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제16조(공무원의 정원)
①책임운영기관에 두는 공무원의 총 정원의 한도는 대통령령으로 정하고, 종류별·직급별 정원은 총리령 또는 부령으로 정한다.
②기관장은 제1항의 규정에 의하여 책임운영기관의 종류별·직급별 정원을 정하거나 조정할 필요가 있는 경우에는 그 계획을 소속중앙행정기관의 장에게 제출하여야 한다.
③중앙행정기관의 장은 제2항의 규정에 의하여 제출된 계획중 종류별·계급별 정원에 관하여는 미리 행정자치부장관과 협의하여야 한다.

부칙 <제5711호,1999.1.29>
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 6월을 넘지 아니하는 범위내에서 대통령령이 정하는 날부터 시행한다. 다만, 제6장(제27조 내지 제39조) 및 부칙 제2조 내지 제4조의 규정은 2000년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (다른 법률의 개정) 자동차교통관리개선특별회계법중 다음과 같이 개정한다.
제1조중 "자동차 운전면허의 효율적인 관리·운영과 교통경찰장비의 보강등"을 "교통경찰장비의 보강등"으로 한다.
제3조제1호를 삭제하고, 동조제2호중 "일반회계"를 "일반회계 및 다른 특별회계"로 한다.
제4조제1호를 삭제한다.
제5조의 제목 "일반회계로부터의 전입"을 "일반회계등으로부터의 전입"으로 하고, 동조중 "일반회계"를 "일반회계 및 다른 특별회계"로 한다.
제3조 (세입·세출 및 결산에 관한 경과조치) ①부칙 제2조의 규정에 의하여 개정되는 특별회계(이하 "종전의 특별회계"라 한다)의 1999년도의 세입·세출 및 결산에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
②종전의 특별회계의 1999년도 결산상의 잉여금은 2000년도 책임운영기관특별회계의 해당계정의 세입에 이입한다.
제4조 (재산등의 승계) 종전의 특별회계에 속하는 국유재산·물품 및 채권·채무는 책임운영기관특별회계의 해당계정이 이를 승계한다.

부칙(정부조직법) <제5982호,1999.5.24>
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제3조제71항은 1999년 7월 1일부터, 동조제72항중 제90조제4항제5호의 개정에 관한 사항은 1999년 8월 6일부터 각각 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①내지 <16>생략
<17>책임운영기관의설치·운영에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제29조, 제35조제3항 및 제36조제2항중 "예산청장"을 각각 "기획예산처장관"으로 한다.
제4조제2항, 제13조제2항 및 제34조중 "기획예산위원회"를 각각 "기획예산처"으로 한다.
<18>내지 <78>생략
제4조 내지 제6조 생략