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제9조(선장의 직접지휘)
선장은 선박이 항구를 출입할 때 또는 선박이 좁은 수로를 지나갈 때 그밖에 선박에 위험이 생길 염려가 있는 때에는 선박의 조종을 직접 지휘하여야 한다.

부칙 <제3751호,1984.8.7>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1월이 경과한 날로부터 시행한다. 다만, 제63조 및 제64조의 규정은 1985년 7월 1일부터, 제78조의 규정은 1987년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (선원근로계약에 관한 경과조치) ①이 법 시행전에 생긴 사유로 인하여 선박소유자가 선원에게 지급하여야 할 임금·수당·송환비용 또는 재해보상에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
②이 법 시행전에 체결된 선원근로계약중 특정계약에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
제3조 (임금등의 조정에 관한 경과조치) 해운항만청장은 이 법 시행전에 일반계약에 의하여 선원을 고용한 선박소유자가 제47조 내지 제51조 및 제67조 내지 제71조의 규정을 적용함에 있어 선원로동조합과 협의한 경우에는 이 법 시행일로부터 1년의 범위 안에서 동 규정의 전부 또는 일부의 규정을 적용하지 아니하게 할 수 있다. 이 경우 선원로동조합이 없거나 협의가 이루어지지 아니하는 경우에는 해운항만청장이 이를 조정할 수 있다.

부칙 <제3961호,1987.11.28>
①(시행일) 이 법은 1988년 1월 1일부터 시행한다.
②(벌칙적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 <제4255호,1990.8.1>
①(시행일) 이 법은 공포후 1월이 경과한 날부터 시행한다.
②(주근로시간에 관한 경과조치) 제57조 내지 제59조의 개정규정에 의한 1주간 근로시간 44시간은 1991년 12월 31일까지 46시간으로 한다.
③(퇴직금에 관한 경과조치) 선원의 퇴직금에 관한 규정을 적용함에 있어 이 법 시행일까지의 근속년삭에 따른 퇴직금에 대하여는 제51조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다. 이 경우 퇴직금 산정의 기준이 되는 기본급의 산정방법등에 대하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부칙(해운법) <제4546호,1993.3.10>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) ①및 ②생략
③선원법중 다음과 같이 개정한다.
제103조제1항중 "해운업법"을 "해운법"으로 한다.
④내지 ⑥생략

(항만법) <제4925호,1995.1.5>
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①내지 ③생략
④선원법중 다음과 같이 개정한다.
제14장에 제130조의2를 다음과 같이 신설한다.
제130조의2 (민원사무의 전산처리등) 이 법에 의한 민원사무의 전산처리등에 관하여는 항만법 제70조의3의 규정을 준용한다.
⑤생략
제4조 생략