86조의2ㆍ제111조ㆍ제112조 및 제113조의 개정규정중 간접투자자산운용업법과 관련한 내용은 2004년 1월 5일부터 시행하며, 제36조제4항의 개정규정은 2005년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행후 개시하는 사업연도분부터 적용한다.
제3조 (신용협동조합예금자보호기금을 통한 예금보험제도 운영사업 등에 대한 수익사업 제외에 관한 적용례) 제2조제1항제8호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도분부터 적용한다.
제4조 (채무의 출자전환시 주식발행액면초과액의 범위에 관한 적용례) 제15조제1항의 개정규정은 이 영 시행후 채무를 출자전환하는 분부터 적용한다.
제5조 (지주회사의 수입배당금액이 익금불산입되는 자회사의 범위에 관한 적용례) 제17조의2제2항제1호의 개정규정은 이 영 시행후 배당하는 분부터 적용한다.
제6조 (이월결손금이 인정되는 화의인가 및 경영정상화계획에 관한 적용례) 제18조제1항제2호의 개정규정은 이 영 시행후 법원이 확인하거나 채권금융기관협의회가 의결한 결손금분부터 적용한다.
제7조 (기부금영수증의 보관에 관한 적용례) 제36조제4항의 개정규정은 2005년 1월 1일 이후 지출하는 분부터 적용한다.
제8조 (손금산입이 인정되는 고유목적사업준비금의 범위에 관한 적용례) 제56조제6항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도분부터 적용한다.
제9조 (합병시 이월결손금 승계가 배제되는 요건에 관한 적용례) 제81조제4항제1호의 개정규정은 이 영 시행후 합병하는 분부터 적용한다.
제10조 (소득공제가 인정되는 유동화전문회사 등에 대한 배당가능이익의 범위에 관한 적용례) 제86조의2제1항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도분부터 적용한다.
제11조 (토지등양도소득에 관한 적용례) 제92조의2의 개정규정은 이 법 시행후 양도하는 분부터 적용한다.
제12조 (사실과 다른 회계처리에 기인한 경정에 따른 세액공제의 방법 등에 관한 적용례) 제95조의3 및 제110조의2의 개정규정은 이 영 시행후 사실과 다른 회계처리를 하여 제103조의2의 개정규정에 의한 경고 또는 주의 등의 조치를 받는 분부터 적용한다.
제13조 (과세표준의 신고시 현금흐름표 제출에 관한 적용례) 제97조제4항 및 제9항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도분부터 적용한다.
제14조 (추계결정방법의 적용례) 제104조제2항의 개정규정은 이 영 시행후 추계결정 및 경정하는 분부터 적용한다.
제15조 (외국법인의 국내원천소득 범위에 관한 적용례) 제132조제1항의 개정규정은 이 영 시행후 임대하는 분부터 적용한다.

부칙 [2004.3.17]
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2004.3.22]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 단, 제56조제4항의 개정규정은 2005년 1월 1일부터 시행한다.
②(일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행일이 속하는 사업연도분부터 적용한다.
③(고유목적사업준비금의 손금산입에 관한 적용례) 제56조제4항의 개정규정은 이 영 시행후 개시하는 사업연도분부터 적용한다.
④(유동화전문회사 등에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제86조의2의 개정규정은 이 영 시행후 개시하는 사업연도분부터 적용한다.
⑤(원천징수세액에서 일정한 이자소득세액을 차감하는 채권의 범위에 관한 적용례) 제111조제6항제3호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 발행하는 분부터 적용한다.

부칙 [2005.2.19 대통령령 제18706호]
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제111조 내지 제114조·제114조의2·제136조의2 및 제138조의3의 개정규정은 2005년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) 이 영은 2005년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다.
제3조 (수익사업의 범위에 관한 적용례) 제2조제1항제9호의 개정규정은 이 영 시행후 과세표준 및 세액을 신고하거나 결정 또는 경정하는 분부터 적용한다.
제4조 (손비의 범위에 관한 적용례) 제19조의 개정규정은 이 영 시행후 취득하는 분부터 적용한다.
제5조 (국고보조금 등의 손금산입에 관한 적용례) 제64조제6항제4호의 개정규정은 이 영 시행후 지급받는 분부터 적용한다.
제6조 (시가의 범위 등에 관한 적용례) 제89조의 개정규정은 이 영 시행후 거래하는 분부터 적용한다.
제7조 (소득처분에 관한 적용례) 제106조제4항의 개정규정은 이 영 시행후 수정신고하는 분부터 적용한다.
제8조 (원천징수에 관한 적용례) 제111조 내지 제114조, 제136조의2 및 제138조의3의 개정규정은 2005년 7월 1일 이후 원천징수하는 분부터 적용한다.
제9조 (환매조건부채권매매거래 등의 원천징수 및 환급 등에 관한 적용례) 제114조의2의 개정규정은 2005년 7월 1일 이후 환매조건부채권매매거래 등에 의하여 매도하는 분부터 적용한다.
제10조 (미납부가산세율 등에 관한 적용례) 제119조제1항의 개정규정은 2005년 1월 1일 이후 이자소득금액 및 투자신탁수익의 분배금을 지급하는 분부터 적용한다.
제11조 (유가증권대차거래 보상금상당액에 관한 적용례) 제132조제14항의 개정규정은 이 영 시행후 지급받는 보상금상당액부터 적용한다.
제12조 (지출증빙서류의 수취·보관과 계산서의 작성·교부 등에 관한 적용례) 제158조제2항제4호 및 제164조제7항의 개정규정은 2005년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도에 제출하는 매출·매입처별계산서합계표상의 거래기간에 거래된 분부터 적용한다.
제13조 (주식등변동상황명세서 제출관련 적용례) 제161조의 개정규정은 이 영 시행후 주식등변동상황명세서를 제출하는 분부터 적용한다.
제14조 (계산서미교부에 대한 가산세의 특례) 법 제76조제9항의 규정에 의한 가산세를 적용함에 있어서 「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」 제2조의 규정에 의한 시장도매인에 대하여 2004년 1월 1일부터 2004년 12월 31일까지의 기간중에 종료하는 사업연도부터 2007년 1월 1일부터 2007년 12월 31일까지의 기간중에 종료하는 사업연도까지는 각 사업연도별로 계산서를 교부한 금액이 총매출액에서 차지하는 비율이 다음의 비율 이상인 경우 당해 사업연도에는 제120조제2항의 규정에 해당하는 법인으로 보되, 이 경우 시장도매인이 각 사업연도별로 계산서를 교부한 금액이 총매출액에서 차지하는 비율이 다음 비율에 미달하는 경우에는 각 사업연도별로 총매출액에서 다음 비율을 적용하여 계산한 금액과 계산서를 교부한 금액과의 차액을 공급가액으로 보아 가산세를 부과한다.

┌────────────────────────────┬──────┐
│                        사업연도                        │    비율    │
├────────────────────────────┼──────┤
│2004년 1월 1일부터 2005년 12월 31일까지의 기간중에    │ 100분의 40 │
│종료하는 사업연도                                       │            │
├────────────────────────────┼──────┤
│2006년 1월 1일부터 2007년 12월 31일까지의 기간중에    │ 100분의 80 │
│종료하는 사업연도                                       │            │
└────────────────────────────┴──────┘

제15조 (채권등의 보유기간이자상당액계산에 관한 경과조치) ①2005년 6월 30일 이전에 채권등을 취득한 법인(제111조제2항 각호의 어느 하나에 해당하는 법인을 포함한다)에게 2005년 7월 1일 이후 최초로 당해 채권등에 대한 이자소득을 지급하는 경우 및 동 채권등을 최초로 매도하는 경우의 원천징수대상소득을 계산함에 있어서는 제113조제2항제1호의 규정에 불구하고 당해 채권등의 발행일 또는 직전이자계산기간 종료일의 다음날부터 이자계산기간의 종료일 또는 중도매도일까지의 기간에 대하여 이자상당액을 계산한다. 이 경우 제113조제7항의 규정에 의한 기간계산방법(제74조제1항제1호 가목 내지 다목을 준용하는 방법을 제외한다)을 적용하는 때에는 2005년 6월 30일 이전에 취득한 채권등과 2005년 7월 1일 이후에 취득한 채권등을 구분하여 적용하고 2005년 6월 30일 이전에 취득한 채권등을 먼저 매도한 것으로 본다.
②제111조제2항 각호의 어느 하나에 해당하는 법인이 보유한 채권등에 대하여 제1항의 규정을 적용하는 경우에는 제111조제2항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
③제1항의 규정에 의한 원천징수세액 중 공제액 등의 계산 및 처리에 대하여는 종전 제113조의 규정을 적용한다.
제16조 (다른 법령의 개정) 국제조세조정에관한법률시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제25조제3항을 다음과 같이 한다.
③제1항에서 "국외지배주주의 내국법인 출자금액"이라 함은 다음 각호의 금액중 큰 금액에 당해 내국법인의 당해 사업연도 종료일 현재 납입자본총액에서 국외지배주주가 납입한 자본금이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 말한다. 다만, 국내사업장의 경우에는 각 사업연도 종료일 현재 그 국내사업장의 대차대조표상의 자산총액에서 부채총액을 공제한 금액을 말한다.
1. 당해 사업연도 종료일 현재 대차대조표상의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함하며, 미지급법인세를 제외한다)의 합계액을 공제한 금액
2. 당해 사업연도 종료일 현재의 납입자본금(자본금에 주식발행액면초과액 및 감자차익을 가산하고 주식할인발행차금 및 감자차손을 차감한 금액으로 한다)

부칙 [2005.3.8 대통령령 제18736호(사회간접자본시설에대한민간투자법시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조, 제3조 생략
제4조(다른법률의 개정)①내지⑨생량
⑩법인세법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제54조제2항중 "사회간접자본시설"을 "사회기반시설"으로 한다.
제63조제1항제3호 및 제64조제6항제3호중 "사회간접자본시설에대한 민간투자법" 을 각각 "「사회기산시설에 대한 민간투자법」"으로 한다.
⑪내지[27]생략
제5조 생략

부칙 [2005.6.30 제18903호(디자인보호법 시행령)]
제1조(시행일) 이 영은 2005년 7월 1일부터 시행한다.
제2조(다른 법령의 개정)①내지⑧ 생략
⑨법인세법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제24조제1항제2호가목중 "의장권"을 "디자인권"으로 한다.
⑩내지<20> 생략

부칙 [2005.7.15 제18945호]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
②(투자회사에 대한 소득공제요건에 관한 적용례) 제86조의2제2항 및 동조제3항제1호의 개정규정은 이 영 시행후 지급하는 배당금액부터 적용한다.

부칙 [2005.8.19, 대통령령 제19010호(근로자퇴직급여 보장법 시행령)]
제1조 (시행일) 이 영은 2005년 12월 1일부터 시행한다.
제2조 (퇴직금제도의 설정이 의제되는 퇴직보험등) ①법 부칙 제2조제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 퇴직보험 또는 퇴직일시금신탁”이라 함은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 보험 또는 신탁(이하 “퇴직보험등”이라 한다)을 말한다.
1. 퇴직하는 근로자가 퇴직보험등을 취급하는 금융기관(이하 “보험사업자등”이라 한다)에 대하여 직접 일시금 또는 연금(퇴직일시금신탁에 가입한 경우를 제외한다. 이하 같다)을 선택하여 청구할 수 있을 것. 다만, 계속근로기간이 1년 미만인 근로자는 일시금 또는 연금을 청구할 수 없으며, 그 일시금 또는 연금은 사용자에게 귀속되는 것이어야 한다.
2. 퇴직보험등의 계약이 해지되는 경우에 환급금은 피보험자 또는 수익자(이하 “피보험자등”이라 한다)인 근로자에게 지급되는 것일 것. 다만, 계속근로기간이 1년 미만인 피보험자등인 근로자에 대한 해지환급금은 사용자에게 귀속되는 것이어야 한다.
3. 퇴직보험등에 의한 일시금ㆍ연금 또는 해지환급금을 받을 피보험자등인 근로자의 권리는 양도하거나 담보로 제공할 수 없는 것일 것
4. 보험사업자등이 퇴직보험등의 계약 체결 전에 계약의 내용을 피보험자등에게 주지시키고 계약 체결 후에는 그 사실을 통지하는 것일 것
5. 보험사업자등이 매년 보험료 또는 신탁부금 납부 상황과 일시금 또는 연금의 수급 예상액을 피보험자등에게 통지하는 것일 것
②제1항제2호 본문의 규정에 의하여 해지환급금을 지급받는 경우에는 법 제8조제2항의 규정에 의하여 지급받을 퇴직금 중 그 해당 금액을 미리 지급받은 것으로 본다.
③사용자는 퇴직보험등에 의한 일시금의 액이 법 제8조제1항의 규정에 의한 퇴직금의 액보다 적을 경우에는 그 차액을 퇴직하는 근로자에게 지급하여야 한다.
④제1항제2호의 규정에 불구하고 사용자 및 근로자가 퇴직보험등의 계약을 해지하고, 법 제12조 또는 법 제13조의 규정에 의한 퇴직연금제도를 실시하기로 한 경우에는 해지환급금은 피보험자등에게 지급되지 아니할 수 있다.
제3조 (다른 법령의 개정) ① 및 ② 생략
③법인세법 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제44조제2항제3호중 “「근로기준법」 제34조제3항”을 “「근로자퇴직급여 보장법」 제8조제2항”으로 한다.
④ 내지 ⑨ 생략

부칙 [2005.12.30 제19214호]
①(시행일) 이 영은 2006년 1월 1일부터 시행한다.
②(원천징수 대상소득의 범위 등에 관한 적용례) 제111조 내지 제113조 및 제114조의2의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 채권등의 이자등을 지급하거나 채권등을 매매하는 분부터 적용한다.

부칙 [2005.12.31 제19255호]
①(시행일) 이 영은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제92조의3내지 제92조의11의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다.
②(일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
③(장기임대주택의 범위에 관한 적용례) 제92조의2제2항제1호의2의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택부터 적용한다.

[별표]
축산용 토지의 기준면적(제92조의7제4항관련)

1. 가축별 기준면적
┏━━━━┯━━━━┯━━━━┯━━━━━━━━━━━┯━━━━━━━━━┯━━━━━━━┓
┃구분 │사업 │가축 │축사 및 부대시설 │초지 또는 사료포 │비고 ┃
┃ │ │두수 ├─────┬─────┼────┬────┤ ┃
┃ │ │ │축사 │부대시설 │초지 │사료포 │ ┃
┃ │ │ │(제곱미터)│(제곱미터)│(헥타르)│(헥타르)│ ┃
┠────┼────┼────┼─────┼─────┼────┼────┼───────┨
┃1. 한우 │사육사업│1두당 │7.5 │5 │0.5 │0.25 │말·노새 또는 ┃
┃ (육우) │ │ │ │ │ │ │당나귀를 사 ┃
┃ │ │ │ │ │ │ │육하는 경우 ┃
┃ │ │ │ │ │ │ │를 포함한다. ┃
┠────┼────┼────┼─────┼─────┼────┼────┼───────┨
┃2. 한우 │비육사업│1두당 │7.5 │5 │0.2 │0.1 │ ┃
┃ (육우) │ │ │ │ │ │ │ ┃
┠────┼────┼────┼─────┼─────┼────┼────┼───────┨
┃3. 유우 │목장사업│1두당 │11 │7 │0.5 │0.25 │ ┃
┠────┼────┼────┼─────┼─────┼────┼────┼───────┨
┃4. 양 │목장사업│10두당 │8 │3 │0.5 │0.25 │ ┃
┠────┼────┼────┼─────┼─────┼────┼────┼───────┨
┃5. 사슴 │목장사업│10두당 │66 │16 │0.5 │0.25 │ ┃
┠────┼────┼────┼─────┼─────┼────┼────┼───────┨
┃6. 토끼 │사육사업│100두당 │33 │7 │0.2 │0.1 │친칠라를 사 ┃
┃ │ │ │ │ │ │ │육하는 경우 ┃
┃ │ │ │ │ │ │ │를 포함한다. ┃
┠────┼────┼────┼─────┼─────┼────┼────┼───────┨
┃7. 돼지 │양돈사업│5두당 │50 │13 │- │- │개를 사육하┃
┃ │ │ │ │ │ │ │는 경우를 포 ┃
┃ │ │ │ │ │ │ │함한다. ┃
┠────┼────┼────┼─────┼─────┼────┼────┼───────┨
┃8. 가금 │양계사업│100수당 │33 │16 │- │- │ ┃
┠────┼────┼────┼─────┼─────┼────┼────┼───────┨
┃9. 밍크 │사육사업│5수당 │7 │7 │- │- │여우를 사육 ┃
┃ │ │ │ │ │ │ │하는 경우를 ┃
┃ │ │ │ │ │ │ │포함한다. ┃
┗━━━━┷━━━━┷━━━━┷━━━━━┷━━━━━┷━━━━┷━━━━┷━━━━━━━┛

2. 가축두수
가축두수는 다음 각 목의 어느 하나의 방법 중 납세자가 선택하는 방법에
따라 산정한다.
가. 양도일 이전 최근 6사업연도(양도일이 속하는 사업연도를 포함한다. 이하
같다) 중 납세자가 선택하는 축산업을 영위한 3사업연도의 최고사육두수를
평균한 것
나. 양도일 이전 최근 4사업연도 중 납세자가 선택하는 축산업을 영위한 2사
업연도의 최고사육두수를 평균한 것다. 축산업을 영위한 기간이 2년 이하인 경우에는 축산업을 영위한 사업연도
의 최고사육두수를 평균한 것