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제27조(건강기능식품심의위원회)
①보건복지부장관 또는 식품의약품안전청장의 자문에 응하여 다음 사항을 조사·심의하기 위하여 보건복지부에 건강기능식품심의위원회를 둔다.
1. 건강기능식품의 정책에 관한 사항
2. 건강기능식품의 기준·규격에 관한 사항
3. 건강기능식품의 표시·광고에 관한 사항
4. 그 밖에 건강기능식품에 관한 중요사항
②건강기능식품의 기준·규격 및 표시·광고 등에 관한 조사·연구를 하기 위하여 건강기능식품심의위원회에 연구위원을 둘 수 있다.
③제1항 및 제2항의 규정에 의한 건강기능식품심의위원회의 구성 및 운영 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부칙
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (건강기능식품제조업의 허가 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 식품위생법 제22조제5항의 규정에 의하여 식품제조·가공업의 신고를 한 자가 제14조제1항의 규정에 의한 기준·규격의 건강기능식품을 제조하는 경우에는 이 법에 의한 건강기능식품제조업의 영업자로 본다. 이 경우 이 법 시행후 6월 이내에 제5조의 규정에 의하여 식품의약품안전청장의 허가를 받아야 하되, 수수료는 면제한다.
②제1항 전단의 규정에 의한 영업자가 이 법 시행 당시 식품위생법 제22조제6항의 규정에 의하여 제조보고한 품목이 제14조제1항의 규정에 의한 기준·규격의 건강기능식품에 해당하는 경우에는 계속하여 제조·판매할 수 있다. 이 경우 이 법 시행후 6월 이내에 제7조의 규정에 의한 품목의 제조방법설명서 등 보건복지부령이 정하는 구비서류를 갖추어 식품의약품안전청장에게 신고하여야 하되, 수수료는 면제한다.
제3조 (건강기능식품수입업의 신고에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 식품위생법 제16조제1항의 규정에 의하여 식품등 수입판매업의 신고를 한 자가 제14조제1항의 규정에 의한 기준·규격의 건강기능식품을 수입·판매하는 경우 이 법에 의한 건강기능식품수입업의 영업자로 본다. 이 경우 이 법 시행후 6월 이내에 제6조제1항의 규정에 의하여 식품의약품안전청장에게 신고하여야 하되, 수수료는 면제한다.
제4조 (영업허가 취소된 자 등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 식품위생법에 의하여 허가취소 또는 폐쇄명령을 받은 자에 대한 허가 또는 신고제한기한은 식품위생법의 규정에 의한다.
제5조 (벌칙 및 과태료에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙 또는 과태료의 적용에 있어서는 식품위생법의 규정에 의한다.
제6조 (처분 등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 식품위생법에 의하여 행하여진 처분·신청·신고·보고 그 밖의 행정기관에 대한 행위는 이 법의 규정에 의하여 행한 처분·신청·보고 그 밖의 행정기관에 대한 행위로 본다.
제7조 (단체에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 식품위생법 제44조의 규정에 의하여 설립된 동업자조합중 제28조의 규정에 해당하는 단체는 이 법에 의하여 설립된 것으로 본다.
제8조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 식품위생법의 규정을 인용하고 있는 경우에 이 법중에 그에 해당하는 규정이 있으면 종전의 규정에 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.
제9조 (다른 법률의 개정) ①식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제71조제2항제2호중 "제65조"를 "제65조 및 건강기능식품에관한법률 제37조"로 하고, 동조제3항제1호중 "영업자"를 "영업자(건강기능식품에관한법률에 의한 영업자를 포함한다)"로 하며, 동항제7호중 "식품위생 및 국민영양"을 "식품위생, 국민영양 및 건강기능식품"으로 한다.
②공업배치및공장설립에관한법률중 제16조제6항에 제13호의2를 다음과 같이 신설한다.
13의2. 건강기능식품에관한법률 제5조의 규정에 의한 건강기능식품제조업의 허가
③유통산업발전법중 제10조제1항에 제3호의2를 다음과 같이 신설한다.
3의2. 건강기능식품에관한법률 제5조의 규정에 의한 건강기능식품제조업 또는 동법 제6조의 규정에 의한 건강기능식품판매업
④보건범죄단속에관한특별조치법을 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항 각호외의 부분중 "이미 허가 또는 신고된 식품이나 첨가물"을 "건강기능식품에관한법률 제5조의 규정에 의하여 허가를 받지 아니하고 건강기능식품을 제조·가공한 자, 이미 허가 또는 신고된 식품, 식품첨가물 또는 건강기능식품"으로, "동법 제6조·제7조제4항"을 "식품위생법 제6조·제7조제4항 또는 건강기능식품에관한법률 제24조제1항"으로 하고, 동조제1항제1호 및 제2호중 "식품 또는 첨가물"을 각각 "식품, 식품첨가물 또는 건강기능식품"으로 한다.

부칙 [2004.3.22.]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2005.3.31 제7428호(채무자 회생 및 파산에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조(다른 법률의 개정) ①,② 생략
③건강기능식품에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제11조제2항중 "파산법"을 "「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」"로 한다.
④ 내지 [145] 생략
제6조 생략

부칙 [2006.10.4 제8033호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부칙 [2007.4.11 제8365호(약사법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. [단서생략]
제2조 내지 제20조 생략
제21조(다른 법률의 개정) ①건강기능식품에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제6조제2항 단서 중 “약사법 제16조의 규정”을 “「약사법」 제20조”로 한다.
② 내지 ⑫ 생략
제22조 생략