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제53조(국가공무원법과의 관계)
①국가공무원법 제16조제2항을 교육공무원(공립대학에 근무하는 교육공무원을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)인 교원에 적용함에 있어서 동조제2항의 "소청심사위원회"는 이를 "교원소청심사위원회"로 본다. [신설 1994.12.31, 1996.12.30, 2005.1.27]
②국가공무원법 제43조제1항을 교육공무원에 적용함에 있어서 동조동항의 "제71조제1항제3호·제5호 또는 제71조제2항의 규정"은 이를 "교육공무원법 제44조제1항제2호·제4호 내지 제11호, 제44조제2항 또는 동조제3항의 규정"으로 본다. [개정 1994·12·31, 1996·8·14, 1996·12·30, 2000.1.28]
③국가공무원법 제70조제1항제3호에서의 직제의 개폐와 동법 제73조의4제1항에서의 직제의 변경에는 초·중등교육법 제2조 및 고등교육법 제2조의 규정에 의한 각급학교(공립대학을 제외한다)에 있어서의 학교·학과 또는 학부의 폐지를 포함하는 것으로 본다. [개정 1996.12.30, 2000.1.28, 2005.1.27]
④국가공무원법 제32조의4를 교육공무원에게 적용함에 있어서 동조제1항의 "국가의 각급기관의 장"은 이를 "임용권자 또는 임용제청권자"로 본다.
⑤국가공무원법 제6조·제17조·제19조의2·제21조 내지 제24조·제28조의2·제28조의3·제31조 내지 제32조의2·제34조·제36조 내지 제39조·제40조의2·제41조·제42조제2항 및 제50조의 규정은 교육공무원에게, 동법 제76조의 규정은 교원(공립대학의 교원을 제외한다)에게 각각 이를 적용하지 아니한다. [개정 1991·5·31, 1993·12·27, 1996·12·30, 2002.12.5]

부칙
제1조 (施行日) 이 법은 공포후 40일이 경과한 날로부터 시행한다.
제2조 (부총장보직에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 재직중인 대학교의 부총장은 그 잔임기간중 이 법에 의하여 보직된 것으로 본다.
제3조 (교장의 임용에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 재직중인 교장은 이 법에 의하여 임명된 것으로 본다.
제4조 (징계처분 및 직위해제중인 교육공무원에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 징계처분중에 있는 자와 종전의 제51조의2제2항의 규정에 의하여 직위해제된 자에 대한 처리는 종전의 규정을 적용한다.
제5조 (휴직 및 직위해제중인 교육공무원의 보수에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제47조제1항제2호 또는 제6호의 사유로 휴직된 교육공무원과 종전의 제51조의2제1항 또는 제2항의 사유로 직위해제중인 교육공무원의 보수는 대통령령으로 정할 때까지는 종전의 규정에 의하여 지급한다.
제6조 (명예퇴직수당에 대한 경과조치) 제36조의 규정에 의한 명예퇴직수당은 대통령령으로 정할 때까지는 종전의 제35조의2의 규정에 의하여 지급한다.
제7조 (자격증등에 대한 경과조치) 이 법 시행당시에 종전의 법률의 규정에 의하여 인정된 교원의 자격 또는 자격증은 계속 그 효력이 있는 것으로 본다.
제8조 (사립학교법의 개정) 사립학교법중 다음과 같이 개정한다. 제22조제1호중 "교육공무원법 제16조"를 "국가공무원법 제33조"로 한다. 제54조의3제1항제3호중 "교육공무원법 제35조의2"를 "국가공무원법 제49조"로 한다.
제58조의2를 다음과 같이 한다.
제58조의2 (국가공무원법의 준용) 국가공무원법 제73조의2의 규정은 이를 사립학교 교원에게 준용한다. 이 경우 준용규정중 "임용권자 또는 임용제청권자"는 "임면권자"로 본다.
제9조 (서울대학교병원설치법의 개정) 서울대학교병원설치법중 다음과 같이 개정한다.
제11조중 "교육공무원법 제43조의 규정에 의하여 준용되는 국가공무원법 제64조"를 "국가공무원법 제64조"로 한다.
제10조 (문화보호법의 개정) 문화보호법중 다음과 같이 개정한다. 제8조제2항 및 제22조제2항중 "교육공무원법 제16조"를 각각 "국가공무원법 제33조"로 하고, 동법 부칙 제2항중 "교육공무원법 제46조제1항제1호"를 "국가공무원법 제70조제1항제1호"로 한다.

부칙 [87·11·28]
이 법은 1988년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 [88·4·6]
제1조 (시행일) 이 법은 1988년 5월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제7조 생략
제8조 (교육장의 임명에 관한 경과조치) 이 법 적용 당시까지 시·군교육장 및 서울특별시·직할시의 교육구청장은 시·도교육감의 추천으로 문교부장관의 제청에 의하여 국무총리를 거쳐 대통령이 임명하되, 시·군교육장은 제45조의 개정규정에 불구하고 종전의 교육공무원법 [별표]의 규정에 의한 자격기준에 해당되는 자이어야 한다.
제9조 내지 제15조 생략
제16조 (다른 법률의 개정) 교육공무원법중 다음과 같이 개정한다.
제2조 제1항제2호중 "교육감·교육장·"을 삭제하고, 동조제3항중 "군"을 "군 및 자치구"로 한다.
제9조 중 "교육장·"을 삭제한다.
제22조 중 "교육감"을 "특별시·직할시·도교육장"으로 한다.
제29조의 제목 "(교육감·장학관등의 임용)"을 "(장학관등의 임용)"으로 하고, 동조제1항중 "교육감·교육장·" 및 동조제2항중 "(교육감을 제외한다)"와 동조제3항을 각각 삭제한다.
[별표]중 교육장란을 삭제한다.
제17조 생략

부칙 [90·12·27]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조 (문교부의 명칭변경에 따른 다른 법률의 개정) ① 내지 <17>생략
<18>교육공무원법중 다음과 같이 개정한다.
제3조 제1항·제3항, 제4조, 제22조, 제24조제1항·제2항, 제25조제1항·제3항, 제27조제1항, 제29조제1항·제2항, 제30조, 제33조, 제40조제3항·제5항 및 제44조제1항제8호중 "문교부장관"을 각각 "교육부장관"으로 한다.
제3조 제3항중 "문교부차관"을 "교육부차관"으로 한다.
제2조 제3항, 제3조제1항 및 제49조제2항중 "문교부"를 각각 "교육부"로 한다.
제23조 중 "문교부령"을 "교육부령"으로 한다.
<19> 내지 <50>생략
제5조 내지 제10조 생략

부칙 [90·12·31]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(국·공립의 교육대학·사범대학등의 졸업자등에 대한 경과조치) 임용권자는 교사를 신규로 채용함에 있어서 1993연도까지 임용권자가 정하는 바에 따라 채용예정인원의 일정비율을 1989연도이전에 국립 또는 공립의 교육대학·사범대학 기타 교원양성기관에 입학한 자로서 소정의 교육과정을 이수하고 졸업하거나 수료한 자로 선발·임용할 수 있다.

부칙 [91·3·8 법4347]
제1조 (시행일) 이 법은 법률 제4310호 지방자치법중개정법률 시행후 최초로 실시되는 지방의회의원선거일부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) ①생략
②교육공무원법중 다음과 같이 개정한다.
제2조 제3항중 "시·군 및 자치구"를 삭제한다.
③ 및 ④생략
제12조 생략

부칙 [91·3·8 법4348]
①(施行日) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(대학교원 임용에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 대학에 재직중인 교원과 이 법 시행후 신규로 임용되는 대학교원에 관하여는 제11조제3항의 개정규정에 의하여 대통령령으로 정할 때까지는 종전의 규정에 의한다.
③(총장·학장 임명에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 재직중인 총장 및 학장은 이 법에 의하여 임명된 것으로 본다.
④(교장의 임기에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 재직중인 교장은 이 법에 의하여 임명된 것으로 보며, 그 임기는 이 법 시행일부터 개시된다.

부칙 [91·5·31]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (경과조치) 이 법 시행당시 교육공무원법 또는 사립학교법에 의하여 교원의 소청 또는 재심이 진행중인 사건에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
제3조 (다른 법률의 개정) ①교육공무원법중 다음과 같이 개정한다.
제52조 를 삭제한다.
제53조 제4항중 "제42조제2항 및 제50조"를 "제42조제2항·제50조 및 제76조"로 한다.
②생략

부칙 [93·12·27]
①(施行日) 이 법은 1994년 2월 1일부터 시행한다.
②(장학관 및 교육연구관에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 재직중인 장학관 및 교육연구관은 이 법에 의하여 임용된 것으로 본다.
③(고충심사위원회에 계속중인 고충사건에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 교육공무원중앙고충심사위원회에 계속중인 고충사건은 제49조제3항의 개정규정에 의한 교원징계재심위원회에서 이를 승계하여 처리한다.

부칙 [94·12·31]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [95·12·29]
이 법은 1996년 3월 1일부터 시행한다.

부칙 [96·8·14]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [96·12·30]
①(施行日) 이 법은 1997년 1월 1일부터 시행한다.
②(공립대학교육공무원의 임용에 대한 경과조치) 이 법 시행당시의 공립대학교육공무원은 이 법에 의하여 임용된 것으로 본다. 이 경우 임기가 있거나 기간을 정하여 임용된 자의 임기 또는 임용기간의 기산일은 종전의 규정에 의하여 임용된 날로 한다.
③(징계처분 및 직위해제중인 공립대학교육공무원에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 징계처분요구중에 있거나 직위해제된 공립대학교육공무원에 대한 처리는 당해 대학의 장 또는 지방자치단체의 장이 각각 이를 승계한다.
④(다른 법률의 개정) 지방공무원법중 다음과 같이 개정한다. 제2조제2항제2호중 "지방소방공무원"을 "공립의 대학 및 전문대학에 근무하는 교육공무원 및 지방소방공무원"으로 한다.

부칙 [99·1·29]
제1조 (施行日) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제10조의2, 제11조제4항·제5항 및 제6항의 개정규정은 1999년 9월 1일부터 시행하며, 제11조제3항 및 제11조의2의 개정규정은 2002년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (계약제 임용에 관한 경과조치) 종전의 규정에 의하여 기간을 정하여 임용된 교원의 경우에는 제11조의2의 개정규정에 불구하고 당해 임용기간이 종료될 때까지는 종전의 규정에 의한다.
제3조 (정년에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 재직중인 교육공무원(고등교육법 제14조의 규정에 의한 교원을 제외한다)중 생년월일이 다음 각호의 1에 해당하는 자는제47조제1항의 개정규정에 불구하고 각 해당 호에 규정된 일자에 당연퇴직된다.
1. 1934년 2월 28일이전인 자 : 1999년 2월 28일
2. 1934년 3월 1일부터 1937년 8월 31일까지의 기간중에 있는 자 : 1999년 8월 31일
제4조 (명예퇴직에 관한 경과조치) ①부칙 제3조의 규정에 의한 당연퇴직일에 퇴직하거나 그 이전에 자진하여 퇴직하는 교육공무원의 명예퇴직수당의 지급대상 및 지급액에 관하여는 제47조제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 정년을 적용한다.
②이 법 시행당시 재직중인 교육공무원중 생년월일이 1937년 9월 1일부터 1942년 8월 31일까지인 자가 2000년 8월 31일이전에 자진하여 퇴직하는 경우에 명예퇴직수당의 지급대상 및 지급액에 관하여는 제47조제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 정년을 적용한다.

부칙 [2000·1·28]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제44조제1항의 개정규정중 본인이 원하는 경우 휴직을 명하여야 하는 육아휴직 관련규정은 2001년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 [2001.1.29 법률 제6400호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ⑥생략
⑦교육공무원법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제3항, 제3조제1항, 제29조제1항 및 제49조제3항중 "교육부"를 각각 "교육인적자원 부"로 한다.
제3조제1항·제3항, 제4조 본문, 제22조, 제24조제1항 전단 및 후단·제2항, 제25조제1 항·제3항, 제27조제1항, 제29조제1항·제2항 본문·제3항·제4항, 제29조의2제1항·제7 항, 제30조 본문, 제33조제1항, 제40조제3항·제5항, 제44조제1항제8호 및 제49조제5항중 "교육부장관"을 각각 "교육인적자원부장관"으로 한다.
제3조제3항중 "교육부차관"을 "교육인적자원부차관"으로 한다.
제23조중 "교육부령"을 "교육인적자원부령"으로 한다.
⑧ 내지 <79>생략
제4조 생략

부칙 [2002.8.26]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2002.12.05]
이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제19조의2의 개정규정은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2003.07.25]
①(시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
②(대학인사위원회 여성위원에 관한 특례) 제5조제2항의 개정규정을 적용함에 있어서 대학인사위원회의 위원이 될 수 있는 여성교원이 없는 대학에 대하여는 당해 여성교원이 확보된 날부터 적용한다.

부칙 [2004.1.29 법률 제7120호(유아교육법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략
제8조 (다른 법률의 개정) ① 및 ② 생략
③교육공무원법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제2항제1호중 "초ㆍ중등교육법 제2조"를 "유아교육법 제2조제2호의 규정에 의한 유치원, 초ㆍ중등교육법 제2조"로 한다.
④ 이하생략

부칙 [2004.10.15]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (적용시한) ①별표2의 개정규정중 제2호 내지 제4호는 다음 각호와 같이 적용한다.
1. 2005년도 입학생 : 2010년에 공고되는 공개전형까지
2. 2004년도 입학생 : 2009년에 공고되는 공개전형까지
3. 2003년도 입학생 : 2008년에 공고되는 공개전형까지
4. 2002년도 입학생 : 2007년에 공고되는 공개전형까지
5. 2001년도 이전 입학생 : 2006년에 공고되는 공개전형까지
②제1항 각호의 1에 해당하는 자중 재학중 또는 졸업후 제11조제1항의 규정에 의한 공개전형에 응시하기 전에 병역법에 의한 병역의무의 이행을 위하여 징집 또는 소집된 자는 그 징집 또는 소집된 기간만큼 연장하여 적용한다.

부칙 [2005.1.27 법률 제7353호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(기간임용된 대학교원의 재임용 절차에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 기간을 정하여 임용되어 재직 중인 대학교원의 재임용 관련절차는 제11조의3제2항 내지 제6항의 개정규정에 의한다.

부칙 [2005.1.27 법률 제7354호(교원지위향상을위한특별법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①생략
②교육공무원법중 다음과 같이 개정한다.
제49조제3항중 "교원징계재심위원회"를 "교원소청심사위원회"로 하고, 제53조제1항중 ""교원징계재심위원회""를 ""교원소청심사위원회""로 하며, 제57조제1항중 ""교원징계재심위원회""를 ""교원소청심사위원회""로 한다.
③생략
제4조 생략

부칙 [2005.1.27 법률 제7360호(지방공무원법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정)①교육공무원법중 다음과 같이 개정한다.
제46조중 "지방공무원법 제65조의3제2항"을 "지방공무원법 제65조의4제2항"으로 한다.
제57조제3항중 "동법 제65조의3제1항"을 "동법 제65조의4제1항"으로 한다.
②생략
제4조 생략

부칙 [2005.5.31 제7537호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
②(선거사무위탁에 관한 적용례) 제24조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 처음 실시되는 대학의 장 후보자 추천을 위한 선거부터 적용한다.