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제48조(지도와 명령)
①보건복지부장관 또는 시·도지사는 보건의료시책상 필요하다고 인정될 때 또는 국민보건에 중대한 위해가 발생하거나 발생할 우려가 있다고 인정될 때에는 의료기관 또는 의료인에 대하여 필요한 지도와 명령을 할 수 있다.<개정 1994·1·7, 1997·12·13, 2000.1.12>
②시·도지사 또는 시장·군수·구청장은 의료기관의 집단휴업으로 환자진료에 막대한 지장이 발생하거나 발생할 우려가 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 때에는 휴업중인 의료기관에 대하여 업무개시명령을 할 수 있다.<신설 1994·1·7, 2000.1.12>
③의료기관의 개설자는 정당한 사유없이 제2항의 명령을 거부할 수 없다.<신설 1994·1·7>

부칙 <제2533호,1973.2.16>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날로부터 시행한다.
제2조 (경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 의사·치과의사·한의사·조산원·간호원 또는 간호보조원의 면허를 받은 자 또는 전문의나 안마사의 자격인정을 받은 자는 이 법에 의하여 받은 것으로 본다. 다만, 종전의 규정에 의한 면허증 또는 자격증은 보건사회부령이 정하는 바에 의하여 이 법 시행일로부터 6월내에 갱신하여야 한다. 이 기간이 경과한 후에는 종전의 면허증 또는 자격증은 이를 사용하지 못한다.
제3조 (동전) 이 법 시행당시 간호고등기술학교를 졸업한 자 또는 재학중인 자는 제7조제1호의 규정에 불구하고 이 법 시행후 5년이내에 한하여 간호원국가시험에 응시할 수 있다.
제4조 (동전) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 개설된 의원·치과의원·한의원 또는 조산소는 이 법에 의하여 개설된 것으로 본다.
제5조 (동전) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 개설된 종합병원·병원·치과병원 또는 제31조의 규정에 해당하는 의료기관(국공립의료기관은 제외한다)은 이 법 시행일로부터 6월내에 이 법의 절차에 따라 의료법인의 설립, 의료기관의 개설허가 기타 필요한 조치를 하여야 한다.
제6조 (동전) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 설립된 의사회·치과의사회·한의사회·조산원회·간호원회는 이 법에 의하여 설립된 것으로 본다.
제7조 (동전) 제58조의 규정에 의한 한지의료인과 제59조의 규정에 의한 의료류사업자는 보건사회부령이 정하는 바에 의하여 이 법 시행일로부터 6월내에 그 면허증 또는 자격증을 갱신하여야 한다. 이 기간이 경과한 후에는 종전의 면허증 또는 자격증은 이를 사용하지 못한다.
제8조 (동전) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 공의로 위촉된 자는 제61조의 규정에 의한 의료촉탁을 받은 것으로 본다.

부칙 <제2862호,1975.12.31>
이 법은 공포한 날로부터 시행한다.

부칙(인허가등의정비를위한행정서사법등의일부개정법율) <제3441호,1981.4.13>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 30일이 경과한 날로부터 시행한다.
제2조 내지 제15조 생략

부칙 <제3504호,1981.12.31>
①(시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날로부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제55조제1항 및 제3항의 규정에 의하여 보건사회부장관으로부터 전문의의 자격인정을 받은 자는 제55조제1항 및 제3항의 개정규정에 의하여 보건사회부장관으로부터 전문의의 자격인정을 받은 것으로 보되 당해 전문의의 전문과목의 표시에 관하여는 대통령령으로 정한다.

부칙 <제3825호,1986.5.10>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 30일이 경과한 날로부터 시행한다.
제2조 (한의사등의 명칭변갱에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 한의사의 면허를 받은 자는 이 법에 의한 한의사의 면허를 받은 것으로 본다.
②이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 한방병원의 개설허가를 받거나, 한의원의 개설신고를 한 자는 각각 이 법에 의한 한방병원의 개설허가를 받거나, 한의원의 개설신고를 한 것으로 본다.
제3조 (경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 안마시술소는 이 법에 의하여 신고한 것으로 본다.
제4조 (다른 법률의 개정) ①이 법 시행에 따라 관계법률을 다음과 같이 개정한다.
1. 약사법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제5항중 "한약"을 "한약"으로 한다.
제23조, 제47조제1항·제2항 및 제63조제2항중 "한의사"를 각각 "한의사"로 한다.
제35조제2항 및 제3항중 "한약업사"를 "한약업사"로 한다.
제36조제1항제1호중 "한약업사"를 "한약업사"로 하고, 동조제2항중 "한약업사"를 "한약업사"로, "기성한약서"를 "기성한약서"로, "한의사"를 "한의사"로, "한약"을 "한약"으로 한다.
제37조제2항중 "한약업사"를 각각 "한약업사"로 하고, 동조제3항중 "한약"을 "한약"으로, "한약업사"를 "한약업사"로 하며, 동조제4항중 "한약업사"를 "한약업사"로 한다.
2. 전염병예방법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항, 제6조, 제55조제1호 및 제3호중 "한의사"를 각각 "한의사"로 한다.
3. 보건범죄단속에관한특별조치법중 다음과 같이 개정한다.
제5조중 "한의사가 아닌 자가 한방의료행위를"을 "한의사가 아닌 자가 한방의료행위를"로 한다.
②제1항의 규정외에 이 법 시행당시 다른 법률에서 다음 표의 왼쪽난에 정한 용어를 사용 또는 준용한 경우에 그에 해당하는 오른쪽난에 정한 용어를 사용 또는 준용한 것으로 본다.
+--------------------+---------------------+
| 종전의 용어 | 개정된 용어 |
+--------------------+---------------------+
| 한 의 사 | 한 의 사 |
| 한방의료 | 한방의료 |
| 한방병원 | 한방병원 |
| 한 의 원 | 한 의 원 |
| 한방의학 | 한방의학 |
| 한의과대학 | 한의과대학 |
| 한의사회 | 한의사회 |
| 한 약 | 한 약 |
| 한약업사 | 한약업사 |
| 한 약 서 | 한 약 서 |
+--------------------+---------------------+

부칙 <제3948호,1987.11.28>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 4월이 경과한 날로부터 시행한다.
제2조 (조산원등의 명칭변갱에 따른 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 조산원·간호원의 면허를 받은 자 또는 간호보조원의 자격인정을 받은 자는 이 법에 의하여 각각 조산사·간호사의 면허 또는 간호조무사의 자격인정을 받은 것으로 본다.
제3조 (조산사국가시험 실시에 따른 경과조치) 이 법 시행당시 제6조제1호의 규정에 의한 의료기관에서 수습중인 자에 대한 조산사면허에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제4조 (다른 법률의 개정) ①공중보건장학을위한특례법중 다음과 같이 개정한다.
제1조중 "간호원이"를 "간호사가"로 하고, 제2조·제4조제2항·제6조제1항·제6조의3·제8조제1항 내지 제3항·제10조제1항 및 제2항중 "간호원"을 각각 "간호사"로 한다.
②농어촌보건의료를위한특별조치법중 다음과 같이 개정한다.
제15조제1항중 "간호원·조산원"을 "간호사·조산사"로 한다.
③결핵예방법중 다음과 같이 개정한다.
제21조중 "간호원 또는 간호보조원으로"를 "간호사 또는 간호조무사로"하고, 제29조제2항중 "간호원·림상병리사 및 간호보조원"을 "간호사·림상병리사 및 간호조무사"로 한다.
④모자보건법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제9호중 "조산원·간호원의 면허를 받은 자 또는 간호보조원"을 "조산사·간호사의 면허를 받은 자 또는 간호조무사"로 하고, 제13조중 "조산원 또는 간호원이"를 "조산사 또는 간호사가"로 하며, 제29조 전단중 "간호원 및 간호보조원이"를 "간호사 및 간호조무사가"로 하고, 동조 후단중 "조산원 또는 간호원"을 "조산사 또는 간호사"로 한다.
⑤제1항 내지 제4항에 규정된 것외에 이 법 시행당시 다른 법령중 "조산원"은 "조산사"로, "간호원"은 "간호사"로, "간호보조원"은 "간호조무사"로 본다.

부칙(농어촌보건의료를위한특별조치법) <제4430호,1991.12.14>
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (다른 법률의 개정) ①생략
②의료법중 다음과 같이 개정한다.
제52조제1항제2호중 "농어촌보건의료를위한특별조치법"을 "농어촌등보건의료를위한특별조치법"으로 한다.

부칙 <제4732호,1994.1.7>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (종합병원등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 개설한 종합병원·병원 및 한방병원은 이 법에 의한 종합병원·병원 및 한방병원으로 본다. 다만, 이 법 시행당시 100병상미만의 종합병원과 30병상미만의 병원 및 한방병원은 이 법 시행후 종합병원은 5년이내에, 병원 및 한방병원은 3년이내에 이 법에 의한 입원시설을 갖추어야 하며, 동 기한까지 이 법에 의한 입원시설을 갖추지 아니하는 때에는 종합병원은 병원으로, 병원은 의원으로, 한방병원은 한의원으로 본다.
제3조 (조산소의 명칭변경에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 개설한 조산소는 이 법에 의하여 개설한 조산원으로 본다. 다만, 이 법 시행후 3월이내에 조산원으로 명칭을 변경하여야 한다.
제4조 (의사·치과의사·한의사 및 간호사의 국가시험응시자격에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 보건사회부장관으로부터 응시자격을 인정받은 자와 보건사회부장관이 인정하는 외국의 해당 대학에 재학중인 자는 종전의 규정에 의한다.
제5조 (공제사업의 허가에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 중앙회가 보건사회부장관으로부터 허가받은 공제사업은 이 법에 의하여 신고한 것으로 본다.
제6조 (의원급 의료기관개설신고에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 도지사에게 개설신고한 의원·치과의원·전의원 또는 조산원은 이 법에 의하여 시장·군수·구청장에게 개설신고한 것으로 본다.
제7조 (의료기관의 개설특례에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 도지사의 개설허가를 받은 부속의료기관으로서 이 법에 의한 종합병원·병원·치과병원 또는 한방병원은 도지사의 개설허가를 받은 것으로, 의원·치과의원·한의원 또는 조산원은 시장·군수·구청장에게 개설신고한 것으로 본다.
제8조 (진단용 방사선발생장치의 설치에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 진단용 방사선발생장치를 설치·운영하는 자는 이 법 시행후 6월이내에 시장·군수·구청장에게 신고하여야 한다.
제9조 (의료업의 휴·폐업신고에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 도지사에게 휴업·폐업의 신고를 한 자는 이 법에 의하여 도지사 또는 시장·군수·구청장에게 신고한 것으로 본다.
제10조 (의료법인의 설립허가등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 보건사회부장관의 의료법인의 설립·재산처분 및 정관변갱의 허가는 이 법에 의한 도지사의 허가로 본다. 다만, 의료법인의 목적사업의 범위가 2이상의 도에 걸치는 의료법인의 경우에는 그러하지 아니한다.
제11조 (공공차관지원 의료법인의 관리에 관한 경과조치) 국가로부터 공공차관을 지원받은 의료법인에 대하여는 그 차관자금의 상환이 종료될 때까지 재산처분·정관변갱의 허가등의 업무를 보건사회부장관이 행한다.
제12조 (의료인의 면허재교부에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 의료인의 면허가 취소된 자의 면허재교부에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제13조 (의료지도원의 임명에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 임명된 의료감시원은 이 법에 의하여 임명된 의료지도원으로 본다.
제14조 (벌칙적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 관한 벌칙적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다. 다만, 이 법 시행전의 행위가 이 법 시행후에 걸쳐 이루어진 때에는 이 법 시행후에 행한 것으로 본다.

부칙(보건소법) <제5101호,1995.12.29>
제1조 (시행일) 이 법은 1996년 7월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) ①생략
②의료법중 다음과 같이 개정한다.
제52조제1항제2호중 "보건소법"을 "지역보건법"으로 한다.
③생략

부칙(행정절차법의시행에따른공인회계사법등의정비에관한법율) <제5453호,1997.12.13>
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략

부칙(정부부처명칭등의변경에따른건축법등의정비에관한법율) <제5454호,1997.12.13>
이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>

부칙(폐기물관리법) <제5865호,1999.2.8>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제25조제4항 및 제2장의2(제25조의2 내지 제25조의9)의 개정규정은 공포후 9월이 경과한 날부터 시행하고, 부칙 제7조제1항의 규정은 공포후 1년 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (적출물에 대한 적용의 특례) 제3조제1항의 개정규정에 불구하고 의료법에 의한 적출물에 대하여는 부칙 제1조 본문의 규정에 의한 이 법 시행일(이하 "이 법 시행일"이라 한다)부터 1년간 의료법이 정하는 바에 의한다.
제3조 내지 제6조 생략
제7조 (다른 법률의 개정) ①의료법중 다음과 같이 개정한다.
제17조의 제목 "(적출물등의 처리)"를 "(세탁물의 처리)"로 하고, 동조제1항중 "의료인의 의료행위에 따라 신체로부터 적출되거나 절단된 사태아·장기 기타의 물체(이하 이 조에서 "적출물"이라 한다)와 의료기관에서 발생되는 세탁물"을 "의료기관에서 발생되는 세탁물"로 하며, 동조제2항 및 제3항중 "적출물 및 세탁물"을 각각 "세탁물"로 한다.
②및 ③생략

부칙 <제6020호,1999.9.7>
이 법은 2000년 7월 1일부터 시행한다.

부칙 <제6157호,2000.1.12>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제8조제1항제5호 및 제52조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제5조의 개정규정은 공포후 2년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (적출물등의 신고에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 적출물등의 처리에 관하여 시·도지사의 지정을 받은 자는 제17조의 개정규정에 의하여 시·도지사의 지정을 받은 자는 제17조의 개정규정에 의하여 시·도지사에게 신고한 자로 본다.
제3조 (국·공립의료기관등의 특례에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 개설허가를 받았거나 개설신고를 한 의료기관중 종전의 제38조의 규정에 의하여 국·공립의료기관등의 특례에 관한 규정을 적용받던 의료기관에 대하여는 제32조의 규정을 적용하지 아니한다.
제4조 (의료보수에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 시·도지사의 인가를 받은 의료보수에 대하여는 제37조의 개정규정에 의하여 시·도지사 또는 시장·군수·구청장에게 각각 신고한 것으로 본다.
제5조 (의료법인의 설립허가등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 보건복지부장관이 행한 의료법인의 설립·재산처분 및 정관변경의 허가는 제41조의 개정규정에 의한 시·도지사의 허가로 본다.
제6조 (의료인의 면허재교부에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 제52조제1항의 개정규정에 의한 면허취소사유외의 사유로 면허가 취소된 의료인에 대하여는 제52조제2항의 개정규정에 불구하고 이 법 시행일부터 취소된 면허를 재교부할 수 있다.
제7조 (전문간호사의 자격인정에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 업무분야별 간호사의 자격을 인정받은 자는 해당분야에 관하여 제56조의 개정규정에 의한 전문간호사의 자격을 인정받은 것으로 본다.