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제10조(자율적 경영의 보장 등)
①연구기관은 연구와 경영에 있어서 독립성 및 자율성이 보장된다.
②연구기관의 장(이하 “원장”이라 한다)은 연구기관의 경영혁신을 위하여 필요한 조치를 하여야 한다.

부 칙[2004.9.23 제7219호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (연구회 및 연구기관에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률에 의하여 설립된 기초기술연구회·산업기술연구회·공공기술연구회 및 다음 각호의 연구기관은 이 법에 의하여 설립된 연구회 및 연구기관으로 본다. 이 경우 제12호의 한국식품개발연구원은 한국식품연구원으로 본다.
1. 한국과학기술연구원
2. 한국기초과학지원연구원
3. 한국천문연구원
4. 한국생명공학연구원
5. 한국과학기술정보연구원
6. 한국한의학연구원
7. 한국생산기술연구원
8. 한국전자통신연구원
9. 한국건설기술연구원
10. 한국철도기술연구원
11. 한국표준과학연구원
12. 한국식품개발연구원
13. 한국해양연구원
14. 한국지질자원연구원
15. 한국기계연구원
16. 한국항공우주연구원
17. 한국에너지기술연구원
18. 한국전기연구원
19. 한국화학연구원
제3조 (임원에 대한 경과조치) 이 법 시행 당시 정부출연연구기간등의설립운영및육성에관한법률에 의하여 설립된 기초기술연구회·산업기술연구회·공공기술연구회 및 부칙 제2조 각호에 규정된 연구기관의 임원은 이 법에 의하여 임명된 것으로 본다. 다만, 그 임기는 종전의 규정에 의한 잔임기간으로 한다.
제4조 (다른 법률의 개정) ①정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제3조에 단서를 다음과 같이 신설한다.
다만, 과학기술분야 연구기관의 설립에 관하여는 따로 법률로 정한다.
제8조의2를 삭제한다.
제13조제2항 후단을 삭제한다.
제18조제1항제3호 내지 제5호를 각각 삭제한다.
제29조제2항을 삭제한다.
제29조제3항중 “경제사회연구회 및 인문사회연구회의 경우에는 기획예산처장관에게, 기초기술연구회·산업기술연구회 및 공공기술연구회의 경우에는 국가과학기술위원회 및 기획예산처장관에게 각각 통보한다”를 “기획예산처장관에게 통보한다”로 한다.
제30조제2항중 “경제사회연구회·인문사회연구회·기초기술연구회·산업기술연구회 또는 공공기술연구회”를 “경제사회연구회 또는 인문사회연구회”로 한다.
별표중 제17호, 제18호, 제21호 내지 제25호, 제30호 내지 제38호, 제40호 내지 제42호를 각각 삭제한다.
②정부산하기관관리기본법중 다음과 같이 개정한다.
별표 제4호를 다음과 같이 한다.
4. 정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률 제2조 및 과학기술분야정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률 제2조의 규정에 의한 정부출연연구기관 및 연구회
③협동연구개발촉진법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제4호중 “정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”을 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”로 한다.
④기초과학연구진흥법중 다음과 같이 개정한다.
제6조제1항제4호중 “정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”을 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”로 한다.
⑤민군겸용기술사업촉진법중 다음과 같이 개정한다.
제7조제2항제4호중 “정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”을 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”로 한다.
⑥국가과학기술기술자문회의법중 다음과 같이 개정한다.
제7조중 “정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”을 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”로 한다.
⑦기술이전촉진법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제5호중 “정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”을 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”로 한다.
⑧중소기업기술혁신촉진법중 다음과 같이 개정한다.
제11조제1항제4호를 다음과 같이 한다.
4. 과학기술분야정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률에 의한 한국생산기술연구원
⑨유통산업발전법중 다음과 같이 개정한다.
제23조제2항중 “정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”을 “정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률 또는 과학기술분야정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”로 한다.
⑩산업기술기반조성에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제5조제2항제6호 및 제7호중 “정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”을 각각 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”로 한다.
⑪산업발전법중 다음과 같이 개정한다.
제22조제1항제3호 및 제24조제1항제2호중 “정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”을 각각 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”로 한다.
제24조제1항제7호를 삭제한다.
⑫항공우주산업개발촉진법중 다음과 같이 개정한다.
제19조제2항중 “정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”을 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”로 한다.
⑬부품소재전문기업등의육성에관한특별조치법중 다음과 같이 개정한다.
제9조제1항제1호 각목외의 부분중 “정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”을 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”로 한다.
⑭계량에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제27조제2항중 “정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”을 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”로 한다.
⑮국가표준기본법중 다음과 같이 개정한다.
제13조제1항중 “정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”을 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”로 한다.
[16]환경친화적산업구조로의전환촉진에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제6조제2항제5호중 “정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”을 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”로 한다.
[17]환경기술개발및지원에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제3호를 다음과 같이 하다.
3. 정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률 또는 과학기술분야정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률에 의하여 설립된 정부출연연구기관
[18]철도산업발전기본법중 다음과 같이 개정한다.
제11조제3항중 “정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”을 “과학기술분야정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률”로 한다.
[19]교통체계효율화법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제8호다목을 다음과 같이 한다.
다. 정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률 또는 과학기술분야정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률에 의하여 설립된 정부출연연구기관 등
[20]수산물품질관리법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제5항제2호라목을 다음과 같이 한다.
라. 정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법에 의한 한국해양수산개발원 및 과학기술분야정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률에 의한 한국식품연구원
제5조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 과학기술분야와 관련하여 정부출연연구기관등의설립운영및육성에관한법률을 인용하고 있는 경우에는 그에 갈음하여 이 법을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2006.12.26 제8077호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 폐지) 한국원자역연구소법은 이를 폐지한다.
제3조(권리·의무의 승계에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 「한국원자력연구소법」에 따라 설립된 한국원자력연구소(이하 “한국원자력연구소”라 한다)는 이 법에 따라 설립된 한국원자력연구원(이하 “한국원자력연구원”이라 한다)으로 본다.
②이 법 시행 당시 한국원자력연구소의 등기부 그 밖의 공부상의 명의는 이를 한국원자력연구원의 명의로 본다. 다만, 한국원자력연구소 이사회에서 「방사선 및 방사성동위원소 이용진흥법」에 따라 설립된 한국원자력의학원에 양도 또는 인계하기로 의결한 재산과 권리·의무에 관한 등기부 그 밖의 공부에 표시된 명의는 그러하지 아니한다.
제4조(임원에 대한 경과조치) ①이 법 시행 당시 한국원자력연구소의 소장 및 감사는 각각 한국원자력연구원의 원장 및 감사로 본다. 다만, 그 임기는 종전의 「한국원자력연구소법」제11조제1항의 규정에 따른 임기의 잔임기간으로 한다.
②이 법 시행 당시 한국원자력연구소의 이사는 이 법 시행과 동시에 해임된 것으로 본다.
제5조(벌칙에 관한 경과조치) 종전의 「한국원자력연구소법」 제23조에서 정한 이 법 시행 전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 따른다.
제6조(다른 법률의 개정) 원자력시설등의방호및방사능방재대책법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제45조제1항 각 호 외의 부분 중 “한국원자력연구소법에 따른 한국원자력연구소”를 “「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」에 따른 한국원자력연구원”으로 한다.
제7조(다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 종전의 「한국원자력연구소법」 또는 한국원자력연구소를 인용하고 있는 경우에는 그에 갈음하여 이 법 또는 한국원자력연구원을 각각 인용한 것으로 본다.

부 칙[2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, ···<생략>···, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법의 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조 부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ①부터 <119>까지 생략
<120> 과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제13조제1항 중 "과학기술부장관"을 "감독관청의 장(제29조제1항의 구분에 따른 감독관청의 장을 말한다. 이하 같다)"으로 하고, 같은 조 제2항 전단·후단, 같은 조 제5항·제8항 전단 중 "과학기술부장관"을 각각 "감독관청의 장"으로 한다.
제18조제1항제3호를 삭제한다.
제28조제2항 중 "과학기술부장관 및 기획예산처장관"을 "감독관청의 장 및 기획재정부장관"으로 하고, 같은 조 제3항 중 "과학기술부장관"을 "감독관청의 장"으로 한다.
제29조제1항을 다음과 같이 한다.
① 교육과학기술부장관은 제18조제1항제1호에 따른 기초기술연구회 및 그 소속기관의 감독관청이 되고, 지식경제부장관은 같은 항 제2호에 따른 산업기술연구회 및 그 소속기관의 감독관청이 된다.
제29조제2항 중 "과학기술부장관"을 "감독관청의 장"으로 하고, 같은 조 제3항 중 "과학기술부장관"을 "감독관청의 장"으로, "기획예산처장관"을 "기획재정부장관"으로 하며, 같은 조 제4항 중 "과학기술부장관"을 "감독관청의 장"으로 한다.
제15조제3항·제4항, 제17조제2항부터 제4항까지, 제20조제2항, 제23조제1항부터 제3항까지, 제27조제1항·제2항 각 호 외의 부분 및 제34조 후단 중 "과학기술부장관"을 각각 "감독관청의 장"으로 한다.
제33조 중 "교육인적자원부장관"을 "교육과학기술부장관"으로 한다.
부칙을 다음과 같이 한다.
이 법 시행 당시 종전의 제18조제1항제3호에 의한 공공기술연구회의 권리와 의무는 같은 조 제1항제1호 및 제2호의 기초기술연구회와 산업기술연구회가 각각 승계한다.
<121>부터 <760>까지 생략
제7조 생략