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제6조(공공기관 등의 지정 절차)
① 기획재정부장관은 매 회계연도 개시 후 1개월 이내에 공공기관을 새로 지정하거나, 지정을 해제하거나, 구분을 변경하여 지정한다. 다만, 회계연도 중이라도 다음 각 호의 구분에 따라 공공기관을 새로 지정하거나, 지정을 해제하거나, 구분을 변경하여 지정할 수 있다. [개정 2009.12.29]
1. 제4조제1항 각 호의 요건에 해당하는 기관이 신설된 경우: 신규 지정
2. 공공기관으로 지정된 기관이 민영화, 기관의 통합·폐지·분할 또는 관련 법령의 개정·폐지 등에 따라 이 법의 적용을 받을 필요가 없게 되거나 그 지정을 변경할 필요가 발생한 경우: 지정 해제 또는 구분 변경 지정
②기획재정부장관은 제1항의 규정에 따라 공기업·준정부기관과 기타공공기관을 새로 지정하거나 지정해제 또는 변경지정하는 때에는 관계 법령에 따라 그 공기업·준정부기관과 기타공공기관의 업무를 관장하는 행정기관(이하 "주무기관"이라 한다)의 장과 협의한 후, 제8조의 규정에 따른 공공기관운영위원회의 심의·의결을 거쳐야 한다. [개정 2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
③기획재정부장관은 제1항 및 제2항의 규정에 따라 공기업·준정부기관과 기타공공기관을 새로 지정하거나 지정해제 또는 변경지정할 경우 이를 고시하여야 한다. 이 경우 필요하다고 인정하는 때에는 기존의 공기업·준정부기관과 기타공공기관을 함께 고시할 수 있다. [개정 2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
④공기업·준정부기관과 기타공공기관의 지정(변경지정을 포함한다)·지정해제와 고시 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부칙 [2007.1.19 제8258호]
제1조 (시행일) 이 법은 2007년 4월 1일부터 시행한다. 다만, 제9조의 규정에 따른 운영위원회의 구성과 이 법 시행 후 최초로 이 법의 적용을 받을 공기업·준정부기관과 기타공공기관의 지정에 필요한 행위는 이 법 시행 전에 할 수 있다.
제2조 (다른 법률의 폐지) 다음 각 호의 법률은 이를 각각 폐지한다.
1. 「정부투자기관 관리기본법」
2. 「정부산하기관 관리기본법」
제3조 (공공기관 등의 최초 지정 및 구분) ①기획예산처장관은 이 법 시행과 동시에 주무기관의 장과의 협의와 운영위원회의 심의·의결을 거쳐 이 법의 적용을 받는 공기업·준정부기관 및 기타공공기관을 지정하여 고시한다.
②기획예산처장관은 제1항의 규정에 따라 공기업·준정부기관을 최초로 지정하여 고시하는 경우에는 이 법 시행 당시 「정부투자기관 관리기본법」, 「정부산하기관 관리기본법」 및 「공기업의 경영구조개선 및 민영화에 관한 법률」의 적용 대상 기관 중 직원 정원이 50인 이상인 기관 중에서 지정하여 고시한다.
제4조 (경과조치) ①제9조제2항의 규정에 불구하고 운영위원회의 위원 중 제9조제1항제4호의 규정에 따라 최초로 위촉되는 위원의 임기는 3년·2년·1년으로 각각 달리 정할 수 있다.
②제31조제5항의 규정에 불구하고 이 법 시행 후 최초로 지정되는 공기업 또는 준정부기관의 기관장이 임명 당시 임명과 관련하여 체결한 경영 및 성과에 관한 계약은 이 법에 따라 주무기관의 장과 기관장이 체결한 계약으로 본다.
③제46조제2항의 규정에 불구하고 이 법 시행 후 최초로 지정되는 공기업 또는 준정부기관이 이 법 시행 당시 설정한 경영목표는 이 법에 따라 설정된 것으로 본다.
④제48조제1항 단서의 규정에 불구하고 이 법 시행 후 최초로 지정되는 공기업·준정부기관의 경영실적 보고 및 경영실적 평가는 「정부투자기관 관리기본법」 및 「정부산하기관 관리기본법」의 관련 규정을 적용하여 이를 실시한다.
⑤이 법 시행 당시 종전의 정부투자기관운영위원회 및 정부산하기관운영위원회가 의결한 사항은 이 법에 따른 운영위원회가 의결한 것으로 본다.
제5조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법령에서 정부투자기관 또는 정부산하기관을 인용하고 있는 경우에는 2009년 12월 31일까지는 각각 이 법 시행 당시 「정부투자기관 관리기본법」 또는 「정부산하기관 관리기본법」에 따라 정부투자기관 또는 정부산하기관으로 확정된 기관을 인용한 것으로 본다. [개정 2009.1.30]

부칙 [2007.8.3 제8635호(자본시장과 금융투자업에 관한 법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 1년 6개월이 경과한 날부터 시행한다. [단서생략]
제2조 내지 41조 생략
제42조 (다른 법률의 개정) ① 내지 <66> 생략
<67>공공기관의 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제20조제4항 중 "「증권거래법」 제54조의6(감사위원회)"을 "「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제26조(감사위원회의 설치)"로 한다.
제43조 내지 제44조 생략

부칙 [2007.12.14 제8696호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, ···<생략>···, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법의 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 <694> 까지 생략
<695> 공공기관의 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항 각 호 외의 부분·제2항 각 호 외의 부분, 제5조제1항·제2항·제3항 각 호 외의 부분·제4항, 제6조제1항부터 제3항까지, 제7조제1항 각 호 외의 부분·제2항, 제8조 각 호 외의 부분, 제9조제1항제4호, 제11조제1항 각 호 외의 부분, 같은 항 제10호, 제12조제1항부터 제3항까지, 제13조제2항 후단, 제14조제1항부터 제3항까지, 제15조제2항, 제21조제2항 단서, 제25조제3항 전단·제4항, 제26조제4항, 제31조제3항 전단·제4항 단서, 제35조제2항, 제36조제1항부터 제3항까지, 제40조제6항 본문, 제42조제3항, 제46조제1항부터 제4항까지, 제47조제1항, 제48조제1항부터 제6항까지, 제49조, 제50조제1항 각 호 외의 부분·같은 항 제3호, 같은 조 제2항 및 제51조제1항·제2항·제4항 중 "기획예산처장관"을 각각 "기획재정부장관"으로 한다.
제9조제1항 각 호 외의 부분 중 "위원장 1인과 부위원장 1인 및"을 "위원장 1인 및"으로, "기획예산처장관이 위원장이 되고, 재정경제부장관이 지명하는 재정경제부차관이 부위원장이 된다"를 "기획재정부장관이 위원장이 된다"로 하고, 같은 항 제1호 중 "국무조정실"을 "국무총리실"로, "국무조정실장"을 "국무총리실장"으로 한다.
제10조제1항 중 "위원장과 부위원장"을 "위원장"으로 한다.
제32조제5항 전단 중 "기획예산처장관이 재정경제부장관과 협의하여"를 "기획재정부장관이"로 하고, 같은 항 후단 중 "기획예산처장관"을 "기획재정부장관"으로 한다.
제39조제3항 중 "재정경제부령"을 "기획재정부령"으로 한다.
제43조제2항 각 호 외의 부분·제3항·제4항·제6항 및 제45조 중 "재정경제부장관"을 각각 "기획재정부장관"으로 한다.
<696> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.12.31 제9277호]
이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2009.1.30 제9345호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2009.3.25 제9513호]
①(시행일) 이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 법률 제9277호 공공기관의 운영에 관한 법률 일부개정법률 제25조·제34조 및 제48조의 개정규정(이 법에 따라 개정된 부분에 한한다)은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
②(회계감사, 회계감사인의 선임 및 회계감사인 등의 손해배상책임 등에 관한 적용례) 제43조·제43조의2 및 제43조의3의 개정규정은 2010회계연도 결산분부터 적용한다.
③(경영평가단 구성·운영에 관한 적용례) 법률 제9277호 공공기관의 운영에 관한 법률 일부개정법률 제48조의 개정규정(이 법에 따라 개정된 부분에 한한다)은 이 법 시행 후 최초로 실시하는 경영실적 평가 분부터 적용한다.

부 칙[2009.12.29 제9829호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제24조ㆍ제26조제3항 및 제44조의 개정규정은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다.
②(결산서의 제출에 관한 적용례) 제43조의 개정규정은 2010회계연도의 결산부터 적용한다.
③(임원의 임면에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 공기업 및 준정부기관 임원의 임면절차가 진행되고 있는 경우에는 제25조 및 제26조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

부 칙[2010.5.17 제10286호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(중장기재무관리계획의 수립 등에 관한 적용례) 제39조의2 및 제46조의 개정규정은 2012년에 수립하는 중장기재무관리계획 및 중장기 경영목표부터 각각 적용한다.

부 칙[2011.7.25 제10896호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2013.3.23 제11690호(정부조직법)]
제1조(시행일) ① 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
② 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 공공기관의 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제9조제1항제1호 중 "국무총리실"을 "국무조정실"로, "국무총리실장"을 "국무조정실장"으로 한다.
③부터 <710>까지 생략
제7조 생략

부 칙[2013.5.28 제11845호(자본시장과 금융투자업에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조부터 제15조까지 생략
제16조(다른 법률의 개정) ① 공공기관의 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제54조 중 "유가증권시장"을 "대통령령으로 정하는 증권시장"으로 한다.
②부터 <23>까지 생략
제17조 생략

부 칙[2014.1.21 제12268호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙[2014.5.28 제12673호(과학기술기본법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 공공기관의 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제48조제2항 중 "「과학기술기본법」 제32조(정부출연연구기관등의 육성)제2항의 규정에"를 "「과학기술기본법」 제32조(정부출연연구기관등의 육성)제3항에"로 한다.
②부터 ⑤까지 생략

부 칙[2016.3.22 제14076호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2016.12.27 제14461호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

부 칙[2017.10.31 제15022호(주식회사 등의 외부감사에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제13조까지 생략
제14조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 공공기관의 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제43조제1항제2호 중 "「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제3조제1항제3호"를 "「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조제7호나목"으로 한다.
제43조의3제3항 전단 중 "「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제3조제3항부터 제5항까지, 제7항, 제4조제7항 및 제6조제1항"을 "「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제9조제3항부터 제6항까지, 제10조제5항 및 제21조제1항"으로 한다.
제43조의4 전단 중 "「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제17조제1항부터 제5항까지 및 제7항"을 "「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제31조제1항부터 제5항까지 및 제7항"으로 하고, 같은 조 후단의 "제4조"를 "제10조"로 한다.
③부터 <37>까지 생략
제15조 생략

부 칙[2018.3.27 제15524호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(기타공공기관의 세부분류 등을 위한 준비행위) 기획재정부장관은 이 법 시행 전에 제5조의 개정규정에 따른 기타공공기관의 세분 및 관련 정책 등의 수정·보완·협의 등을 위하여 필요한 준비를 할 수 있다.
제3조(예비타당성조사 결과 관련 자료의 공개에 관한 적용례) 제40조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 실시하는 예비타당성조사부터 적용한다.
제4조(비위행위자 수사 의뢰 등에 관한 적용례) 제52조의3부터 제52조의6까지의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제52조의3제2항의 개정규정에 따른 비위행위를 한 경우부터 적용한다.