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제55조(시정명령)
①보건복지부장관, 시·도지사, 시장·군수 또는 구청장은 제3조의 규정에 의한 식품등의 위생적 취급에 관한 기준에 적합하지 아니하게 영업을 하는 자와 기타 이 법을 지키지 아니하는 자에 대하여 필요하다고 인정하는 경우에는 그 시정을 명할 수 있다.<개정 1991.12.14, 1995.12.29>
②보건복지부장관, 시·도지사, 시장·군수 또는 구청장은 제1항의 시정명령을 한 경우에는 그 영업을 관할하는 관서의 장에게 그 내용을 통보하여 그 시정명령이 이행되도록 협조를 요청할 수 있다.<개정 1991.12.14, 1995.12.29>

부칙 <제3823호,1986.5.10>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날로부터 시행한다.
제2조 (처분등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 행하여진 처분·신청·신고 기타 행정기관에 대한 행위는 이 법의 규정에 의하여 행한 처분·신청·신고 기타 행정기관에 대한 행위로 본다.
제3조 (동업자조합등에 관한 경과조치) ①이 법 시행전에 영업자를 회원으로 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 사단법인은 이 법 시행후 1년이내에 제44조제3항의 규정에 불구하고 이 법에 적합하도록 정관을 변갱하고 기타 요건을 갖추어 보건사회부장관 또는 시·도지사의 인가를 받음으로써 이 법에 의한 조합이 될 수 있다.
②이 법 시행당시의 동업자조합 및 동업자조합련합회는 이 법에 의한 조합 및 련합회로 본다. 다만, 이 법 시행후 6월이내에 이 법에 맞도록 정관을 변갱하고 기타 필요한 요건을 갖추어야 한다.
제4조 (한국식품공업협회에 관한 경과조치) 이 법 시행당시의 사단법인 한국식품공업협회는 이 법에 의한 협회로 본다. 다만, 이 법 시행후 6월이내에 이 법에 맞도록 정관을 변갱하고 기타 필요한 요건을 갖추어야 한다.
제5조 (집단급식소에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 집단급식소를 운영하는 자는 이 법 시행후 6월이내에 시·도지사에게 신고하여야 한다.
제6조 (영업허가제한에 해당하는 영업자에 관한 경과조치) 이 법 시행당시의 영업자로서 제24조제1항제5호 및 제6호의 1에 해당하는 자에 대하여는 이 법 시행후 6월동안은 제58조제1항제3호(제24조제1항제1호에 해당하는 경우를 제외한다)의 규정을 적용하지 아니한다.
제7조 (다른 법률의 개정) 보건범죄단속에관한특별조치법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항 본문중 "식품위생법 제23조제1항 및 제3항"을 "식품위생법 제22조제1항 및 제3항"으로, "동법 제5조, 제6조제4항"을 "동법 제6조, 제7조제4항"으로 한다.
제8조 (과징금의 귀속에 관한 특례) 제65조제1항 및 제3항의 규정에 의하여 시·도지사가 과징금으로 징수한 금액은 동조제4항 본문의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 기한까지는 식품진흥기금에 귀속된다.

부칙 <제4071호,1988.12.31>
①(시행일) 이 법은 1989년 1월 1일부터 시행한다.
②(동업자조합등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 설립·운영되고 있는 동업자조합은 제44조의 개정규정에 불구하고 이 법에 의한 조합으로 본다. 다만, 이 법 시행후 1년이내에 이 법에 적합하도록 정관을 변갱하고 필요한 요건을 갖추어 보건사회부장관의 인가를 받아야 한다.

부칙 <제4432호,1991.12.14>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제4조제8호의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (영업허가가 취소된 자등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 허가취소 또는 폐쇄명령을 받은 자에 대한 제24조제1항제3호 또는 동조제2항제2호의 규정에 의한 허가 또는 신고제한기간은 종전의 규정에 의한다.
제3조 (연구원의 설립준비) ①보건사회부장관은 이 법 시행일부터 60일이내에 5인이내의 설립위원을 위촉하여 연구원의 설립에 관한 사무를 처리하게 하여야 한다.
②설립위원은 연구원의 정관을 작성하여 보건사회부장관의 인가를 받아야 한다.
③설립위원은 제2항의 규정에 의한 인가를 받은 때에는 지체없이 연구원의 설립등기를 하여야 한다.
④설립위원은 연구원의 설립등기후 지체없이 연구원의 원장에게 사무를 인계하여야 하며, 사무의 인계가 끝난 때에는 해촉된 것으로 본다.

부칙(기금관리기본법) <제4791호,1994.12.22>
제1조 (시행일) 이 법은 1995년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (다른 법률의 개정) ①식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제65조제4항을 다음과 같이 한다.
④제1항 및 제3항의 규정에 의하여 징수한 과징금중 보건사회부장관이 부과·징수한 과징금은 국가에, 시·도지사, 시장·군수 또는 구청장이 부과·징수한 과징금은 제71조의 규정에 의한 식품진흥기금에 각각 귀속된다.
제71조제1항중 "보건사회부·"를 삭제하고, 동조제3항제4호를 삭제하며, 동조제4항중 "보건사회부장관 및"을 삭제한다.
②내지 ⑨생략

부칙(먹는물관리법) <제4908호,1995.1.5>
제1조 (시행일) 이 법은 1995년 5월 1일부터 시행한다.
제2조 (영업의 허가등에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 식품위생법 제22조의 규정에 의하여 광천음료수제조업의 허가를 받은 자는 이 법에 의한 먹는샘물제조업의 허가를 받은 것으로 본다. 다만, 이 법 시행일부터 1년이내에 제17조의 규정에 의한 시설기준에 적합하도록 시설을 갖추어야 하며 제10조의 규정에 의한 조사서를 작성·제출하여야 한다.
②환경처장관은 제1항 단서의 규정에 의하여 제출된 조사서의 심사결과에 따라 제18조제4항의 규정에 의한 필요한 조건을 붙일 수 있으며, 시설이 미비된 경우에는 6월내의 기간을 정하여 그 시설의 보완을 명할 수 있다.
③생략
제3조 생략
제4조 (계속중인 행위에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 식품위생법 또는 공중위생법의 규정에 의하여 행한 고시·행정처분 기타 행정기관의 행위 또는 각종 신청·신고 기타 행정기관에 대한 행위는 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 경우에는 이 법에 의한 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제5조 (벌칙적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 행한 식품위생법 또는 공중위생법의 위반행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 식품위생법 또는 공중위생법의 종전의 규정에 의한다.
제6조 (다른 법률의 개정) ①식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제8호를 삭제한다.
②및 ③생략
제7조 생략

부칙(국민건강증진법) <제4914호,1995.1.5>
제1조 (시행일) 이 법은 1995년 9월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 (국민영양조사에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 식품위생법 제70조의 규정에 의하여 실시된 국민영양조사는 제16조의 규정에 의하여 실시한 국민영양조사로 본다.
제3조 생략
제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ①생략
②식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제70조를 삭제한다.
③생략

부칙 <제5099호,1995.12.29>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 9월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제4조, 제7조, 제9조, 제16조의2 및 제22조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (동업자조합에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 설립·운영되고 있는 동업자조합은 제44조의 개정규정에 의하여 설립된 것으로 본다. 다만, 이 법 시행후 1년이내에 이 법에 적합하도록 정관을 변경하여 보건복지부장관의 인가를 받아야 한다.
제3조 (식품공업협회의 회원에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 협회의 회원이 된 자는 제52조제3항의 개정규정에 의하여 협회의 회원이 된 것으로 본다.
제4조 (처분등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 행하여진 처분·신청·신고 기타 행정기관에 대한 행위는 이 법에 의하여 행하여진 처분·신청·신고 기타 행정기관에 대한 행위로 본다.

부칙(행정절차법의시행에따른공인회계사법등의정비에관한법율) <제5453호,1997.12.13>
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략