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제2조(설치)
①보건환경연구원(이하 "연구원"이라 한다)은 특별시·광역시 및 도에 설치한다. [개정 97·12·13, 법5454]
②연구원의 설치에 관하여 필요한 사항은 당해 지방자치단체의 조례로 정한다.

부칙
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(보건연구소에 관한 경과조치) 이 법 시행당시의 보건연구소는 이 법에 의한 보건환경연구원으로 본다.
③(유사명칭의 사용금지에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 보건환경연구원 또는 이와 유사한 명칭을 사용하고 있는 자는 이 법 시행일부터 6월이내에 그 명칭을 변경하여야 한다.

부 칙[1991. 3. 8 제4356호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(보건연구소에 관한 경과조치) 이 법 시행당시의 보건연구소는 이 법에 의한 보건환경연구원으로 본다.
③(유사명칭의 사용금지에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 보건환경연구원 또는 이와 유사한 명칭을 사용하고 있는 자는 이 법 시행일부터 6월이내에 그 명칭을 변경하여야 한다.
부칙 [91·3·8]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제6조 생략

부 칙[1995. 8. 4 ]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략
제8조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ③생략
④보건환경연구원법중 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제3호중 "일반폐기물·특정폐기물"을 "폐기물"로 한다.
⑤ 및 ⑥생략

부 칙[1997.12.13 제5443호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략
제8조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ③생략
④보건환경연구원법중 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제2호중 ""축산물위생처리법"을 "축산물가공처리법"으로 한다.
④ 및 ⑤생략
제9조 생략

부 칙[1997.12.13 제5454호]
이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. [단서 생략]

부 칙[1998. 2.28 ]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ① 내지 <31>생략
<32>보건환경연구원법중 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제6호 및 제10조제2항중 "보건복지부장관"을 "보건복지부장관·식품의약품안전청장"으로 한다.
제10조제1항중 "국립보건원"을 "식품의약품안전청·국립보건원"으로 한다.
<33> 및 <34>생략
제6조 및 제7조 생략

부칙 [99·2·8]
제1조 (시행일) ①이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
②내지 ④생략
제2조 내지 제10조 생략

부칙 [2000·1·12 법6145]
이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2000. 1.12 제6146호]
제1조 (시행일) 이 법은 2000년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략
제8조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ④생략
⑤보건환경연구원법중 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제2호중 "마약법에 의한 마약, 향정신성의약품관리법에 의한 향정신성의약품, 대마관리법에 의한 대마"를 "마약류관리에관한법률에 의한 마약류"로 한다.
⑥ 및 ⑦생략
제9조 생략

부칙 [2003.5.29 제6909호(의료기기법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ①내지 ④생략
⑤보건환경연구원법중 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제2호중 "약사법에 의한 의약품·의약부외품·화장품·의료용구 및 위생용품"을 "약사법에 의한 의약품·의약외품, 화장품법에 의한 화장품, 의료기기법에 의한 의료기기"로 한다.
⑥내지 ⑨생략

부칙 [2004.1.29. 법률 제7148호(전염병예방법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제40조의6, 제40조의8제1항제3호ㆍ제4호, 제56조의2제1항의 개정규정은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ① 및 ② 생략
③보건환경연구원법중 다음과 같이 개정한다.
제10조제1항중 “국립보건원”을 “질병관리본부”로 한다.
④ 생략

부칙 [2004.2.9. 법률 제7170호(악취방지법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 ① 내지 ③ 생략
④보건환경연구원법중 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제3호중 “대기환경보전법에 의한 대기ㆍ악취”를 “대기환경보전법에 의한 대기, 악취방지법에 의한 악취”로 한다.
⑤ 생략

부칙 [2006.9.27 제8014호(하수도법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제9조 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 내지 <20> 생략
<21>보건환경연구원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제3호중 “오수·분뇨및축산폐수의처리에관한법률”을 “「하수도법」 및 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」”로, “오수처리시설”을 “개인하수처리시설”로, “축산폐수처리시설”을 “처리시설”로 한다.
<22> 내지 <57> 생략
제11조 생략

부칙 [2007.1.19 제8260호(해양환경관리법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제19조제1 항제2호의 규정은 공포한 후 2년이 경과한 날부터, 제110조제1항의 규정은 공포 후 3년이 경과한 날부터, 제40조 및 제53조의 규정은 이 법 시행 후 「선박 유해 방오시스템의 규제에 관한 국제협약」이 우리나라에서 효력을 발생하는 날부터 시행한다.
제2조 내지 제22조 생략
제23조(다른 법률의 개정) ① 내지 ③ 생략
④보건환경연구원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제3호중 “해양오염방지법”을 “「해양환경관리법」”으로 한다.
⑤ 내지 <17> 생략

부칙 [2007.5.17 제8466호(수질 및 수생태계 보전에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑭ 생략
⑮보건환경연구원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항제3호 중 “수질환경보전법”을 “「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」”로 한다.
<16> 내지 <55> 생략
제5조 생략