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제59조(품목의 제조정지등)
①식품의약품안전청장, 시·도지사, 시장·군수 또는 구청장은 영업자가 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 6월이내의 기간을 정하여 당해 품목 또는 품목류(제7조 또는 제9조의 규정에 의하여 정하여진 식품등의 기준 및 규격중 동일한 기준 및 규격을 적용받아 제조·가공되는 모든 품목을 말한다. 이하 같다)의 제조정지를 명할 수 있다. [개정 88·12·31, 95·12·29, 98·2·28, 2002.8.26.] [[시행일 2003.2.26.]]
1. 제7조제4항, 제9조제4항, 제10조제2항, 제11조제1항 또는 제19조제1항의 규정에 위반한 때
2. 기타 이 법 또는 이 법에 의한 명령에 위반한 때
②삭제 [95·12·29]
③제1항의 규정에 의한 행정처분의 세부적인 기준은 그 위반행위의 유형과 위반의 정도등을 참작하여 보건복지부령으로 정한다. [신설 91·12·14, 95·12·29]

부칙 [1962.1.20 제1007호]
①본법은 공포한 날로부터 90일을 경과한 후에 시행한다.
②다음 각호의 법령은 이를 폐지한다.
1. 1900년 법률 제15호 음식물 기타 물품취체 규칙에 관한 건
2. 1911년 총령 제133호 위생상 유해음식물 및 유해물품취체 규칙
3. 1912년 총령 제121호 메칠알콜(木精)취체 규칙
4. 1911년 총령 제134호 청량음료수 및 빙설영업취체 규칙
5. 1916년 경령 제2호 료리옥, 음식점영업취체 규칙
6. 1945년 군정법령 제23호 주정음료의 판매금지
7. 1946년 군정법령 제83호 공설욕장 및 음식점의 면허중 본법에 저촉되는 조항
8. 1940년 총령 제114호 조선우유영업취체 규칙
9. 1916년 경령 제3호 예기, 작부, 예기치옥취체 규칙
③본법 시행당시 종전의 법령에 의하여 받은 영업허가는 본법에 의하여 받은 허가로 본다. 단 본법에 의한 시설기준에 적합하지 아니하는 시설은 본법 시행일로부터 1년이내에 본법에 의한 시설기준에 적합하도록 그 시설을 개수하지 아니할 때에는 그 영업허가를 취소한다.

부칙 [1967.3.30 제1921호]
이 법은 공포후 2월이 경과한 날로부터 시행한다.

부칙 [1973.2.16 제2532호]
이 법은 공포한 날로부터 시행한다.

부칙 [1974.12.21 제2701호]
이 법은 공포한 날로부터 시행한다.

부칙 [1976.12.31 제2971호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날로부터 시행한다.
②(조리사에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 보건사회부장관이 지정하는 조리사의 양성학교 또는 양성기관에 재학중인 자에 대하여는 제29조의 규정에 불구하고 종전의 예에 의하여 조리사면허를 할 수 있다.
③(영양사에 대한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 보건사회부장관이 지정한 영양사의 양성학교 또는 양성기관에 재학중인 자로서 1977년 3월이전에 수료하는 자에 대하여는 제30조의 규정에 불구하고, 종전의 예에 의하여 영양사면허를 할 수 있다.

부칙 [1980.12.31 제3334호]
이 법은 공포한 날로부터 시행한다.

부칙 [1986.5.10 제3823호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날로부터 시행한다.
제2조 (처분등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 행하여진 처분·신청·신고 기타 행정기관에 대한 행위는 이 법의 규정에 의하여 행한 처분·신청·신고 기타 행정기관에 대한 행위로 본다.
제3조 (동업자조합등에 관한 경과조치) ①이 법 시행전에 영업자를 회원으로 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 사단법인은 이 법 시행후 1년 이내에 제44조제3항의 규정에 불구하고 이 법에 적합하도록 정관을 변경하고 기타 요건을 갖추어 보건사회부장관 또는 시·도지사의 인가를 받음으로써 이 법에 의한 조합이 될 수 있다.
②이 법 시행당시의 동업자조합 및 동업자조합연합회는 이 법에 의한 조합 및 연합회로 본다. 다만, 이 법 시행후 6월 이내에 이 법에 맞도록 정관을 변경하고 기타 필요한 요건을 갖추어야 한다.
제4조 (한국식품공업협회에 관한 경과조치) 이 법 시행당시의 사단법인 한국식품공업협회는 이 법에 의한 협회로 본다. 다만, 이 법 시행후 6월 이내에 이 법에 맞도록 정관을 변경하고 기타 필요한 요건을 갖추어야 한다.
제5조 (집단급식소에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 집단급식소를 운영하는 자는 이 법 시행후 6월 이내에 시·도지사에게 신고하여야 한다.
제6조 (영업허가제한에 해당하는 영업자에 관한 경과조치) 이 법 시행당시의 영업자로서 제24조제1항제5호 및 제6호의 1에 해당하는 자에 대하여는 이 법 시행후 6월동안은 제58조제1항제3호(제24조제1항제1호에 해당하는 경우를 제외한다)의 규정을 적용하지 아니한다.
제7조 (다른 법률의 개정) 보건범죄단속에관한특별조치법중 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항 본문중 "식품위생법 제23조제1항 및 제3항"을 "식품위생법 제22조제1항 및 제3항"으로, "동법 제5조, 제6조제4항"을 "동법 제6조, 제7조제4항"으로 한다.
제8조 (과징금의 귀속에 관한 특례) 제65조제1항 및 제3항의 규정에 의하여 시·도지사가 과징금으로 징수한 금액은 동조제4항 본문의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 기한까지는 식품진흥기금에 귀속된다.

부칙 [1988.12.31 제4071호]
①(시행일) 이 법은 1989년 1월 1일부터 시행한다.
②(동업자조합등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 설립·운영되고 있는 동업자조합은 제44조의 개정규정에 불구하고 이 법에 의한 조합으로 본다. 다만, 이 법 시행후 1년 이내에 이 법에 적합하도록 정관을 변경하고 필요한 요건을 갖추어 보건사회부장관의 인가를 받아야 한다.

부칙 [1991.12.14 제4432호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제4조제8호의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (영업허가가 취소된 자등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 허가취소 또는 폐쇄명령을 받은 자에 대한 제24조제1항제3호 또는 동조제2항제2호의 규정에 의한 허가 또는 신고제한기간은 종전의 규정에 의한다.
제3조 (연구원의 설립준비) ①보건사회부장관은 이 법 시행일부터 60일 이내에 5인 이내의 설립위원을 위촉하여 연구원의 설립에 관한 사무를 처리하게 하여야 한다.
②설립위원은 연구원의 정관을 작성하여 보건사회부장관의 인가를 받아야 한다.
③설립위원은 제2항의 규정에 의한 인가를 받은 때에는 지체없이 연구원의 설립등기를 하여야 한다.
④설립위원은 연구원의 설립등기후 지체없이 연구원의 원장에게 사무를 인계하여야 하며, 사무의 인계가 끝난 때에는 해촉된 것으로 본다.

부칙 [1994.12.22 제4791호(기금관리기본법)]
제1조 (시행일) 이 법은 1995년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (다른 법률의 개정) ①식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제65조제4항을 다음과 같이 한다.
④제1항 및 제3항의 규정에 의하여 징수한 과징금중 보건사회부장관이 부과·징수한 과징금은 국가에, 시·도지사, 시장·군수 또는 구청장이 부과·징수한 과징금은 제71조의 규정에 의한 식품진흥기금에 각각 귀속된다.
제71조제1항중 "보건사회부·"를 삭제하고, 동조제3항제4호를 삭제하며, 동조제4항중 "보건사회부장관 및"을 삭제한다.
②내지 ⑨생략

부칙 [1995.1.5 제4908호(먹는물관리법)]
제1조 (시행일) 이 법은 1995년 5월 1일부터 시행한다.
제2조 (영업의 허가등에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 식품위생법 제22조의 규정에 의하여 광천음료수제조업의 허가를 받은 자는 이 법에 의한 먹는샘물제조업의 허가를 받은 것으로 본다. 다만, 이 법 시행일부터 1년 이내에 제17조의 규정에 의한 시설기준에 적합하도록 시설을 갖추어야 하며 제10조의 규정에 의한 조사서를 작성·제출하여야 한다.
②환경처장관은 제1항 단서의 규정에 의하여 제출된 조사서의 심사결과에 따라 제18조제4항의 규정에 의한 필요한 조건을 붙일 수 있으며, 시설이 미비된 경우에는 6월내의 기간을 정하여 그 시설의 보완을 명할 수 있다.
③생략
제3조 생략
제4조 (계속중인 행위에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 식품위생법 또는 공중위생법의 규정에 의하여 행한 고시·행정처분 기타 행정기관의 행위 또는 각종 신청·신고 기타 행정기관에 대한 행위는 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 경우에는 이 법에 의한 행정기관의 행위 또는 행정기관에 대한 행위로 본다.
제5조 (벌칙적용에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 행한 식품위생법 또는 공중위생법의 위반행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 식품위생법 또는 공중위생법의 종전의 규정에 의한다.
제6조 (다른 법률의 개정) ①식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제8호를 삭제한다.
②및 ③생략
제7조 생략

부칙 [1995.1.5 제4914호(국민건강증진법)]
제1조 (시행일) 이 법은 1995년 9월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 (국민영양조사에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 식품위생법 제70조의 규정에 의하여 실시된 국민영양조사는 제16조의 규정에 의하여 실시한 국민영양조사로 본다.
제3조 생략
제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ①생략
②식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제70조를 삭제한다.
③생략

부칙 [1995.12.29 제5099호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 9월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제4조, 제7조, 제9조, 제16조의2 및 제22조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (동업자조합에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 설립·운영되고 있는 동업자조합은 제44조의 개정규정에 의하여 설립된 것으로 본다. 다만, 이 법 시행후 1년 이내에 이 법에 적합하도록 정관을 변경하여 보건복지부장관의 인가를 받아야 한다.
제3조 (식품공업협회의 회원에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 협회의 회원이 된 자는 제52조제3항의 개정규정에 의하여 협회의 회원이 된 것으로 본다.
제4조 (처분등에 관한 경과조치) 이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 행하여진 처분·신청·신고 기타 행정기관에 대한 행위는 이 법에 의하여 행하여진 처분·신청·신고 기타 행정기관에 대한 행위로 본다.

부칙 [1997.12.13 제5453호(행정절차법의시행에따른공인회계사법등의정비에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략

부칙 [1997.12.13 제5454호(정부부처명칭등의변경에따른건축법등의정비에관한법률)]
이 법은 1998년 1월 1일부터 시행한다. <단서 생략>

부칙 [1998.2.28 제5529호(정부조직법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ①내지 <26>생략
<27>식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제2호 단서, 제6조 단서, 제7조제2항, 제9조제2항, 제17조제1항, 제18조제1항, 제20조의2제1항, 제22조제1항 전단·제3항·제4항·제6항 전단, 제23조, 제25조제3항, 제29조제2항, 제32조제1항 내지 제3항, 제55조, 제56조제1항 내지 제3항, 제56조의2제1항, 제57조제1항, 제58조제1항 본문·제2항 전단·제3항 본문, 제59조제1항 본문, 제62조제1항 본문·제2항·제3항, 제64조 본문, 제65조제1항 본문·제3항·제4항 및 제78조제2항 내지 제4항중 "보건복지부장관"을 각각 "식품의약품안전청장"으로 한다.
제20조제1항중 "보건복지부"를 "식품의약품안전청"으로 한다.
제16조제1항·제2항, 제17조의2제1항 내지 제3항·제4항 전단, 제60조제1항 본문 및 제68조제1항중 "보건복지부장관"을 각각 "보건복지부장관·식품의약품안전청장"으로 한다.
제72조를 다음과 같이 한다.
제72조 (위임) 이 법에 의한 보건복지부장관·식품의약품안전청장의 권한은 그 일부를 시·도지사 또는 지방식품의약품안전청장에게, 시·도지사의 권한은 그 일부를 시장·군수 또는 구청장 또는 보건소장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 각각 위임할 수 있다.
<28>내지 <34>생략
제6조 및 제7조 생략

부칙 [1999.1.21 제5671호(한국보건산업진흥원법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제4조의 규정은 진흥원의 설립등기일에 이를 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ①식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제10장제3절(제54조의2 및 제54조의3)을 삭제한다.
②생략

부칙 [1999.5.24 제5982호(政府組織法)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.<단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①내지 <33>생략
<34>식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제7조제1항, 제9조제1항, 제10조제1항, 제12조, 제19조제2항, 제32조의2제1항·제2항중 "보건복지부장관"을 각각 "식품의약품안전청장"으로 한다.
제66조제5호중 "제45조제6호 및 제54조의2"를 "제45조제6호"로 한다.
제42조 본문, 제66조 및 제67조제3항중 "보건복지부장관"을 "보건복지부장관·식품의약품안전청장"으로 한다.
<35>내지 <78>생략
제4조 내지 제6조 생략

부칙 [2000.1.12 제6154호]
제1조 (시행일)이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제10조제1항 단서의 개정규정은 공포후 1년 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (영업허가등이 취소된 영업장소등에 관한 경과조치)이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 허가취소 또는 폐쇄명령을 받은 자에 대한 제24조제1항제2호의2·제3호의2, 동조제2항제1호의2·제2호의2의 개정규정에 의한 허가 또는 신고의 제한기간은 종전의 규정에 의한다.
제3조 (조건부 영업허가 신청자에 대한 경과조치)이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 조건부 영업허가를 신청한 자에 대하여는 종전의 규정에 의한다.
제4조 (벌칙 및 과태료에 관한 경과조치)이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙 또는 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제5조 (다른 법률의 개정) 기업활동규제완화에관한특별조치법중 제28조제1항제2호를 삭제하고, 동조제4항중 "동항제2호"를 각각 "동항제3호"로 한다.

부칙 [2002.1.26 제6627호(민사집행법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2002년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ①내지 <31>생략
<32>식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제25조제2항 전단중 "민사소송법"을 "민사집행법"으로 한다.
<33>내지 <55>생략
제7조 생략

부칙 [2002.8.26 제6724호]
①(시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제7조제1항 단서의 개정규정은 공포후 1년이 경과한 날부터 시행하고, 제15조의 개정규정은 공포후 1년 6월이 경과한 날부터 시행한다.
②(영업허가 등의 제한에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제24조제1항제4호 및 제30조의 규정에 의하여 보건복지부장관이 행한 영업의 제한등에 관한 사항은 시·도지사가 동 개정규정에 의하여 그에 관한 사항을 따로 정할 때까지 이를 시·도지사가 행한 것으로 본다.
③(조리사의 면허에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 시·도지사로부터 조리사의 면허를 받은 자는 제36조의 개정규정에 의하여 시장·군수 또는 구청장으로부터 조리사의 면허를 받은 자로 본다.
④(집단급식소의 설치·운영신고에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 시·도지사에게 신고한 집단급식소는 제69조의 개정규정에 의하여 시장·군수 또는 구청장에게 신고한 것으로 본다.
⑤(벌칙 등에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙·과징금 또는 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2002.8.26 제6727호(건강기능식품에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제8조 생략
제9조 (다른 법률의 개정) ①식품위생법중 다음과 같이 개정한다.
제71조제2항제2호중 "제65조"를 "제65조 및 건강기능식품에관한법률 제37조"로 하고, 동조제3항제1호중 "영업자"를 "영업자(건강기능식품에관한법률에 의한 영업자를 포함한다)"로 하며, 동항제7호중 "식품위생 및 국민영양"을 "식품위생, 국민영양 및 건강기능식품"으로 한다.
②내지 ④생략

부칙 [2003.9.29 제6986호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(적용례) 제24조제1항제3호 및 제3호의2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 제58조제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 영업의 허가가 취소된 자부터 적용한다.

부칙 [2004.1.20 제7096호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2005.1.27 제7374호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (영업허가 등의 제한에 관한 적용례) 제24조제1항제3호의3 및 동조제2항제3호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 위반행위를 한 영업자부터 적용한다.
제3조 (위해식품등의 회수에 관한 적용례) 제31조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 식품등을 제조·가공·소분·수입 또는 판매한 영업자부터 적용한다.
제4조 (영양사의 면허취소 등에 관한 적용례) 제63조제1항제2호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 발생하는 식중독 그 밖에 중대한 위생사고부터 적용한다.
제5조 (과징금부과처분에 관한 적용례) 제65조제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과징금부과처분을 받은 영업자부터 적용한다.
제6조 (위반사실의 공표에 관한 적용례) 제65조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 행정처분을 하는 영업자부터 적용한다.
제7조 (포상금 지급에 관한 적용례) 제71조의2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 신고한 자부터 적용한다.
제8조 (식품진흥기금의 사용에 관한 적용례) 제71조제3항제1호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 융자를 받는 영업자부터 적용한다.
제9조 (명예식품위생감시원에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 위촉된 명예식품위생감시원은 제20조의2의 개정규정에 의하여 위촉된 소비자식품위생감시원으로 본다.
제10조 (영업의 제한에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 시·도지사가 행한 영업의 제한은 제30조제2항의 개정규정에 의하여 행한 것으로 본다.
제11조 (식중독의 조사보고 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 발생한 식중독 사고에 대하여는 제67조제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제12조 (과태료 처분에 관한 경과조치) 이 법 시행 전의 위반행위에 대한 과태료 처분에 대하여는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2005.3.31 제7428호(채무자 회생 및 파산에 관한 법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ① 내지 <68>생략
<69>식품위생법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제25조제2항 전단중 "파산법"을 "「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」"로 한다.
<70>내지 <145>생략
제6조 생략

부칙 [2005.3.31 제7450호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
②(신고관청 변경 등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 따라 시·도지사에게 신고 또는 보고를 한 자는 제22조제5항·제6항의 개정규정에 따라 시장·군수·구청장에게 신고 또는 보고를 한 것으로 본다.

부칙 [2005.12.23 제7735호]
이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 [2006.9.27 제8005호]
이 법은 제2007년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 [2006.12.28 제8113호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제10조의3·제11조 및 제78조의 개정규정은 2008년 1월 1일부터 시행한다.
②(식품위생검사기관의 지정취소에 관한 적용례) 제18조제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 취소사유가 발생하는 분부터 적용한다.
③(식품위생검사기관 지정의 제한에 관한 적용례) 제18조제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 식품위생검사기관의 지정이 취소되는 분부터 적용한다.

부칙 [2007.12.21 제8779호]
이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제10조의3제1항제2호의 개정규정의 원산지 표시 및 같은 항 제3호의 개정규정 중 돼지고기·닭고기의 원산지등 표시에 관한 사항은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.