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제33조(특정호소의 수질보전)
①환경처장관은 수질오염이 심화되어 환경기준의 유지가 곤란하거나 곤란하게 될 우려가 있다고 인정하는 호소를 특정호소로 지정하고, 특정호소의 수질보전을 위하여 당해 특정호소의 수질에 영향을 미치는 지역을 특정호소수질관리구역으로 지정하여야 한다.
②환경처장관은 특정호소 또는 특정호소수질관리구역을 지정하고자 할 때에는 미리 관계중앙행정기관의 장 및 관할시·도지사와 협의하여야 한다.
③환경처장관은 특정호소 또는 특정호소수질관리구역을 지정한 때에는 그 내용을 고시하여야 한다. 이를 변경한 때에도 또한 같다.

부칙 <제4260호,1990.8.1>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (수질오염공정시험방법에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제22조의3의 규정에 의하여 공고된 환경오염공정시험법은 제7조의 규정에 의하여 고시된 수질오염공정시험방법으로 본다.
제3조 (배출허용기준에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제14조 또는 제15조의3제2항의 규정에 의한 배출허용기준은 제8조 또는 제13조제3항의 규정에 의한 배출허용기준으로 본다.
제4조 (배출시설 및 방지시설에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제15조제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 배출시설의 설치 또는 변경에 대한 허가를 받은 자는 제10조제1항 또는 제2항의 규정에 의한 허가를 받은 것으로 본다.
②이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제15조의2제1항 본문 또는 제15조의3제1항의 규정에 의하여 설치된 방지시설 또는 공동방지시설은 제11조제1항 본문, 제13조제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 설치된 것으로 보며, 종전의 환경보전법 제15조의2제1항 단서의 규정에 의하여 방지시설의 설치를 하지 아니한 것은 제11조제1항 단서의 규정에 의하여 설치를 하지 아니한 것으로 본다.
③이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제16조의 규정에 의하여 배출시설과 방지시설의 사용개시신고를 하거나 적합판정을 받은 자는 제14조의 규정에 의한 설치완료신고 또는 적합판정을 받은 것으로 본다.
④이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제17조 내지 제19조·제20조 또는 제21조의 규정에 의하여 배출시설 또는 방지시설에 대한 개선명령·조업정지명령·이전명령·허가취소 또는 폐쇄명령등을 받은 자는 제16조 내지 제18조·제20조 또는 제21조의 규정에 의한 개선명령·조업정지명령·이전명령·허가취소 또는 폐쇄명령등을 받은 것으로 본다.
제5조 (배출시설관리인에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제23조 또는 제23조의2의 규정에 의하여 행한 배출시설관리인의 임명신고 및 변경명령은 제23조제1항 또는 제24조의 규정에 의한 임명신고 및 변경명령으로 본다.
제6조 (배출부과금에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제19조의2의 규정에 의하여 행한 배출부과금의 납부명령·납입 및 체납처분은 제19조의 규정에 의하여 행한 납부명령·납입 및 체납처분으로 본다.
제7조 (자가측정등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제22조의 규정에 의하여 행한 측정은 제22조의 규정에 의하여 행한 측정으로, 종전의 환경보전법 제22조의2의 규정에 의하여 행한 측정대행자의 지정은 제44조의 규정에 의하여 행한 측정대행자의 지정으로 본다.
제8조 (폐수종말처리시설에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제43조제1항의 규정에 의하여 환경오염방지사업의 일환으로 설치되었거나 설치중인 종합폐수처리시설은 제25조제1항 본문의 규정에 의하여 설치된 폐수종말처리시설로 본다. 다만, 그 설치·운영에 필요한 비용의 부담에 관하여는 종전의 환경보전법 제43조 내지 제46조의 규정에 의한다.
②제1항의 경우에 환경처장관은 이 법 시행일부터 3월이내에 제26조제2항의 규정에 의하여 공동처리구역을 지정하고 이를 고시하여야 한다.
③제25조제1항 본문의 규정에 의하여 설치되는 폐수종말처리시설의 설치·운영에 필요한 비용의 부담에 관하여는 종전의 환경보전법 제43조 내지 제46조의 규정에 의한다.
제9조 (방지시설업에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제47조 또는 제49조의 규정에 의하여 방지시설업의 등록 또는 변경등록을 한 자 또는 등록이 취소된 자는 제39조 또는 제41조의 규정에 의한 방지시설업의 등록 또는 변경등록을 하거나 또는 등록이 취소된 것으로 본다.
제10조 (폐수처리업에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 폐수처리자의 지정을 받은 자는 제43조제1항의 규정에 의한 폐수처리업허가를 받은 것으로 본다. 다만, 이 법 시행일부터 6월이내에 제43조제1항의 규정에 의한 자본금, 기술능력, 시설 및 장비를 갖추어야 한다.
제11조 (농약잔류허용기준에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제42조의2의 규정에 의한 농약잔류허용기준은 제47조 규정에 의한 농약잔류허용기준으로 본다.
제12조 (배출시설관리인등의 교육에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제61조의2의 규정에 의하여 행한 배출시설관리인등 기술요원에 대한 교육훈련은 제48조의 규정에 의하여 행한 교육으로 본다.
제13조 (청문에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 환경보전법 제62조의4의 규정에 의하여 행한 청문은 제53조의 규정에 의하여 행한 청문으로 본다. 다만, 이 법 시행당시 청문절차가 진행중에 있는 사건에 대하여는 그 종료시까지 종전의 규정에 의하여 청문을 행한다.
제14조 (종전의 환경보전법에 의한 고시·처분 및 계속중인 행위에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 종전의 환경보전법에 의하여 행한 고시·조건부허가·행정처분 기타 행정기관의 행위 또는 각종 신청·신고 기타 행정기관에 대한 행위는 그에 해당하는 이 법에 의한 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제15조 (벌칙적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 행한 종전의 환경보전법의 위반행위에 대한 벌칙의 적용은 종전의 규정에 의한다.
제16조 (다른 법률과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 환경보전법의 규정을 인용한 경우에 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 조항을 인용한 것으로 본다.

부칙 <제4388호,1991.5.31>
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 <제4536호,1992.12.8>
①(시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
②(배출시설관리인의 명칭변경에 따른 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 배출시설관리인은 이 법에 의한 환경관리인으로 본다.

부칙 <제4653호,1993.12.27>
①(시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
②(측정대행자의 지정에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 지정 또는 변경지정된 측정대행자는 제44조의 개정규정에 의하여 등록 또는 변경등록된 측정대행업자로 본다.
③(벌칙적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙(환경개선특별회계법) <제4714호,1994.1.5>
제1조 (시행일) 이 법은 1995년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (다른 법률의 개정) ①생략
②수질환경보전법중 다음과 같이 개정한다.
제19조제4항을 다음과 같이 한다.
④제1항의 규정에 의한 배출부과금 및 제2항의 규정에 의한 가산금은 환경개선특별회계법에 의한 환경개선특별회계의 세입으로 한다.
③내지 ⑨생략
제3조 생략

부칙(하수도법) <제4782호,1994.8.3>
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②생략
③(다른 법률의 개정) 수질환경보전법중 다음과 같이 개정한다.
제26조제3항을 삭제한다.
④생략

부칙(폐기물관리법) <제4970호,1995.8.4>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략
제8조 (다른 법률의 개정) ①내지 ④생략
⑤수질환경보전법중 다음과 같이 개정한다.
제29조제1항제1호중 "특정폐기물"을 "폐기물관리법 제2조제4호의 규정에 의한 지정폐기물"로 한다.
⑥생략