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제39조(전문연구요원 및 산업기능요원의 복무)
①전문연구요원 및 산업기능요원은 해당 분야에서 다음 각호의 구분에 의한 기간동안 의무종사를 하여야 하며, 그 기간을 마친 때에는 공익근무요원의 복무를 마친 것으로 본다. 이 경우 제37조제2호의 규정에 의한 전문연구요원의 경우 박사학위과정의 수학기간은 의무종사기간에 산입하지 아니한다. [개정 2003.09.03, 2004.12.31] [[시행일 2005.7.1]]
1. 전문연구요원은 3년
2. 산업기능요원은 2년 10월. 다만, 공익근무요원소집대상보충역에서 편입된 산업기능요원은 2년 2월로 한다.
②전문연구요원 및 산업기능요원에 대하여는 제55조의 규정에 의한 교육소집을 실시하며, 그 교육소집기간은 의무종사기간에 산입한다.
③전문연구요원 또는 산업기능요원은 편입당시지정업체의 해당분야에 종사하여야 한다. 다만, 지정업체의 폐업등 대통령령이 정하는 경우와 종사하는 지정업체의 변경,관련업무 수행을 위한 파견·교육훈련, 학문 및 기술의 지도 기타 부득이한 사유로 인하여 편입당시 지정업체의 해당분야에 종사시킬 수 없어 대통령령이 정하는 바에 의하여 관할지방병무청장의 승인 또는 허가를 받은 경우에는 그러하지 아니하다. [개정 97·1·13]
④전문연구요원 및 산업기능요원에 편입될 사람은 제1항의 의무종사기간중 성실히 종사하겠다는 서약서(誓約書)를 제출하여야 한다.
⑤전문연구요원 및 산업기능요원이 종사하여야 할 해당분야, 의무종사기간의 계산, 서약등 복무에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부칙
제1조 (시행일) 이 법은 1994년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제11조의 규정에 의한 거주지 징병검사와 제29조의 규정에 의한 공익근무요원소집은 1995년 1월 1일부터 시행한다. 이 경우 1994년 12월 31일까지의 징병검사는 종전의 제11조(제3항을 제외한다)의 규정에 의한다.
제2조 (폐지법률) ①병역의무의특례규제에관한법률(이하 "특례규제법"이라 한다)은 이를 폐지한다.
②종전의 병역법 및 제1항의 규정에 의하여 폐지되는 특례규제법에 의한 대통령령 및 국방부령은 이 법에 저촉되지 아니하는 한 이 법에 의한 대통령령 및 국방부령이 제정될 때까지 그 효력을 가진다.
제3조 (보충역에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 보충역은 이 법에 의한 보충역으로 본다. 다만, 부칙 제4조제3항 및 제11조의 규정에 의하여 제2국민역으로 편입된 사람을 제외한다.
제4조 (보충역의 방위소집실시등에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 방위소집대상자(1993년 12월 31일이전에 징병검사를 받은 사람으로서 1994년 1월 1일부터 1994년 12월 31일까지 보충역으로 병역처분이 변경된 사람을 포함한다)에대하여는 1994년 12월 31일까지 종전의 규정에 의하여 방위소집을 실시하되, 1994년 12월 31일까지 방위소집이 되지 아니한 사람은 공익근무요원으로 소집하여 1년 6월 복무하게 한다. 다만, 1972년 12월 31일이전에 출생한 사람으로서 종전의 제54조제1항제2호 또는 제3호에 해당하는 사람은 원에 의하여 그 방위소집복무기간 또는 공익근무요원복무기간을 6월로 단축할 수 있다. [개정 94·12·31]
②적 또는 무장공비의 침투가 예상되는 해안등의 취약지역(취약지역)과 농어촌지역에 거주하는 현역병입영대상자에 대하여는 1994년 12월 31일까지 종전의 규정에 의하여 보충역에 편입하여 방위소집을 실시할 수 있다.
③이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 방위소집되어 복무중인 사람, 제1항 또는 제2항의 규정에 의한 방위소집대상자 또는 방위소집된 사람이 제62조제1항제1호 또는 제65조제1항제3호에 해당하는 때에는 제2국민역으로 편입할 수 있다.
④이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 방위소집되어 복무중인 사람, 제1항 또는 제2항의 규정에 의한 방위소집대상자 및 방위소집된 사람에 대한 병역의무의 감면등에관하여는 종전의 제55조제3항, 제57조제1항(제3호를 제외한다), 제58조, 제60조 및 1991년 2월 1일전의 병역법 제55조제2항(이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 방위소집되어 복무중인 사람 및 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 방위소집되어 복무하는 사람으로서 1972년 12월 31일전에 출생한 사람에 한한다)의 규정에 의한다.
⑤이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 방위소집되어 복무중인 사람, 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 방위소집되어 복무하는 사람의 복무는 종전의 규정에 의하되, 영창일수는 복무기간에 이를 산입한다.
⑥이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 방위소집되어 복무중인 사람, 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 방위소집되어 복무하는 사람의 보상 및 가료는 종전의 제65조제1항 및 제2항의 규정에 의한다.
⑦이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 방위소집대상자로서 정당한 사유없이 방위소집을 기피하고 있는 사람 및 제1항 또는 제2항의 규정에 의한 방위소집을 정당한 사유없이 기피하는 사람의 소집의무 면제연령에 관하여는 제71조제1항제1호의 규정을 준용한다.
제5조 (특례보충역등에 대한 경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 특례규제법에 의하여 연구요원 또는 기능요원으로서의 특례보충역에 편입되어 복무중인 사람은 제36조의 규정에 의한 전문연구요원 또는 산업기능요원으로 본다.
②부칙 제4조제1항의 규정에 의한 방위소집대상자는 제36조의 규정에 불구하고 1994년 12월 31일까지는 전문연구요원 또는 산업기능요원으로 편입할 수 있다.
③이 법 시행당시 전문연구요원 또는 산업기능요원이나 제2항의 규정에 의하여 편입되는 전문연구요원·산업기능요원으로서 1994년 12월 31일까지 그 편입이 취소된 사람의 방위소집에 관하여는 부칙 제4조의 규정에 의한다.
④이 법 시행당시 종전의 법률 제4157호 특례규제법 부칙 제4조·제5조·제6조· 제7조·제9조 또는 제11조제1항의 규정을 적용받는 사람에 대한 전임·특례보충역편입·예비역장교등의 병적편입 또는 복무에 관하여는 1990년 4월 1일전의 병역법 또는 대학원졸업생등의병역특례에관한특별조치법 의 규정에 의한다.
⑤제4항의 규정에 의한 사람중 예술·체능특기자로서 특례보충역에 편입되었거나 편입되는 사람의 복무기간은 제4항의 규정에 불구하고 제26조제1항제3호의 규정에 의한 공익근무요원의 의무복무기간으로 한다.
⑥제4항의 규정에 의한 사람중 의무예비역장교의 병적에 편입되었거나 편입되는 사람은 제1항 및 제34조의 규정에 불구하고 공중보건의사 또는 국제협력의사로 종사하게 할 수 있다.
⑦제4항의 규정에 의한 사람(종전의 법률 제4157호 특례규제법 부칙 제11조제1항의 규정을 적용받는 사람을 제외한다)이 1990년 4월 1일전의 병역법 제43조제3항· 제46조제2항 또는 제51조제2항의 규정에 해당되는 경우에는 제71조의 규정에 불구하고현역병으로 입영하게 하거나 공익근무요원으로 소집한다. 다만, 1994년 12월 31일까지는 방위소집대상자에 해당하는 사람은 부칙 제4조의 규정에 의하여 방위소집한다.
⑧종전의 법률 제4157호 특례규제법 부칙 제11조제1항의 규정을 적용받는 사람이 1990년 4월 1일전의 병역법 제43조제3항·제46조제2항 또는 제51조제2항의 규정에 해당하는 경우에는 1990년 4월 1일전의 병역법에 의하여 현역병으로 입영하게 하거나 방위소집하되, 1995년 1월 1일부터는 현역병입영대상자에 해당하지 아니하는 사람은 공익근무요원으로 소집한다. 이 경우 방위소집은 부칙 제4조의 규정에 의한다.
⑨이 법 시행당시 종전의 특례규제법 제16조의 규정에 의하여 군사교육을 받은 사람은 이 법에 의한 교육소집을 받은 것으로 본다.
제6조 (병력동원소집대상자에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 방위소집되어 복무중인 사람 및 방위소집복무를 마친 사람과 부칙 제4조제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 방위소집되어 복무중인 사람 및 방위소집복무를 마친 사람은 이 법에 의한 병력동원소집대상자로 본다.
제7조 (교육소집대상자등에 관한 경과조치) 다음 각호의 1에 해당하는 사람은 제53조 및 제55조제1항의 규정에 의한 전시근로소집대상자 또는 교육소집대상자로 본다. [개정 97·1·13]
1. 부칙 제4조제3항의 규정에 의하여 제2국민역에 편입된 사람
2. 부칙 제11조의 규정에 의하여 제2국민역에 편입된 사람
3. 종전의 제58조제2항의 규정에 의하여 방위소집이 면제된 사람
제8조 (학생군사교육을 받은 사람의 복무기간단축에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 고등학교이상의 학교에 재학하는 학생으로서 군사교육을 받은 사람에 대한 방위병의 복무기간단축에 관하여는 제57조제1항의 규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제9조 (의무·법무·군종장교등의 복무기간에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제50조의 규정에 의하여 의무·법무 또는 군종분야의 현역장교의 병적이나 특수병과사관후보생병적에 편입된 사람과 기본병과분야의 현역장교의 병적에 편입된 사람의 복무기간에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제10조 (특수병과사관후보생의 병적에서 제적된 사람등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 특수병과사관후보생의 병적에서 제적된 사람의 방위소집에 관하여는 제58조제3항의 규정에 불구하고 1994년 12월 31일까지는 부칙 제4조의 규정에 의한다.
제11조 (가사사정등으로 인하여 보충역으로 편입된 사람등에 대한 제2국민역편입에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제54조제1항제1호 또는 제57조제1항제3호의 규정에 의하여 보충역에 편입된 사람, 방위소집이 면제되거나 해제된 보충역은 제62조제1항제1호 또는 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 제2국민역에 편입된 것으로본다.
제12조 (가사사정으로 인한 복무기간의 단축등에 관한 경과조치) 종전의 제54조제1항제2호 또는 제3호에 해당하는 사람에 대한 병역감면은 다음의 구분에 의한다.
1. 1972년 12월 31일이전에 출생한 사람은 현역병(제21조·제24조 및 제25조의 규정에의하여 복무하는 사람을 포함한다) 또는 공익근무요원의 복무기간을 제63조 및 종전의제55조제2항의 규정에 불구하고 6월로 단축할 수 있다.
2. 1974년 12월 31일전에 출생한 사람은 제62조제1항 및 제63조제2항의 규정에 불구하고 종전의 제54조 및 제55조제2항의 규정에 의한다.
3. 이 법 시행당시 종전의 특례규제법 제5조 또는 제6조의 규정에 의하여 전임된 사람은 종전의 특례규제법 제7조제2항의 규정에 의한다.
제13조 (국외여행신고에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 방위소집복무를 마친 사람 및 방위소집이 면제된 사람과 부칙 제4조의 규정에 의하여 방위소집복무를 마친 사람 및 방위소집이 면제된 사람은 이 법에 의한 국외여행신고대상자로 본다.
제14조 (병역특례심의위원회등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 특례규제법 제9조의 규정에 의한 병역특례심의위원회는 이 법의 규정에 의한 병무심의위원회가 구성될 때까지 존속하며, 그 때까지 이 위원회에서 행한 행위는 이 법의 규정에 의한 병무심의위원회가 행한 것으로 본다.
제15조 (행정처분등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정 또는 종전의 특례규제법에 의하여 병무청장, 지방병무청장등이 행한 병역처분 기타 행정기관의 행위 또는 각종 출원 기타 행정기관에 대한 행위는 그에 해당하는 이 법에 의한 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제16조 (벌칙에 관한 경과조치) ①이 법 시행전의 병역법 또는 특례규제법의 위반행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 병역법 또는 특례규제법에 의한다. 다만, 종전의 병역법 제73조제1항의 규정에 의한 신고불이행자에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 제84조제1항을 적용한다.
②부칙 제4조제1항 또는 제2항의 규정에 의한 방위소집의 입영을 기피한 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 제88조제1항의 규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제17조 (다른 법률의 개정) ①전투경찰대설치법중 다음과 같이 개정한다.
1. 제2조의3제1항중 "병역의무의특례규제에관한법률 제5조제1항"을 "병역법 제24조제1항"으로 하고, 동조제2항 및 제3항중 "병역의무의특례규제에관한법률 제5조제2항을" 각각 "병역법 제24조제2항"으로 한다.
2. 제3조제1항중 "병역의무의특례규제에관한법률 제5조제1항"을 "병역법 제24조제1항"으로 하고, 동조제2항중 "병역의무의특례규제에관한법률 제5조제2항"을 "병역법 제24조제2항"으로 하며, 동조제3항중 "병역의무의특례규제에관한법률 제5조제2항"을 "병역법 제24조제2항"으로, "방위소집대상자"를 "병역법 제26조제1항제1호의 규정에 의한 공익근무요원소집대상자"로 한다.
②교정시설경비교도대설치법중 다음과 같이 개정한다. 제3조중 "병역의무의특례규제에관한법률 제6조"를 "병역법 제25조"로 한다.
③농어촌등보건의료를위한특별조치법중 다음과 같이 개정한다.
1. 제2조제1항중 "병역의무의특례규제에관한법률 제8조 및 제12조의 규정에 의하여 특례보충역에 편입된 의사 또는 치과의사"를 "병역법 제34조제1항의 규정에 의하여 공중보건의사에 편입된 의사·치과의사 또는 한의사"로 한다.
2. 제4조중 "병역의무의특례규제에관한법률 제8조 및 제12조의 규정에 의하여 특례보충역에 편입된 의사 또는 치과의사"를 "병역법 제34조제1항의 규정에 의하여 공중보건의사에 편입된 의사·치과의사 또는 한의사"로 한다.
3. 제5조제1항 및 제13조제1항중 "의사 또는 치과의사"를 각각 "의사·치과의사 또는 한의사"로 한다.
4. 제7조제1항중 "병역의무의특례규제에관한법률 제13조의 규정에 의하여 방위소집복무를 마친 것으로 본다"를 "병역법 제34조제2항의 규정에 의하여 공익근무요원복무를 마친 것으로 본다"로 한다.
5. 제9조제1항중 "병역법 제50조제5항의 규정에 의하여 의무분야의 현역장교의 병적에편입된 자가 받는 군사교육기간외에"를 "병역법 제55조의 규정에 의하여 받는 교육소집기간외에"로 한다.
④군형법중 다음과 같이 개정한다.
제1조제3항제2호중 "병역법 제49조"를 "병역법 제57조"로 한다.
⑤군인보수법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항중 "(방위소집·병력동원훈련소집 또는 교육소집된 자를 제외한다)"를 "(병력동원훈련소집 및 교육소집된 자를 제외한다)"로 한다.
⑥경찰대학설치법중 다음과 같이 개정한다. 제11조중 "병역법 제49조"를 "병역법 제57조"로 한다.
⑦세무대학설치법중 다음과 같이 개정한다. 제11조중 "병역법 제49조"를 "병역법 제57조"로 한다.
⑧방위산업에관한특별조치법중 다음과 같이 개정한다. 제11조제2항중 "병역의무의특례규제에관한법률"를 "병역법"으로 한다.
⑨군인사법중 다음과 같이 개정한다.
제6조제3항중 "병역법 제49조의"를 "병역법 제57조의"로 한다. 제11조제1항제3호중 "병역법 제49조"를 "병역법 제57조"로 하고, 동조제2항제4호중 "병역법 제49조"를 "병역법 제57조"로, "병역법 제72조제2항제6호"를 "병역법 제83조제2항제5호"로 한다.
제12조제1항제2호중 "의사 또는 치과의사국가시험"을 "의사·치과의사 또는 한의사국가시험"으로 한다.
제15조제1항 단서중 "법무, 의무 및 군종장교로서 임용되는 자는"을 "법무·의무 및 군종장교로서 임용되는 자와 판사·검사 또는 변호사의 자격이 있는 자나 5급 공개경쟁채용시험에 합격한 자로서 기본병과장교에 임용되는 자는"으로 한다. 제26조제4항중 "병역법 제49조"를 병역법 제57조"로 한다.
⑩국가유공자예우등에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제4조제1항제4호중 "방위소집해제"를 "상근예비역소집해제"로 한다. 제5조제5항중 "방위병으로 소집된 자와 병역의무의특례규제에관한법률 제5조 및 제6조"를 "상근예비역으로 소집된 자, 병역법 제26조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 공익근무요원으로 소집된 자, 병역법 제24조 및 제25조"로 한다.
제18조 (다른 법률개정에 따른 경과조치) ①전투경찰대설치법 제3조제3항의 개정규정에 불구하고 방위소집대상자에 대하여는 1994년 12월 31일까지는 종전의 규정에 의한다.
②군인보수법 제2조제1항의 개정규정에 불구하고 방위소집된 사람에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
③국가유공자예우등에관한법률 제4조제1항제4호 및 제5조제5항의 개정규정에 불구하고 방위소집이 해제된 사람 또는 해제되는 사람과 방위소집된 사람에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
제19조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 병역법 또는 특례규제법의 규정을 인용 또는 준용한 경우에 이 법에서 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당조항을 각각 인용 또는 준용한 것으로 본다.

부칙 [94·12·31]
①(시행일) 이 법은 1995년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제79조제2항의 개정규정은 1996년 1월 1일부터 시행한다.
②(공중보건의사의 편입 취소등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 제35조제1항제3호에 해당하는 공중보건의사의 편입취소·현역병으로의 입영 또는 공익근무요원으로의 소집에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
③(공익법무관의 복무기간에 관한 경과조치) 1993년 12월 31일이전에 법무분야의 특수병과사관후보생의 병적에 편입된 사람으로서 법무분야의 현역장교의 병적에 편입되지 아니하고 공익법무관으로 편입된 사람의 복무기간은 1993년 12월 31일이전에 법무분야의 특수병과사관후보생의 병적에 편입된 사람으로서 법무분야의 현역장교의 병적에 편입된 사람의 복무기간과 같은 기간으로 한다. 이 경우 제55조제1항의 규정에 의한 교육소집기간과 공익법무관에관한법률에 의한 직무교육소집기간은 이를 복무기간에 산입한다.
④(학군무관후보생과정출신장교등의 복무기간에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 복무중인 제57조의 규정에 의한 학군무관후보생과정 출신의 장교 또는 하사관과 학군무관후보생과정을 이수중인 사람의 복무기간은 종전의 규정에 의한다.
⑤(장교등의 보충역편입에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 보충역에 편입된 장교·준사관 또는 하사관으로서 제66조제3항 내지 제5항의 규정에 의하여 보충역 편입처분이 취소되지 아니한 사람은 제66조제1항의 개정규정에 의하여 보충역의 장교·준사관 또는 하사관으로 편입된 것으로 본다. 이 경우 종전의 규정에 의하여 보충역에 편입된 장교·준사관 또는 하사관이 사망으로 인하여 보충역 편입처분이 취소되지 아니한 때에도 또한 같다.

부칙 [96·8·8]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 30일이내에 제41조의 개정규정에 의한 해양수산부와 해양경찰청의 조직에 관한 대통령령의 시행일부터 시행한다. [1996·8·8 대통령령 제15135호에 의하여 공포한 날부터 시행]
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [96·8·16]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(보상등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 제26조제1항제1호의 규정에 의한 공익근무요원으로 복무중 순직한 사람의 유족과 공상 또는 공무상질병으로 인하여 제2국민역에 편입되거나 병역이 면제된 사람 및 그 가족등에 대하여는 제75조 및 제75조의2의 개정규정에 의하여 보상을 행한다.

부칙 [97·1·13]
제1조 (시행일) 이 법은 1997년 5월 1일부터 시행한다.
제2조 (적용례) 제41조제4항의 개정규정은 이 법 시행일 이후에 전문연구요원 또는 산업기능요원의 편입취소사유가 발생한 경우부터 적용한다.
제3조 (상근예비역소집대상자의 선발에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 상근예비역소집대상으로 지원한 사람은 종전의 규정에 의하여 상근예비역소집대상자로선발한다.
제4조 (지정업체 선정에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 지정업체로 선정된 연구기관·기간산업체 및 방위산업체는 이 법의 규정에 의하여 지정업체로 선정된 것으로 본다.
제5조 (다른 법률의 개정) 향토예비군설치법중 다음과 같이 개정한다. 제13조제2항중 "전시근무소집"을 "전시근로소집"으로 한다.

부칙 [97·12·13]
이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]

부칙 [99·2·5 법5757]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제2조제1항제6호·제9조·제10조·제 11조제1항 및 제69조의 개정규정은 1999년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 (적용례) ①제33조제1항의 규정에 의한 정당한 근무명령에 따르지 아니한 사람에 대한 경고처분은 1999년 1월 1일이후에 경고사유가 발생한 경우부터 적용하고, 1998년 12월 31일이전에 종전의 제33조제1항제4호의 규정에 의하여 공익근무요원의 취소사유에 해당하는 자에 대하여는 제33조제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
②제71조제1항제6호 내지 제8호의 개정규정은 1969년 1월 1일이후 출생자부터 이를 적용한다.
제3조 (공익근무요원의 소집 등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제26조제1항제2호의 규정에 의한 공익근무요원은 2000년 12월 31일까지 소집하고, 그 소집·복무 및 소집해제 등에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제4조 (의무예비역장교에 대한 징병전담의사 편입에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 법률 제4685호 병역법개정법률 부칙 제5조제4항 및 제6항의 규정이 적용되는 사람은 제34조의 개정규정에 불구하고 징병전담의사로 편입할 수 있다.
제5조 (행정처분 등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 병무청장·지방병무청장 등이 행한 병역처분 기타 행정기관의 행위 또는 각종 출원 기타 행정기관에 대한 행위는 각각 그에 해당하는 이 법에 의한 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제6조 (벌칙 및 과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙 또는 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제7조 (다른 법률의 개정) ①교정시설경비교도대설치법중 다음과 같이 개정한다. 제3조중 "전임"을 "전환복무"로 한다.
②군형법중 다음과 같이 개정한다.
제1조제2항 단서중 "전임"을 "전환복무"로 한다.
③전투경찰대설치법중 다음과 같이 개정한다. 제2조의3의 제목중 "전임"을 "전환복무"로 하며, 동조제1항 내지 제3항중 "전임"을 각각 "전환복무"로 한다.
제3조의 제목 "(전임대상자의 요청 및 추천)"을 "(전환복무대상자의 요청 및 추천)"으로 하며, 동조제1항 내지 제3항중 "전임대상자"를 각각 "전환복무대상자"로 한다.
제8조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 병역법의 규정을 인용 또는 준용한 경우 이 법에 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법의 해당 규정을 각각 인용 또는 준용한 것으로 본다.

부칙 [99·2·5 법5758]
제1조 (시행일) 이 법은 2000년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제9조 생략
제10조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ⑩생략
⑪병역법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항제14호중 "농어촌발전특별조치법 제7조의 규정에 의한 농업회사법인"을 "농업·농촌기본법 제16조의 규정에 의한 농업회사법인"으로 한다.
제36조제5항중 "농어촌발전특별조치법 제4조의 규정에 의한 농업인후계자 및 어업인후계자(이하 "농·어업인후계자"라 한다)"를 "농업·농촌기본법 제12조의 규정에 의한 후계농업인 및 농어촌발전특별조치법 제4조의 규정에 의한 어업인후계자(이하 "후계자·어업인"이라 한다)"로 한다.
제38조 본문중 "농·어업인후계자를"을 "후계농·어업인을"로 하고, 동조제4호중 "농·어업인후계자"를 "후계농·어업인"으로 한다.
제40조 본문중 "농·어업인후계자"를 "후계농·어업인"으로 한다.
⑫ 내지 <19>생략
제11조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 농업기본법, 농산물가격유지법 및 농수산물수출진흥법의 규정을 인용하고 있는 경우에 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당규정을 인용한 것으로 본다.

부칙 [99·12·28]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제7조제1항, 제36조제5항, 제70조제1항·제2항·제5항, 제78조제1항·제2항, 제83조제2항제7호 및 제84조의 개정규정은 2000년 1월 1일부터 시행한다.
②(행정처분 등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 행한 병역처분·명령 기타 병무지청장의 행위 또는 신청·신고 기타 병무지청장에 대한 행위는 각각 그에 해당하는 지방병무청장의 행위 또는 지방병무청장에 대한 행위로 본다.
③(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2000·12·26 법6287]
①(시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제2조제1항제9호, 제26조제1항제4호·제2항, 제27조제2항, 제28조제1항, 제29조제1항제2호, 제31조제7항·제8항, 제32조제4항·제5항, 제33조제2항·제5항, 제68조제1호 및 제71조제1항제2호의 개정규정은 2001년 1월 1일부터 시행한다.
②(다른 법률의 개정) 국제협력요원에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제2조제1호 및 제4조제1항중 "병역법 제26조제1항제2호"를 각각 "병역법 제26조제1항제4호"로 한다.
제11조제2항중 "병무청장"을 "지방병무청장"으로 한다.
③(처분 등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 행정기관이 행한 결정·편입 등 행위 또는 배정요청·추천 등 행정기관에 대한 행위는 이 법에 의한 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.

부칙 [2000·12·26 법6290]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [2001. 8. 14]
제1조(시행일) 이 법은 공포후 1월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 개정) ①교정시설경비교도대설치법중 다음과 같이 개정한다.
제3조중"병역법 제25조"를 "병역법 제24조"로 한다.
②전투경찰대설치법중 다음과 같이 개정한다.
제2조의3제1항중 "병역법 제24조제1항"을 "병역법 제24조제2항"으로 하고, 동조제2항 및 제3항중 "병역법 제24조제2항"을 각각 "병역법 제25조제1항"으로 한다.
제3조제1항중"병역법 제24조제1항"을 "병역법제24조제2항"으로 하고, 동조제2항 및 제3항중 "병역법 제24조제2항"을 각각 "병역법 제25조제1항"으로 한다.

부칙 [2001.12.29]
이 법은 2002년 7월 1일부터 시행한다.

부칙 [2002.12.05]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2002.12.26]
이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2003.09.03]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제37조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제18조제2항ㆍ제19조제1항ㆍ제30조제1항 및 제39조제1항의 개정규정은 2003년 10월 1일부터 시행한다.
제2조 (현역병지원 신체검사에 관한 적용례) 제11조제5항, 제12조제1항ㆍ제3항, 제13조제1항 및 제14조제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 실시하는 현역병지원 신체검사부터 적용한다.
제3조 (현역병 등 입영신체검사 귀가자에 관한 적용례) 제17조 및 제58조제5항ㆍ제6항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 입영부대장이 실시하는 신체검사를 받은 사람부터 적용한다.
제4조 (현역병 등의 복무기간 등에 관한 적용례) 제18조제2항ㆍ제19조제1항ㆍ제30조제1항 및 제39조제1항의 개정규정에 의한 현역병ㆍ공익근무요원ㆍ전문연구요원 및 산업기능요원의 복무기간 또는 의무종사기간은 2003년 10월 1일 이후 입영하거나 소집ㆍ편입되는 사람부터 적용한다.
제5조 (전문연구요원 등에의 편입 등에 관한 적용례) 제38조의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 전문연구요원 또는 산업기능요원으로 편입 또는 전직하고자 하는 사람부터 적용한다.
제6조 (복무 중인 현역병 등의 복무기간 등에 관한 특례) 2003년 9월 30일 이전에 입영하거나 소집ㆍ편입된 사람의 복무기간 및 의무종사기간은 제18조제2항ㆍ제19조제1항ㆍ제30조제1항 및 제39조제1항의 개정규정과 병력수급사정 등을 고려하여 단축이 되도록 하되, 입영시기별 구체적인 단축기간은 현역병의 경우에는 국방부장관이 정하는 바에 의하고, 공익근무요원ㆍ전문연구요원 및 산업기능요원의 경우에는 병무청장의 요청에 따라 국방부장관이 정하는 바에 의한다.

부칙 [2003.12.11 (농업농촌기본법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①병역법중 다음과 같이 개정한다.
제36조제5항 전단중 "후계농업인"을 "후계농업경영인"으로 한다.
② 및 ③ 생략
제4조 생략

부칙 [2004.3.11 제7186호(정부조직법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각호의 사항은 각호의 구분에 의한 날부터 시행한다.
1. 제2조제7항, 제33조제1항(민방위ㆍ재난관리 제도에 관한 사항에 한한다)ㆍ제6항 및 제7항의 개정규정과 부칙 제2조제1항(민방위ㆍ재난관리 및 소방에 관한 사항에 한한다)ㆍ제2항, 부칙 제4조 (제9항을 제외한다) 및 부칙 제5조제2항의 규정은 이 법 공포후 3월 이내에 제33조제6항의 개정규정에 의한 소방방재청의 조직에 관한 대통령령이 시행되는 날
2. 제33제1항(복무 및 연금관리에 관한 사항에 한한다), 제39조제1항 및 제42조의 개정규정과 부칙 제2조제1항(영유아 보육, 공무원의 인사관리 및 후생복지에 관한 사항에 한한다)ㆍ제3항, 부칙 제4조제9항 및 부칙 제5조제1항의 규정은 이 법 공포후 3월이 경과한 날
제2조 및 제3조 생략
제4조 ① 내지 ④ 생략
⑤병역법중 다음과 같이 개정한다.
제25조제1항제1호ㆍ제2항 단서ㆍ제3항 후단중 “행정자치부장관”을 각각 “소방방재청장”으로 한다.
⑥ 이하생략

부칙[2004.12.31 제7272호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(전문연구요원의 의무종사기간에 관한 적용례) 제39조제1항제1호의 개정규정은 이 법 시행 이후에 최초로 편입되는 전문연구요원부터 적용한다.
제3조(전문연구요원 또는 산업기능요원의 무단결근에 따른 신상이동통보에 관한 적용례) 제40조제2호의2 및 제41조제1항제1호의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 발생하는 전문연구요원 또는 산업기능요원의 무단결근부터 적용한다.
제4조(국적회복자의 입영의무 등의 면제연령 조정에 관한 적용례) 제71조제1항제11호의 개정규정은 이 법 시행후 국적회복허가를 받아 대한민국의 국적을 취득한 사람부터 적용한다.
제5조(입영기피자에 관한 적용례) 제88조제1항제1호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 입영통지서를 받은 사람부터 적용한다.
제6조(의무종사중인 전문연구요원의 의무종사기간에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 편입된 전문연구요원의 의무종사기간은 제39조제1항제1호의 개정규정을 고려하여 이를 단축한다. 이 경우 병무청장의 요청에 따라 국방부장관이 정하는 바에 의한다.
제7조(국외에서 가족과 같이 영주권 등을 얻어 병역면제처분을 받은 사람의 병역면제처분취소에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제64조제1항제3호 및 제65조제2항의 규정에 의하여 병역면제처분을 받은 사람의 병역면제처분취소에 관하여는 종전의 제65조제4항의 규정에 의한다.

부칙[2005.3.31 제7430호]
①(시행일) 이 법은 2005년 7월 1일부터 시행한다.
②(공익근무요원 등의 소집취소 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제95조 및 부칙 제3항의 규정에 따라 공익근무요원 · 전문연구요원 또는 산업기능요원의 보증인에게 과태료가 부과되거나 부과된 경우에 그 공익근무요원 · 전문연구요원 또는 산업기능요원의 소집취소 또는 편입취소에 관하여는 종전의 규정에 따른다.
③(과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제70조제1항 또는 제3항의 규정에 따라 국외여행허가 또는 기간연장허가를 받은 사람의 귀국보증인에 대한 과태료 부과 · 징수에 관하여는 종전의 규정에 따른다. 다만, 국외여행허가기간 또는 기간연장허가기간이 종료되지 아니한 사람의 귀국보증인에 대하여는 그러하지 아니하다.

부칙 [2005.5.31 제7541호]
①(시행일) 이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다.
②(채용시 우대에 관한 적용례) 제74조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 취업보호실시기관에서 시행하는 채용시험부터 적용한다.
③(경고처분에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제33조제1항의 규정에 의하여 받은 경고처분은 제33조제1항제1호 내지 제4호의 개정규정에 의한 경고처분으로 본다.