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제13조(다른 법률과의 관계)
①제11조제1항 각호외의 부분 단서 또는 제12조의 규정에 의하여 허가를 받은 경우로서 제2항의 규정에 의하여 시장·군수 또는 구청장이 관계행정기관의 장과 협의한 사항에 대하여는 다음 각호의 허가·협의·신고를 받은 것으로 본다.
1. 산림법 제18조의 규정에 의한 보전임지의 전용허가 또는 협의, 동법 제90조제1항의 규정에 의한 입목의 벌채허가 또는 신고, 산림형질변경의 허가 또는 신고
2. 수도법 제5조제4항의 규정에 의한 행위허가 또는 신고
3. 도시공원법 제8조제1항의 규정에 의한 도시공원의 점용허가
4. 하천법 제25조제1항의 규정에 의한 하천의 점용 등의 허가
②시장·군수 또는 구청장이 제11조제1항 각호외의 부분 단서 또는 제12조의 규정에 의하여 허가를 하는 경우와 제11조제2항의 규정에 의하여 시장·군수·구청장에게 신고한 경우에 제1항의 규정에 의한 사항이 포함되어 있는 때에는 관계행정기관의 장과 미리 협의하여야 한다.

부칙 <제6241호,2000.1.28>
제1조 (시행일) 이 법은 2000년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 (개발제한구역의 지정에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 도시계획법 제21조의 규정에 의하여 지정된 개발제한구역은 이 법에 의하여 지정된 것으로 본다.
제3조 (부담금에 관한 적용예) 부담금은 이 법 시행후 제11조제1항 각호외의 부분 단서 또는 제12조의 규정에 의한 허가를 신청한 분부터 이를 적용한다.
제4조 (행위제한 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 도시계획법 제21조의 규정에 의하여 지정된 개발제한구역과 관련하여 종전의 도시계획법에 의한 처분·절차 기타의 행위는 이 법에 저촉되지 아니하는 한 이 법에 의하여 행하여진 것으로 본다.
②이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 허가를 받았거나(허가를 신청한 경우를 포함한다) 신고를 한 경우 그 허가 또는 신고기준 및 허가 또는 신고로써 허용되는 행위의 범위 등에 관하여는 이 법 제11조제1항 각호외의 부분 단서 또는 제12조의 규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다. 다만, 종전의 규정이 이 법의 규정에 비하여 당해 행위를 하고자 하는 자에게 불리한 경우에는 이 법의 규정에 의한다.
제5조 (규제의 존속기한) ①부담금에 관한 제20조 내지 제25조의 규정은 2005년 6월30일까지 효력을 가진다.
②2005년 6월 30일까지 행정규제기본법 제8조제3항의 규정에 의하여 제1항의 규정에 의한 기간이 연장되지 아니하는 경우에는 부담금에 관한 제20조 내지 제25조의 규정은 그 효력을 상실한다.
③건설교통부장관은 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 2005년 6월 30일 이전에 제20조제1항의 규정에 의하여 부담금의 부과대상이 되는 행위허가가 있는 경우 제20조 내지 제25조의 규정에 의하여 부담금을 부과·징수할 수 있다.
제6조 (다른 법률과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법률에서 이 법 시행전의 도시계획법 제21조를 인용하고 있는 경우 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.
제7조 (다른 법률의 개정) ①농지법중 다음과 같이 개정한다.
제36조제2항제2호중 "도시계획법 제4조"를 "도시계획법 제46조제1항 또는 개발제한구역의지정및관리에관한특별조치법 제11조제1항 각호외의 부분 단서"로 한다.
②자연공원법중 다음과 같이 개정한다.
제50조제2항중 "하천법"을 "하천법·개발제한구역의지정및관리에관한특별조치법"으로 한다.