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제54조(소수주주권의 행사 등)
「증권거래법」 제191조의13(소수주주권의 행사) 및 제191조의14(주주제안)의 규정은 주식이 유가증권시장에 상장되지 아니한 공기업·준정부기관에 대한 소수주주권의 행사와 주주제안에 관하여 이를 준용한다.

부칙 [2007.1.19 제8258호]
제1조(시행일) 이 법은 2007년 4월 1일부터 시행한다. 다만, 제9조의 규정에 따른 운영위원회의 구성과 이 법 시행 후 최초로 이 법의 적용을 받을 공기업·준정부기관과 기타공공기관의 지정에 필요한 행위는 이 법 시행 전에 할 수 있다.
제2조(다른 범률의 폐지) 다음 각 호의 법률은 이를 각각 폐지한다.
1. 「정부투자기관 관리기본법」
2. 「정부산하기관 관리기본법」
제3조(공공기관 등의 최초 지정 및 구분) ①기획예산처장관은 이 법 시행과 동시에 주무기관의 장과의 협의와 운영위원회의 심의·의결을 거쳐 이 법의 적용을 받는 공기업·준정부기관 및 기타공공기관을 지정하여 고시한다.
②기획예산처장관은 제1항의 규정에 따라 공기업·준정부기관을 최초로 지정하여 고시하는 경우에는 이 법 시행 당시 「정부투자기관 관리기본법」, 「정부산하기관 관리기본법」 및 「공기업의 경영구조개선 및 민영화에 관한 법률」의 적용 대상 기관 중 직원 정원이 50인 이상인 기관 중에서 지정하여 고시한다.
제4조(경과조치) ①제9조제2항의 규정에 불구하고 운영위원회의 위원 중 제9조제1힝제4호의 규정에 따라 최초로 위촉되는 위원의 임기는 3년·2년·1년으로 각각 달리 정할 수 있다.
②제31조제5항의 규정에 불구하고 이 법 시행 후 최초로 지정되는 공기업 또는 준정부기관의 기관장이 임명 당시 임명과 관련하여 체결한 경영 및 성과에 관한 계약은 이 법에 따라 주무기관의 장과기관장이 체결한 계약으로 본다.
③제46조제2항의 규정에 불구하고 이 법 시행 후 최초로 지정되는 공기업 또는 준정부기관이 이 법 시행 당시 설정한 경영목표는 이 법에 따라 설정된 것으로 본다.
④제48조제1항 단서의 규정에 불구하고 이 법 시행 후 최초로 지정되는 공기업·준정부기관의 경영실적 보고 및 경영실적 평가는 「정부투자기관 관리기본법」 및 「정부산하기관 관리기본법」의 관련 규정을 적용하여 이를 실시한다.
⑤이 법 시행 당시 종전의 정부타자기관운영위원회 및 정부산하기관운영위원회가 의결한 사항은 이 법에 따른 운영위원회가 의결한 것으로 본다.
제5조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 정부타자기관 또는 정부산하기관을 인용하고 있는 경우에는 2008년 12월 31일까지는 각각 이 법 시행 당시 「정부타자기관 관리기본법」 또는 「정부산하기관 관리기본법」에 따라 정부투자기관 또는 정부산하기관으로 확정된 기관을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2007.8.3 제8635호(자본시장과 금융투자업에 관한 법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 1년 6개월이 경과한 날부터 시행한다. [단서생략]
제2조 내지 41조 생략
제42조 (다른 법률의 개정) ① 내지 <66> 생략
<67>공공기관의 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제20조제4항 중 "「증권거래법」 제54조의6(감사위원회)"을 "「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제26조(감사위원회의 설치)"로 한다.
제43조 내지 제44조 생략

부칙 [2007.12.14 제8696호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.