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제16조(협력사업자)
①협력사업을 하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 통일원장관의 승인을 얻어야 한다.<개정 1990.12.27>
②제1항의 규정에 의한 승인의 요건과 승인취소사유 및 그 절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부칙 <제4239호,1990.8.1>
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(다른 법률의 개정) 조세감면규제법중 다음과 같이 개정한다.
제3조에 제24호를 다음과 같이 신설한다.
24. 남북교류협력에관한법률

부칙(정부조직법) <제4268호,1990.12.27>
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 생략
제3조 (국토통일원의 명칭변경에 따른 다른 법률의 개정) ①남북교류협력에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제5조제2항, 제9조제1항·제3항, 제12조 내지 제14조, 제15조제1항·제2항, 제16조제1항, 제17조제1항, 제18조제1항·제2항, 제19조제1항, 제20조제1항 및 제25조중 "국토통일원장관"을 각각 "통일원장관"으로 한다.
제4조 및 제5조제5항중 "국토통일원"을 각각 "통일원"으로 한다.
② 및 ③생략
제4조 내지 제10조 생략

부칙(출입국관리법) <제4522호,1992.12.8>
제1조 (시행일) 이 법은 1993년 4월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 및 ②생략
③남북교류협력에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제21조중 "출입국관리법 제65조 내지 제72조"를 "출입국관리법 제69조 내지 제76조"로 한다.
④생략

부칙(대외무역법) <제4850호,1994.12.31>
제1조 (시행일) 이 법은 1995년 7월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법률의 개정) 남북교류협력에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제12조중 "무역업의 허가를 받은 자"를 "무역업의 등록을 한 자"로 한다.

부칙(대외무역법) <제5211호,1996.12.30>
제1조 (시행일) 이 법은 1997년 3월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 내지 제7조 생략
제8조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ⑩생략
⑪남북교류협력에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제12조중 "무역업의 등록을 한 자"를 "무역업의 신고를 한 자"로 한다.
제14조제1호중 "자동승인품목·"을 삭제하고, 동조제1호 및 제2호중 "제한승인품목"을 각각 "승인을 요하는 품목"으로 한다.
제9조 생략

부칙(정부부처명칭등의변경에따른건축법등의정비에관한법율) <제5454호,1997.12.13>
이 법은 1998년1월1일부터 시행한다. <단서 생략>