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제50조(국고부담경비)
다음의 경비는 국고가 부담한다. [개정 1994.8.3, 2001.12.29, 2003.8.6, 2005.7.13]
1. 제15조의 규정에 의한 예방접종약의 생산에 소요되는 경비
2. 국립예방시설에 관한 경비
3. 전염병예방 홍보에 관한 경비
4. 예방접종으로 인한 피해보상을 위한 경비
5. 역학조사요원의 교육·훈련에 관한 경비
6. 제23조제2항의 규정에 의한 전염병예방시설의 지정·운영에 소요되는 경비

부칙
제57조 본법에 저촉되는 종전의 법령은 이를 폐지한다.
제58조 본법의 시행기일은 각령으로 정한다.
[1957·2·28 대통령령 제1257호에 의하여 1957·5·28부터 시행]

부칙 [63·2·9]
이 법은 공포한 후 30일이 경과한 날로부터 시행한다.

부칙 [76·12·31]
이 법은 공포후 6월이 경과한 날로부터 시행한다.

부칙 [83·12·20]
①(시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날로부터 시행한다.
②(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [86·5·10]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 30일이 경과한 날로부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [93·12·27]
이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [94·8·3]
①(시행일) 이 법은 1995년 1월 1일부터 시행한다.
②(경과조치) 제54조의2의 규정에 의한 예방접종으로 인한 피해에 대한 국가보상은 이 법 시행전 1년이내에 발생한 예방접종으로 인한 피해에 대하여도 이를 적용할 수 있다.

부칙 [95·1·5]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [97·12·13 법5453]
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 생략

부칙 [97·12·13 법5454]
이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]

부칙 [99·2·8]
①(시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
②(소독업 허가에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 소독업의 허가를 받은 자는 제40조의3의 개정규정에 의하여 신고한 자로 본다.
③(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2000·1·12]
이 법은 2000년 8월 1일부터 시행한다. 다만, 제21조의3의 개정규정은 2005년 3월 1일부터 시행한다.

부칙 [2001.12.29.]
①(시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
②(심의위원회에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 예방접종심의위원회가 행한 자문은 이 법에 의한 예방접종심의위원회 또는 예방접종피해보상심의위원회가 행한 것으로 본다.
③(보상 결정기한에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 신청중인 보상신청 건에 대하여는 제54조의2제3항의 개정규정에 의한다.

부칙 [2003.05.29.(주택법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조 내지 제11조 생략
제12조 (다른 법률의 개정) ①내지 <30>생략
<31>전염병예방법중 다음과 같이 개정한다.
제40조의3제2항중 "주택건설촉진법에 의한 주택관리인이"를 "주택법에 의한 주택관리업자가"로 한다.
<32>내지 <47>생략
제13조 생략

부칙 [2003.08.06.]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제10조의2제2항 및 제4항의 개정규정은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2004.1.29.]
제1조 (시행일)
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제40조의6, 제40조의8제1항제3호ㆍ제4호, 제56조의2제1항의 개정규정은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (과태료에 대한 경과조치)
이 법 시행전의 행위에 대한 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제3조 (다른 법률의 개정)
①의료법중 다음과 같이 개정한다.
제64조제1항중 “국립보건원장”을 “질병관리본부장”으로 한다.
②약사법중 다음과 같이 개정한다.
제72조의5제1항중 “국립보건원장”을 “질병관리본부장”으로 한다.
③보건환경연구원법중 다음과 같이 개정한다.
제10조제1항중 “국립보건원”을 “질병관리본부”로 한다.
④의료기사등에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제28조중 “국립보건원장”을 “질병관리본부장”으로 한다.

부칙 [2005.3.31 제7454호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(행정처분 등에 관한 일반적 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 제40조의8제1항 · 제2항 또는 제40조의9의 규정에 의한 행정기관이 행한 처분은 이 법의 개정규정에 의한 행정기관이 행한 처분으로 본다.
②이 법 시행 당시 종전의 제23조제3항 · 제40조의3제1항 또는 제40조의4의 규정에 의한 행정기관에 대하여 행한 신고는 이 법의 개정 규정에 의한 행정기관에 대하여 행한 신고로 본다.

부칙 [2005.3.31 제7427호 (민법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제4편제2장(제778조 내지 제789조, 제791조 및 제793조 내지 제796조), 제826조제3항 및 제4항, 제908조의2 내지 제908조의8, 제963조, 제966조, 제968조, 제4편제8장(제980조 내지 제982조, 제984조 내지 제987조, 제989조 및 제991조 내지 제995조)의 개정규정과 부칙 제7조(제2항 및 제29항을 제외한다)의 규정은 2008년 1월 1일 부터 시행한다.
제2조 내지 제6조 생략
제7조(다른 법률의 개정)① 내지 [20] 생략
[21]전염병예방법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1호 본문 및 단서중 "호주 또는 세대주"를 각각 "세대주"로 하고, 동호 단서중 "가족"을 "세대원"으로 한다.
[22] 내지 [29] 생략

부칙 [2005.7.13 제7588호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제2조제1항제6호·제7호, 제2조제7항, 제4조제1항, 제5조의2 및 제29조제5항의 개정규정은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
②(고위험병원체의 이동신고에 관한 적용례) 제5조의2제1항의 개정규정 중 고위험병원체의 이동신고에 관한 사항은 이 법 시행 후 최초로 이동하는 고위험병원체분부터 적용한다.
③(예방접종기록의 보고에 관한 적용례) 제21조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 시행하거나 보고받은 기록분부터 적용한다.
④(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.