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제29조(회계의 구분)
①학교법인의 회계는 그가 설치·경영하는 학교에 속하는 회계와 법인의 업무에 속하는 회계로 구분한다.
②제1항의 규정에 의한 학교에 속하는 회계는 이를 교비회계와 부속병원회계(부속병원이 있는 경우에 한한다)로 구분할 수 있으며, 각 회계의 세입·세출에 관한 사항은 대통령령으로 정한다.
③제1항의 규정에 의한 법인의 업무에 속하는 회계는 이를 일반업무회계와 제6조의 규정에 의한 수익사업회계로 구분할 수 있다.
④제2항의 규정에 의한 학교에 속하는 회계의 예산은 당해 학교의 예산·결산자문위원회의 자문을 얻어 학교의 장이 편성하여 학교법인의 리사회가 심의·의결하고 학교의 장이 집행한다. <개정 1990.4.7>
⑤예산·결산자문위원회는 10인이상의 교직원으로 구성하되, 그 조직 및 운영에 관하여 필요한 사항은 정관으로 정한다. <신설 1990.4.7>
⑥제2항의 규정에 의한 교비회계에 속하는 수입은 다른 회계에 전출하거나 대여할 수 없다. 다만, 차입금의 원리금을 상환하는 경우에는 그러하지 아니한다.
[전문개정 1981.2.28]

부칙 <제1362호,1963.6.26>
제1조 (시행령) 이 법은 공포후 1월이 경과한 날로부터 시행한다.
제2조 (경과조치) ①이 법의 시행당시 제3조에 규정된 사립학교를 설치·경영하는 민법에 의한 재단법인은 이 법의 시행일로부터 6월이내에 그 조직을 학교법인으로 개편하여야 한다. 다만, 불가피한 사정으로 이 기간내에 그 조직을 변갱할 수 없다고 인정되는 재단법인에 대하여는 문교부장관은 1966년 12월 31일까지 그 기간을 연장할 수 있으며, 이 기간까지 특수한 사정으로 인하여 그 조직이 불가능하다고 문교부장관이 인정하는 재단법인에 있어서는 제3조의 규정에 불구하고 그 설치한 학교를 유지경영할 수 있다. 이 경우에 그 재단법인에 대하여는 다른 법령에 우선하여 이 법에 의한 학교법인에 관한 규정을 준용하고, 그가 설치·경영하는 학교에 대하여는 이 법에 의한 사립학교에 관한 규정을 적용한다.<개정 1964.11.10, 1965.12.30, 1967.1.16>
②전항의 규정에 의하여 재단법인이 학교법인으로 그 조직을 변갱함에 있어서는 제50조제2항 및 제50조의2의 규정을 준용한다.<개정 1963.12.16>
③전항의 경우에 당해 재단법인의 정관에 정관변갱에 리사회와 그외의 당해 재단법인의 기관의 의결을 요하게 하는 규정이 있고 그 재단법인의 리사의 전원 또는 과반삭가 림시리사인 때에는 리사회 이외의 기관의 의결을 거치지 아니하고 리사회의 의결만으로써 학교법인으로 조직변갱을 하기 위한 정관변갱을 할 수 있다.
④제1항의 규정에 의하여 학교법인으로 개편된 경우에 이 법 시행이전에 당해 재단법인에 대하여 행한 문교부장관의 처분은 이 법에 저촉되지 아니하는 범위안에서 개편된 학교법인에게 행한 것으로 본다.
⑤학교법인으로 개편된 경우에 그 개편전의 재단법인의 임원은 그대로 학교법인의 임원으로서 잔임기간동안 재임한다. 다만, 그 잔임기간이 5년이상일 때에는 이 법 시행일로부터 5년이 되는 날에 그 임기가 만료되는 것으로 본다.
⑥재단법인이 그 조직을 개편하여 학교법인이 된 경우에 그 재단법인이 학교경영으로 인하여 발생한 종전의 채권·채무는 개편된 학교법인이 이를 포괄계승한다.<신설 1964.11.10>
제3조 (동전) 이 법 시행당시 사립학교에 재직중에 있는 교원은 이 법에 의하여 임명된 것으로 본다.
제4조 삭제<1964.11.10>

부칙 <제1621호,1963.12.16>
이 법은 공포한 날로부터 시행한다.

부칙 <제1664호,1964.11.10>
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②(경과조치) 제50조의2제2항의 규정은 1963년 7월 25일부터 이를 적용한다.

부칙 <제1735호,1965.12.30>
이 법은 공포한 날로부터 시행한다.

부칙 <제1869호,1967.1.16>
이 법은 1967년 1월 1일부터 적용한다.

부칙 <제2396호,1972.12.28>
이 법은 공포한 날로부터 시행한다.

부칙 <제2587호,1973.3.10>
이 법은 공포한 날로부터 시행한다.

부칙 <제2649호,1973.12.20>
이 법은 1974년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 <제2775호,1975.7.23>
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법 시행당시 대학(사범대학 및 초급대학을 포함한다)에 근무하는 교원은 1976년 2월말일부로 제53조의2의 규정에 의하여 재임면하여야 한다.

부칙(지방세법) <제2945호,1976.12.31>
①(시행일) 이 법은 1977년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
②생략
③(타법률의 개정) 다른 법률중 일부를 다음과 같이 개정한다.
1. 내지 3. 생략
4. 사립학교법 제50조의2제2항중 "등록세법 제8조제2호 및 제3호"를 "지방세법 제13조제1항제2호 및 제3호"로 한다.
④내지 ⑧생략

부칙 <제2961호,1976.12.31>
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②(정관등의 제출) 이 법 시행당시의 학교법인 또는 사립학교 경영자는 이 법 시행일로부터 6월내에 제70조의2의 규정에 의한 정관 또는 규칙을 정하여 감독청에 제출하여야 한다.

부칙 <제3057호,1977.12.31>
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다. 다만, 전문대학에 관한 규정은 1979년 1월 1일부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법 공포당시 징계처분을 받은 자중 정직처분은 감봉 6월로, 근신처분은 근책처분을 받은 것으로 본다.
③(경과조치) 이 법 공포당시 종전의 규정에 의하여 설립된 초급대학·실업고등전문학교 및 전문학교는 대통령령이 정하는 기간까지 전문대학 또는 이에 준하는 각종학교로 개편하고 문교부장관의 인가를 받아야 한다.
④(경과조치) 이 법 공포당시의 초급대학으로서 부칙 제3항의 규정에 의하여 전문대학 또는 이에 준하는 각종학교로 개편되는 학교에 재직중인 교원은 그 개편된 당해 학교의 교원으로 임명된 것으로 보되, 그 임기는 종전의 예에 의한다.
⑤(경과조치) 이 법 공포당시의 실업고등전문학교 및 전문학교로서 부칙 제3항의 규정에 의하여 전문대학으로 개편되는 학교에 재직중인 교원에 대하여는 1979년 2월말일부로 제53조의2의 규정에 의하여 재임용하여야 한다.

부칙 <제3114호,1978.12.5>
이 법은 공포한 날로부터 시행한다.

부칙 <제3373호,1981.2.28>
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②(교원에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 대학교육기관에 근무하는 교원(학교의 장을 제외한다) 및 사무직원은 당해 학교의 장이 임명한 것으로 본다.
③(교원징계에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 교원징계위원회 및 재심위원회에 계속중인 징계 및 재심청구사건은 종전의 규정에 의한다.
④(학교장 임명제한에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 전문대학의 장으로 재직중인 자는 제54조의3제2항의 규정에 불구하고 그 직에서 해임될 때까지 재임할 수 있다.
⑤(학교장 임명제한에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 사립학교의 장으로 재직중인 자는 제54조의3제1항제3호의 규정에 불구하고 1981학년도말까지 재임할 수 있다.
⑥(벌칙에 대한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙(교육공무원법) <제3458호,1981.11.23>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 40일이 경과한 날로부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략
제8조 (사립학교법의 개정) 사립학교법중 다음과 같이 개정한다.
제22조제1호중 "교육공무원법 제16조"를 "국가공무원법 제33조"로 한다.
제54조의3제1항제3호중 "교육공무원법 제35조의2"를 "국가공무원법 제49조"로 한다.
제58조의2를 다음과 같이 한다.
제58조의2 (국가공무원법의 준용) 국가공무원법 제73조의2의 규정은 이를 사립학교교원에게 준용한다. 이 경우 준용규정중 "임용권자 또는 임용제청권자"는 "임용권자"로 본다.
제9조 및 제10조 생략

부칙 <제3812호,1986.5.9>
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법 시행당시 재임중인 리사는 그 임기만료시까지 이 법에 의하여 취임된 것으로 본다.

부칙 <제4226호,1990.4.7>
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (교육장에 관한 경과조치) 지방자치단체별로 교육장이 선출될 때까지는 제4조제1항, 제35조제4항 및 제71조중 "시·군 및 자치구교육장"은 "교육장 및 교육구청장"으로, 제4조제2항중 "특별시·직할시·도교육장"은 "서울특별시·직할시·도교육위원회"로, 제35조제4항 및 제71조중 "시·도교육장"은 "시·도교육위원회"로, 제35조제4항중 "교육장"은 "교육위원회 또는 교육장"으로 본다.
제3조 (대학교육기관의 교직원의 임용에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 대학교육기관에 재직중인 교원 및 사무직원은 이 법에 의하여 당해 학교법인이 임용한 것으로 본다.
제4조 (교원징계사건에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 계속중인 징계사건에 대하여는 제62조의 규정에 불구하고 종전의 교원징계위원회가 심리·의결한다.
제5조 (재심청구사건에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 재심위원회에 계속중이거나 이 법 시행이후 이 법에 의하여 재심위원회가 설치될 때까지 제기되는 재심청구사건에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
제6조 (다른 법률의 개정) 사립학교교원연금법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항제1호중 "감독청의 승인을 받았거나 감독청에 보고된 교원"을 "관할청에 보고된 교원"으로 한다.
제60조의2의 제목 및 본문중 "감독청"을 각각 "관할청"으로 한다.

부칙(정부조직법) <제4268호,1990.12.27>
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조 (문교부의 명칭변경에 따른 다른 법률의 개정) ①내지 ⑮생략
<16>사립학교법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제3항, 제10조제1항, 제11조제1항·제2항, 제25조, 제33조, 제34조제1항제5호·제2항, 제35조제1항·제4항, 제36조제2항, 제40조, 제45조, 제47조제1항, 제50조제2항, 제59조제1항제8호 및 제71조중 "문교부장관"을 각각 "교육부장관"으로 한다.
제32조제2항중 "문교부령"을 "교육부령"으로 한다.
<17>내지 <50>생략
제5조 내지 제10조 생략

부칙(지방교육자치에관한법율) <제4347호,1991.3.8>
제1조 (시행일) 이 법은 법률 제4310호 지방자치법중개정법률 시행후 최초로 실시되는 지방의회의원선거일부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) ①및 ②생략
③사립학교법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항을 다음과 같이 하고, 동조제2항을 삭제한다.
①다음 각호의 1에 해당하는 자는 그 주소지를 관할하는 특별시·직할시·도(이하 "시·도"라 한다)교육감의 지도·감독을 받는다.
1. 사립의 국민학교·중학교·고등학교·기술학교·고등기술학교·공민학교·고등공민학교·특수학교·유치원 및 이들에 준하는 각종학교
2. 제1호에 규정한 사립학교를 설치·경영하는 학교법인 또는 사립학교경영자
제35조제4항중 ", 시·군 및 자치구교육장은 시·도교육장의"를 삭제한다.
제71조중 ", 시·도교육장은 그 권한의 일부를 시·군 및 자치구교육장에게"를 삭제한다.
④생략
제12조 생략

부칙(교원지위향상을위한특별법) <제4376호,1991.5.31>
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (경과조치) 이 법 시행당시 교육공무원법 또는 사립학교법에 의하여 교원의 소청 또는 재심이 진행중인 사건에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
제3조 (다른 법률의 개정) ①생략
②사립학교법중 다음과 같이 개정한다.
제67조·제67조의2·제67조의3·제68조 및 제69조를 각각 삭제한다.
제74조제2항중 "제54조제1항 및 제69조의"를 "제54조제1항의"로 한다.

부칙(교육법) <제5069호,1995.12.29>
제1조 (시행일) 이 법은 1996년 3월 1일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정등) ①내지 ⑤생략
⑥사립학교법중 다음과 같이 개정한다.
제3조제1호·제4조제1항제1호 및 제53조의3제1항중 "국민학교"를 각각 "초등학교"로 한다.
⑦내지 ⑮생략
제4조 생략

부칙 <제5274호,1997.1.13>
①(시행일) 이 법은 공포한 후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
②(리사에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 재임중인 리사는 제21조의 개정규정에 불구하고 그 임기만료시까지 이 법에 의하여 취임된 것으로 본다.
③(과태료에 대한 경과조치) 이 법 시행전의 위반행위에 대한 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 <제5345호,1997.8.22>
①(시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다.
②(적용시한) 제35조의2의 개정규정은 2000년 12월 31일까지 학교법인의 해산인가를 신청하는 자에 대하여 이를 적용한다.

부칙(초·중등교육법) <제5438호,1997.12.13>
제1조 이 법은 1998년 3월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제12조 생략
제13조 (다른 법률의 개정) ①사립학교법중 다음과 같이 개정한다.
제54조제3항중 "교육법 제77조의 결격사유에 해당하거나 이 법에"를 "이 법에"로 한다.
제57조중 "교육법 제77조제1호 또는 제2호"를 "국가공무원법 제33조제1항 각호의 1"로 한다.
②생략
제14조 생략