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제39조(출자자의 제2차납세의무)
①법인(주식을 한국증권거래소에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 국세·가산금과 체납처분비에 충당하여도 불족한 경우에는 그 국세의 납세의무의 성립일 현재 다음 각호의 1에 해당하는 자는 그 불족액에 대하여 제2차납세의무를 진다. 다만, 제2호의 규정에 의한 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식수(의결권이 없는 주식을 제외한다) 또는 출자액(제2호 가목 및 나목의 과점주주의 경우에는 당해 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.<개정 1993·12·31, 1998·12·28>
1. 무한책임사원
2. 과점주주중 다음 각목의 1에 해당하는 자
가. 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51이상의 주식 또는 출자지분에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자
나. 명예회장·회장·사장·부사장·전무·상무·리사 기타 그 명칭에 불구하고 법인의 경영을 사실상 지배하는 자
다. 가목 및 나목에 규정하는 자의 배우자(사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한다) 및 그와 생계를 같이하는 직계존비속
②제1항제2호에서 "과점주주"라 함은 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51이상인 자들을 말한다.<신설 1993·12·31, 1998·12·28>
[93헌바49,94헌바38·41,95헌바64(병합) 1997.6.26 (1993.12.31 법4672)]
[97헌가13 1998.5.28 (1998.12.28 법5579)]

부칙 <제2679호,1974.12.21>
①(시행일) 이 법은 1975년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제7장의 규정은 1975년 4월 1일부터 시행한다.
②(폐지법률) 국세심사청구법은 이 법 제7장의 규정의 시행일에 이를 폐지한다.
③(경과조치) 이 법 제7장의 규정의 시행전에 국세심사청구법에 의한 재조사청구·심사청구·재심사청구 또는 감사원법에 의한 심사청구가 있은 사건의 처리에 관하여는 종전의 례에 의한다.
④(동전) 이 법 시행전에 세법에 의하여 행한 처분 또는 담보의 제공·신고·신청·청구 기타의 절차로서 이 법중 이에 해당하는 규정이 있는 것은 이 법에 의하여 행하여진 것으로 본다.
⑤(동전) 이 법 시행당시 종전의 불동산투기억제에관한특별조치세법에 의한 불동산투기억제에 관한 특별조치세는 이를 이 법 제2조제1호의 규정에 의한 국세로 보아 이 법을 적용한다.
⑥(다른 법령과의 관계) 다른 법령에서 종전의 국세징수법의 규정을 인용한 경우에 이 법중 그에 해당하는 조항이 있는 때에는 그에 갈음하여 이 법의 해당 조항을 인용한 것으로 본다.

부칙 <제2925호,1976.12.22>
이 법은 1977년 1월 1일부터 시행한다.

부칙(부가가치세실시에따른세법조정에관한임시조치법) <제2932호,1976.12.22>
제1조 (시행일) 이 법은 부가가치세법의 시행일부터 시행한다.
제2조 내지 제12조 생략

부칙 <제3097호,1978.12.5>
이 법은 공포한 날로부터 시행한다.

부칙 <제3199호,1979.12.28>
①(시행일) 이 법은 1980년 1월 1일부터 시행한다.
②(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행후 최초로 과세표준신고서를 제출하는 분부터 적용한다.
③(국세환급가산금에 관한 적용례) 제52조제6호의 규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 법인의 사업년도분부터 적용한다.

부칙 <제3471호,1981.12.31>
①(시행일) 이 법은 1982년 1월 1일부터 시행한다.
②(적용례) 제21조제2항제5호의 규정은 한국전기통신공사가 전화사용료를 령수하는 분부터 적용하며 동공사가 그 업무를 개시하기 전에 체신관서가 그 사용료를 령수하는 분에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
③(적용례) 제35조제2항 및 제3항의 규정은 이 법 시행후 최초로 가등기하는 분부터 적용한다.

부칙 <제3746호,1984.8.7>
제1조 (시행일) 이 법은 1985년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (다른 법률의 개정) ①방위세법중 다음과 같이 개정한다.
제6조제2항을 삭제한다.
②관세법중 다음과 같이 개정한다.
제26조의2제1항중 "(동법 제3조 단서에서 열거한 조항에 한한다)"를 삭제한다.
제3조 (우편에 의한 신고기한의 특례에 관한 적용례) 제5조의2의 개정규정은 이 법 시행후 우편법에 의한 통신일부인이 찍힌 분부터 적용한다.
제4조 (국세부과의 제척기간에 관한 적용례) ①제26조의2의 개정규정은 이 법 시행후 국세를 부과할 수 있는 날이 개시되는 분부터 적용한다.
②이 법 시행전에 부과할 수 있는 날이 개시된 국세로서 이 법 시행일 현재 제27조의 기간이 만료되지 아니한 분에 대하여는 종전의 례에 의한다. 다만, 이 법 시행일로부터 제26조의2의 개정규정에 의한 부과제척기간말일을 경과하여 이를 부과할 수 없다.
제5조 (체납처분유예기간의 시효정지에 관한 적용례) 제28조제3항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 체납처분을 유예하는 분부터 적용한다.
제6조 (소액보증금등의 국세우선에 관한 적용례) 제35조제1항제4호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 납부기한이 도래하는 분부터 적용한다.
제7조 (국세불복청구기간에 관한 적용례) 제61조제2항 및 제81조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 이의신청·심사청구 또는 심판청구를 하는 분부터 적용한다.
제8조 (고지금액최저한에 관한 적용례) 제83조제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 고지하는 분부터 적용한다.

부칙(행정소송법) <제3754호,1984.12.15>
제1조 (시행일) 이 법은 1985년 10월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ①행정소송법의 개정에 따라 관계법률을 다음과 같이 개정한다.
1. 국세기본법 제55조제5항 및 제56조제2항중 "행정소송법 제2조제1항 단서 및 제5조"를 "행정소송법 제18조제2항·제3항 및 동법 제20조"로 한다.
2. 및 3. 생략
②생략

부칙(행정심판법) <제3755호,1984.12.15>
제1조 (시행일) 이 법은 1985년 10월 1일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) ①이 법 시행에 따라 관계법률을 다음과 같이 개정한다.
1. 국세기본법 제56조제1항중 "소원법"을 "행정심판법"으로 한다.
2. 내지 15. 생략
②생략

부칙(토지초과이득세법) <제4177호,1989.12.30>
제1조 (시행일) 이 법은 1990년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ①국세기본법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호를 다음과 같이 개정한다.
1. "국세"라 함은 국가가 부과하는 조세중 다음에 규정하는 것을 말한다.
가. 소득세
나. 법인세
다. 토지초과리득세
라. 상속세와 증여세
마. 재평가세
바. 불당리득세
사. 부가가치세
아. 특별소비세
자. 주 세
차. 전화세
카. 인지세
타. 증권거래세
파. 방위세
하. 교육세
제21조제1항제1호중 "소득세 또는 법인세"를 "소득세·법인세 또는 토지초과리득세"로 한다.
제26조의2제1항제1호중 "법인세"를 "법인세·토지초과리득세"로 한다.
②생략

부칙 <제4277호,1990.12.31>
제1조 (시행일) 이 법은 1991년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (상속세 또는 증여세부과의 제척기간에 관한 적용례) 제26조의2제1항제1호 단서의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 상속세 또는 증여세를 부과할 수 있는 날이 개시되는 것부터 적용한다.
제3조 (취소청구에 관한 적용례) 제35조제4항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 법정기일이 도래하는 것부터 적용한다.
제4조 (압류의 경우의 법정기일에 관한 적용례) 제35조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 압류하는 것부터 적용한다.
제5조 (국세에 우선하는 피담보채권에 관한 적용예) 재산의 매각금액중에서 이 법 시행전에 제35조제1항제3호 각목의 개정규정에 해당하는 기일이 도래한 국세 또는 가산금을 1990년 9월 3일이후에 징수하는 것에 대하여는 국세의 납부기한을 법정기일로 보아 제35조제1항제3호, 동조제2항 및 제42조제1항의 개정규정을 적용한다.
[전문개정 1993·12·31]
[92헌가5 1993.9.27 구 국세기본법(1990. 12. 31. 법율 제4277호로 개정되기 전의 것) 제35조 제2항 중 "으로부터 1년"이라는 부분 및 1990. 12. 31. 법율 제4277호 국세기본법 중 개정법율 부칙 제5조 중 "제35조제1항제3호, 제2항" 부분은 각 헌법에 위반된다.]
제6조 (국세보다 우선하는 보증금에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 납부기한이 도래한 국세 또는 가산금에 대한 소액보증금의 우선에 관하여는 종전의 제35조제1항제4호의 규정에 의한다.

부칙(건설기계관리법) <제4561호,1993.6.11>
제1조 (시행일) 이 법은 1994년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제8조 생략
제9조 (다른 법률의 개정등) ①내지 ⑤생략
⑥국세기본법중 다음과 같이 개정한다.
제29조제7호·제30조제5호 및 제31조제3항중 "중기" 각각 "건설기계"로 한다.
⑦내지 <20>생략

부칙 <제4672호,1993.12.31>
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (국세부과제척기간에 관한 적용예) 제26조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행후 국세를 부과할 수 있는 날이 개시되는 것부터 적용하고, 동조제2항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 상호합의가 종결되는 것부터 적용한다.
제3조 (담보의 평가에 관한 적용예) 제30조제5항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 제공되는 납세담보분부터 적용된다.
제4조 (국세의 우선에 관한 적용예) 제35조제1항제3호 바목의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 국세징수법 제24조제2항의 규정에 의한 압류를 하는 분부터 적용한다.
제5조 (출자자등의 제2차납세의무에 관한 적용예) 제39조 및 제41조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 출자자 또는 사업양수인에게 제2차납세의무의 납부고지를 하는 분부터 적용한다.
제6조 (수정신고에 의한 가산세 면제에 관한 적용예) 제49조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 수정신고를 하는 분부터 적용한다.
제7조 (국세환급가산금에 관한 적용예) 제52조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 국세환급금을 충당 또는 지급하는 분부터 적용한다.
제8조 (행정소송제기기간등에 대한 적용예) 제56조·제60조·제61조제2항 및 제68조의 개정규정은 이 법 시행일 현재 진행중인 이의신청·심사청구 또는 심판청구분부터 적용하고, 제61조제3항·제66조 및 제81조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 우편으로 이의신청·심사청구 또는 심판청구를 하는 분부터 적용한다.
제9조 (압류의 경우의 법정기일에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 종전의 제35조의2의 규정에 의하여 압류등기일 또는 등록일을 법정기일로 본 국세 또는 가산금에 대하여는 종전의 규정에 의한다.

부칙(농어촌특별세법) <제4743호,1994.3.24>
제1조 (시행일) 이 법은 1994년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략
제8조 (다른 법률의 개정) ①국세기본법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호에 거목을 다음과 같이 신설한다.
거. 농어촌특별세
제26조의2제1항제3호중 "제1호 및 제2호"를 "제1호 내지 제3호"로 하여 이를 동항제4호로 하고, 동항에 제3호를 다음과 같이 신설한다.
3. 농어촌특별세(농어촌특별세법 제5조제1항제4호의 규정에 의한 것을 제외한다)는 농어촌특별세법 제2조제2항의 규정에 의한 본세를 부과할 수 있는 날부터 5년간(관세감면액에 부과되는 농어촌특별세는 2년간으로 하되, 사기 기타 부정한 행위로써 관세의 감면을 받은 경우에는 5년간)
②내지 ⑦생략

부칙 <제4810호,1994.12.22>
제1조 (시행일) 이 법은 1995년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제56조의 개정규정은 1998년 3월 1일부터 시행한다.
제2조 (상속으로 인한 납세의무의 승계에 관한 적용례) 제24조제2항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 상속이 개시되는 분부터 적용한다.
제3조 (국세부과제척기간에 관한 적용례) 제26조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 당해 국세를 부과할 수 있는 날이 개시되는 분부터 적용한다.
제4조 (수정신고 및 수정신고에 의한 가산세감면에 관한 적용례) 제45조 및 제49조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 수정신고하는 분부터 적용한다.
제5조 (갱정청구에 관한 적용례) 제45조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시되는 과세기간분부터 적용한다.
제6조 (국세환급가산금에 관한 적용례) 제52조의 개정규정은 1995년에 발생하는 소득에 대한 확정신고분부터 적용한다.
제7조 (불복에 관한 적용례) 제55조의2의 개정규정은 이 법 시행일 현재 상호합의절차가 진행중인 것부터 적용한다.
제8조 (행정소송 제기에 관한 적용례) 제56조의 개정규정은 1998년 3월 1일 현재 진행중인 심사청구 또는 심판청구분부터 적용한다.

부칙(국제조세조정에관한법율) <제4981호,1995.12.6>
제1조 (시행일) 이 법은 1996년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) ①국세기본법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호중 "조세감면규제법·조세범처벌법"을 "조세감면규제법·국제조세조정에관한법률·조세범처벌법"으로 한다.
제55조의2를 다음과 같이 한다.
제55조의2 (상호합의절차 진행시 기간계산의 특례) 상호합의절차 진행시 기간계산의 특례는 국제조세조정에관한법률 제24조제1항에서 정하는 바에 따른다.
②및 ③생략

부칙 <제5189호,1996.12.30>
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제81조의2제2항 및 제85조의4의 개정규정은 1997년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 (련대납세의무자에 대한 송달에 관한 적용예) 제8조제2항 단서의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 납세의 고지와 독촉을 하는 분부터 적용한다.
제3조 (유치송달등에 관한 적용예) 제10조제4항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 송달하는 서류부터 적용한다.
제4조 (국세부과제척기간에 관한 적용예) 제26조의2제1항 단서의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 상호합의 절차가 개시되는 분부터 적용한다.
제5조 (국세환급금의 충당과 환급에 관한 적용예) 제51조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 국세환급금을 충당 또는 환급하는 분부터 적용한다.
제6조 (심사청구등의 제기에 관한 적용예) 제55조제2항 및 제63조제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 이의신청·심사청구 또는 심판청구를 하는 분부터 적용한다.

부칙(상속세및증여세법) <제5193호,1996.12.30>
제1조 (시행일) 이 법은 1997년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제13조 생략
제14조 (다른 법률의 개정) ①국세기본법중 다음과 같이 개정한다.
제26조의2제1항제4호 나목중 "상속세법 제20조(동법 제34조의7의 규정에 의하여 준용되는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)"를 "상속세및증여세법 제 67조 및 제68조"로 하며, 동호 다목중 "상속세법 제20조"를 "상속세및증여세법 제67조 및 제68조"로 한다.
②내지 ⑧생략
제15조 생략

부칙(정부부처명칭등의변경에따른건축법등의정비에관한법율) <제5454호,1997.12.13>
이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제56조제4항의 개정규정은 1998년 3월 1일부터 시행한다.

부칙 <제5579호,1998.12.28>
제1조 (시행일) 이 법은 1999년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (공시송달에 관한 적용예) 제11조제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공고하는 서류부터 적용한다.
제3조 (상속으로 인한 납세의무의 승계에 관한 적용예) 제24조제2항 전단의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 상속이 개시되는 분부터 적용한다.
제4조 (련대납세의무에 관한 적용예) 제25조제2항 및 제3항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 분할되는 법인, 분할 또는 분할합병으로 인하여 설립 또는 존속하는 법인에게 납세의무의 납부고지를 하는 분부터 적용한다.
제5조 (행정소송 제기기간등에 관한 적용예) ①제55조, 제56조, 제60조 내지 제63조, 제65조, 제66조, 제68조 및 제70조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 제기하는 이의신청·심사청구·심판청구 또는 행정소송분부터 적용한다.
②이 법 시행당시 이의신청·심사청구·심판청구 또는 행정소송이 제기되지 아니한 처분으로서 이미 종전의 규정에 의한 제기기간이 경과한 것에 대하여는 이의신청·심사청구·심판청구 또는 행정소송을 제기할 수 없다.
제6조 (장부등의 비치 및 보존에 관한 적용예) 제85조의3의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세기간분 또는 사업년도분부터 적용한다.

부칙 <제5993호,1999.8.31>
제1조 (시행일) 이 법은 2000년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제2조제18호·제5조제3항·제5조의2제2항·제43조제1항 단서·제85조제1항 단서 및 제85조의4제2항의 개정규정은 2000년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 (심사·심판청구등에 관한 일반적 적용예) 이 법은 이 법 시행일이후 최초로 제기하는 이의신청·심사청구 또는 심판청구분부터 적용한다.
제3조 (이의신청 또는 심사청구중인 사건에 관한 경과조치) ①이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 제기된 이의신청으로서 이에 대한 결정통지를 받고 심사청구를 제기하지 아니한 경우에는 종전의 규정에 의하여 심사청구와 심판청구를 제기할 수 있다.
②이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 제기된 심사청구로서 이 법 시행일 현재 심사청구가 진행중이거나 그 처분에 대한 결정통지를 받고 심판청구를 제기하지 아니한 경우에는 종전의 규정에 의하여 심판청구를 제기할 수 있고, 이 법의 규정에 의하여 행정소송을 제기할 수 있다.
제4조 (국세심판관의 연임에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 재직중인 국세심판관에 대하여는 잔여임기동안 제67조제4항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.