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제49조(고충처리)
①교육공무원은 누구나 근무조건 또는 인사관리 기타 신상문제에 대하여 인사상담이나 고충의 심사를 청구할 수 있으며, 청구를 받은 임용권자 또는 임용제청권자는 이를 고충심사위원회에 부의하여 심사하게 하고, 그 결과에 따라 고충의 해소등 공정한 처리를 위하여 노력하여야 한다.
②교육공무원의 인사상담 및 고충을 심사하게 하기 위하여 교육부에 교육공무원중앙고충심사위원회를, 임용권자 또는 임용제청권자 단위로 교육공무원보통고충심사위원회를 둔다.<개정 1990·12·27>
③교육공무원중앙고충심사위원회는 교육공무원보통고충심사위원회의 심사를 거친 재심청구와 부교수이상의 대학교원·교장·원장·장학관·교육연구관의, 교육공무원보통고충심사위원회는 소속조교수이하의 대학교원·교감·원감·교사·장학사·교육연구사의 인사상담 및 고충을 각각 심사한다.
④임용권자 또는 임용제청권자는 심사결과 필요하다고 인정될 때에는 처분청 또는 관계기관의 장에 대하여 그 시정을 요청할 수 있으며, 처분청 또는 관계기관의 장은 그 처리결과를 통지하여야 한다.
⑤고충심사위원회의 구성·권한·심사절차 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부칙 <제3458호,1981.11.23>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 40일이 경과한 날로부터 시행한다.
제2조 (부총장보직에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 재직중인 대학교의 부총장은 그 잔임기간중 이 법에 의하여 보직된 것으로 본다.
제3조 (교장의 임용에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 재직중인 교장은 이 법에 의하여 임명된 것으로 본다.
제4조 (징계처분 및 직위해제중인 교육공무원에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 징계처분중에 있는 자와 종전의 제51조의2제2항의 규정에 의하여 직위해제된 자에 대한 처리는 종전의 규정을 적용한다.
제5조 (휴직 및 직위해제중인 교육공무원의 보수에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제47조제1항제2호 또는 제6호의 사유로 휴직된 교육공무원과 종전의 제51조의2제1항 또는 제2항의 사유로 직위해제중인 교육공무원의 보수는 대통령령으로 정할 때까지는 종전의 규정에 의하여 지급한다.
제6조 (명예퇴직수당에 대한 경과조치) 제36조의 규정에 의한 명예퇴직수당은 대통령령으로 정할 때까지는 종전의 제35조의2의 규정에 의하여 지급한다.
제7조 (자격증등에 대한 경과조치) 이 법 시행당시에 종전의 법률의 규정에 의하여 인정된 교원의 자격 또는 자격증은 계속 그 효력이 있는 것으로 본다.
제8조 (사립학교법의 개정) 사립학교법중 다음과 같이 개정한다.
제22조제1호중 "교육공무원법 제16조"를 "국가공무원법 제33조"로 한다.
제54조의3제1항제3호중 "교육공무원법 제35조의2"를 "국가공무원법 제49조"로 한다.
제58조의2를 다음과 같이 한다.
제58조의2 (국가공무원법의 준용) 국가공무원법 제73조의2의 규정은 이를 사립학교 교원에게 준용한다. 이 경우 준용규정중 "임용권자 또는 임용제청권자"는 "임면권자"로 본다.
제9조 (서울대학교병원설치법의 개정) 서울대학교병원설치법중 다음과 같이 개정한다.
제11조중 "교육공무원법 제43조의 규정에 의하여 준용되는 국가공무원법 제64조"를 "국가공무원법 제64조"로 한다.
제10조 (문화보호법의 개정) 문화보호법중 다음과 같이 개정한다.
제8조제2항 및 제22조제2항중 "교육공무원법 제16조"를 각각 "국가공무원법 제33조"로 하고, 동법 부칙 제2항중 "교육공무원법 제46조제1항제1호"를 "국가공무원법 제70조제1항제1호"로 한다.

부칙 <제3953호,1987.11.28>
이 법은 1988년 1월 1일부터 시행한다.

부칙(교육법) <제4009호,1988.4.6>
제1조 (시행일) 이 법은 1988년 5월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 생략
제4조 생략
제5조 생략
제6조 생략
제7조 생략
제8조 (교육장의 임명에 관한 경과조치) 이 법 적용 당시까지 시·군교육장 및 서울특별시·직할시의 교육구청장은 시·도교육감의 추천으로 문교부장관의 제청에 의하여 국무총리를 거쳐 대통령이 임명하되, 시·군교육장은 제45조의 개정규정에 불구하고 종전의 교육공무원법 [별표]의 규정에 의한 자격기준에 해당되는 자이어야 한다.
제9조 생략
제10조 생략
제11조 생략
제12조 생략
제13조 생략
제14조 생략
제15조 생략
제16조 (다른 법률의 개정) 교육공무원법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항제2호중 "교육감·교육장·"을 삭제하고, 동조제3항중 "군"을 "군 및 자치구"로 한다.
제9조중 "교육장·"을 삭제한다.
제22조중 "교육감"을 "특별시·직할시·도교육장"으로 한다.
제29조의 제목 "(교육감·장학관등의 임용)"을 "(장학관등의 임용)"으로 하고, 동조제1항중 "교육감·교육장·" 및 동조제2항중 "(교육감을 제외한다)"와 동조제3항을 각각 삭제한다.
[별표]중 교육장란을 삭제한다.
제17조 생략

부칙(정부조직법) <제4268호,1990.12.27>
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 생략
제4조 (문교부의 명칭변갱에 따른 다른 법률의 개정) ①내지 <17>생략
<18>교육공무원법중 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항·제3항, 제4조, 제22조, 제24조제1항·제2항, 제25조제1항·제3항, 제27조제1항, 제29조제1항·제2항, 제30조, 제33조, 제40조제3항·제5항 및 제44조제1항제8호중 "문교부장관"을 각각 "교육부장관"으로 한다.
제3조제3항중 "문교부차관"을 "교육부차관"으로 한다.
제2조제3항, 제3조제1항 및 제49조제2항중 "문교부"를 각각 "교육부"로 한다.
제23조중 "문교부령"을 "교육부령"으로 한다.
<19>내지 <50>생략
제5조 생략
제6조 생략
제7조 생략
제8조 생략
제9조 생략
제10조 생략