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제4조(내국세등의 부과·징수)
①수입물품에 대하여 세관장이 부과·징수하는 부가가치세·특별소비세·주세·교육세·교통세 및 농어촌특별세(이하 "내국세등"이라 하되, 내국세등의 가산금·가산세 및 체납처분비를 포함한다)의 부과·징수·환급·결손처분 등에 관하여 국세기본법·국세징수법·부가가치세법·특별소비세법·주세법·교육세법·교통세법 및 농어촌특별세법의 규정과 이 법의 규정이 상충되는 때에는 이 법의 규정을 우선하여 적용한다.
②이 법의 규정에 의한 가산금·가산세 및 체납처분비의 부과·징수·환급 등에 관하여는 이 법중 관세의 부과·징수·환급 등에 관한 규정을 적용한다.

부칙 [제6305호,2000.12.29]
제1조 (시행일) 이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (적용예) ①제8조제4항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 신고등을 하는 분부터 적용한다.
②제9조제1항제3호, 제19조제1항제1호, 제41조, 제42조, 제88조 내지 제96조, 제99조, 제101조, 제102조, 제249조, 제251조제1항 단서 및 제254조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 수출·수입 또는 반송의 신고를 하거나 부과고지를 하는 분부터 적용한다.
③제39조제1항제5호 및 제253조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 즉시반출신고를 하는 분부터 적용한다.
④제40조 및 제118조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 징수하는 분부터 적용한다.
⑤제177조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 장치하는 물품부터 적용한다.
제3조 (일반적 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 규정에 의한 처분·절차 기타의 행위는 이 법의 규정에 저촉되지 아니하는 한 이 법의 규정에 의하여 행하여진 것으로 본다.
제4조 (경정청구기간에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 납세신고를 한 날부터 1년이 경과되지 아니한 경우의 세액의 경정에 대하여는 제38조제4항의 개정규정을 적용한다.
제5조 (특허보세구역에 관한 경과조치) ①종전의 규정에 의하여 보세장치장의 설영에 관한 특허를 받은 자는 제183조의 개정규정에 의한 보세창고의 설치·운영에 관한 특허를 받은 것으로 본다.
②종전의 규정에 의하여 특별보세공장의 설영에 관한 특허를 받은 자는 제185조의 개정규정에 의한 보세공장의 설치·운영에 관한 특허를 받은 것으로 본다.
제6조 (벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 관한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다.
제7조 (다른 법율의 개정) ①관세사법중 다음과 같이 개정한다.
제5조제6호 본문중 "관세법 제179조·제180조·제182조·제186조 또는 제227조"를 "관세법 제269조 내지 제271조 및 제274조"로 하고, 동호 단서중 "관세법 제195조"를 "관세법 제279조"로 한다.
제32조중 "관세법 제199조 내지 제235조"를 "관세법 제283조 내지 제319조"로 한다.
②수출용원재료에대한관세등환급에관한특예법중 다음과 같이 개정한다.
제8조제3항 전단중 "관세법 제17조의2"를 "관세법 제39조"로 한다.
제11조제2항 전단중 "관세법 제7조제1항"을 "관세법 제50조제1항"으로 한다.
제21조제1항 본문중 "관세법 제24조의2제1항"을 "관세법 제47조제1항"으로 한다.
제24조제1항중 "관세법 제199조 내지 제235조"를 "관세법 제283조 내지 제319조"로 한다.
③지방세법중 다음과 같이 개정한다.
제223조제3호중 "관세법 제65조"를 "관세법 제154조"로 한다.
④임시수입부가세법중 다음과 같이 개정한다.
제3조중 "관세법 제7조"를 "관세법 제50조"로 한다.
제4조제1항중 "관세법 제9조·제9조의2 내지 제9조의14"를 "관세법 제15조·제18조·제27조 내지 제36조"로 한다.
⑤부가가치세법중 다음과 같이 개정한다.
제12조제2항제7호중 "관세법 제8조제1항"을 "관세법 제81조제1항"으로 한다.
⑥조세특예제한법중 다음과 같이 개정한다.
제106조제1항제10호중 "관세법 제28조의6제1항제5호"를 "관세법 제91조제4호 및 제5호"로 한다.
제118조제4항중 "관세법 제34조의2제1항 단서"를 각각 "관세법 제103조제1항 단서"로 한다.
⑦특정범죄가중처벌등에관한법율중 다음과 같이 개정한다.
제6조제1항 본문중 "관세법 제179조제1항"을 "관세법 제269조제1항"으로 하고, 동조제2항 본문중 "관세법 제179조제2항"을 "관세법 제269조제2항"으로 하며, 동조제3항중 "관세법 제179조제3항"을 "관세법 제269조제3항"으로 하고, 동조제4항 본문중 "관세법 제180조제1항제1호·제4항 또는 동조제5항"을 "관세법 제270조제1항제1호·제4항 또는 동조제5항"으로 하며, 동조제5항 본문중 "관세법 제180조제1항제3호 또는 동조제2항"을 "관세법 제270조제1항제2호 또는 동조제2항"으로 하고, 동조제7항중 "관세법 제182조"를 "관세법 제271조"로 하며, 동조제8항중 "관세법 제179조 내지 제182조 또는 제186조"를 "관세법 제269조 내지 제271조 또는 제274조"로 한다.
제7조중 "관세법 제179조 또는 제180조"를 "관세법 제269조 또는 제270조"로 한다.
⑧마약류불법거래방지에관한특예법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항 각호외의 부분 본문중 "관세법 제140조를 "관세법 제246조"로 하고, 동항제1호중 "관세법 제137조"를 "관세법 제241조"로 하며, 동조제2항 전단중 "관세법 제151조"를 "관세법 제257조"로 하고, 동항 후단중 "같은 법 제148조"를 "같은 법 제240조"로 한다.
⑨가축전염병예방법중 다음과 같이 개정한다.
제24조제3항중 "관세법 제65조"를 "관세법 제154조"로 한다.
⑩축산법중 다음과 같이 개정한다.
제25조 본문중 "관세법 제16조"를 "관세법 제71조"로 한다.
⑪양곡관리법중 다음과 같이 개정한다.
제13조 각호외의 부분 본문중 "관세법 제16조"를 "관세법 제71조"로 한다.
⑫자유무역지역의지정등에관한법율중 다음과 같이 개정한다.
제2조제6호중 "관세법 제2조제1항"을 "관세법 제2조제1호"로 하고, 동조제7호중 "관세법 제2조제2항"을 "관세법 제2조제2호"로 한다.
제20조제1항중 "관세법 제2조제3항 및 동조제4항"을 "관세법 제2조제3호 및 제4호"로 하고, 동조제3항 본문중 "관세법 제137조"를 "관세법 제241조"로 한다.
제21조제2항 본문중 "관세법 제137조"를 "관세법 제241조"로 한다.
제22조제1항중 "관세법 제140조"를 "관세법 제246조"로 하고, 동조제2항중 "관세법 제141조"를 "관세법 제247조"로 한다.
제45조중 "관세법 제179조, 제180조, 제182조, 제183조, 제185조, 제186조, 제187조, 제188조, 제192조의2, 제194조 내지 제198조"를 "관세법 제269조 내지 제282조"로 한다.
제47조중 "관세법 제10장(제199조 내지 제235조)"을 "관세법 제12장(제283조 내지 제319조)"으로 한다.
⑬대외무역법중 다음과 같이 개정한다.
제35조제6호중 "관세법 제10조 및 동법 제13조"를 "관세법 제51조 내지 제62조"로 한다.
⑭외국민간원조단체에관한법율중 다음과 같이 개정한다.
제5조제1항 본문중 "관세법 제28조의6제1항제2호"를 "관세법 제91조제2호"로 한다.
⑮항만운송사업법중 다음과 같이 개정한다.
제26조제1항제5호중 "관세법 제179조·제180조 또는 제182조"를 "관세법 제269조 내지 제271조"로 한다.
<16>화물유통촉진법중 다음과 같이 개정한다.
제54조제1항을 삭제하고, 동조제2항중 "관세법 제93조"를 "관세법 제183조"로 한다.
<17>통신비밀보호법중 다음과 같이 개정한다.
제3조제2호중 "관세법 제150조·제151조 등"을 "관세법 제256조·제257조 등"으로 한다.
<18>무역거래기반조성에관한법율중 다음과 같이 개정한다.
제7조제2항 단서중 "관세법 제137조"를 "관세법 제241조"로 한다.
<19>국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법율중 다음과 같이 개정한다.
제2조제6호중 "관세법 제2조제3항"을 "관세법 제2조제3호"로 하고, 동조제7호중 "관세법 제2조제4항"을 "관세법 제2조제4호"로 한다.
제11조제3항제5호 본문중 "관세법 제179조·제180조·제182조 또는 제186조"를 "관세법 제269조 내지 제271조 또는 제274조"로 하고, 동호 단서중 "관세법 제195조 또는 제196조"를 "관세법 제279조 또는 제280조"로 한다.
제17조제1호 나목중 "관세법 제137조"를 "관세법 제241조"로 한다.
제18조제2항을 다음과 같이 한다.
②관세법 제226조, 제242조, 제245조, 제246조제1항·제2항, 제247조제1항 단서, 제249조, 제250조제1항 본문·제2항·제3항, 제251조의 규정은 제1항의 규정에 의한 국외반출신고에 관하여 이를 준용한다. 이 경우 관세법 제226조제1항중 "수출입"은 "국외반출"로, 동법 제226조제2항중 "수출입물품"은 "국외반출물품"으로, 동법 제242조 단서 및 제251조제1항·제2항중 "수출신고"는 "국외반출신고"로, 동법 제242조 단서중 "수출물품"은 "국외반출물품"으로, 동법 제245조제1항·제2항, 제246조제1항, 제247조제1항 단서, 제249조 및 제250조제2항·제3항중 "수출"은 "국외반출"로 본다.
제19조제1항중 "관세법 제137조"를 "관세법 제241조"로 한다.
제21조제2항 전단중 "관세법 제71조제2항 및 제3항"을 "관세법 제161조제2항 및 제3항"으로 하고, 동항 후단중 "관세법 제71조제2항"을 "관세법 제161조제2항"으로 한다.
제22조제3항 전단중 "관세법 제100조제2항·제4항 및 제5항"을 "관세법 제187조제2항·제4항 및 제6항"으로 하고, 동항 후단중 "관세법 제100조제2항·제4항 및 제5항"을 "관세법 제187조제2항·제4항 및 제6항"으로 하며, 동조제4항중 "관세법 제100조제5항"을 "관세법 제187조제6항"으로 한다.
제23조제1항중 "관세법 제128조제1항 각호"를 "관세법 제213조제1항 각호"로 하고, 동조제2항을 다음과 같이 한다.
②관세법 제213조제2항 내지 제5항, 제214조, 제215조 내지 제219조 및 제220조의 규정은 제1항의 규정에 의한 보세운송에 관하여 이를 준용한다. 이 경우 관세법 제213조제5항의 규정에 의하여 준용되는 관세법 제247조제2항의 "보세구역"은 "관세자유지역"으로 본다.
제26조제1항중 "관세법 제146조 각호"를 "관세법 제234조 각호"로 한다.
제40조제4호중 "관세법 제128조제2항 또는 제133조제2항"을 "관세법 제213조제2항 또는 제219조제2항"으로 한다.
제47조제2항중 "관세법 제194조"를 "관세법 제278조"로 한다.
제48조중 "관세법 제199조제1항"을 "관세법 제283조제1항"으로, "동법 제10장(제199조 내지 제235조)"을 "동법 제12장(제283조 내지 제319조)"으로 한다.
제49조제1항제3호중 "관세법 제66조제3항"을 "관세법 제251조제1항"으로 하고, 동항제4호중 "관세법 제128조의2제1항·제129조제2항 또는 제130조"를 "관세법 제214조·제215조 또는 제216조"로 하며, 동조제2항제1호중 "관세법 제139조제3항 또는 제141조의3"을 "관세법 제245조제3항 또는 제249조"로 한다.
제8조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 관세법 및 그 규정을 인용하고 있는 경우 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 종전의 규정에 갈음하여 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.