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제55조(시정명령)
①식품의약품안전청장, 시·도지사, 시장·군수 또는 구청장은 제3조의 규정에 의한 식품등의 위생적 취급에 관한 기준에 적합하지 아니하게 영업을 하는 자와 기타 이 법을 지키지 아니하는 자에 대하여 필요한 시정을 명하여야 한다.<개정 1991.12.14, 1995.12.29, 1998.2.28, 2000.1.12>
②식품의약품안전청장, 시·도지사, 시장·군수 또는 구청장은 제1항의 시정명령을 한 경우에는 그 영업을 관할하는 관서의 장에게 그 내용을 통보하여 그 시정명령이 이행되도록 협조를 요청할 수 있다.<개정 1991.12.14, 1995.12.29, 1998.2.28>

부칙 <제3823호,1986.5.10>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날로부터 시행한다.
제2조 (처분등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 행하여진 처분·신청·신고 기타 행정기관에 대한 행위는 이 법의 규정에 의하여 행한 처분·신청·신고 기타 행정기관에 대한 행위로 본다.
제3조 (동업자조합등에 관한 경과조치) ①이 법 시행전에 영업자를 회원으로 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 사단법인은 이 법 시행후 1년이내에 제44조제3항의 규정에 불구하고 이 법에 적합하도록 정관을 변갱하고 기타 요건을 갖추어 보건사회부장관 또는 시·도지사의 인가를 받음으로써 이 법에 의한 조합이 될 수 있다.
②이 법 시행당시의 동업자조합 및 동업자조합련합회는 이 법에 의한 조합 및 련합회로 본다. 다만, 이 법 시행후 6월이내에 이 법에 맞도록 정관을 변갱하고 기타 필요한 요건을 갖추어야 한다.
제4조 (한국식품공업협회에 관한 경과조치) 이 법 시행당시의 사단법인 한국식품공업협회는 이 법에 의한 협회로 본다. 다만, 이 법 시행후 6월이내에 이 법에 맞도록 정관을 변갱하고 기타 필요한 요건을 갖추어야 한다.
제5조 (집단급식소에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 집단급식소를 운영하는 자는 이 법 시행후 6월이내에 시·도지사에게 신고하여야 한다.
제6조 (영업허가제한에 해당하는 영업자에 관한 경과조치) 이 법 시행당시의 영업자로서 제24조제1항제5호 및 제6호의 1에 해당하는 자에 대하여는 이 법 시행후 6월동안은 제58조제1항제3호(제24조제1항제1호에 해당하는 경우를 제외한다)의 규정을 적용하지 아니한다.
제7조 (다른 법률의 개정) 보건범죄단속에관한특별조치법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항 본문중 "식품위생법 제23조제1항 및 제3항"을 "식품위생법 제22조제1항 및 제3항"으로, "동법 제5조, 제6조제4항"을 "동법 제6조, 제7조제4항"으로 한다.
제8조 (과징금의 귀속에 관한 특례) 제65조제1항 및 제3항의 규정에 의하여 시·도지사가 과징금으로 징수한 금액은 동조제4항 본문의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 기한까지는 식품진흥기금에 귀속된다.

부칙 <제4071호,1988.12.31>
①(시행일) 이 법은 1989년 1월 1일부터 시행한다.
②(동업자조합등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 설립·운영되고 있는 동업자조합은 제44조의 개정규정에 불구하고 이 법에 의한 조합으로 본다. 다만, 이 법 시행후 1년이내에 이 법에 적합하도록 정관을 변갱하고 필요한 요건을 갖추어 보건사회부장관의 인가를 받아야 한다.

부칙 <제4432호,1991.12.14>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제4조제8호의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (영업허가가 취소된 자등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 허가취소 또는 폐쇄명령을 받은 자에 대한 제24조제1항제3호 또는 동조제2항제2호의 규정에 의한 허가 또는 신고제한기간은 종전의 규정에 의한다.
제3조 (연구원의 설립준비) ①보건사회부장관은 이 법 시행일부터 60일이내에 5인이내의 설립위원을 위촉하여 연구원의 설립에 관한 사무를 처리하게 하여야 한다.
②설립위원은 연구원의 정관을 작성하여 보건사회부장관의 인가를 받아야 한다.
③설립위원은 제2항의 규정에 의한 인가를 받은 때에는 지체없이 연구원의 설립등기를 하여야 한다.
④설립위원은 연구원의 설립등기후 지체없이 연구원의 원장에게 사무를 인계하여야 하며, 사무의 인계가 끝난 때에는 해촉된 것으로 본다.

부칙(기금관리기본법) <제4791호,1994.12.22>
제1조 (시행일) 이 법은 1995년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (다른 법률의 개정) ①식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제65조제4항을 다음과 같이 한다.
④제1항 및 제3항의 규정에 의하여 징수한 과징금중 보건사회부장관이 부과·징수한 과징금은 국가에, 시·도지사, 시장·군수 또는 구청장이 부과·징수한 과징금은 제71조의 규정에 의한 식품진흥기금에 각각 귀속된다.
제71조제1항중 "보건사회부·"를 삭제하고, 동조제3항제4호를 삭제하며, 동조제4항중 "보건사회부장관 및"을 삭제한다.
②내지 ⑨생략

부칙(먹는물관리법) <제4908호,1995.1.5>
제1조 (시행일) 이 법은 1995년 5월 1일부터 시행한다.
제2조 (영업의 허가등에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 식품위생법 제22조의 규정에 의하여 광천음료수제조업의 허가를 받은 자는 이 법에 의한 먹는샘물제조업의 허가를 받은 것으로 본다. 다만, 이 법 시행일부터 1년이내에 제17조의 규정에 의한 시설기준에 적합하도록 시설을 갖추어야 하며 제10조의 규정에 의한 조사서를 작성·제출하여야 한다.
②환경처장관은 제1항 단서의 규정에 의하여 제출된 조사서의 심사결과에 따라 제18조제4항의 규정에 의한 필요한 조건을 붙일 수 있으며, 시설이 미비된 경우에는 6월내의 기간을 정하여 그 시설의 보완을 명할 수 있다.
③생략
제3조 생략
제4조 (계속중인 행위에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 식품위생법 또는 공중위생법의 규정에 의하여 행한 고시·행정처분 기타 행정기관의 행위 또는 각종 신청·신고 기타 행정기관에 대한 행위는 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 경우에는 이 법에 의한 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제5조 (벌칙적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 행한 식품위생법 또는 공중위생법의 위반행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 식품위생법 또는 공중위생법의 종전의 규정에 의한다.
제6조 (다른 법률의 개정) ①식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제8호를 삭제한다.
②및 ③생략
제7조 생략

부칙(국민건강증진법) <제4914호,1995.1.5>
제1조 (시행일) 이 법은 1995년 9월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 (국민영양조사에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 식품위생법 제70조의 규정에 의하여 실시된 국민영양조사는 제16조의 규정에 의하여 실시한 국민영양조사로 본다.
제3조 생략
제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ①생략
②식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제70조를 삭제한다.
③생략

부칙 <제5099호,1995.12.29>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 9월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제4조, 제7조, 제9조, 제16조의2 및 제22조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (동업자조합에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 설립·운영되고 있는 동업자조합은 제44조의 개정규정에 의하여 설립된 것으로 본다. 다만, 이 법 시행후 1년이내에 이 법에 적합하도록 정관을 변경하여 보건복지부장관의 인가를 받아야 한다.
제3조 (식품공업협회의 회원에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 협회의 회원이 된 자는 제52조제3항의 개정규정에 의하여 협회의 회원이 된 것으로 본다.
제4조 (처분등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 행하여진 처분·신청·신고 기타 행정기관에 대한 행위는 이 법에 의하여 행하여진 처분·신청·신고 기타 행정기관에 대한 행위로 본다.

부칙(행정절차법의시행에따른공인회계사법등의정비에관한법율) <제5453호,1997.12.13>
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략

부칙(정부부처명칭등의변경에따른건축법등의정비에관한법율) <제5454호,1997.12.13>
이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>

부칙(정부조직법) <제5529호,1998.2.28>
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 생략
제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ①내지 <26>생략
<27>식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제2호 단서, 제6조 단서, 제7조제2항, 제9조제2항, 제17조제1항, 제18조제1항, 제20조의2제1항, 제22조제1항 전단·제3항·제4항·제6항 전단, 제23조, 제25조제3항, 제29조제2항, 제32조제1항 내지 제3항, 제55조, 제56조제1항 내지 제3항, 제56조의2제1항, 제57조제1항, 제58조제1항 본문·제2항 전단·제3항 본문, 제59조제1항 본문, 제62조제1항 본문·제2항·제3항, 제64조 본문, 제65조제1항 본문·제3항·제4항 및 제78조제2항 내지 제4항중 "보건복지부장관"을 각각 "식품의약품안전청장"으로 한다.
제20조제1항중 "보건복지부"를 "식품의약품안전청"으로 한다.
제16조제1항·제2항, 제17조의2제1항 내지 제3항·제4항 전단, 제60조제1항 본문 및 제68조제1항중 "보건복지부장관"을 각각 "보건복지부장관·식품의약품안전청장"으로 한다.
제72조를 다음과 같이 한다.
제72조 (위임) 이 법에 의한 보건복지부장관·식품의약품안전청장의 권한은 그 일부를 시·도지사 또는 지방식품의약품안전청장에게, 시·도지사의 권한은 그 일부를 시장·군수 또는 구청장 또는 보건소장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 각각 위임할 수 있다.
<28>내지 <34>생략
제6조 생략
제7조 생략

부칙(한국보건산업진흥원법) <제5671호,1999.1.21>
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제4조의 규정은 진흥원의 설립등기일에 이를 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제10장제3절(제54조의2 및 제54조의3)을 삭제한다.
②생략

부칙(정부조직법) <제5982호,1999.5.24>
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.<단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①내지 <33>생략
<34>식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제7조제1항, 제9조제1항, 제10조제1항, 제12조, 제19조제2항, 제32조의2제1항·제2항중 "보건복지부장관"을 각각 "식품의약품안전청장"으로 한다.
제66조제5호중 "제45조제6호 및 제54조의2"를 "제45조제6호"로 한다.
제42조 본문, 제66조 및 제67조제3항중 "보건복지부장관"을 "보건복지부장관·식품의약품안전청장"으로 한다.
<35>내지 <78>생략
제4조 내지 제6조 생략

부칙 <제6154호,2000.1.12>
제1조 (시행일)이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제10조제1항 단서의 개정규정은 공포후 1년 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (영업허가등이 취소된 영업장소등에 관한 경과조치)이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 허가취소 또는 폐쇄명령을 받은 자에 대한 제24조제1항제2호의2·제3호의2, 동조제2항제1호의2·제2호의2의 개정규정에 의한 허가 또는 신고의 제한기간은 종전의 규정에 의한다.
제3조 (조건부 영업허가 신청자에 대한 경과조치)이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 조건부 영업허가를 신청한 자에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
제4조 (벌칙 및 과태료에 관한 경과조치)이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙 또는 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제5조 (다른 법률의 개정) 기업활동규제완화에관한특별조치법중 제28조제1항제2호를 삭제하고, 동조제4항중 "동항제2호"를 각각 "동항제3호"로 한다.