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제15조(소속기관 및 하부조직의 설치)
①소속책임운영기관에는 대통령령이 정하는 바에 따라 소속기관을 둘 수 있다. [개정 2005.12.29] [[시행일 2006.5.1]]
②소속책임운영기관 및 그 소속기관의 하부조직의 설치와 분장사무는 기본운영규정으로 정한다. [개정 2002.3.25, 2005.12.29] [[시행일 2006.5.1]]
③ 삭제 [2002.3.25] [[시행일 2002.6.25]]

부칙 [1999.1.29 제5711호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 6월을 넘지 아니하는 범위내에서 대통령령이 정하는 날부터 시행한다. 다만, 제6장(제27조 내지 제39조) 및 부칙 제2조 내지 제4조의 규정은 2000년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 (다른 법률의 개정) 자동차교통관리개선특별회계법중 다음과 같이 개정한다.
제1조중 "자동차 운전면허의 효율적인 관리·운영과 교통경찰장비의 보강등"을 "교통경찰장비의 보강등"으로 한다.
제3조제1호를 삭제하고, 동조제2호중 "일반회계"를 "일반회계 및 다른 특별회계"로 한다.
제4조제1호를 삭제한다.
제5조의 제목 "일반회계로부터의 전입"을 "일반회계등으로부터의 전입"으로 하고, 동조중 "일반회계"를 "일반회계 및 다른 특별회계"로 한다.
제3조 (세입·세출 및 결산에 관한 경과조치) ①부칙 제2조의 규정에 의하여 개정되는 특별회계(이하 "종전의 특별회계"라 한다)의 1999연도의 세입·세출 및 결산에 관하여는 종전의 규정에 의한다.
②종전의 특별회계의 1999연도 결산상의 잉여금은 2000연도 책임운영기관특별회계의 해당계정의 세입에 이입한다.
제4조 (재산등의 승계) 종전의 특별회계에 속하는 국유재산·물품 및 채권·채무는 책임운영기관특별회계의 해당계정이 이를 승계한다.

부칙 [1999.5.24 제5982호(政府組織法)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제3조제71항은 1999년 7월 1일부터, 동조제72항중 제90조제4항제5호의 개정에 관한 사항은 1999년 8월 6일부터 각각 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①내지 <16>생략
<17>책임운영기관의설치·운영에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제29조, 제35조제3항 및 제36조제2항중 "예산청장"을 각각 "기획예산처장관"으로 한다.
제4조제2항, 제13조제2항 및 제34조중 "기획예산위원회"를 각각 "기획예산처"으로 한다.
<18>내지 <78>생략
제4조 내지 제6조 생략

부칙 [2001.1.29 제6400호(정부조직법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①내지 <56>생략
<57>책임운영기관의설치·운영에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제6조중 "행정자치부장관, 교육부장관"을 "교육인적자원부장관, 행정자치부장관"으로 한다.
<58>내지 <79>생략
제4조 생략

부칙 [2002.3.25 제6666호]
①(시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다
②(국유재산 등의 특별회계 귀속에 관한 경과조치) 중앙행정기관의 장은 기관장과 협의하여 이 법 시행일부터 1월 이내에 소속책임운영기관이 점유·사용 또는 관리하는 국유재산 및 물품중 책임운영기관의 운영에 필요하다고 인정되는 국유재산 및 물품을 특별회계에 귀속시켜야 한다.

부칙 [2004.12.30 제7259호]
이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제7조제3항·제16조제1항 및 제30조제3항의 개정규정은 2005년 7월 1일부터 시행한다.

부칙 [2005.12.29 제7770호]
이 법은 2006년 5월 1일부터 시행한다. 다만, 제7조제5항ㆍ제16조 (정원 및 정원계획에 관한 사항에 한한다)ㆍ제19조제2항 및 제23조제1항의 개정규정은 2006년 7월 1일부터, 제48조의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 각각 시행한다.

부칙 [2006.10.4 제8050호(국가재정법)]
제1조(시행일) 이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제56조의 규정은 법률에 따라 정부회계에 관한 기준이 마련되어 시행되는 회계연도부터, 부칙 제11조제14항, 동조제17항(「국유재산법」 제48조제4항 관련 규정에 한한다) 및 동조제29항(「물품관리법」 제21조 관련 규정에 한한다)의 규정은 각각 2008년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조(다른 법률의 개정) ① 내지 <53> 생략
<54>책임운영기관의 설치·운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제34조 중 “「예산회계법」 제25조제2항”을 “「국가재정법」 제29조제1항”으로 한다.
제36조제1항 중 “「예산회계법」 제37조”를 “「국가재정법 제46조”로 한다.
<55> 내지 <56> 생략
제12조 생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 <234> 까지 생략
<235> 책임운영기관의 설치·운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제2항 전단 및 후단·제3항, 제6조, 제7조제2항, 제13조제1항·제7항, 제14조제2항, 제16조제3항 중 "행정자치부장관"을 각각 "행정안전부장관"으로 한다.
제4조제2항 전단, 제13조제7항 중 "기획예산처"를 각각 "기획재정부"로 한다.
제6조 중 "교육인적자원부장관"을 "교육과학기술부장관"으로 한다.
제13조제4항·제5항제2호, 제44조제5항 중 "행정자치부장관"을 각각 "행정안전부장관"으로 한다.
제29조 중 "기획예산처장관"을 "기획재정부장관"으로 한다.
제34조, 제48조제2항 중 "기획예산처장관"을 각각 "기획재정부장관"으로 한다.
제35조제3항 중 "재정경제부장관, 기획예산처장관"을 "기획재정부장관"으로 한다.
제36조제2항 중 "재정경제부장관·기획예산처장관"을 "기획재정부장관"으로 한다.
<236> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부칙 [2008.12.31 제9280호(정부기업예산법)]
제1조(시행일) 이 법은 2009년 1월 1일부터 시행한다.
제2조부터 제4조까지 생략
제5조(다른 법률의 개정) ① 부터 ⑦ 까지 생략
⑧ 책임운영기관의 설치ㆍ운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제30조의 제목 및 같은 조 제1항ㆍ제2항 중 “「기업예산회계법」”을 각각 “「정부기업예산법」”으로 하고, 같은 조 제3항 중 “「기업예산회계법」 제20조”를 “「정부기업예산법」 제13조”로 한다.
제31조를 삭제한다.
제36조제1항 중 “「기업예산회계법」 제25조”를 “「정부기업예산법」 제20조”로 한다.
제37조제2항 중 “「예산회계법」 제38조제3항ㆍ제5항 및 「기업예산회계법」 제26조제2항ㆍ제3항”을 “「국가재정법」 제48조제4항ㆍ제7항”으로 한다.
⑨ 생략
제6조 생략