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제23조(계정의 구분 등)
①법 제28조제2항의 규정에 의하여 책임운영기관특별회계(이하 "특별회계"라 한다)의 계정을 별표 4와 같이 구분한다.
②제1항의 규정에 의한 각 계정별 세입 및 세출의 구체적 내용에 관하여는 기본운영규정으로 정한다.

부칙 [1999.7.29 제16490호]
①(시행일) 이 영은 1999년 7월 30일부터 시행한다. 다만, 제2조·제15조제1항·제18조제1항 및 제6장(제23조 내지 제29조)의 규정은 2000년 1월 1일부터 시행한다.
②(책임운영기관의설치·운영에관한법률의 시행일에 관한 규정) 법률 제5711호 책임운영기관의설치·운영에관한법률은 1999년 7월 30일부터 시행한다.

부칙 [1999.12.28 제16632호]
이 영은 2000년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 [2000.8.28 제16957호]
이 영은 2001년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 [2000.8.28 제16958호(국방부와그소속기관직제)]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
②(다른 법령의 개정) 책임운영기관의 설치·운영에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
별표 1의 명칭란, 별표 3의 기관별란 및 별표 4의 내용란중 "국군홍보관리소"를 각각 "국방홍보원"으로 한다.
별표 4의 계정의 명칭란중 "국군홍보관리계정"을 "국방홍보원계정"으로 한다.

부칙 [2000.12.30 제17069호]
이 영은 2001년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 [2001.1.4 제17104호(공무원수당등에관한규정)]
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행하되, 2001년 1월 1일부터 적용한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조 (다른 법령의 개정) ①내지 ⑫생략
⑬책임운영기관의설치·운영에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
제7조 본문, 제22조 본문 및 단서중 "공무원수당규정"을 각각 "공무원수당등에관한규정"으로 한다.
⑭생략

부칙 [2001.3.27 제17170호]
이 영은 2001년 3월 29일부터 시행한다.

부칙 [2001.12.31 제17473호(농림부와그소속기관직제)]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. <단서 생략>
②생략
③(다른 법령의 개정) 책임운영기관의설치·운영에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
별표 1중 국립수의과학검역원의 총정원의 한도란중 "460인"을 "480인"으로 하고, 동표중 국립식물검역소의 총정원의 한도란중 "393인"을 "395인"으로 한다.

부칙 [2002.3.2 제17529호(조달청과그소속기관직제)]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
②생략
③(다른 법령의 개정) 책임운영기관의설치·운영에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
별표 1중 중앙보급창의 총정원의 한도란중 "92"를 "87"로 한다.

부칙 [2002.5.6 제17597호(보건복지부와그소속기관직제)]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
②(다른 법령의 개정) 책임운영기관의설치·운영에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
별표 1의 명칭란 및 별표 3의 기관별란중 "국립목포결핵병원"을 각각 "국립목포병원"으로 한다.
별표 4의 계정의 명칭란 및 내용란중 "국립목포결핵병원"을 각각 "국립목포병원"으로 한다.

부칙 [2002.6.1 제17619호(기상청과그소속기관직제)]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
②(다른 법령의 개정) 책임운영기관의설치·운영에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
별표 1의 항공기상대의 총정원의 한도란중 "90인"을 "97인"으로 한다.
별표 2의 항공기상대(기상청소속)의 소속기관란중 "제주공항기상대"를 "제주공항기상대, 양양공항기상대"로 한다.

부칙 [2002.6.25 제17637호]
이 영은 2002년 6월 26일부터 시행한다.

부칙 [2002.9.11 제17734호(산림청과그소속기관직제)]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
②(다른 법령의 개정) 책임운영기관의설치·운영에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
별표 1의 임업연구원의 총정원의 한도란중 "308인"을 "314인"으로 한다.

부칙 [2002.12.30 제17844호(해양수산부와그소속기관직제)]
제1조 (시행일) 이 영은 2003년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법령의 개정) ①생략
②책임운영기관의설치·운영에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
별표 1중 충남통계사무소의 총정원의 한도 "124인"을 "121인"으로 하고, 동표중 대산지방해양수산청의 총정원의 한도 "93인"을 "95인"으로 한다.

부칙 [2003.2.24 제17918호(행정자치부와그소속기관직제)]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 부칙 제2항의 규정은 2003년 3월 11일부터 시행한다.
②(다른 법령의 개정) 책임운영기관의설치·운영에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
별표 2의 운전면허시험관리단(경찰청소속)의 경상북도지역의 운전면허시험장의 명칭란중 "화원운전면허시험장"을 "문경운전면허시험장"으로 한다.

부칙 [2003.7.25 제18063호]
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2003.7.26 제18067호(건설교통부와그소속기관직제)]
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (다른 법령의 개정) ①내지 ④생략
⑤책임운영기관의설치·운영에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
별표 1의 명칭란중 "국립지리원"을 "국토지리정보원"으로 하고, 별표 3의 기관별란중 "국립지리원"을 "국토지리정보원"으로 하며, 별표 4의 계정의 명칭란중 "국립지리원계정"을 "국토지리정보원계정"으로 한다.
⑥생략

부칙 [2003.12.3 제18152호]
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2004.1.9 제18212호(농촌진흥청과그소속기관직제)]
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (다른 법령의 개정) ①책임운영기관의설치·운영에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
별표 1중 농업기계화연구소란 및 축산기술연구소란을 각각 삭제하고, 국립식물검역소란 다음에 농업공학연구소란 및 축산연구소란을 다음과 같이 신설한다.

  ┌─────┬──────┬───────────────────┬───┐
  │ 농업공학 │            │농업용기계 및 시설장치 등 농업공학에  │      │
  │          │ 농촌진흥청 │관한 시험·연구 및 시험평가에 관한    │114인 │
  │ 연 구 소 │            │사항                                  │      │
  ├─────┼──────┼───────────────────┼───┤
  │          │            │가축·가금의 유전육종 및 품종개량,    │      │
  │          │            │영양생리·사양 및 사료자원연구,       │      │
  │ 축    산 │ 농촌진흥청 │초지조성 및 사료작물의 육종재배연구,  │334인 │
  │ 연 구 소 │            │축산물의 품질·가공 및 안전성 연구,   │      │
  │          │            │축산시설의 개선 및 축산환경연구,      │      │
  │          │            │기술지원에 관한 사항                  │      │
  └─────┴──────┴───────────────────┴───┘

별표 2중 책임운영기관란의 "축산기술연구소"를 "축산연구소"로 한다.
별표 3중 기관별란의 "농업기계화연구소"를 "농업공학연구소"로, "축산기술연구소"를 "축산연구소"로 한다.
별표 4중 계정의 명칭란의 "농업기계화연구계정"을 "농업공학연구소계정"으로, "축산기술연구소계정"을 "축산연구소계정"으로 하고, 내용란의 "농업기계화연구소"를 "농업공학연구소"로, "축산기술연구소"를 "축산연구소"로 한다.
②내지 ④생략

부칙 [2004.1.9 제18213호(산림청과그소속기관직제)]
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (다른 법령의 개정) ①내지 ⑤생략
⑥책임운영기관의설치·운영에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
별표 1의 명칭란중 "임업연구원"을 "국립산림과학원"으로 한다.
별표 2의 책임운영기관란중 "임업연구원"을 "국립산림과학원"으로 하고, 동표 소속기관란중 "중부임업시험장, 서부임업시험장, 남부임업시험장 및 제주임업시험장"을 "산림생산기술연구소, 산림종자연구소, 남부산림연구소 및 난대산림연구소"로 한다.
별표 3의 기관별란중 "임업연구원"을 "국립산림과학원"으로 한다.
별표 4의 계정의명칭란중 "임업연구원계정"을 "국립산림과학원계정"으로 하고, 동표 내용란중 "임업연구원"을 "국립산림과학원"으로 한다.
⑦및 ⑧생략
제3조 생략

부칙 [2004.2.9 제18275호(교육인적자원부와그소속기관직제등중개정령)]
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2004.5.24 제18399호(재정경제부와그소속기관직제등중개정령)]
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2004.8.14 제18518호(국정홍보처와그소속기관직제)]
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (다른 법령의 개정) ①책임운영기관의설치·운영에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
별표 1의 국립영상간행물제작소란을 다음과 같이 한다.

  ┌──────┬──────┬───────────────────┬───┐
  │            │            │정부의 영상물 제작 및 기록보존,       │      │
  │            │            │공공기관 및 단체의 영상물 제작에 대한 │      │
  │ 영상홍보원 │ 국정홍보처 │협조·지원, 종합유선방송과 위성방송의 │104인 │
  │            │            │공공채널 프로그램 제작·방송에 관한   │      │
  │            │            │사항                                  │      │
  └──────┴──────┴───────────────────┴───┘

②생략

부칙 [2004.12.31 제18654호(산림청과그소속기관직제)]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
②(다른 법령의 개정) 책임운영기관의설치·운영에관한법률시행령중 다음과 같이 개정한다.
별표 1의 국립산림과학원의 총정원의 한도란중 "317인"을 "320인"으로 한다.

부칙 [2005.4.15 제18786호(교육인적자원부와 그 소속기관 직제 등 일부개정령)]
이 영은 공포한 날부터 시행한다.

부칙 [2005.4.15 제18789호(농림부와 그 소속기관 직제)]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
②생략
③(다른 법령의 개정) 책임운영기관의설치·운영에관한법률시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 1의 국립수의과학검역원의 총정원의 한도란중 "518인"을 "519인"으로 하고, 동표의 국립식물검역소의 총정원의 한도란중 "411인"을 "412인"으로 한다.

부칙 [2005.4.15 제18790호(해양수산부와 그 소속기관 직제)]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
②(다른 법령의 개정) 책임운영기관의설치·운영에관한법률시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 1의 대산지방해양수산청의 총정원의 한도란중 "95인"을 "97인"으로 한다.

부칙 [2005.4.15 제18791호(산림청과 그 소속기관 직제)]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
②(다른 법령의 개정) 책임운영기관의설치·운영에관한법률시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 1의 국립산림과학원의 총정원의 한도란중 "320인"을 "326인"으로 한다.

부칙 [2005.6.30 제18924호]
이 영은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제16조제3항 내지 제5항 및 제20조의2의 개정규정은 2005년 7월 1일부터 시행한다.

부칙 [2005.7.14 제18944호(조달청과 그 소속기관 직제)]
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법령의 개정) ①생략
②책임운영기관의 설치·운영에 관한 법률 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다
별표 1의 명칭란중 “중앙보급창”을 “중앙구매사업단”으로 하고, 동표 총정원의 한도란중 “87인”을 “88인”으로 한다.
별표 1의2의 기업형기관란중 “중앙보급창”을 “중앙구매사업단”으로 한다.
별표 3의 기관별란중 “중앙보급창”을 “중앙구매사업단”으로 한다.
별표 4의 계정의 명칭란중 “중앙보급창계정”을 “중앙구매사업단계정”으로 하고, 동표 내용란중 “중앙보급창”을 “중앙구매사업단”으로 한다.
③생략

부칙 [2005.11.11 제19127호]
①(시행일) 이 영은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제7장의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.
②(기관장에 관한 경과조치) 이 영 시행 당시 별표 1의 개정규정에 의하여 책임운영기관으로 새로이 지정된 기관의 기관장이 개방형직위에 임용되어 재직중인 경우에는 잔여임기동안 이 영에 의한 책임운영기관의 장으로 채용된 것으로 본다. 이 경우 그 기관장과 소속중앙행정기관의 장은 지체없이 제4조의 규정에 의한 기관장 채용계약을 체결하여야 한다.

부칙 [2005.12.30 제19230호(「책임운영기관의 설치·운영에 관한 법률 시행령」 개정 등에 따른 교육인적자원부와 그 소속기관 직제 등 일부개정령)]
제1조(시행일) 이 영은 2006년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 생략
제3조(다른 법령의 개정) 책임운영기관의 설치·운영에 관한 법률 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
제17조제1항 본문중 “충남통계사무소의 경우에는 정원중 103인”을 “지방통계청 및 통계사무소의 경우에는 정원 중 981인”으로 한다.
별표 1의 경찰병원의 총정원의 한도란중 “473인”을 “483인”으로 한다.

부칙 [2005.12.30 제19235호(국정홍보처와 그 소속기관 직제 일부개정령)]
①(시행일) 이 영은 2006년 1월 1일부터 시행한다.
②(다른 법령의 개정) 책임운영기관의 설치?운영에 관한 법률 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 1 영상홍보원의 총정원의 한도란중 “104인”을 “108인”으로 한다.

부칙 [2005.12.30 제19237호(산림청과 그 소속기관 직제 일부개정령)]
①(시행일) 이 영은 2006년 1월 1일부터 시행한다.
②생략
③(다른 법령의 개정) 책임운영기관의 설치?운영에 관한 법률 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 1 국립산림과학원의 총정원의 한도란중 “326인”을 “303인”으로 하고, 국립자연휴양림관리소의 총정원의 한도란중 “59인”을 “71인”으로 한다.

부칙 [2006.1.26 제19284호(과학기술부와 그 소속기관 직제)]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
②(다른 법령의 개정) 책임운영기관의 설치·운영에 관한 법률 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 1의 국립중앙과학관의 총정원의 한도란 중 "102인"을 "105인"으로 한다.

부칙 [2006.1.26 제19292호(산림청과 그 소속기관 직제)]
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (다른 법령의 개정) ①내지 ⑥생략
⑦책임운영기관의 설치·운영에 관한 법률 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 1 국립산림과학원의 총정원의 한도란중 "293인"을 "303인"으로 하고, 국립자연휴양림관리소의 총정원의 한도란중 "59인"을 "71인"으로 한다.
제3조 (지방산림관리청의 명칭 변경에 따른 다른 법령과의 관계) 이 영 시행당시 다른 법령에서 "지방산림관리청"을 인용한 경우에는 "지방산림청"을, "지방산림관리청장"을 인용한 경우에는 "지방산림청장"을, "지방산림관리청국유림관리소"를 인용한 경우에는 "지방산림청국유림관리소"를, "지방산림관리청국유림관리소장"을 인용한 경우에는 "지방산림청국유림관리소장"을 각각 인용한 것으로 본다.

부칙 [2006. 2. 10 제19341호(보건복지부와 그 소속기관 직제 일부개정령)]
①(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
②(다른 법령의 개정) 책임운영기관의 설치·운영에 관한 법률 시행령 일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 1의 국립의료원의 총정원의 한도란중 “698인”을 “705인”으로 하고, 동표의 국립부곡병원의 총정원의 한도란중 “164인”을 “167인”으로 하며, 동표의 국립마산병원의 총정원의 한도란중 “94인”을 “97인”으로 한다.

부 칙[2006.2.22 제19350호(해양경찰청과 그 소속기관 직제)]
①(시행일) 이 영은 2006년 4월 1일부터 시행한다. <단서 생략>
②(다른 법령의 개정) 책임운영기관의 설치·운영에 관한 법률 시행령 별표 1중 해양경찰정비창 총정원 "209"를 "214"로 한다.

부칙 [2006.2.28 제19362호(교육인적자원부와 그 소속기관 직제 일부개정령)]
①(시행일) 이 영은 2006년 3월 1일부터 시행한다.
②(다른 법령의 개정) 「책임운영기관의 설치·운영에 관한 법률 시행령」일부를 다음과 같이 개정한다.
별표 1의 국제교육진흥원의 총정원의 한도란중 “69인”을 “74인”으로 한다.