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제12조(다른 법률과의 관계)
①제4조·제4조의2·제6조 내지 제8조 및 제10조의 규정은 「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」 제4조, 「신용정보의 이용 및 보호에 관한 법률」 제23조·제27조 및 「외국환거래법」 제22조의 규정에 우선하여 적용한다. [개정 2005.1.17, 2007.12.21]
②금융기관등과 중계기관이 이 법에 따라 제공한 정보에 대하여는 「신용정보의 이용 및 보호에 관한 법률」 제24조의2를 적용하지 아니한다. [신설 2007.12.21] [[시행일 2008.12.22]]

부칙 [2001.9.27 제6516호]
①(시행일) 이 법은 공포후 2월이 경과한 날부터 시행한다.
②(금융정보분석원장이 요구하는 정보등의 범위에 관한 적용례) 금융정보분석원장이 제10조제3항제3호의 규정에 의하여 금융기관등의 장에게 요구할 수 있는 정보 또는 자료의 범위는 이 법 시행후에 이루어진 금융거래관련 정보 또는 자료에 한한다.
③(다른 법률의 개정) 정치자금에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제24조의4를 다음과 같이 신설한다.
제24조의4 (특정금융거래정보의 조사) ①관할선거관리위원회는 특정금융거래정보의보고및이용등에관한법률 제7조제3항의 규정에 의하여 중앙선거관리위원회가 제공받은 특정금융거래정보를 조사하여야 한다.
②관할선거관리위원회는 제1항의 조사를 함에 있어서 관련 정당·후원회 그 밖의 관계인에게 소명자료의 제출을 요구할 수 있다.
③제1항 및 제2항의 규정에 의한 조사·소명 및 그 처리절차에 관하여 필요한 사항은 제24조의2의 규정에 의한 이의신청처리절차를 준용한다.

부칙 [2004.12.31 제7311호(수산업협동조합법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행, <후문 생략>.
제2조 내지 제14조 생략
제15조 (다른 법률의 개정) ①내지 ⑫생략
⑬특정금융거래정보의보고및이용등에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호 바목중 "수산업협동조합"을 "조합"으로 한다.
제16조 생략

부칙 [2005.1.17 제7336호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제4조의2 및 제5조의2의 개정규정은 이 법 시행후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
②(고액현금거래보고에 관한 적용례) 제4조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지급하거나 영수하는 현금등부터 적용한다.
③(다른 법률의 개정) 정치자금에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제24조의4를 삭제한다.
제32조제2항중 "제24조의2(재산 및 수입·지출내역 등의 열람 및 사본교부)제5항[제24조의4(특정금융거래정보의 조사)제3항에서 준용하는 경우를 포함한다]"을 "제24조의2(재산 및 수입·지출내역 등의 열람 및
사본교부)제5항"으로 한다.

부칙 [2007.8.3 제8635호(자본시장과 금융투자업에 관한 법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 1년 6개월이 경과한 날부터 시행한다. [단서생략]
제2조 내지 41조 생략
제42조 (다른 법률의 개정) ① 내지 <54>생략
<55>특정금융거래정보의보고및이용등에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1호다목을 다음과 같이 하고, 같은 호 자목·차목 및 파목을 각각 삭제한다.
다. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자매매업자·투자중개업자·집합투자업자·신탁업자·증권금융회사·종합금융회사 및 명의개서대행회사
<56>내지 <67>생략
제43조 내지 제44조 생략

부칙 [2007.12.21 제8704호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제1조의 개정규정, 제2조제1호하목·제2호다목·제3호다목·제5호의 개정규정, 제3조제1항제4호·제5호·제2항의 개정규정, 제4조제1항·제2항의 개정규정과 같은 조 제6항제1호의 개정규정 중 공중협박자금조달행위 관련 부분, 제4조의2제1항제1호·제3항·제4항의 개정규정, 제5조·제5조의2의 개정규정, 제7조제1항·제2항의 개정규정, 제9조제1항의 개정규정, 제12조제2항의 개정규정 중 중계기관 관련 부분은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(자금세탁행위에 관한 적용례) 제2조제4호다목의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 하는 같은 목의 자금세탁행위부터 적용한다.
제3조(과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대한 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 따른다.
제4조(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 경과조치) ①제2조제2호나목에 따른 파생상품시장에서의 거래는 2009년 2월 4일전까지는 「선물거래법」 제3조제1호 및 제2호에 따른 선물거래로 본다.
②제4조의2제3항제2호에 따른 한국금융투자협회는 2009년 2월 4일 전까지는 「증권거래법 」 제162조에 따라 설립된 한국증권업협회로 본다.

부칙 [2008.2.29 제8863호(금융위원회의 설치 등에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) ① 부터 <57> 까지 생략
<58> 특정금융거래정보의 보고 및 이용 등에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호가목 중 "재정경제부령"을 "총리령"으로 한다.
제3조제1항 각 호 외의 부분 중 "재정경제부장관"을 "금융위원회"로 한다.
제4조의2제3항제1호 중 "재정경제부장관"을 "금융위원회"로 한다.
제7조제1항·제4항 중 "금융감독위원회"를 각각 "금융위원회"로 한다.
제11조제3항 중 "금융감독기구의 설치 등에 관한 법률"을 "금융위원회의 설치 등에 관한 법률"로 한다.
<59> 부터 <85> 까지 생략