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제6조(협의회의 기능)
협의회는 다음 각호의 사항을 심의·의결한다.
1. 남북교류·협력에 관한 정책의 협의·조정 및 기본원칙의 수립
2. 남북교류·협력에 관한 각종 허가·승인등에 관한 중요사항의 협의·조정
3. 교역대상품목의 범위 결정
4. 협력사업에 대한 총괄·조정
5. 남북교류·협력의 촉진을 위한 지원
6. 남북교류·협력과 관련된 중요사항에 대한 관계부처간의 협조추진
7. 기타 위원장이 부의하는 사항

부칙 <제4239호,1990.8.1>
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(다른 법률의 개정) 조세감면규제법중 다음과 같이 개정한다.
제3조에 제24호를 다음과 같이 신설한다.
24. 남북교류협력에관한법률

부칙(정부조직법) <제4268호,1990.12.27>
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 (국토통일원의 명칭변경에 따른 다른 법률의 개정) ①남북교류협력에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제5조제2항, 제9조제1항·제3항, 제12조 내지 제14조, 제15조제1항·제2항, 제16조제1항, 제17조제1항, 제18조제1항·제2항, 제19조제1항, 제20조제1항 및 제25조중 "국토통일원장관"을 각각 "통일원장관"으로 한다.
제4조 및 제5조제5항중 "국토통일원"을 각각 "통일원"으로 한다.
② 및 ③생략
제4조 내지 제10조 생략

부칙(출입국관리법) <제4522호,1992.12.8>
제1조 (시행일) 이 법은 1993년 4월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 및 ②생략
③남북교류협력에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제21조중 "출입국관리법 제65조 내지 제72조"를 "출입국관리법 제69조 내지 제76조"로 한다.
④생략

부칙(대외무역법) <제4850호,1994.12.31>
제1조 (시행일) 이 법은 1995년 7월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) 남북교류협력에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제12조중 "무역업의 허가를 받은 자"를 "무역업의 등록을 한 자"로 한다.