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제48조(환급가산금)
세관장은 제46조의 규정에 의하여 관세·가산금·가산세 또는 체납처분비의 과오납금을 환급 또는 충당하는 때에는 과오납부한 날(2회 이상 분할납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일로 하되, 환급금이 최후에 납부된 금액을 초과하는 때에는 그 금액에 달할 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 환급금의 각 납부일을 말한다)의 다음날부터 환급 또는 충당결정을 하는 날까지의 기간과 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액을 환급금에 가산하여야 한다. 다만, 제41조제4항의 규정에 의하여 동조제1항 내지 제3항의 규정의 적용을 받지 아니하는 물품에 대하여는 그러하지 아니하다.

부칙 [2000.12.29 제6305호]
제1조 (시행일) 이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (적용례) ①제8조제4항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 신고등을 하는 분부터 적용한다.
②제9조제1항제3호, 제19조제1항제1호, 제41조, 제42조, 제88조 내지 제96조, 제99조,제101조, 제102조, 제249조, 제251조제1항 단서 및 제254조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 수출·수입 또는 반송의 신고를 하거나 부과고지를 하는 분부터 적용한다.
③제39조제1항제5호 및 제253조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 즉시반출신고를 하는 분부터 적용한다.
④제40조 및 제118조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 징수하는 분부터 적용한다.
⑤제177조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 장치하는 물품부터 적용한다.
제3조 (일반적 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 처분·절차 기타의 행위는 이 법의 규정에 저촉되지 아니하는 한 이 법의 규정에 의하여 행하여진 것으로 본다.
제4조 (경정청구기간에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 납세신고를 한 날부터 1년이 경과되지 아니한 경우의 세액의 경정에 대하여는 제38조제4항의 개정규정을 적용한다.
제5조 (특허보세구역에 관한 경과조치) ①종전의 규정에 의하여 보세장치장의 설영에 관한 특허를 받은 자는 제183조의 개정규정에 의한 보세창고의 설치·운영에 관한 특허를 받은 것으로 본다.
②종전의 규정에 의하여 특별보세공장의 설영에 관한 특허를 받은 자는 제185조의 개정규정에 의한 보세공장의 설치·운영에 관한 특허를 받은 것으로 본다.
제6조 (벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 관한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제7조 (다른 법률의 개정) ①관세사법중 다음과 같이 개정한다. 제5조제6호 본문중 "관세법 제179조·제180조·제182조·제1 86조 또는 제227조"를 "관세법 제269조 내지 제271조 및 제274조"로 하고, 동호 단서중 "관세법 제195조"를 "관세법 제279조"로 한다.
제32조중 "관세법 제199조 내지 제235조"를 "관세법 제283조 내지 제319조"로 한다.
②수출용원재료에대한관세등환급에관한특례법중 다음과 같이 개정한다. 제8조제3항 전단중 "관세법 제17조의2"를 "관세법 제39조"로 한다. 제11조제2항 전단중 "관세법 제7조제1항"을 "관세법 제50조제1항"으로 한다. 제21조제1항 본문중 "관세법 제24조의2제1항"을 "관세법 제47조제1항"으로 한다. 제24조제1항중 "관세법 제199조 내지 제235조"를 "관세법 제283조 내지 제319조"로 한다.
③지방세법중 다음과 같이 개정한다.
제223조제3호중 "관세법 제65조"를 "관세법 제154조"로 한다.
④임시수입부가세법중 다음과 같이 개정한다. 제3조중 "관세법 제7조"를 "관세법 제50조"로 한다. 제4조제1항중 "관세법 제9조·제9조의2 내지 제9조의14"를 "관세법 제15조·제18조·제27조 내지 제36조"로 한다.
⑤부가가치세법중 다음과 같이 개정한다.
제12조제2항제7호중 "관세법 제8조제1항"을 "관세법 제81조제1항"으로 한다.
⑥조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다. 제106조제1항제10호중 "관세법 제28조의6제1항제5호"를 "관세법 제91조제4호 및 제5호"로 한다.
제118조제4항중 "관세법 제34조의2제1항 단서"를 각각 "관세법 제103조제1항 단서"로 한다.
⑦특정범죄가중처벌등에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제6조제1항 본문중 "관세법 제179조제1항"을 "관세법 제269조제1항"으로 하고, 동조제2항 본문중 "관세법 제179조제2항"을 "관세법 제269조제2항"으로 하며, 동조제3항중 "관세법 제179조제3항"을 "관세법 제269조제3항"으로 하고, 동조제4항 본문중 "관세법 제180조제1항제1호·제4항 또는 동조제5항"을 "관세법 제270조제1항제1호·제4항 또는 동조제5항"으로 하며, 동조제5항 본문중 "관세법 제180조제1항제3호 또는 동조제2항"을 "관세법 제270조제1항제2호 또는 동조제2항"으로 하고, 동조제7항중 "관세법 제182조"를 "관세법 제271조"로 하며, 동조제8항중 "관세법 제179조 내지 제182조 또는 제186조"를 "관세법 제269조 내지 제271조 또는 제274조"로 한다.
제7조중 "관세법 제179조 또는 제180조"를 "관세법 제269조 또는 제270조"로 한다.
⑧마약류불법거래방지에관한특례법중 다음과 같이 개정한다. 제4조제1항 각호외의 부분 본문중 "관세법 제140조를 "관세법 제246조"로 하고, 동항제1호중 "관세법 제137조"를 "관세법 제241조"로 하며, 동조제2항 전단중 "관세법 제151조"를 "관세법 제257조"로 하고, 동항 후단중 "같은 법 제148조"를 "같은 법 제240조"로 한다.
⑨가축전염병예방법중 다음과 같이 개정한다. 제24조제3항중 "관세법 제65조"를 "관세법 제154조"로 한다.
⑩축산법중 다음과 같이 개정한다.
제25조 본문중 "관세법 제16조"를 "관세법 제71조"로 한다.
⑪양곡관리법중 다음과 같이 개정한다.
제13조 각호외의 부분 본문중 "관세법 제16조"를 "관세법 제71조"로 한다.
⑫자유무역지역의지정등에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제2조제6호중 "관세법 제2조제1항"을 "관세법 제2조제1호"로 하고, 동조제7호중 "관세법 제2조제2항"을 "관세법 제2조제2호"로 한다. 제20조제1항중 "관세법 제2조제3항 및 동조제4항"을 "관세법 제2조제3호 및 제4호"로 하고, 동조제3항 본문중 "관세법 제137조"를 "관세법 제241조"로 한다. 제21조제2항 본문중 "관세법 제137조"를 "관세법 제241조"로 한다. 제22조제1항중 "관세법 제140조"를 "관세법 제246조"로 하고, 동조제2항중 "관세법 제141조"를 "관세법 제247조"로 한다. 제45조중 "관세법 제179조, 제180조, 제182조, 제183조, 제185조, 제186조, 제187조, 제188조, 제192조의2, 제194조 내지 제198조"를 "관세법 제269조 내지 제282조"로 한다.
제47조중 "관세법 제10장(제199조 내지 제235조)"을 "관세법 제12장(제283조 내지 제319조)"으로 한다.
⑬대외무역법중 다음과 같이 개정한다.
제35조제6호중 "관세법 제10조 및 동법 제13조"를 "관세법 제51조 내지 제62조"로 한다.
⑭외국민간원조단체에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제5조제1항 본문중 "관세법 제28조의6제1항제2호"를 "관세법 제91조제2호"로 한다.
⑮항만운송사업법중 다음과 같이 개정한다. 제26조제1항제5호중 "관세법 제179조·제180조 또는 제182조"를 "관세법 제269조 내지 제271조"로 한다.
[16]화물유통촉진법중 다음과 같이 개정한다. 제54조제1항을 삭제하고, 동조제2항중 "관세법 제93조"를 "관세법 제183조"로 한다.
[17]통신비밀보호법중 다음과 같이 개정한다. 제3조제2호중 "관세법 제150조·제151조 등"을 "관세법 제256조·제257조 등"으로 한다.
[18]무역거래기반조성에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제7조제2항 단서중 "관세법 제137조"를 "관세법 제241조"로 한다.
[19]국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제2조제6호중 "관세법 제2조제3항"을 "관세법 제2조제3호"로 하고, 동조제7호중 "관세법 제2조제4항"을 "관세법 제2조제4호"로 한다. 제11조제3항제5호 본문중 "관세법 제179조·제180조·제182조 또는 제186조"를 "관세법 제269조 내지 제271조 또는 제274조"로 하고, 동호 단서중 "관세법 제195조 또는 제196조"를 "관세법 제279조 또는 제280조"로 한다. 제17조제1호 나목중 "관세법 제137조"를 "관세법 제241조"로 한다. 제18조제2항을 다음과 같이 한다.
②관세법 제226조, 제242조, 제245조, 제246조제1항·제2항, 제247조제1항 단서, 제249조, 제250조제1항 본문·제2항·제3항, 제251조의 규정은 제1항의 규정에 의한 국외반출신고에 관하여 이를 준용한다. 이 경우 관세법 제226조제1항중 "수출입"은 "국외반출"로, 동법 제226조제2항중 "수출입물품"은 "국외반출물품"으로, 동법 제242조 단서 및 제251조제1항·제2항중 "수출신고"는 "국외반출신고"로, 동법 제242조 단서중 "수출물품"은 "국외반출물품"으로, 동법 제245조제1항·제2항, 제246조제1항, 제247조제1항 단서, 제249조 및 제250조제2항·제3항중 "수출"은 "국외반출"로 본다. 제19조제1항중 "관세법 제137조"를 "관세법 제241조"로 한다. 제21조제2항 전단중 "관세법 제71조제2항 및 제3항"을 "관세법 제161조제2항 및 제3항"으로 하고, 동항 후단중 "관세법 제71조제2항"을 "관세법 제161조제2항"으로 한다.
제22조제3항 전단중 "관세법 제100조제2항·제4항 및 제5항"을 "관세법 제187조제2항·제4항 및 제6항"으로 하고, 동항 후단중 "관세법 제100조제2항·제4항 및 제5항"을 "관세법 제187조제2항·제4항 및 제6항"으로 하며, 동조제4항중 "관세법 제100조제5항"을 "관세법 제187조제6항"으로 한다. 제23조제1항중 "관세법 제128조제1항 각호"를 "관세법 제213조제1항 각호"로 하고, 동조제2항을 다음과 같이 한다.
②관세법 제213조제2항 내지 제5항, 제214조, 제215조 내지 제219조 및 제220조의 규정은 제1항의 규정에 의한 보세운송에 관하여 이를 준용한다. 이 경우 관세법 제213조제5항의 규정에 의하여 준용되는 관세법 제247조제2항의 "보세구역"은 "관세자유지역"으로 본다.
제26조제1항중 "관세법 제146조 각호"를 "관세법 제234조 각호"로 한다. 제40조제4호중 "관세법 제128조제2항 또는 제133조제2항"을 "관세법 제213조제2항 또는 제219조제2항"으로 한다.
제47조제2항중 "관세법 제194조"를 "관세법 제278조"로 한다. 제48조중 "관세법 제199조제1항"을 "관세법 제283조제1항"으로, "동법 제10장(제199조 내지 제235조)"을 "동법 제12장(제283조 내지 제319조)"으로 한다.
제49조제1항제3호중 "관세법 제66조제3항"을 "관세법 제251조제1항"으로 하고, 동항제4호중 "관세법 제128조의2제1항·제129조제2항 또는 제130조"를 "관세법 제214조·제215조 또는 제216조"로 하며, 동조제2항제1호중 "관세법 제139조제3항 또는 제141조의3"을 "관세법 제245조제3항 또는 제249조"로 한다.
제8조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 관세법 및 그 규정을 인용하고 있는 경우 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2002.8.26 제6705호]
제1조(시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정 ) ①관세법중 다음과 같이 개정한다.
제24조제1항제7호중 "신기술사업금융지원에관한법률"을 "기술신용보증기금법"으로 한다.
------이하 생략----------

부칙 [2002.12.18]
제1조(시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(적용례) ①제38조제3항 및 제42조제2항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 수정신고하는 분부터 적용한다.
②제185조제4항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 수입통관후 보세공장에서 사용하게 될 물품을 보세공장에 반입하는 분부터 적용한다.
③제241조제3항 및 제243조제1항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 지정장치장 또는 보세창고에 반입하거나 보세구역이 아닌 장소에 장치하는 분부터 적용한다.
제3조(행정처분에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 행정처분의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제4조(전자문서중계사업자에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 제327조의2제1항의 개정규정에 의한 전자문서중계업무를 수행하고 있는 자는 이 법 시행일부터 3월까지는 제327조의2의 개정규정에 불구하고 전자문서중계업무를 수행할 수 있다.
제5조(벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2003.12.30]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행후 수입신고하는 분부터 적용한다.
제3조 (가산금에 관한 적용례) 제41조제1항의 개정규정은 이 법 시행후 수입신고 하거나 부과고지 하는 분부터 적용한다.
제4조 (계약내용과 상이한 물품 등에 대한 관세환급에 관한 적용례) ①제106조제1항의 개정규정은 이 법 시행후 보세공장에 반입하는 분부터 적용한다.
②제106조제6항의 개정규정은 이 법 시행후 환급신청하는 분부터 적용한다.
제5조 (수입신고수리물품의 반출에 관한 적용례) 제157조의2의 개정규정은 이 법 시행후 수입신고가 수리되는 분부터 적용한다.
제6조 (종합보세구역의 판매물품에 대한 관세 등의 환급에 관한 적용례) 제199조의2의 개정규정은 이 법 시행후 종합보세구역에서 판매하는 분부터 적용한다.
제7조 (몰수품 등의 처분에 관한 적용례) 제326조제6항의 개정규정은 이 법 시행후 이 법에 의해 몰수되거나 국고귀속되는 분부터 적용한다.
제8조 (벌칙 등에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙 또는 과태료의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.

부칙 [2004.10.5]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제9조제3항의 개정규정은 공포후 1월이 경과한 날부터 시행한다.
②(관세의 납부기한에 관한 적용례) 제9조제3항의 개정규정은 시행일이 속하는 달에 제9조제1항제1호 및 제3호의 규정에 의한 납부기한이 도래하는 세액분부터 적용한다.
③(신고서류의 보관기간에 관한 적용례) 제12조의 개정규정은 이 법 시행후 신고 또는 제출하는 분부터 적용한다.
④(보정에 관한 적용례) 제38조의2제5항 단서의 개정규정은 이 법 시행후 부족세액에 대한 보정신청을 하는 분부터 적용한다.
⑤(이의신청에 관한 적용례) 제132조제1항 후단의 개정규정은 이 법 시행후 제259조제1항의 결정사항 또는 세액에 대한 통지를 우송받는 분부터 적용한다.

부칙 [2005.7.13 제7581호]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(관세의 환급청구권의 소멸시효에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 이미 발생환 환급청구권으로서 종전의 규정에 따른 소멸시효가 완성되지 아니한 환급청구권에 대하여는 제22조제2항의 개정규정을 적용한다.

부칙 [2006.2.21 제7849호(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법)]
제1조 (시행일) 이 법은 2006년 7월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제39조 생략
제40조 (다른 법령의 개정) ① 내지 ⑨ 생략
⑩관세법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제138조제2항·제3항, 제219조제2항 단서 및 제3항 중 "경찰공무원"을 각각 "국가경찰공무원"으로 한다.
제268조제1항제2호를 다음과 같이 한다.
2. 국가경찰관서의 장
제309조 중 "경찰관리"를 "국가경찰공무원"으로 한다.
⑪ 내지 <47> 생략
제41조 생략

부칙 [2006.3.24 제7887호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제116조의2의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (가산세에 관한 적용례) 제42조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 수정신고하거나 납세고지하는 분부터 적용한다.
제3조 (특정물품에 적용되는 품목분류의 변경 및 적용에 관한 적용례) ①제87조제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 품목분류의 사전심사를 신청하거나 이 법 시행 후 최초로 수입된 물품으로서 관세청장이 직권으로 품목분류를 결정하는 물품부터 적용한다.
②제87조제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 수출입신고가 수리된 물품부터 적용한다.
제4조 (특허보세구역의 물품의 장치기간에 관한 적용례) 제177조제1항제1호 나목의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 특허보세구역의 보세창고에 장치되는 물품부터 적용한다.
제5조 (수출·수입 또는 반송의 신고에 관한 적용례) 제241조제5항제1호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세하는 분부터적용한다.
제6조 (잠정가격 신고 후 확정된 가격을 신고하지 아니한 물품에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 제28조제1항의 규정에 따른 잠정가격을 신고한 후 동조제2항의 규정에 따라 확정된 가격을 신고기간 내에 신고하지 아니한 분에 대하여 동조제3항 및 제4항의 개정규정을 적용한다.
제7조 (종합보세구역의 물품의 장치기간에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종합보세구역에 장치된 물품에 대하여 제200조제2항 단서의 개정규정을 적용한다. 이 경우 당해 물품의 장치기간의 기산일은 이 법 시행일로 한다.