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제99조(단체협약 준수)
①취업규칙은 법령 또는 당해 사업 또는 사업장에 대하여 적용되는 단체협약에 반할 수 없다.
②노동부장관은 법령 또는 단체협약에 저촉되는 취업규칙의 변경을 명할 수 있다.

부칙 [1997.3.13 제5309호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <개정 1998.2.20>
제2조 (보고등의 요구에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 노동부장관, 노동위원회 및 근로감독관이 사용자 또는 근로자에 대하여 행한 보고, 출석 및 장부와 서류의 제출요구는 이 법에 의하여 행한 보고, 출석 및 장부와 서류의 제출요구로 본다.
제3조 (근로계약등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 체약되거나 작성된 근로계약, 취업규칙 및 기숙사규칙은 이 법에 의하여 체결되거나 작성된 근로계약, 취업규칙 및 기숙사규칙으로 본다.
제4조 (해고의 예고에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 행한 해고의 예고는 이 법에 의한 해고의 예고로 본다.
제5조 (퇴직금제도에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 설정된 퇴직금제도와 미리 정산하여 지급된 퇴직금은 이 법에 의하여 설정되거나 지급된 것으로 본다.
제6조 (휴일등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 사용자가 근로자에 준 휴일 및 휴가는 이 법에 의하여 준 휴일 및 휴가로 본다.
제7조 (재해보상등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 행한 재해보상은 이 법에 의하여 행한 것으로 본다.
제8조 (서면합의의 효력에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 사용자와 근로자대표간의 서면합의 또는 사용자와 근로자간의 합의는 이 법에 의한 서면합의 또는 합의로 본다.
제9조 (동의의 효력에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 사용자가 노동조합, 근로자의 과반수, 근로자, 보상을 받을 자 및 기숙사에 기숙하는 근로자의 과반수를 대표하는 자등의 동의를 얻은 경우에는 이 법에 의하여 동의를 얻은 것으로 본다.
제10조 (청구등의 효력에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 근로자가 노동부장관, 노동위원회 및 사용자에게 행한 청구 또는 신청등과 사용자가 노동부장관 및 노동위원회에 행한 청구 또는 신청등은 이 법에 의하여 행한 청구 또는 신청등으로 본다.
제11조 (신고의 효력에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 사용자가 노동부장관에 행한 신고는 이 법에 의하여 행한 신고로 본다.
제12조 (인가등의 효력에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 노동부장관 및 노동위원회가 행한 인가, 인정, 승인, 명령, 심사, 중재 및 인가의 취소등의 행위는 이 법에 의하여 행한 인가, 인정, 승인, 명령, 심사, 중재 및 인가의 취소등의 행위로 본다.
제13조 (취직인허증등의 효력에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 노동부장관이 발행한 취직인허증, 신분증명서, 임검지령서 및 검진지령서는 이 법에 의하여 발행한 취직인허증, 신분증명서, 임검지령서 및 검진지령서로 본다.
②이 법 시행당시 취업중인 13세이상 15세미만의 근로자가 이 법 시행후 3월이내에 노동부장관에게 취직인허를 신청하는 경우에는 노동부장관은 취직인허증을 발행하여야 한다.
제14조 (벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제15조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 근로기준법 또는 그 규정을 인용한 경우 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부칙 [1997.12.24 제5473호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (임금채권 우선변제에 대한 경과조치) ①제37조제2항제2호의 개정규정에 불구하고 이 법 시행전에 퇴직한 근로자의 경우에는 1989년 3월 29일 이후의 계속근로년수에 대한 퇴직금을 우선변제의 대상으로 한다.
②제37조제2항제2호의 개정규정에 불구하고 이 법 시행전에 채용된 근로자로서 이 법 시행후 퇴직하는 근로자의 경우에는 1989년 3월 29일이후부터 이 법 시행전까지의 계속근로년수에 대한 퇴직금에 이 법 시행후의 계속근로년수에 대하여 발생하는 최종 3연간의 퇴직금을 합산한 금액을 우선변제의 대상으로 한다.
③제1항 및 제2항의 규정에 의하여 우선변제의 대상이 되는 퇴직금은 계속근로년수 1년에 대하여 30일분의 평균임금으로 계산한 금액으로 한다.
④제1항 및 제2항의 규정에 의하여 우선변제의 대상이 되는 퇴직금은 250일분의 평균임금을 초과할 수 없다.

부칙 [1998.2.20 제5510호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [1999.2.8 제5885호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2001.8.14 제6507호]
①(시행일) 이 법은 2001년 11월 1일부터 시행한다.
②(산전후휴가 확대에 관한 적용례) 제72조제1항의 개정규정은 2001년 11월 1일 이후 출산하는 근로자부터 적용한다.

부칙 [2003.9.15 제6974호]
제1조 (시행일) 이 법의 시행일은 다음 각호와 같다.
1. 금융·보험업, 정부투자기관관리기본법 제2조의 규정에 의한 정부투자기관, 지방공기업법 제49조 및 동법 제76조의 규정에 의한 지방공사 및 지방공단, 국가·지방자치단체 또는 정부투자기관이 자본금의 2분의 1 이상을 출자하거나 기본재산의 2분의 1 이상을 출연한 기관·단체와 그 기관·단체가 자본금의 2분의 1 이상을 출자하거나 기본재산의 2분의 1 이상을 출연한 기관·단체 및 상시 1,000인 이상의 근로자를 사용하는 사업 또는 사업장 : 2004년 7월 1일
2. 상시 300인 이상 1,000인 미만의 근로자를 사용하는 사업 또는 사업장 : 2005년 7월 1일
3. 상시 100인 이상 300인 미만의 근로자를 사용하는 사업 또는 사업장 : 2006년 7월 1일
4. 상시 50인 이상 100인 미만의 근로자를 사용하는 사업 또는 사업장 : 2007년 7월 1일
5. 상시 20인 이상 50인 미만의 근로자를 사용하는 사업 또는 사업장 : 2008년 7월 1일
6. 상시 20인 미만의 근로자를 사용하는 사업 또는 사업장, 국가 및 지방자치단체의 기관 : 2011년을 초과하지 아니하는 기간 이내에서 대통령령이 정하는 날
제2조 (개정규정의 적용에 관한 특례) 사용자가 부칙 제1조의 규정에 의한 시행일전에 근로자의 과반수로 조직된 노동조합이 있는 경우에는 그 노동조합, 근로자의 과반수로 조직된 노동조합이 없는 경우에는 근로자의 과반수의 동의를 얻어 노동부령이 정하는 바에 따라 노동부장관에게 신고한 경우에는 부칙 제1조의 규정에 의한 시행일전이라도 이를 적용할 수 있다.
제3조 (연장근로에 관한 특례) ①부칙 제1조 각호의 시행일(부칙 제2조의 규정에 의하여 노동부장관에게 신고한 경우에는 적용일을 말한다. 이하 같다)부터 3년간은 제52조제1항 및 제58조제1항의 규정을 적용함에 있어 "12시간"을 각각 "16시간"으로 본다.
②제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초의 4시간에 대하여는 제55조의 규정중 "100분의 50"을 "100분의 25"로 본다.
제4조 (임금보전 및 단체협약의 변경 등) ①사용자는 이 법 시행으로 인하여 기존의 임금수준 및 시간당 통상임금이 저하되지 아니하도록 하여야 한다.
②근로자·노동조합 및 사용자는 이 법 시행과 관련하여 단체협약 유효기간의 만료여부를 불문하고 가능한 빠른 시일 이내에 단체협약, 취업규칙 등에 임금보전방안 및 이 법 개정사항이 반영되도록 하여야 한다.
③제1항 및 제2항을 적용함에 있어 임금항목 또는 임금 조정방법은 단체협약, 취업규칙 등을 통하여 근로자·노동조합 및 사용자가 자율적으로 정한다.
제5조 (월차 및 연차 유급휴가에 관한 경과조치) 이 법 시행일전에 발생한 월차유급휴가 및 연차유급휴가에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
제6조 (벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행일전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2005.1.27 제7379호(근로자퇴직급여보장법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2005년 12월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제5조 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ①근로기준법중 다음과 같이 개정한다.
제34조를 다음과 같이 한다.
제34조 (퇴직급여제도) 사용자가 퇴직하는 근로자에게 지급하는 퇴직급여제도에 관하여는 근로자퇴직급여보장법이 정하는 바에 따른다.
제37조제1항 본문중 "임금·퇴직금"을 "임금"으로 한다.
제37조제2항제2호를 삭제한다.
제96조제5호중 "퇴직금, 상여"를 "근로자퇴직급여보장법 제8조의 규정에 의한 퇴직금, 상여"로 한다.
②및 ③생략
제7조 생략