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제29조(회계의 구분)
①학교법인의 회계는 그가 설치·경영하는 학교에 속하는 회계와 법인의 업무에 속하는 회계로 구분한다.
②제1항의 규정에 의한 학교에 속하는 회계는 이를 교비회계와 부속병원회계(부속병원이 있는 경우에 한한다)로 구분할 수 있고, 교비회계는 등록금회계와 기금회계로 구분하며, 각 회계의 세입·세출에 관한 사항은 대통령령으로 정하되 수업료 기타 납부금은 교비회계의 수입으로 하여 이를 별도 계좌로 관리하여야 한다. [개정 99·1·21, 2011.7.25

]
③제1항의 규정에 의한 법인의 업무에 속하는 회계는 이를 일반업무회계와 제6조의 규정에 의한 수익사업회계로 구분할 수 있다.
④제2항의 규정에 의한 학교에 속하는 회계의 예산은 당해 학교의 장이 편성하되 학교운영위원회 또는 대학평의원회의 자문을 거친후 이사회의 심의·의결로 확정하고 학교의 장이 집행한다. 다만, 유치원은 학교의 장이 편성·집행한다. [개정 2005.12.29

][[시행일 2006.7.1]]
⑤삭제 [2005.12.29

][[시행일 2006.7.1]]
⑥제2항에 따른 교비회계에 속하는 수입은 다른 회계에 전출하거나 대여할 수 없다. 다만, 차입금의 원리금을 상환하는 경우에는 그러하지 아니하다. [개정 2007.7.27

]
⑦삭제 [2007.7.27

]
[전문개정 81·2·28]

부 칙[1963.6.26 제1362호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1월이 경과한 날로부터 시행한다.
제2조 (경과조치) ①이 법의 시행당시 제3조에 규정된 사립학교를 설치·경영하는 민법에 의한 재단법인은 이 법의 시행일로부터 6월이내에 그 조직을 학교법인으로 개편하여야 한다. 다만, 불가피한 사정으로 이 기간내에 그 조직을 변경할 수 없다고 인정되는 재단법인에 대하여는 문교부장관은 1966년 12월 31일까지 그 기간을 연장할 수 있으며, 이 기간까지 특수한 사정으로 인하여 그 조직이 불가능하다고 문교부장관이 인정하는 재단법인에 있어서는 제3조의 규정에 불구하고 그 설치한 학교를 유지경영할 수 있다. 이 경우에 그 재단법인에 대하여는 다른 법령에 우선하여 이 법에 의한 학교법인에 관한 규정을 준용하고, 그가 설치·경영하는 학교에 대하여는 이 법에 의한 사립학교에 관한 규정을 적용한다. [개정 64·11·10, 65·12·30, 67·1·16]
②전항의 규정에 의하여 재단법인이 학교법인으로 그 조직을 변경함에 있어서는 제50조제2항 및 제50조의2의 규정을 준용한다. [개정 63·12·16]
③전항의 경우에 당해 재단법인의 정관에 정관변경에 이사회와 그외의 당해 재단법인의 기관의 의결을 요하게 하는 규정이 있고 그 재단법인의 이사의 전원 또는 과반수가 임시이사인 때에는 이사회 이외의 기관의 의결을 거치지 아니하고 이사회의 의결만으로써 학교법인으로 조직변경을 하기 위한 정관변경을 할 수 있다.
④제1항의 규정에 의하여 학교법인으로 개편된 경우에 이 법 시행이전에 당해 재단법인에 대하여 행한 문교부장관의 처분은 이 법에 저촉되지 아니하는 범위안에서 개편된 학교법인에게 행한 것으로 본다.
⑤학교법인으로 개편된 경우에 그 개편전의 재단법인의 임원은 그대로 학교법인의 임원으로서 잔임기간동안 재임한다. 다만, 그 잔임기간이 5년이상일 때에는 이 법 시행일로부터 5년이 되는 날에 그 임기가 만료되는 것으로 본다.
⑥재단법인이 그 조직을 개편하여 학교법인이 된 경우에 그 재단법인이 학교경영으로 인하여 발생한 종전의 채권·채무는 개편된 학교법인이 이를 포괄 계승한다. [신설 64·11·10]
제3조 (동전) 이 법 시행당시 사립학교에 재직중에 있는 교원은 이 법에 의하여 임명된 것으로 본다.
제4조 삭제 [64·11·10]

부칙 [63·12·16]
이 법은 공포한 날로부터 시행한다.

부칙 [64·11·10]
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②(경과조치) 제50조의2제2항의 규정은 1963년 7월 25일부터 이를 적용한다.

부칙 [65·12·30]
이 법은 공포한 날로부터 시행한다.

부칙 [67·1·16]
이 법은 1967년 1월 1일부터 적용한다.

부칙 [72·12·28]
이 법은 공포한 날로부터 시행한다.

부칙 [73·3·10]
이 법은 공포한 날로부터 시행한다.

부칙 [73·12·20]
이 법은 1974년 1월 1일부터 시행한다.

부 칙[1975.7.23 제2775호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법 시행당시 대학(사범대학 및 초급대학을 포함한다)에 근무하는 교원은 1976년 2월 말일부로 제53조의2의 규정에 의하여 재임면하여야 한다.

부 칙[1976.12.31 제2945호]
①(시행일) 이 법은 1977년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
②생략
③(타법률의 개정) 다른 법률중 일부를 다음과 같이 개정한다.
1. 내지 3. 생략
4. 사립학교법 제50조의2제2항중 "등록세법 제8조제2호 및 제3호"를 "지방세법 제13조제1항제2호 및 제3호"로 한다.
④내지 ⑧생략

부칙 [76·12·31]
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②(정관등의 제출) 이 법 시행당시의 학교법인 또는 사립학교경영자는 이 법 시행일로부터 6월내에 제70조의2의 규정에 의한 정관 또는 규칙을 정하여 감독청에 제출하여야 한다.

부칙 [77·12·31]
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다. 다만, 전문대학에 관한 규정은 1979년 1월 1일부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법 공포당시 징계처분을 받은 자중 정직처분은 감봉 6월로, 근신처분은 견책처분을 받은 것으로 본다.
③(경과조치) 이 법 공포당시 종전의 규정에 의하여 설립된 초급대학· 실업고등전문학교 및 전문학교는 대통령령이 정하는 기간까지 전문대학 또는 이에 준하는 각종학교로 개편하고 문교부장관의 인가를 받아야 한다.
④(경과조치) 이 법 공포당시의 초급대학으로서 부칙 제3항의 규정에 의하여 전문대학 또는 이에 준하는 각종학교로 개편되는 학교에 재직중인 교원은 그 개편된 당해 학교의 교원으로 임명된 것으로 보되, 그 임기는 종전의 예에 의한다.
⑤(경과조치) 이 법 공포당시의 실업고등전문학교 및 전문학교로서 부칙 제3항의 규정에 의하여 전문대학으로 개편되는 학교에 재직중인 교원에 대하여는 1979년 2월 말일부로 제53조의2의 규정에 의하여 재임용하여야 한다.

부칙 [78·12·5]
이 법은 공포한 날로부터 시행한다.

부칙 [81·2·28]
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②(교원에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 대학교육기관에 근무하는 교원(학교의 장을제외한다) 및 사무직원은 당해 학교의 장이 임명한 것으로 본다.
③(교원징계에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 교원징계위원회 및 재심위원회에 계속중인 징계 및 재심청구사건은 종전의 규정에 의한다.
④(학교장 임명제한에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 전문대학의 장으로 재직중인 자는 제54조의3제2항의 규정에 불구하고 그 직에서 해임될 때까지 재임할 수 있다.
⑤(학교장 임명제한에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 사립학교의 장으로 재직중인 자는 제54조의3제1항제3호의 규정에 불구하고 1981학년도말까지 재임할 수 있다.
⑥(벌칙에 대한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [81·11·23]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 40일이 경과한 날로부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략

부칙 [86·5·9]
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법 시행당시 재임중인 이사는 그 임기만료시까지 이 법에 의하여 취임된 것으로 본다.

부칙 [90·4·7]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (교육장에 관한 경과조치) 지방자치단체별로 교육장이 선출될 때까지는 제4조제1항, 제35조제4항 및 제71조중 "시·군 및 자치구교육장"은 "교육장 및 교육구청장"으로, 제4조제2항중 "특별시·직할시·도교육장"은 "서울특별시· 직할시·도교육위원회"로, 제35조제4항 및 제71조중 "시·도교육장"은 "시· 도교육위원회"로, 제35조제4항중 "교육장"은 "교육위원회 또는 교육장"으로 본다.
제3조 (대학교육기관의 교직원의 임용에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 대학교육기관에 재직중인 교원 및 사무직원은 이 법에 의하여 당해 학교법인이 임용한것으로 본다.
제4조 (교원징계사건에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 계속중인 징계사건에 대하여는 제62조의 규정에 불구하고 종전의 교원징계위원회가 심리·의결한다.
제5조 (재심청구사건에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 재심위원회에 계속중이거나 이 법 시행이후 이 법에 의하여 재심위원회가 설치될 때까지 제기되는 재심청구사건에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
제6조 (다른 법률의 개정) 사립학교교원연금법중 다음과 같이 개정한다. 제2조제1항제1호중 "감독청의 승인을 받았거나 감독청에 보고된 교원"을 "관할청에 보고된 교원"으로 한다.
제60조의2의 제목 및 본문중 "감독청"을 각각 "관할청"으로 한다.

부칙 [90·12·27]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제10조 생략

부칙 [91·3·8]
제1조 (시행일) 이 법은 법률 제4310호 지방자치법중개정법률 시행후 최초로 실시되는 지방의회의원선거일부터 시행한다.
제2조 내지 제12조 생략

부칙 [91·5·31]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략

부칙 [95·12·29]
제1조 (시행일) 이 법은 1996년 3월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [97·1·13]
①(시행일) 이 법은 공포한 후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
②(이사에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 재임중인 이사는 제21조의 개정규정에 불구하고 그 임기만료시까지 이 법에 의하여 취임된 것으로 본다.
③(과태료에 대한 경과조치) 이 법 시행전의 위반행위에 대한 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [97·8·22]
①(시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다.
②(적용시한) 제35조의2의 개정규정은 2006년 12월 31일까지 학교법인의 해산인가를 신청하는 자에 대하여 이를 적용한다. [개정 2000·12·30, 2004.1.29]

부칙 [97·12·13 법5438]
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 3월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제14조 생략

부칙 [97·12·13 법5453]
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 생략

부칙 [97·12·13 법5454]
이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]

부칙 [99·1·21]
이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [99·5·24]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 내지 제6조 생략

부칙 [99·8·31]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제21조제2항·제4항 및 제53조의4의 개정규정은 2000년 3월 1일부터 시행하고, 제53조의2제3항의 개정규정은 2002년 1월 1일부터 시행한다.
②(계약제 임용에 관한 경과조치) 종전의 규정에 의하여 기간을 정하여 임용된 교원의 경우에는 제53조의2제3항의 개정규정에 불구하고 당해 임용기간이 종료될 때까지는 종전의 규정에 의한다.
③(임시이사에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 재임중인 임시이사의 임기는 1999년 12월 31일까지로 한다.

부칙 [2000·1·28]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제59조제1항의 개정규정중 본인이 원하는 경우 휴직을 명하여야 하는 육아휴직 관련규정은 2001년 1월 1일부터 시행한다.

부 칙[2000.12.30 제6332호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2001.1.29. 법률제6400호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제3조제20항은 2002년 3월 1일부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략

부칙 [2002.8.26]
이 법은 공포한 날부터 적용한다.

부칙 [2004.1.29]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2004.1.29 법률 제7120호(유아교육법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략
제8조 (다른 법률의 개정) ① 생략
②사립학교법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항중 "초ㆍ중등교육법 제2조 및 고등교육법 제2조"를 "유아교육법 제2조제2호와 초ㆍ중등교육법 제2조 및 고등교육법 제2조"로 하고, 동조제3항중 "초ㆍ중등교육법 및 고등교육법"을 "유아교육법, 초ㆍ중등교육법 및 고등교육법"으로 한다.
③ 이하 생략

부칙 [2005.1.27 법률 제7352호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(기간임용된 대학교육기관 교원의 재임용 절차에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 기간을 정하여 임용되어 재직중인 대학교육기관 교원의 재임용 관련절차는 제53조의2제4항 내지 제8항의 개정규정에 의한다.

부칙 [2005.1.27 법률 제7354호(교원지위향상을위한특별법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①및 ②생략
③사립학교법중 다음과 같이 개정한다.
제54조의4제1항제3호중 "교원징계재심위원회에 재심을"을 "교원소청심사위원회에 소청심사를"로 하고, 제66조의2제2항중 "교원징계재심위원회"를 "교원소청심사위원회"로 한다.
제4조 생략

부칙 [2005.12.29 제7802호]
제1조 (시행일) 이 법은 2006년 7월 1일부터 시행한다. 다만, 제53조의2제9항의 개정규정은 2007년 3월 1일부터 시행한다.
제2조 (적용례) 제53조의2제9항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 시행되는 신규채용분부터 적용한다.
제3조 (임원의 구성에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 제14조 및 제21조제5항의 개정규정에 의한 학교운영위원회 또는 대학평의원회의 이사추천의 수가 미달하는 경우에는 임원을 새로이 구성하거나 임원의 임기가 만료 등으로 인하여 궐위되는 때에는 우선적으로 동위원회의 추천에 의한 임원의 구성이 이루어지도록 하여야 한다.
제4조 (임원의 임기에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 재임 중인 임원은 제20조제3항 및 제21조제5항의 개정규정에 불구하고 당해 임원의 임기가 종료될 때까지는 종전의 규정에 의한다.
제5조 (임원 및 교원의 결격사유에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 재임 중인 임원 또는 교원은 제22조제2호부터 제5호까지 및 제54조의3제4항의 개정규정에 불구하고 이 법에 의하여 취임 또는 임명된 것으로 본다. [개정 2007.7.27]
제6조 (학교의 장의 임명의 제한에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 재임 중인 학교의 장은 그 임기 만료시까지 제54조의3제1항 내지 제3항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제7조 (다른 법률의 개정) 초·중등교육법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제32조제2항 단서중 "제1호·제2호"를 "제1호"로 한다.

부칙 [2007.7.19 제8529호]
이 법은 2008년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 [2007.7.27 제8545호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(이사회 구성에 관한 적용례) 이 법 시행 후 임원의 임기 만료 등으로 인하여 궐위되는 때에는 우선적으로 제14조제3항의 개정규정에 따라 개방이사추천위원회의 추천을 받아 임원을 선임하여야 한다.
제3조(개방이사에 대한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제14조제3항에 따라 선임된 개방이사는 이 법에 따라 선임된 것으로 본다.
제4조(임시이사에 대한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제25조에 따라 선임된 임시이사는 이 법에 따라 선임된 것으로 본다.
제5조(임시이사 임기에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 재임 중인 임시이사로서 2006년 7월 1일 이후 선임된 임시이사의 임기는 2008년 6월 30일 까지로 한다.

부칙 [2007.10.17 제8639호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (경과조치) ①「평생교육법」 제22조제3항에 따른 원격대학형태의 평생교육시설을 설치·운영하는 「민법」상 재단법인이 해당 시설을 「고등교육법」에 따른 사이버대학으로 전환하고자 하는 경우에는 해당 재단법인은 교육인적자원부장관의 인가를 받아 이 법에 따른 학교법인으로 개편하여야 한다.
②제1항에 따라 학교법인으로 개편된 경우에 그 개편 이전의 재단 법인에 대한 교육인적자원부장관의 처분은 이 법에 저촉되지 아니 하는 범위 안에서 개편된 학교법인에 행한 것으로 본다.
③제1항에 따라 학교법인으로 개편된 경우에 그 개편 이전의 재단 법인의 임원은 개편된 학교법인의 임원으로서 잔임기간 동안 재임한다.
④제1항에 따라 학교법인으로 개편된 경우에 그 재단법인의 학교 경영으로 인하여 발생한 종전의 채권·채무는 개편된 학교법인이 포괄 승계한다.
⑤제1항에 따라 학교법인으로 개편되는 재단법인이 설치·운영하는 원격대학형태의 평생교육시설에 재직 중인 교직원은 이 법에 따라 해당 학교법인이 임명한 것으로 본다.

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 <83> 까지 생략
<84> 사립학교법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제3항 각 호 외의 부분, 제10조제1항 각 호 외의 부분 전단, 제11조제1항·제2항, 제33조, 제34조제1항제5호·제2항, 제36조제2항, 제40조, 제45조 본문 및 단서, 제47조제1항 각 호 외의 부분, 제47조의2, 제59조제1항제8호 및 제71조 중 "교육인적자원부장관"을 각각 "교육과학기술부장관"으로 한다.
제20조제2항 후단, 제24조의2제1항 및 제45조 단서 중 "교육인적자원부장관"을 각각 "교육과학기술부장관"으로 한다.
제32조제2항, 제33조 중 "교육인적자원부령"을 "교육과학기술부령"으로 한다.
제35조제1항 중 "교육인적자원부장관"을 "교육과학기술부장관"으로 하고, 같은 조 제4항 중 "교육인적자원부장관은 재정경제부장관의"를 "교육과학기술부장관은 기획재정부장관의"로 한다.
<85> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.3.14, 제8888호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제59조제1항제6호의 개정규정은 2009년 1월 1일부터 시행한다.
②(교원의 임명에 관한 적용례) 제54조의3제5항 및 제6항의 개정규정은 이 법 시행 이후 같은 조 제5항 각 호의 개정규정에 따른 징계사유가 발생하여 징계에 의하여 최초로 파면·해임된 자부터 적용한다.

부 칙[2010.4.15 제10258호(성폭력범죄의 처벌 등에 관한 특례법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑦ 까지 생략
⑧ 사립학교법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제54조의3제5항제1호 중 “「성폭력범죄의 처벌 및 피해자보호 등에 관한 법률」”을 “「성폭력범죄의 처벌 등에 관한 특례법」”으로 한다.
⑨ 부터 ⑮ 까지 생략
제6조 생략

부 칙[2011.4.12 제10580호(부동산등기법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①부터 <21>까지 생략
<22> 사립학교법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제8조의2 중 “등기부 등본”을 “등기사항증명서”로 한다.
<23>부터 <42>까지 생략
제5조 생략

부 칙[2011.5.19 제10637호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(교원 등 임명의 제한에 관한 적용례) 제54조의3제5항 및 제54조의4제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 제54조의3제5항 각 호의 행위로 인하여 최초로 파면·해임되거나 금고 이상의 형을 선고받은 사람(집행유예의 형을 선고받은 후 그 집행유예기간이 경과한 사람을 포함한다)부터 적용한다.

부 칙[2011.7.21 제10871호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2011.7.25 제10906호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2012.1.26 제11216호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제45조 및 제55조의 개정규정은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(정관변경에 관한 적용례) 제45조의 개정규정은 같은 개정규정 시행 후 최초로 이사회의 의결을 거쳐 정관을 변경하는 경우부터 적용한다.
제3조(조사 등 개시 통보에 관한 적용례) 제66조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 감사원, 검찰ㆍ경찰, 그 밖의 수사기관이 조사나 수사를 개시하는 사건부터 적용한다.