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제5조의2(중소기업 정보화지원사업에 대한 과세특례)
대통령이 정하는 중소사업자가 중소기업기술혁신촉진법 제18조, 산업기술기반조성에관한법률 제5조 및 정보화촉진기본법 제34조제2항의 규정에 의하여 지급받는 중소기업 정보화지원사업을 위한 출연금 등을 전사적 기업자원관리설비 그밖에 대통령령이 정하는 설비에 투자하는 경우에는 소득세법 제32조 및 법인세법 제36조의 규정을 준용하여 손금에 산입할 수 있다. [신설 2001.12.29, 2002.12.11.]

부칙 [99·3·31]
제1조 (시행일) 이 법은 1999년 4월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략

부칙 [99·4·30]
①(시행일) 이 법은 1999년 7월 1일부터 시행한다.
②(적용례) 제106조제1항제2호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공급하는 분부터 적용한다.

부칙 [99·5·24]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제6조 생략

부칙 [99·8·31]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제126조의2의 개정규정은 공포일이 속하는 달의 다음 달 1일부터 시행한다.
제2조 (세액감면에 관한 적용례) ①제6조 및 제31조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 창업하거나 벤처기업으로 확인받는 분부터 적용한다.다만, 1997년 8월 31일 이후 창업하고 1999년 8월 30일까지 벤처기업으로 확인받은 내국인에 대하여는 2001년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 과세기간부터 적용한다. 이 경우 2000년 12월 31일 이전에 최초로 소득이 발생한 경우에는 잔존감면기간에 한하여 적용한다. [개정 2000·12·29 법6297]
②제63조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공장시설을 이전하는 분부터 적용한다.
제3조 (준비금 등에 관한 적용례) ①제8조의2의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
②제60조 및 제61조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제4조 (소득공제에 관한 적용례) ①제16조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 출자하거나 투자하는 분부터 적용한다.
②제126조의2의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 신용카드 또는 직불카드를 사용하는 분부터 적용한다. 이 경우 이 법 시행일부터 1999년 11월 30일까지의 신용카드등사용금액의 소득공제에 관하여는 신용카드등사용금액이 동 기간동안의 총급여액의 100분의 10을 초과하는 경우 초과금액의 100분의 10에 해당하는 금액(100만원을 한도로 한다)을 당해 과세연도의 근로소득금액에서 공제한다.
제5조 (투자세액공제에 관한 적용례) 제27조 및 제62조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 투자하거나 취득하는 분부터 적용한다.
제6조 (특별부가세의 이월과세 등에 관한 적용례) ①제37조·제47조의2 및 제49조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 합병하는 분부터 적용한다.
②제38조 및 제42조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도에 현물출자하는 분부터 적용한다.
③제38조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 현물출자하거나 양도하는 분부터 적용한다.
④제39조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 보증채무를 인수·변제하는 분부터 적용한다.
⑤제44조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
⑥제99조제1항의 개정규정은 1999년 7월 1일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제7조 (증권투자회사의 배당에 관한 적용례) 제91조의2의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제8조 (부가가치세 등에 관한 적용례) ①제106조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공급하는 분부터 적용한다.
②제112조의2 및 제113조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 제조장 또는 보세구역에서 반출하는 분부터 적용한다.
제9조 (증권거래세에 관한 적용례) 제117조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주식 또는 출자지분을 양도하는 분부터 적용한다.
제10조 (지방세에 관한 적용례) 제119조 내지 제121조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 취득하는 분부터 적용한다.
제11조 (중복지원배제 등에 관한 적용례) 제127조·제128조·제132조·제1 44조· 제145조 및 제146조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다
제12조 (경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 제6조 및 제63조의 규정을 적용받던 중소기업에 대하여는 종전의 규정을 적용한다.
②이 법 시행전에 종전의 제50조제2항제1호의 규정에 의하여 재정경제부장관이 행한 행위는 금융감독위원회위원장이 행한 행위로 본다
③이 법 시행당시 종전의 제58조 및 제59조의 규정에 의하여 손금에 산입한 준비금의 익금산입 및 추징에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
④제87조제2항의 개정규정을 적용함에 있어서 1998년 12월 31일 이전의 저축불입액에 대하여는 종전의 규정을 적용한다.

부칙 [99·12·28 법6045]
제1조 (시행일) 이 법은 2000년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제14조, 제16조, 제41조의2, 제44조, 제48조제4항, 제86조제2항, 제104조의2, 제117조제1항제2호의2와 부칙 제16조의 개정규정중 농어촌특별세법 제4조제3호의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제50조, 제72조제1항제2호·제3호·제7호, 제74조, 제84조(농지개량조합 및 농업기반공사에 관한 것을 제외한다), 제105조제5호·제6호 및 제116조의 개정규정은 2000년 7월 1일부터 시행하며, 제89조·제89조의2 및 제90조와 부칙 제16조의 개정규정중 농어촌특별세법 제4조제4호및 동법 제5조의 개정규정은 2001년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) ①이 법중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.
②이 법중 양도소득세와 특별부가세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
③이 법중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분부터 적용한다.
④이 법중 특별소비세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 과세시기가 도래하는 분부터 적용한다.
⑤이 법중 인지세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.
⑥이 법중 관세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 수입신고하는 분부터 적용한다.
제3조 (기업구조조정조합에 대한 양도소득세 비과세 등에 관한 적용례) 제14조 및 제16조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세기간에 기업구조조정조합에 출자하거나 기업구조조정조합이 주식 또는 출자지분을 취득하는 분부터 적용한다.
제4조 (비거주자 등의 유가증권 양도소득에 관한 적용례) 제21조제3항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제5조 (현물출자에 대한 과세특례 등에 관한 적용례) ①제38조의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 현물출자하는 분부터 적용한다.
②제41조의2제1항 및 제2항의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 종료하는 사업연도에 자산을 무상으로 증여받은 분부터 적용하며, 동조제3항의 개정규정은 정리절차개시등의 신청일 이후 최초로 재산을 증여하는 분부터 적용한다.
③제44조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 종료하는 사업연도에 채무를 면제받은 분부터 적용한다. 다만, 종전의 제44조제1항 각호의 요건을 갖춘 채무감소액의 익금불산입 및 손금산입에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
④제48조제4항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도에 대손충당금을 손금에 산입하는 분부터 적용한다.
⑤제120조제5항제8호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주식을 취득하는 분부터 적용한다.
제6조 (수도권생활지역외 지역이전법인에 대한 임시특별세액감면 등에 관한 적용례)①제63조의2제2항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공장 또는 본사를 이전하는 날이 속하는 과세연도분부터 적용한다. 다만, 이 법 시행전에 대지 또는 건물을 양도하고 이 법 시행후 이전한 경우를 제외한다.
②제63조의2제3항 및 제4항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 다만, 이 법 시행전에 이전하고 이 법 시행후에 양도하는 분을 제외한다.
제7조 (세금우대저축에 관한 적용례) ①제86조제2항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세기간에 해지하거나 연금외의 형태로 지급받는 분부터 적용한다.
②제89조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 가입하는 분부터 적용한다.
③제90조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 가입 또는 해지하는 분부터 적용한다.
제8조 (어업인에 대한 지원의 적용례) 제104조의2의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도중에 지급 또는 보조받는 분부터 적용한다.
제9조 (부가가치세에 관한 적용례) ①제105조제3호의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 국가 또는 지방자치단체에 기부채납하는 분부터 적용한다.
②제107조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공급하거나 공급받는 분부터 적용한다.
제10조 (증권거래세에 관한 적용례) 제117조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주권 또는 지분을 양도하는 분부터 적용한다.
제11조 (지방세에 관한 적용례) 제119조 및 제120조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 등기하거나 취득하는 분부터 적용한다.
제12조 (원천징수특례를 적용받은 세금우대저축에 관한 경과조치) ①2000년 12월 31일 현재 제3호(국민주신탁을 제외한다)·제4호·제5호·제6호·제8 호의 규정에 의한 세금우대저축에 가입한 자는 제89조의 개정규정에 의한 세금우대종합저축에 가입한 것으로 보며, 동 저축의 계약금액총액이 제89조제1항제3호의 개정규정에 의한 세금우대종합저축의 한도를 초과하는 경우에는 동 저축의 만기시까지 그 초과분에 대하여도 이를 세금우대종합저축으로 본다.
②제1항의 규정에 의하여 세금우대종합저축으로 보는 저축을 취급하는 금융기관은 2000년 12월 31일까지 그 저축의 저축자별 성명 및 주민등록번호와 저축계약의 체결·해지 및 권리이전내용을 제89조제2항의 개정규정에 의하여 세금우대저축자료집중기관에 통보하여야 한다. [개정 2000·10·21]
③삭제[2000.12.29.법6296]
제13조 (농지개량조합 등에 관한 경과조치) 제84조제2항의 규정을 적용함에 있어서 이 법 시행당시 종전의 농지개량조합 또는 농지개량조합연합회가 시설을 사용한 기간은 농업기반공사가 사용한 기간으로 본다.
제14조 (가계생활자금저축에 관한 경과조치) ①종전의 제90조의 규정에 의한 가계생활자금저축에 관하여는 2000년 12월 31일 이전에 발생한 소득에 한하여 종전의 제90조의 규정을 적용한다.
②종전의 제90조제2항의 규정에 의한 가계생활자금저축의 세금우대저축자료에 관하여는 제90조의2의 개정규정을 적용한다.
제15조 (사회간접자본시설 사용료에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제106조제1항제5호의 규정에 의하여 부가가치세를 면제받은 재화 또는 용역에 관하여는 종전의 규정을 적용한다.
제16조 (다른 법률의 개정) 농어촌특별세법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제3호중 "제119조제2항 또는 제120조제2항"을 "제119조제3항 또는 제120조제3항"으로 하고, 동조제3호의3을 삭제하며, 동조제4호중 "동법 제89조제1항제4호, 동법 제90조 또는 동법 제91조"를 "동법 제91조"로 하고, 동조제8호의2중 "조세특례제한법 제119조제1항제13호 및 동법 제120조제1항제12호"를 "조세특례제한법 제119조제1항제13호·제16호 및 동법 제120조제1항제12호·제15호"로 한다.
제5조제1항제2호중 "조세특례제한법 제89조제1항제1호 내지 제3호 및 제5호 내지 제8호"를 "조세특례제한법 제89조 및 동법 제89조의2"로 한다.
제17조 (다른 법률의 개정에 따른 적용례) 부칙 제16조의 개정규정중 농어촌특별세법 제4조제3호의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도부터 적용하고, 동법 제4조제4호 및 동법 제5조의 개정규정은 2001년 1월 1일 이후 발생한 소득을 지급하는 분부터 적용한다.
제18조 (다른 법률의 개정에 따른 경과조치) 농어촌특별세법 제4조제4호의 개정규정중 종전의 제89조제1항제4호의 규정에 의한 저축의 이자와 배당에 대한 감면의 경우 2000년 12월 31일까지 동 저축에 가입한 분에 대하여는 동 저축의 만기시까지 종전의 규정을 적용한다.

부칙 [99·12·28 법6054]
①(시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
②생략

부칙 [99·12·28 법6055]
제1조 (시행일) 이 법은 2000년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제20조 생략

부칙 [99·12·31]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략

부칙 [2000·1·12]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 2월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략

부칙 [2000·1·21]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [2000·10·21]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제38조·제52조의2·제117조·제1 19조 및 제120조의 개정규정중 금융지주회사와 관련된 사항은 금융지주회사법의 시행일부터 시행하고, 제89조제2항의 개정규정은 2001년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (어음제도개선을 위한 세액공제에 관한 적용례) 제7조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 결제하거나 사용하는 분부터 적용한다. 다만, 동조제1항제2호의 금액을 계산함에 있어서 이 법 시행일 이전에 발행한 분은 제외한다.
제3조 (기업분할에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제45조의2 및 제106조제3항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 분할하는 분부터 적용한다.
제4조 (금융지주회사의 설립 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제52조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주식이전 또는 주식교환하는 분부터 적용한다.
제5조 (기업구조조정투자회사 주식양도차익 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제55조제4항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하거나 배당소득을 지급받는 분부터 적용한다.
제6조 (농업협동조합중앙회 등의 합병에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제72조의2의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도분부터 적용한다.
제7조 (기부금의 손금산입 등에 관한 적용례) ①제73조제1항제12호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지출하는 분부터 적용한다.
②제74조제1항제10호의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제8조 (생계형저축 등에 대한 소득세 비과세에 관한 적용례) 제88조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 가입하는 저축분부터 적용하고, 제88조의3의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급하는 소득분부터 적용한다.
제9조 (예금보험공사 등에 대한 증권거래세의 면제에 관한 적용례) 제117조제1항제8호·제16호 및 제17호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도·주식이전 또는 주식교환하는 분부터 적용한다.
제10조 (등록세의 면제 등에 관한 적용례) 제119조제1항제18호 내지 제20호 및 동조제6항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 등기하는 분부터 적용한다.
제11조 (취득세의 면제에 관한 적용례) 제120조제5항제8호 및 제11호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주식 또는 지분을 취득하는 분부터 적용한다.
제12조 (추계과세시 등의 감면배제 등에 관한 적용례) 제128조제1항 본문·제132조제1항제3호·제144조 제1항 및 제145조제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제13조 (다른 법률의 개정) 농어촌특별세법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제4호중 "조세특례제한법 제86조 내지 제88조"를 "조세특례제한법 제86조 내지 제88조, 제88조의2 및 제88조의3"로 한다.
제14조 (다른 법률의 개정에 따른 적용례) 부칙 제13조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급하는 소득분부터 적용한다.

부칙 [2000·12·29 법6297]
제1조 (시행일) 이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제6조· 제72조의2제2항 및 제88조의6의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제72조제1항 및 제4항의 개정규정중 기부금에 관한 부분은 2003년 1월 1일부터 시행하며, 제106조의2의 개정규정은 2002년 1월 1일부터 시행하고, 제121조의2제9항· 제121조의5제1항제1호·제2항제1호 및 제3항제3호의 개정규정은 2001년 2월 1일부터 시행한다. [개정 2001.12.29.]
제2조 (일반적 적용례) ①이 법중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.
②이 법중 양도소득세 및 특별부가세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
③이 법중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
④이 법중 특별소비세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 제조장 또는 보세구역으로부터 반출하거나 수입신고하는 분부터 적용한다.
제3조 (중소기업의 투자세액공제 등에 관한 적용례) 제5조제1항·제24조·제25조 및 제25조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제4조 (창업중소기업 등에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제6조의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도부터 적용한다.
제5조 (기술이전소득에 대한 세액감면 등에 관한 적용례) 제12조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도·대여·제공 또는 취득하는 분부터 적용한다.
제6조 (중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 비과세 등에 관한 적용례) 제13조(동조제1항제3호를 제외한다) 및 제14조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주식 또는 출자지분을 취득하는 분부터 적용하고, 제13조제1항제3호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주식 또는 출자지분을 양도하는 분부터 적용한다.
제7조 (주식매수선택권의 과세특례에 관한 적용례) 제15조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 발생하는 소득분부터 적용한다.
제8조 (사회간접자본채권의 이자소득에 대한 적용례) 제29조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급하는 소득분부터 적용한다.
제9조 (양도소득세 기타 감면세액 및 그 이자상당액의 납부에 관한 적용례) 제33조, 제35조 내지 제37조, 제40조, 제42조, 제46조, 제60조, 제61조, 제63조의2, 제66조, 제67조, 제70조, 제71조, 제77조, 제79조 내지 제81조, 제82조 및 제83조의 개정규정중 감면세액과 그 이자상당액의 납부에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 당해 사유가 발생하는 분부터 적용한다.
제10조 (주식의 현물출자 또는 교환에 의한 지주회사의 설립 등에 관한 적용례) 제38조 및 제38조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주식을 현물출자하거나 주식교환하는 분부터 적용한다.
제11조 (기업구조조정지원을 위하여 취득한 토지등의 양도차익에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제43조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 토지등을 양도하는 날이 속하는 과세연도부터 적용한다.
제12조 (기업분할에 대한 과세특례 등에 관한 적용례) 제45조의2 및 제106조제3항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 분할하거나 출자전환하는 분부터 적용한다.
제13조 (수도권생활지역외 지역으로의 이전법인 또는 폐광지역진흥지구의 사업시행자에 대한 세액감면 등에 관한 적용례) ①제63조의2(동조제7항을 제외한다)의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공장 또는 본사를 이전하는 분부터 적용한다.
②제64조제1항제2호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 폐광지역진흥지구에 입주하기 위하여 사업에 착수하는 분부터 적용한다.
제14조 (초지의 현물출자에 대한 적용례) 제66조제4항 및 제68조제2항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 영농조합법인 또는 농업회사법인에 초지를 현물출자하는 분부터 적용한다.
제15조 (농업협동조합중앙회의 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제72조의2제2항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 사업연도분부터 적용한다.
제16조 (기부금의 손금산입에 관한 적용례) 제73조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지출하는 분부터 적용한다.
제17조 (학교법인의 해산에 따른 증여세 부과특례에 관한 적용례) 제81조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 결정하는 분부터 적용한다.
제18조 (연금저축에 대한 소득공제 등에 관한 적용례) ①제86조제2항 및 제6항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개인연금저축계좌를 이전하는 분부터 적용한다.
②제86조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 가입하는 저축분부터 적용한다.
제19조 (비과세저축과 저율과세저축 등에 관한 적용례) ①제87조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 해지하는 저축분부터 적용한다.
②제88조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 가입하는 저축분부터 적용한다.
③제88조의4 및 제88조의5의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급받는 배당소득 분부터 적용한다.
④제88조의6의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 최초로 가입하는 저축분부터 적용한다.
⑤제89조의3의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
⑥제90조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 세금우대저축자료의 제출의무가 발생하는 분부터 적용한다.
⑦제91조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하여 지급받는 소득분부터 적용하고, 동조제6항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 이익을 배분하는 분 또는 환매로 인하여 매수대금을 지급하는 분부터 적용한다.
⑧제92조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급받는 소득분부터 적용한다.
제20조 (신축주택의 취득을 위한 주택양도에 따른 양도소득세 특례에 관한 적용례) 제99조의2의 개정규정은 2000년 9월 1일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제21조 (자사주처분손실준비금의 손금산입에 관한 적용례) 제104조의3 및 제132조제1항제1호중 제104조의3에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 신고하는 분부터 적용한다.
제22조 삭제 [2001.12.29.]
제23조 (인지세의 면제에 관한 적용례) 제116조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.
제24조 (관세의 경감에 관한 적용례) 제118조제1항제10호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 수입신고하는 분부터 적용한다.
제25조 (등록세 및 취득세의 면제에 관한 적용례) 제119조 및 제120조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 등기하거나 취득하는 분부터 적용한다.
제26조 (외국인투자기업의 합병시 외국인투자비율에 관한 적용례) 제121조의2제2항 후단의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 합병하는 분부터 적용한다.
제27조 (외국인투자기업 등의 신청기한 이후의 조세감면 또는 면제신청에 관한 적용례) 제121조의2제10항 또는 제121조의6제3항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 조세의 감면 또는 면제를 신청하는 분부터 적용한다.
제28조 (양도소득세 등의 중복지원배제에 관한 적용례) 제127조제7항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도소득세 또는 특별부가세의 감면을 신청하는 분부터 적용한다.
제29조 (정부업무대행단체의 소매업 등의 부가가치세 면제에 관한 특례) 종전의 제106조제1항 본문중 "제6호의 규정에 의한 것중 대통령령이 정하는 것"에 대한 부가가치세 면제는 종전의 적용시한에 불구하고 2001년 6월 30일까지 공급하는 분에 한하여 이를 적용한다.
제30조 삭제 [2001.12.29.]
제31조 (사업손실준비금의 손금산입에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 한국증권거래소에 주식을 상장하거나 한국증권업협회에 등록한 중소기업은 이 법 시행일에 상장 또는 등록한 것으로 보아 제8조의2의 개정규정을 적용한다.
제32조 (기술 및 인력개발비의 세액공제 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도 이전에 종전의 제9조의 규정에 의한 기술개발준비금 또는 제10조의 규정에 의한 기술 및 인력개발비가 발생되었으나 지출되지 아니한 금액은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도에 발생된 것으로 보아 제9조 및 제10조의 개정규정을 적용한다.
②이 법 시행당시 종전의 제27조·제27조의2·제65조제2항· 제103조 및 제126조의 규정에 의하여 공제받은 금액의 추징에 대하여는 종전의 제146조제3호 및 제6호의 규정을 적용한다.
제33조 (에너지절약시설투자준비금의 손금산입에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제30조의 규정에 의하여 손금산입한 준비금의 익금산입에 대하여는 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 익금산입하는 금액에 대한 이자상당가산액의 납부에 관하여는 제4조제4항의 개정규정을 준용한다.
제34조 (특별부가세 등의 감면세액 추징 등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제38조의2 및 제46조의2의 규정에 의하여 감면받은 특별부가세 또는 양도소득세의 추징에 대하여는 종전의 규정을 적용한다. 다만, 이 법 시행후 종전의 제38조의2제3항 각호 및 제46조의2제2항 각호의 1에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제33조제2항 및 제4항의 개정규정을 준용한다.
제35조 (법인의 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가세의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제37조제1항의 규정에 의하여 승인을 얻은 재무구조개선계획 또는 기업개선계획에 따라 2001년 12월 31일까지 토지등을 양도하는 경우에는 제37조제1항의 개정규정에 불구하고 특별부가세에 상당하는 세액을 면제한다.
제36조 (기업분할에 대한 과세특례 등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제45조의2의 규정에 의한 기업구조조정위원회의 승인을 받은 기업개선계획은 이 법에 의한 채권금융기관협의회의 승인을 받은 것으로 본다.
제37조 (의료취약지역에서의 병원신설에 대한 세액감면에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제65조제1항의 규정을 적용받고 있는 병원 및 종합병원에 대하여는 잔존감면기간에 한하여 종전의 규정을 적용한다.
제38조 (조합등예탁금에 관한 경과조치) ①2004년 12월 31일 현재 제89조의3의 개정규정에 의한 조합등예탁금에 가입한 자는 제89조의 규정에 의한 세금우대종합저축에 가입한 것으로 보며, 동예탁금과 세금우대종합저축의 계약금액총액이 제89조제1항제3호의 규정에 의한 세금우대종합저축의 한도를 초과하는 경우에는 동예탁금의 만기시까지 그 초과분에 대하여도 이를 세금우대종합저축으로 본다.
②조합등예탁금을 취급하는 금융기관은 2004년 12월 31일까지 동저축의 저축자별 성명 및 주민등록번호와 저축계약의 체결·해지 및 권리이전내용을 제89조제2항의 규정에 의하여 세금우대저축자료집중기관에 통보하여야 한다.
제39조 (특별소비세의 감면세액 추징에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제109조제9호 및 제10호의 규정에 의하여 면제받은 특별소비세의 추징에 대하여는 종전의 제113조제1항의 규정을 적용한다.
제40조 (등록세 및 취득세의 면제에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제38조의2의 규정에 의한 분사에 따라 취득한 재산의 등록세 및 취득세의 면제에 관하여는 종전의 제119조제1항제7호 및 제120조제1항제6호의 규정을 적용한다.
제41조 (에너지절약시설투자에 대한 세액공제의 중복적용 배제 등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 개시하여 이 법 시행후에 종료하는 과세연도에 제25조의2의 개정규정에 의하여 감면받은 세액은 종전의 제25조의 규정에 의하여 감면받은 세액으로 보아 종전의 제127조·제128조·제132조·제1 44조 및 제145조의 규정을 적용한다.
제42조 (외국인투자에 대한 조세감면 등에 관한 경과조치) 제121조의2제10항 또는 제121조의6제3항의 개정규정을 적용함에 있어서 이 법 시행전에 조세감면신청 또는 조세면제신청을 한 것으로서 이 법 시행일까지 조세감면 결정 또는 조세면제 확인을 받지 못한 경우에는 이 법 시행일에 조세감면신청 또는 조세면제신청을 한 것으로 본다.
제43조 (소기업 등에 대한 감면세액의 사후관리에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 중소법인이 종전의 제145조제1항 및 제6항의 규정을 적용받던 감면세액(동조제4항 각호의 규정 및 동조제6항 본문의 규정에 해당하는 금액을 제외한다)에 대하여는 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도에 감면받은 것으로 보되, 제145조제5항의 개정규정에 불구하고 2005년 12월 31일이 속하는 과세연도의 종료일까지 고정자산에 대한 투자나 차입금의 상환에 사용하여야 한다. [개정 2001.12.29.]

부칙 [2000·12·29 법6299]
제1조 (시행일) 이 법은 2001년 9월 1일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략

부칙 [2000·12·29 법6305]
제1조 (시행일) 이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제8조 생략

부칙 [2000·12·29 법6312]
제1조 (시행일) 이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제12조 생략

부칙 [2001.1.16.]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제6조 생략

부칙 [2001·5·24]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제106조제1항제4호의2·제119조제 6항의 개정규정은 2001년 7월 1일부터 시행하고, 제106조제1항제4호의3의 개정규정은 2004년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (고유목적사업준비금의 손금산입특례에 관한 적용례) 제74조제3항의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
제3조 (우리사주 배당소득 및 장기보유주식 배당소득에 관한 적용례) 제88조의4 및 제91조의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 지급하는 소득분부터 적용한다.
제4조 (전자장외거래에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의4의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 주식을 양도하는 분부터 적용한다.
제5조 (부가가치세 면제에 관한 적용례) 제106조의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 용역을 공급하는 분부터 적용한다.
제6조 (증권거래세의 면제에 관한 적용례) 제117조의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 주식을 양도하는 분부터 적용한다.
제7조 (등록세의 면제 등에 관한 적용례) 제119조의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 설립등기하는 분부터 적용한다.

부칙 [2001.8.14.]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제7조의2의 개정규정은 2001년 11월 1일부터 시행한다.
제2조(기업의 어음제도개선을 위한 세액공제에 관한 적용례) 제7조의2의 개정규정은 2001년 11월 1일 이후 최초로 기업구매전용카드를 사용하는 분부터 적용한다.
제3조(중소기업의 결손금 소급공제에 의한 환급특례 등에 관한 적용례) 제8조의3의 개정규정 및 제55조의2의 개정규정중 투자손실준비금에 관한 부분은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제4조(임시투자세액공제에 관한 적용례) 제26조제2항 내지 제4항이 개정규정은 이 법 시행후 최초로 중간예납하는 분부터 적용한다.
제5조(양도소득세 또는 특별부가세의 감면에 관한 적용례) ①제55조제4항, 제55조의2제3항, 제55조의2제4항 개정규정중 소득세법 제94조제1항제3호에 관한 부분, 제56조, 제78조제1항제11호·제14호 및 제99조의3제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
②제78조제2항의 개정규정은 2001년 5월 7일 이후 최초로 임대를 개시하는 분부터 적용한다.
제6조(부동산투자회사 등의 투자자가 받는 배당소득에 관한 적용례) 제55조의2제4항의 개정규정중 배당소득에 관한 부분은 이 법 시행후 최초로 발생하는 배당소득분부터 적용한다.
제7조(고수익고위험신탁저축에 대한 비과세 등에 관한 적용례) 제87조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 가입하는 저축분부터 적용한다.
제8조(등록세 및 취득세의 면제 등에 관한 적용례) ①제119조제1항 및 제7항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 등기하는 분부터 적용한다.
②제119조제6항 및 제120조제4항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 취득하는 분부터 적용한다.
제9조(수입금액의 증가 등에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제122조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도의 신용카드에 의한 수입금액분부터 적용한다.
제10조(신용카드등사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제126조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 신용카드 또는 직불카드를 사용하는 분부터 적용한다.
제11조(기업구매전용카드의 사용금액에 관한 경과조치) 제7조의2의 개정규정의 시행 당시 사용한 기업구매전용카드의 사용금액에 관하여는 제7조의2의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제12조(아파트형공장의 양도에 따른 특별부가세의 감면에 관한 경과조치)중소기업진흥공단이 공업배치및공장설립에관한법률에 의하여 2001년 5월 7일전에 설립한 아파트형공장을 2003년 12월 31일 이전에 입주실수요자에게 양도하는 영우 특별부가세의 감면에 관하여는 제78조제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제13조(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면에 관한 경과조치) 2001년 5월 23일전에 종전이 제99조의3제1항의 규정에 의한 신축주택을 취득하여 이 법 시행후 동주택을 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세 과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조의3제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2001.8.14.법률제6510호]
제1조 (시행일) 이 법은 2002년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략

부칙 [2001.11.21.]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (장기주식저축의 세액공제 및 비과세에 관한 적용례) 제87조의3의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 불입한 저축분부터 적용한다.

부칙 [2001.12.29.]
제1조(시행일) 이 법은 2002년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제5조의2, 제15조제1항·제2항, 제16조제3항, 제23조제1항, 제38조제3항 내지 제5항, 제38조의3, 제45조의2, 제72조의2제2항, 제73조제1항제15호, 제74조제1항제12호, 제86조의2제10항, 제88조의5제2항, 제89조제1항, 제117조제1항제4호 내지 제6호·제10호 및 제18호, 제119조제1항제18호 및 제144조제2항의 개정규정은 공포한 날부터, 제106조의2제3항 및 제4항의 개정규정은 2002년 7월 1일부터, 제106조제2항제2호, 제121조의2(제2항 전단중 외국인투자비율에 관한 부분을 제외한다) 및 제121조의5의 개정규정은 2003년 1월 1일부터 각각 시행한다.
제2조(일반적 적용례) ①이 법중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.
②이 법중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
③이 법중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
④이 법중 특별소비세 및 교통세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 제조장 또는 보세구역으로부터 반출하거나 수입신고하는 분부터 적용한다.
⑤이 법중 인지세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.
⑥이 법중 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주권 또는 지분을 양도하는 분부터 적용한다.
⑦이 법중 관세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 수입신고하는 분부터 적용한다.
⑧이 법중 취득세 및 등록세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 취득 또는 등록하는 분부터 적용한다.
제3조(중소기업의 투자세액공제 등에 관한 적용례) 제5조제1항·제11조제1항·제24조제1항 및 제130조(사업장에 관한 부분을 제외한다)의 개정규정은 2001년 9월 3일 이후 투자하는 분으로서 이 법 시행후 최초로 과세표준신고(국세기본법 제45조의3의 규정에 의한 기한후신고를 제외한다)를 하는 분부터 적용한다.
제4조(중소기업 정보화지원사업에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제5조의2의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제5조(창업중소기업 등에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제6조제4항의 개정규정은 이 법 시행후 사업을 개시하는 분부터 적용한다.
제6조(기업의 어음제도개선 등을 위한 세액공제에 관한 적용례) ①제7조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 기업구매전용카드를 사용하거나 외상매출채권담보대출제도를 이용하여 구매대금을 지급하는 분부터 적용한다.
②제7조의3의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 구매하는 분부터 적용한다.
제7조(부품·소재전문투자조합 주식양도차익 등의 비과세 등에 관한 적용례) 제13조 및 제14조제1항제6호·제2항·제4항제4호 및 제5항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주식 또는 출자지분을 취득하거나 배당소득을 지급받는 분부터 적용하고, 제14조제1항 각호외의 부분 본문의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주식 또는 출자지분을 양도하는 분부터 적용한다.
제8조(주식매수선택권에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제15조제1항 및 제2항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 부여받는 분부터 적용한다.
제9조(중소기업창업투자조합출자 등에 대한 소득공제에 관한 적용례)
①제16조제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 출자 또는 투자하는 분부터 적용한다.
②제16조제3항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 출자 또는 투자하는 분부터 적용한다.
제10조(국제선박 양도차익의 손금사입특례 등에 관한 적용례) ①제23조제1항, 제38조제3항 내지 제5항 및 제45조의 2의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
②제34조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 사업을 전환하는 분부터 적용한다.
제11조(내국법인의 외국자회사 주식등의 현물출자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제38조의3의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 사업연도에 현물출자하는 분부터 적용한다.
제12조(기업구조조정전문회사등에 대한 과세특례에 대한 적용례) ①제55조제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주식 또는 출자지분을 양도하거나 배당소득을 지급받는 분부터 적용한다.
②제55조의2제4항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 사업연도에 발생하는 임대소득분부터 적용한다. 이 경우 2001년 12월 31일 이전에 최초로 임대소득이 발생하는 경우에는 잔존감면기간에 한하여 적용한다.
제13조(수도권외지역 이전 중소기업 및 수도권생활지역 외의 지역 이전법인에 대한 세액감면 등에 관한 적용례) 제63조 및 제63조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공장 또는 본사를 이전하는 분부터 적용한다.
제14조(농업협동조합중앙회 등의 합병에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제72조의2제2항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 사업연도에 지급받는 분부터 적용한다.
제15조(기부금 및 고유목적사업준비금의 손금산입특례에 관한 적용례)
①제73조제1항(제15호를 제외한다)의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지출하는 분부터 적용한다.
②제73조제1항제15호 및 제74조제1항제12호의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 지출하거나 손금산입하는 분부터 적용한다.
제16조(연금저축의 소득공제에 관한 적용례) 제86조의2제10항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 불입하는 분부터 적용한다.
제17조(우리사주조합원 등의 과세특례에 관한 적용례) 제88조의4의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 출연하는 분부터 적용한다.
제18조(조합 등 출자금 및 세금우대종합저축의 과세특례에 관한 적용례) 제88조의5제2항 및 제89조제1항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 발생하는 소득분부터 적용한다.
제19조(전자장외거래 주권 등의 증권거래세 면제에 관한 적용례) ①제117조제1항제4호 내지 제6호, 제10호 및 제18호의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
②제117조제1항제14호 및 제2항제3호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 결정 또는 경정하는 분부터 적용한다.
제20조(지방세 면제에 관한 적용례) ①제119조제1항제18호의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 사업연도분부터 적용한다.
②제119조제1항제21호·제22호, 제120조제1항제17호 및 제18호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 설립되는 법인이 이 법 시행후 최초로 등기 또는 취득하는 분부터 적용한다.
제21조(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) ①제121조의2(제2항 전단중 외국인투자비율에 관한 부분을 제외한다) 및 제121조의5의 개정규정은 2003년 1월 1일 이후 최초로 외국인투자촉진법에 의하여 신고하는 외국인투자분부터 적용한다.
②제121조의2제2항 전단의 개정규정중 외국인투자비율에 관한 부분은 이 법 시행후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제22조(수도권안의 투자에 대한 조세감면 배제에 관한 적용례) 제130조제1항의 개정규정중 사업장에 관한 부분은 이 법 시행후 최초로 수도권안에 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 기존사업장을 이전하여 설치하는 분부터 적용한다.
제23조(세액공제액의 이월공제에 관한 적용례) 제144조제2항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 공제받는 분부터 적용한다.
제24조(기업합리화적립금의 적립 등에 관한 적용례) ①제145조제5항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 차입금을 상환하는 분부터 적용한다.
②제146조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 경정하는 분부터 적용한다.
제25조(이월과세 및 양도소득세 등의 감면 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 제2조제1항제6호의 규정에 의하여 이월과세의 대상이 된 양도에 관하여는 제2조제1항제6호의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
②이 법 시행 당시 종전의 제33조, 제35조 내지 제38조, 제42조, 제43조, 제46조의2, 제48조, 제50조, 제51조, 제55조의2제3항, 제56조, 제60조, 제61조, 제63조의2, 제69 내지 제71조, 제77조 내지 제81조, 제82조 내지 제85조, 제97조 및 제97조의2의 규정에 의하여 토지 등을 양도한 경우에 양도소득세 및 특별부가세에 관한 감면·이월과세·과세이연 및 추징 등에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
③종전의 제36조제1항·제37조제1항 및 제42조제1항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세의 감면대상이 되는 부동산을 1999년12월31일 이전에 취득한 자에 대한 양도소득세 감면은 제43조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제26조(사업전환중소기업에 대한 세액감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제34조제1항의 규정을 적용받고 있는 자에 대하여는 제34조제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
제27조(기업구조조정 증권투자회사에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제54조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입한 유가증권투자손실준비금의 익금산입 등에 대하여는 제54조제1항 및 제2항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제28조(자경농지에 대한 양도소득세 면제에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 도시계획법의 규정에 그밖의 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입되거나 도시개발법 기타 법률의 규정에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 농지의 양도에 대한 양도소득세의 면제에 관하여는 제69조제1항 단서의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
②거주자가 2002년 1월 1일부터 2003년 12월 31일까지 제69조의 개정규정에 의한 자경농지를 양도함으로써 발생하는 양도소득(제1항의 규정에 의한 양도소득을 포함한다)에 대하여 양도소득세를 감면받는 경우 그 양도소득세액 감면의 종합한도에 관하여는 제133조제2항 및 제3항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다. 이 경우 종전의 제133조제2항 및 제3항중 ″3억원″은 각각 ″2억원″으로 한다.
제29조(아파트형공장의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 아파트형공장 설립을 위하여 건축허가를 받은 거주자에 대하여는 제78조제2항 및 제3항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제30조(입주자저축의 원천징수 등에 관한 경과조치) 종전의 제89조의2의 규정에 의하여 2001년 12월 31일까지 가입한 입주자저축에 대하여는 당해 저축계약 만료일까지 종전의 규정을 적용하며, 그 이자소득에 대하여는 소득세법 제14조의 규정에 불구하고 종합소득 과세표준에 산입하지 아니한다.
제31조(축산업에 대한 소득공제에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 제101조제1항의 규정에 의한 축산업을 영위하는 내국인에 대하여는 제101조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
②축산업을 영위하는 내국인이 제1항의 규정에 의하여 소득공제를 받는 경우에는 제7조의 규정에 의한 중소기업특별세액감면과 제26조의 규정에 의한 임시투자세액공제를 받을 수 없다.
제32조(특별소비세의 감면세액의 추징에 관한 경과조치) ①종전의 제109조제7호·제8호 및 제13호의 규정에 의한 국내생산이 곤란하여 외국으로부터 수입하는 것에 대한 특별소비세의 면제에 관하여는 2003년 12월 31일까지 보세구역으로부터 반출하거나 수입신고하는분에 한하여 종전의 규정에 의한다.
②이 법 시행 당시 종전의 제109조의 규정에 의하여 면제받았거나 면제받을 특별소비세의 추징에 관하여는 종전의 제113조제1항 및 제3항의 규정에 의한다.

부칙 [2002.4.20.]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제121조의13 의 개정규정은 2002년 9월 1일부터 시행한다.
제2조(2002년월드컵축구대회와 관련한 비거주자 등의 국내원천소득에 대한 과세특례에 관한 적용례)제104조의5의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 지급받는 소득분부터 적용한다.
제3조(제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면 등에 관한 적용례) ①제121조의8제1항 및 제121조의9제2항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
②제121조의3제3항의 개정규정중 취득세 및 등록세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 취득하는 분부터 적용하고, 재산세 및 종합토지세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
제4조(제주도 내국인면세점에 대한 간접세 등의 특례에 관한 적용례) ①제121조의13의 개정규정중 부가가치세에 관한 개정규정은 2002년 9월 1일 이후 최초로 재화를 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다.
②제121조의13의 개정규정중 특별소비세·주세 및 담배소비세에 관한 개정규정은 2002년 9월 1일 이후 최초로 제조장으로부터 반출하거나 수입신고하는 분부터 적용한다.
제5조(제주도내 골프장에 대한 특별소비세 등 과세특례에 관한 적용례) ①제121조의14제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 골프장에 입장하는 분부터 적용한다.
②제121조의14제2항의 개정규정중 취득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 취득하는 분부터 적용하고, 재산세 및 종합토지세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
제6조(국제선박 등록에 대한 지방세 감면에 관한 적용례) 제121조의15의 개정규정중 취득세 및 지방교육세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 취득하는 분부터 적용하고, 재산세 및 공동시설세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
제7조(제주국제자유도시개발센터에 대한 지방세 감면에 관한 적용례) ①제121조의16제1항의 개정규정중 취득세 및 등록세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 취득하는 분부터 적용하고, 재산세·종합토지세·도시계획세 및 공동시설세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
②제121조의16제2항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 등기하는 분부터 적용한다.

부칙 [2002.8.26. 법률 제6705호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 ①~⑥ 생략
⑦조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제13조제1항제2호중 "신기술사업금융지원에관한법률"을 "기술신용보증기금법"으로 한다.
-------이하 생략------

부칙 [2002.8.26.]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제105조의 개정규정은 2003년 1월 1일부터 시행한다.
②(적용례) 제105조의 개정규정은 2003년 1월 1일 이후 최초로 공급하거나 공급받는 분부터 적용하고, 제106조의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 공급하는 분부터 적용한다.

부칙 [2002.12.11.]
제1조 (시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제38조의2제3항제1호 단서, 제94조제4항, 제145조 및 제146조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제106조의3의 개정규정은 2003년 7월 1일부터 시행하며, 제126조의2의 개정규정은 2002년 12월 1일부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) ①이 법중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.
②이 법중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제3조 (창업중소기업등에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제6조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 창업하거나 벤처기업으로 확인받는 분부터 적용한다.
제4조 (기업의 어음제도개선을 위한 세액공제에 관한 적용례) 제7조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 결제·사용 또는 이용하는 분부터 적용한다.
제5조 (중소기업지원설비에 대한 손금산입의 특례등에 관한 적용례) 제8조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 기증하거나 양도하는 분부터 적용한다.
제6조 (연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제 등에 관한 적용례) 제11조·제24조 및 제25조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제7조 (기술이전소득등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제12조제2항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 취득하는 분부터 적용한다.
제8조 (중소기업창업투자회사등에의 출자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제14조제2항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 주식 또는 출자지분을 취득하는 분부터 적용한다.
제9조 (외국인근로자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제18조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
제10조 (역외금융에 대한 조세감면에 관한 적용례) 제21조제2항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득을 지급하거나 지급받는 분부터 적용한다.

제11조 (법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세에 관한 적용례) 제32조제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 현물출자하거나 사업양도하는 분부터 적용한다.
제12조 (지주회사의 설립 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) ①제38조의2(제3항제1호 단서를 제외한다)의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 현물출자하는 분부터 적용한다.
②제38조의2제3항제1호 단서의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제13조 (정리계획인가등의 결정을 받은 법인의 채무면제익에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제44조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 채무를 면제받는 분부터 적용한다.
제14조 (본사의 수도권 과밀억제권역외 지역 이전에 대한 법인세 과세특례에 관한 적용례) 제61조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 본사를 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 이전하기 위하여 양도하는 분부터 적용한다.
제15조 (수도권 과밀억제권역외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면 등에 관한 적용례) ①제63조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공장을 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 이전하여 사업을 개시하는 분부터 적용한다.
②제63조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공장을 수도권외의 지역으로 이전하여 사업을 개시하는 분부터 적용한다.
제16조 (연금저축에 대한 소득공제등에 관한 적용례) 제86조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 연금을 지급받거나 중도해지하는 분부터 적용한다.
제17조 (우리사주조합원등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제88조의4제7항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 자사주를 취득하는 분부터 적용하며, 동조제9항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.
제18조 (선박투자회사에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제91조의3의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하거나 배당받는 분부터 적용한다.

제19조 (간접외국납부세액에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의6의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급받는 수입배당금액분부터 적용한다.
제20조 (부가가치세 영세율의 적용 등에 관한 적용례) ①제105조제2항, 제106조의2 및 제106조의3의 개정규정중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
②제106조의2의 개정규정중 특별소비세 및 교통세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 제조장 또는 보세구역으로부터 반출하거나 수입신고하는 분부터 적용한다.
제21조 (증권거래세의 면제에 관한 적용례) 제117조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
제22조 (등록세 및 취득세의 면제에 관한 적용례) 제119조 및 제120조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 등기하거나 취득하는 분부터 적용한다.
제23조 (신용카드등 사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제126조의2의 개정규정은 2002년 12월 1일 이후 최초로 신용카드등을 사용하는 분부터 적용한다.
제24조 (수도권 과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면배제에 관한 적용례) 제130조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 투자하는 분부터 적용한다.
제25조 (기업합리화적립금의 적립 등에 관한 적용례) ①제145조의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 감면 등을 받는 분부터 적용한다.
②제146조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 추징사유가 발생하는 분부터 적용한다.
제26조 (공장 및 본사의 지역이전 등에 대한 법인세 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제60조 및 제61조의 규정에 의하여 공장을 대도시외의 지역으로 이전하거나 본사를 수도권외의 지역으로 이전하기 위하여 공장 및 본사의 대지와 건물을 2003년 12월 31일까지 양도한 경우에는 제60조 및 제61조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한 법인세 과세특례를 적용받을 수 있다. [개정 2003.12.30.]
제27조 (수도권외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제63조의 규정에 의하여 수도권 안의 공장시설을 수도권외의 지역으로 전부 이전하여 2003년 12월 31일까지 사업을 개시한 중소기업의 경우에는 제63조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의하여 세액감면을 적용받을 수 있다. [개정 2003.12.30.]
제28조 (기부금의 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 제73조제1항의 규정에 의하여 손금에 산입하지 아니한 손금산입 한도액 초과금액은 제73조제3항 및 제4항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
제29조 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치) ①이 법 시행전에 종전의 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.
②제99조의3제1항제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의3제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
제30조 (금지금에 대한 부가가치세 과세특례에 관한 경과조치) 제106조의3의 개정규정을 적용함에 있어서 부가가치세 일반과세자가 이 법 시행일전에 금지금을 공급받고 교부받은 세금계산서에 대하여는 동조제3항의 개정규정에 불구하고 부가가치세법 제17조의 규정을 준용하여 매입세액으로 공제받을 수 있다.

제31조 (성실신고 소규모사업자에 대한 소득세 납부세액공제 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제123조 및 제125조의 규정에 의하여 성실신고한 사업자에 대하여 이 법 시행후 소득세 또는 부가가치세의 과세표준 및 세액을 경정 또는 재경정하는 경우에는 제123조 및 제125조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
제32조 (수도권안의 투자에 대한 조세감면배제에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제130조에서 규정하는 수도권 이외의 지역에서 사업을 영위하고 있는 내국인이 이 법 시행후 당해 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용고정자산에 대하여는 제130조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

부칙 [2002.12.30.(도시및주거환경정비법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제17조 생략
제18조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ⑥ 생략
⑦조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제77조제1항제2호중 "도시재개발법에 의한 재개발구역(공공시설을 수반하지 아니하는 재개발구역을 제외한다)"을 "도시및주거환경정비법에 의한 정비구역(정비기반시설을 수반하지아니하는 정비구역을 제외한다)"으로 하고, 동조제2항제2호중 "도시재개발법에 의한 재개발사업시행인가"를 "도시및주거환경정비법에 의한 사업시행인가"로 하며, 동조제4항중 "재개발사업의시행자"를 "정비사업의 시행자"로 한다.
제99조제1항제1호 및 제2호중 "도시재개발법에 의한 재개발조합"을 각각 "도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합"으로 한다.
제99조의3제1항제1호 및 제2호중 "도시재개발법에 의한 재개발조합"을 각각 "도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합"으로 한다.
⑧ 내지 ⑭ 생략

부칙 [2003.05.10.]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(장기주식형저축의 가입에 관한 적용례) 제87조의4의 개정규정은 이 법 시행 당시 가입된 저축에 대하여도 적용한다. 이 경우 당해 저축은 이 법 시행일에 가입한 것으로 본다.
③(장기주식형저축의 비과세에 관한 적용례) 제87조의4의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.

부칙 [2003.5.29. 법률 제6916호 주택법]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 단서생략
제2조 및 제11조 생략
제12조 (다른 법률의 개정)
① ~ <32> 생략
<33>조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제99조제1항제1호ㆍ제2호, 제99조의3제1항제1호ㆍ제2호 및 제100조제1항중 “주택건설촉진법”을 각각 “주택법”으로 한다.
제106조제1항제4의2호 및 제4의3호중 “주택건설촉진법 제3조제4호”를 각각 “주택법 제2조제12호”로, “동법 동조제3호”를 “동법 동조제2호”로 한다.
제106조제1항제4의4호가목중 “주택건설촉진법 제3조제3호”를 “주택법 제2조제2호”로, “동법 동조제4호”를 “동법 동조제12호”로 하고, 동호나목중 “주택건설촉진법 제3조제4호”를 “주택법 제2조제12호”로, “동법 동조제3호”를 “동법 동조제2호”로 한다.
<34> 이하 생략
- 이하 생략 -

부칙 [2003.12.30.]
제1조 (시행일) 이 법은 2004년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제44조 및 제73조제3항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제121조의2제2항 본문, 동조제4항제1호 본문ㆍ제2호 본문 및 동조제5항제2호 본문 ㆍ제3호 본문의 개정규정은 2005년 1월 1일부터 시행하며, 제126조의2제1항(현금영수증에 관한 부분에 한한다) 및 제126조의3(제1항중 현금영수증 결제건수의 세액공제에 관한 부분에 한한다)의 개정규정은 대통령령이 정하는 날부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) ①이 법중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 개시하는 과세연도분부터 적용한다.
②이 법중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 양도하는 분부터 적용한다.
③이 법중 증여세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 증여받는 분부터 적용한다.
④이 법중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
⑤이 법중 특별소비세 및 교통세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 제조장 또는 보세구역으로부터 반출하거나 수입신고하는 분부터 적용한다.
⑥이 법중 인지세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 과세문서를 작성하는 분부터 적용한다.
⑦이 법중 관세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 수입신고하는 분부터 적용한다.
⑧이 법중 취득세 및 등록세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 취득ㆍ등기 또는 등록하는 분부터 적용한다.
제3조 (창업중소기업 등에 대한 세액감면 등에 관한 적용례) 제6조제1항ㆍ제2항, 제64조제1항 및 제68조제1항의 개정규정은 이 법 시행후 각각 창업하거나 벤처기업으로 확인받는 분, 농공단지 등에 입주하는 분 및 농업회사법인을 설립하는 분부터 적용한다.
제4조 (중소기업특별세액감면에 관한 적용례) 제7조제1항제2호의 개정규정은 이 법 시행후 종료하는 과세연도분부터 적용한다.
제5조 (해외파견비에 대한 임시세액공제에 관한 적용례) 제10조의2의 개정규정은 이 법 시행후 해외훈련비용이 발생하는 분부터 적용한다.
제6조 (주식매수선택권에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제15조제2항제4호의 개정규정은 이 법 시행후 주식매수선택권을 행사하는 분부터 적용한다.
제7조 (외국인근로자에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제18조의2의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제8조 (생산성향상시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제24조제1항제1호 및 제2호의 개정규정은 이 법 시행후 투자하는 분부터 적용한다.
제9조 (임시투자세액공제에 관한 적용례) ①제26조제1항 단서의 개정규정은 2003년 7월 1일 이후 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 2003년 7월 1일 현재 투자가 진행중에 있는 것으로서 2000년 7월 1일 이후 투자가 개시된 것에 대하여는 2003년 7월 1일 이후의 투자분에 대하여도 동조동항 단서의 개정규정을 적용한다.
②제26조제1항 단서의 개정규정을 적용함에 있어서 2004년 6월 30일을 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 2004년 6월 30일까지 투자한 분에 대하여는 2004년 6월 30일 현재 투자가 완료된 것으로 본다.
③제26조제1항의 개정규정을 적용함에 있어서 이 법 시행일 이전 세액공제율을 적용하여 소득세법 또는 법인세법 규정에 의하여 과세표준신고를 한 경우에는 국세기본법 제45조의2 규정에 따라 경정청구를 하거나 이 법 제144조의 방법에 따라 이월공제할 수 있다.
제10조 (사회간접자본채권 등의 이자소득에 대한 분리과세에 관한 적용례) 제29조의 개정규정은 이 법 시행후 발행되는 채권부터 적용한다.
제11조 (감가상각비의 손금산입특례에 관한 적용례) 제30조의 개정규정은 2003년 7월 1일 이후에 고정자산을 취득하거나 투자를 개시하는 분중에서 이 법 시행후 과세표준신고(국세기본법 제45조의3의 규정에 의한 기한후신고를 제외한다)를 하는 분부터 적용한다. 다만, 이 법 시행전에 법인세법 제60조의 규정에 의한 과세표준신고기한이 이미 도래한 법인에 대하여는 제30조제2항의 개정규정에 의한 특례신청에 따라 해당 취득일 또는 투자개시일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도부터 적용한다.
제12조 (정리계획인가등의 결정을 받은 법인의 채무면제익에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제44조의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 채무를 면제받는 분부터 적용한다.
제13조 (벤처기업의 전략적 제휴를 위한 주식교환등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제46조의2의 개정규정은 이 법 시행후 주식교환등을 하는 분부터 적용한다.
제14조 (벤처기업의 합병시 이월결손금의 승계에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제47조의3의 개정규정은 이 법 시행후 과세표준신고(국세기본법 제45조의3의 규정에 의한 기한후신고를 제외한다)를 하는 분부터 적용한다.
제15조 (공장 및 법인 본사의 지방이전에 대한 세액감면에 관한 적용례) 제63조 및 제63조의2의 개정규정은 이 법 시행후 공장 및 본사를 수도권 과밀억제권역외의 지역 또는 수도권외의 지역으로 이전하는 분부터 적용한다.
제16조 (기부금의 과세특례에 관한 적용례) ①제73조제1항제2호의 개정규정은 이 법 시행후 지출하는 분부터 적용한다.
②제73조제3항 및 제4항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제17조 (고유목적사업준비금의 손금산입특례에 관한 적용례) 제74조제1항제1호 및 제3호의 개정규정은 이 법 시행후 발생하는 소득분부터 적용한다.
제18조 (선박투자회사의 주주에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제87조의5의 개정규정은 2004년 1월 1일 이후 발생하여 지급하는 소득분부터 적용한다.
제19조 (우리사주조합원등에 대한 과세특례에 관한 적용례) ①제88조의4제1항의 개정규정은 이 법 시행후 출연하는 분부터 적용한다.
②제88조의4제5항의 개정규정은 이 법 시행후 인출하는 분부터 적용한다.
③제88조의4제12항의 개정규정은 이 법 시행후 기부하는 분부터 적용한다.
제20조 (장기보유주식 배당소득에 대한 소득세 비과세 및 원천징수특례에 관한 적용례) 제91조의 개정규정은 이 법 시행후 지급하는 배당소득분부터 적용한다.
제21조 (복권당첨소득 등에 대한 분리과세 등에 관한 적용례) 제92조의 개정규정은 2004년 1월 1일 이후 발생하여 지급받는 소득분부터 적용한다.
제22조 (근로자복지증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제94조의 개정규정은 이 법 시행후 투자하여 취득하는 분부터 적용한다.
제23조 (농어촌주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례) 제99조의4의 개정규정은 2003년 8월 1일 이후 일반주택을 양도하는 분부터 적용한다.
제24조 (간접외국납부세액에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의6제1항의 개정규정은 이 법 시행후 수입배당금액을 받는 분부터 적용한다.
제25조 (정비사업조합에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제104조의7의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다. 다만, 제104조의7제1항 내지 제5항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제26조 (전자신고에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제104조의8의 개정규정은 이 법 시행일 이후 전자신고하는 분부터 적용한다.
제27조 (외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 적용례) 제121조의2 및 제121조의3의 개정규정은 이 법 시행후 조세감면을 신청하는 분부터 적용한다.
제28조 (경제자유구역에 입주하는 외국인투자기업의 조세감면신청에 관한 적용특례 등) ①이 법 시행전에 경제자유구역의지정및운영에관한법률 제2조제1호의 규정에 의한 경제자유구역에 입주하는 외국인투자기업이 제121조의2제2항 단서의 개정규정에 의한 조세감면을 받고자 하는 때에는 제121조의2제6항 본문의 규정에 불구하고 2004년 12월 31일까지 그 감면신청을 하여야 한다.
②제121조의3제2항의 개정규정을 적용받고자 하는 외국인투자기업이 이 법 시행전에 납부한 관세에 대하여 이 법 시행일부터 2004년 12월 31일까지 감면신청을 하는 경우에는 이를 환급하여야 한다.
제29조 (수입금액의 증가 등에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제122조제2항제2호의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.
제30조 (신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제에 관한 적용례) 제126조의2제1항 및 제3항의 개정규정은 2003년 12월 1일 이후 신용카드 등을 사용하는 분부터 적용한다. 다만, 현금영수증에 의한 소득공제와 관련한 부분은 현금영수증에 관한 제126조의2제1항의 개정규정의 시행일 이후 사용하는 분부터 적용한다.
제31조 (현금영수증사업자에 대한 부가가치세세액공제 등에 관한 적용례) ①제126조의3의 개정규정중 현금영수증 발급장치의 설치에 대한 세액공제는 2004년 1월 1일 이후 설치하는 분부터 적용한다.
②제126조의3의 개정규정중 현금영수증 결제건수에 따른 세액공제와 관련된 부분은 동 규정의 시행일 이후 현금영수증을 발행하는 분부터 적용한다.
제32조 (수도권안의 투자에 대한 조세감면 배제에 관한 적용례) 제130조의 개정규정은 이 법 시행후 투자하는 분부터 적용한다.
제33조 (최저한세에 관한 적용례) 제132조제1항제1호 및 제2항제1호의 개정규정은 이 법 시행후 과세표준신고(국세기본법 제45조의3의 규정에 의한 기한후 신고를 제외한다)를 하는 분부터 적용한다.
제34조 (해저광물자원개발을 위한 과세특례에 관한 적용례) 제140조제1항 및 제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
제35조 (투자신탁 및 투자회사 등에 관한 적용례) 투자신탁 및 투자회사 등 간접투자자산운용업법의 시행에 따라 개정되는 규정은 동법 시행일 이후 최초로 설정 또는 설립하는 분부터 적용하고, 동법 시행일 전에 설정 또는 설립된 분에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
제36조 (창업중소기업 등에 대한 세액감면 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제6조제1항 및 제2항, 제64조제1항 및 제68조제1항의 규정에 의하여 각각 당해 세액감면의 혜택을 받고 있는 자에 대하여는 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제37조 (기술이전소득에 대한 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제12조제1항제2호의 규정에 의하여 기술비법을 양도ㆍ대여 또는 제공한 분에 대하여는 당해 대여 및 제공기간이 종료할 때까지는 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제38조 (수도권 과밀억제권역외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 제63조의 규정에 의한 감면요건을 충족하여 세제혜택을 받고 있는 중소기업에 대하여는 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
②이 법 시행 당시 종전의 제63조의2의 규정에 의한 감면요건을 충족하여 세제혜택을 받고 있는 법인에 대하여는 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
③이 법 시행 당시 종전의 제63조의2의 규정을 적용받기 위하여 수도권 과밀억제권역안의 공장 및 본사를 수도권외의 지역으로 이전하여 사업을 개시하였거나 수도권 과밀억제권역안의 공장 및 본사를 양도ㆍ철거 또는 폐쇄한 경우, 수도권 과밀억제권역안 공장 및 본사의 양도계약이나 수도권외 지역공장 및 본사의 구입계약을 체결한 경우, 신공장 건축허가를 받은 경우 등 실질적으로 지방이전에 착수한 경우에는 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용받을 수 있다.
제39조 (근로자의 주거안정지원을 위한 지방세 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제100조제2항 및 제4항의 규정에 의하여 종합토지세ㆍ취득세ㆍ등록세 및 재산세를 감면받고 있는 자의 감면세액의 추징 등에 관하여는 종전의 규정을 적용한다.
제40조 (외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제121조의2의 규정에 의하여 법인세 등의 감면을 적용받고 있던 외국인투자에 대하여는 제121조의2제2항 본문ㆍ제4항제1호 본문ㆍ제2호 본문ㆍ제5항제2호 본문 및 제3호 본문의 개정규정에 불구하고 당해 감면기간 동안 종전의 규정을 적용한다.
제41조 (해저광물자원개발을 위한 과세특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제140조제4항의 규정에 의하여 각 사업연도 개시일전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 이월결손금은 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
제42조 (세액공제액의 이월공제에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제144조제1항의 규정에 의한 공제대상세액은 동항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

부칙 [2003.12.31. 법률 제7030호(한국주택금융공사법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2004년 3월 1일부터 시행한다. 다만, 부칙 제3조의 규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) ① ~ ② 생략
③조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제100조중 "근로자의주거안정과목돈마련지원에관한법률 제2조제2항"을 "한국주택금융공사법 제2조제10호"로 한다.
④ 이하 생략
제12조 생략

부칙 [2004.1.20. 법률 제7066호]
①(시행일) 이 법은 2004년 3월 1일부터 시행한다.
②(적용례) 제119조제1항 및 제120조제1항의 개정규정은 이 법 시행후 취득 또는 등기하는 분부터 적용한다.

부칙 [2004.3.12. 법률 제7191호(정치자금에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제11조 생략
제12조 (다른 법률의 개정) 조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제76조를 다음과 같이 한다.
제76조 (정치자금의 손금산입특례 등) ①거주자가 정치자금에관한법률에 의하여 정당(동법에 의한 후원회 및 선거관리위원회를 포함한다)에 기부한 정치자금은 이를 지출한 당해 과세연도의 소득금액에서 10만원까지는 세액공제하고, 10만원을 초과한 금액에 대하여는 소득공제하거나 소득금액계산에 있어서 이월결손금을 차감한 후의 소득금액의 범위안에서 이를 손금에 산입한다.
②제1항의 규정에 의하여 기부하는 정치자금에 대하여는 증여세를 부과하지 아니한다.
제13조 생략