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제55조(벌칙)
①제54조의6의 규정에 위반한 자는 3년이하의 징역 또는 1천만원이하의 벌금에 처한다. [신설 2000.1.12]
②다음의 각호의 1에 해당하는 자는 300만원이하의 벌금에 처한다. [개정 1963.2.9, 1976.12.31, 1983.12.20, 1993.12.27, 1999.2.8, 2005.7.13]
1. 제30조제1항의 규정에 위반한 자 또는 이를 고용한 자
2. 제29조의 규정에 의한 격리수용을 거절한 자
3. 격리수용소를 탈출한 자, 탈출을 방조한 자 또는 탈출한 자를 은닉한 자
4. 제37조 또는 제39조제1항 각호(제3호중 건강진단에 관한 것은 제외)의 규정에 의한 명령 또는 처분에 위반한 자
5. 삭제 [2000.1.12]
6. 전염병 유행시에 비방을 표방하여 방역진료행위를 하거나 또는 미신요법으로 민심을 현혹시키어 방역상 장애를 준 자
7. 제40조의3제1항 또는 제40조의6제1항의 규정에 위반한 자
[제56조에서 이동, 종전 제55조는 제56조로 이동<1993.12.27>]

부칙
제57조 본법에 저촉되는 종전의 법령은 이를 폐지한다.
제58조 본법의 시행기일은 각령으로 정한다.
[1957·2·28 대통령령 제1257호에 의하여 1957·5·28부터 시행]

부칙 [63·2·9]
이 법은 공포한 후 30일이 경과한 날로부터 시행한다.

부칙 [76·12·31]
이 법은 공포후 6월이 경과한 날로부터 시행한다.

부칙 [83·12·20]
①(시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날로부터 시행한다.
②(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [86·5·10]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 30일이 경과한 날로부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [93·12·27]
이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [94·8·3]
①(시행일) 이 법은 1995년 1월 1일부터 시행한다.
②(경과조치) 제54조의2의 규정에 의한 예방접종으로 인한 피해에 대한 국가보상은 이 법 시행전 1년이내에 발생한 예방접종으로 인한 피해에 대하여도 이를 적용할 수 있다.

부칙 [95·1·5]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [97·12·13 법5453]
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 생략

부칙 [97·12·13 법5454]
이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]

부칙 [99·2·8]
①(시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
②(소독업 허가에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 소독업의 허가를 받은 자는 제40조의3의 개정규정에 의하여 신고한 자로 본다.
③(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2000·1·12]
이 법은 2000년 8월 1일부터 시행한다. 다만, 제21조의3의 개정규정은 2005년 3월 1일부터 시행한다.

부칙 [2001.12.29.]
①(시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
②(심의위원회에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 예방접종심의위원회가 행한 자문은 이 법에 의한 예방접종심의위원회 또는 예방접종피해보상심의위원회가 행한 것으로 본다.
③(보상 결정기한에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 신청중인 보상신청 건에 대하여는 제54조의2제3항의 개정규정에 의한다.

부칙 [2003.05.29.(주택법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조 내지 제11조 생략
제12조 (다른 법률의 개정) ①내지 <30>생략
<31>전염병예방법중 다음과 같이 개정한다.
제40조의3제2항중 "주택건설촉진법에 의한 주택관리인이"를 "주택법에 의한 주택관리업자가"로 한다.
<32>내지 <47>생략
제13조 생략

부칙 [2003.08.06.]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제10조의2제2항 및 제4항의 개정규정은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2004.1.29.]
제1조 (시행일)
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제40조의6, 제40조의8제1항제3호ㆍ제4호, 제56조의2제1항의 개정규정은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (과태료에 대한 경과조치)
이 법 시행전의 행위에 대한 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제3조 (다른 법률의 개정)
①의료법중 다음과 같이 개정한다.
제64조제1항중 “국립보건원장”을 “질병관리본부장”으로 한다.
②약사법중 다음과 같이 개정한다.
제72조의5제1항중 “국립보건원장”을 “질병관리본부장”으로 한다.
③보건환경연구원법중 다음과 같이 개정한다.
제10조제1항중 “국립보건원”을 “질병관리본부”로 한다.
④의료기사등에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제28조중 “국립보건원장”을 “질병관리본부장”으로 한다.

부칙 [2005.3.31 제7454호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(행정처분 등에 관한 일반적 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 제40조의8제1항 · 제2항 또는 제40조의9의 규정에 의한 행정기관이 행한 처분은 이 법의 개정규정에 의한 행정기관이 행한 처분으로 본다.
②이 법 시행 당시 종전의 제23조제3항 · 제40조의3제1항 또는 제40조의4의 규정에 의한 행정기관에 대하여 행한 신고는 이 법의 개정 규정에 의한 행정기관에 대하여 행한 신고로 본다.

부칙 [2005.3.31 제7427호 (민법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제4편제2장(제778조 내지 제789조, 제791조 및 제793조 내지 제796조), 제826조제3항 및 제4항, 제908조의2 내지 제908조의8, 제963조, 제966조, 제968조, 제4편제8장(제980조 내지 제982조, 제984조 내지 제987조, 제989조 및 제991조 내지 제995조)의 개정규정과 부칙 제7조(제2항 및 제29항을 제외한다)의 규정은 2008년 1월 1일 부터 시행한다.
제2조 내지 제6조 생략
제7조(다른 법률의 개정)① 내지 [20] 생략
[21]전염병예방법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1호 본문 및 단서중 "호주 또는 세대주"를 각각 "세대주"로 하고, 동호 단서중 "가족"을 "세대원"으로 한다.
[22] 내지 [29] 생략

부칙 [2005.7.13 제7588호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제2조제1항제6호·제7호, 제2조제7항, 제4조제1항, 제5조의2 및 제29조제5항의 개정규정은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
②(고위험병원체의 이동신고에 관한 적용례) 제5조의2제1항의 개정규정 중 고위험병원체의 이동신고에 관한 사항은 이 법 시행 후 최초로 이동하는 고위험병원체분부터 적용한다.
③(예방접종기록의 보고에 관한 적용례) 제21조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 시행하거나 보고받은 기록분부터 적용한다.
④(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2006.9.27 제8009호]
이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다.