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제2조(정의)
이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. [개정 2006.12.26, 2006.12.30 제8138호 (교통세법), 2007.12.31 제8829호(개별소비세법) [[시행일 2008.1.1]]
1. "자유무역지역"이라 함은 「관세법」 · 「대외무역법」 등 관계법률에 대한 특례와 지원을 통하여 자유로운 제조·물류·유통 및 무역활동 등을 보장하기 위한 지역으로서 제4조의 규정에 의하여 지정된 지역을 말한다.
2. "입주기업체"라 함은 제10조제1항제1호 내지 제3호 및 동조제2항의 규정에 의한 입주자격을 갖춘 자로서 제11조의 규정에 의하여 입주허가를 받은 자를 말한다.
3. "지원업체"라 함은 제10조제1항제4호의 규정에 의한 입주자격을 갖춘 자로서 제11조의 규정에 의하여 입주허가를 받은 자를 말한다.
4. "외국인투자기업"이라 함은 「외국인투자촉진법」 제2조제1항제6호의 규정에 의한 기업으로서 동법 제4조제3항 또는 제4항의 규정에 의하여 외국인투자가 제한되는 업종에 해당하지 아니하는 업종을 영위하는 기업을 말한다.
5. "공장"이라 함은 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제2조제1호의 규정에 의한 공장을 말한다.
6. "관세등"이라 함은 관세·부가가치세·임시수입부가세·주세·개별소비세·교통·에너지·환경세·농어촌특별세 또는 교육세를 말한다.
7. "관세영역"이라 함은 자유무역지역외의 국내지역을 말한다.
8. "수입"이라 함은 「관세법」 제2조제1호의 규정에 의한 수입을 말한다.
9. "수출"이라 함은 「관세법」 제2조제2호의 규정에 의한 수출을 말한다.
10. "외국물품"이라 함은 「관세법」 제2조제3호의 규정에 의한 외국물품을 말한다.
11. "내국물품"이라 함은 「관세법」 제2조제4호의 규정에 의한 내국물품을 말한다.

부칙
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (수출자유지역에 관한 경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 수출자유지역설치법에 의하여 설치된 수출자유지역은 이 법에 의하여 자유무역지역으로 지정된 것으로 본다.
②이 법 시행당시 종전의 수출자유지역설치법 제8조의 규정에 의하여 입주허가를 받은 자는 이 법 제9조의 개정규정에 의한 입주허가를 받은 것으로 본다.
③이 법 시행당시 종전의 수출자유지역설치법 제13조의 규정에 의하여 산업자원부장관의 승인과 세관장의 허가를 받은 경우에는 이 법 제27조 및 제28조의 개정규정에 의하여 산업자원부장관 또는 세관장의 승인을 얻은 것으로 본다.
제3조 (벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 수출자유지역설치법의 규정에 의한다.
제4조 (다른 법률과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 종전의 수출자유지역설치법을 인용한 경우 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 이 법 또는 이 법의 해당 조문을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2000.12.29. 법6305호]
제1조(적용례) 이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제8조 생략

부칙 [2001.8.14.]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(물품의 수입신고 및 관세납부에 관한 적용례) 제20조제3항제2호의 개정규정은 이 법 시행 이후 최초로 관세지역으로 반출하고자 하는 수입신고분부터 적용한다.
제3조(내국물품의 신고에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제20조제1항의 규정에 의하여 세관장에게 신고한 내국물품중 제20조제2항의 개정규정에 의하여 대통령령으로 정한 내국물품은 내국물품확인을 받은 것으로 본다.
제4조(내국물품의 반출의 신고에 대한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 제21조제1항의 규정에 의하여 관세지역으로 내국물품의 반출을 세관장에게 신고한 경우는 제21조제1항의 개정규정에 의한 증빙서류를 제출한 것으로 본다.

부칙 [2002.1.26. 법률제6642호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제8조 생략

부칙 [2002.12.30. (공업배치및공장설립에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 2003년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제6조 및 제8조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) ① 내지 [18] 생략
<19>자유무역지역의지정등에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제2조제3호, 제9조제3항 및 제4항중 "공업배치및공장설립에관한법률"을 각각 "산업집적활성화및공장설립에관한법률"로 한다.
[20] 내지 [28] 생략

부칙 [2004.3.22.]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (다른 법률의 폐지) 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률은 이를 폐지한다.
제3조 (수입신고수리물품의 반출에 관한 적용례) 제37조의 개정규정에 의하여 준용되는 관세법 제157조의2의 규정은 이 법 시행후 수입신고가 수리되는 분부터 적용한다.
제4조 (관세자유지역에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을 위한관세자유지역의지정및운영에관한법률에 의하여 지정된 관세자유지역은 제4조의 개정규정에 의한 자유무역지역으로, 관세자유지역예정지역은 제7조의 개정규정에 의한 예정지역으로 각각 지정된 것으로 본다.
제5조 (관세자유지역의 등록업체 등에 관한 경과조치) ①이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률 제11조의 규정에 의하여 세관장에게 등록업체로 등록을 한 자와 지원업체로서 입주계약을 체결한 자는 제11조의 개정규정에 의하여 각각 입주기업체 또는 지원업체의 입주허가를 받은 것으로 본다.
②이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률의 규정에 의하여 등록을 받은 세관장은 이 법 시행후 3월 이내에 등록업체현황 등에 관한 사항을 제8조제1항제2호 내지 제4호의 규정에 의한 관리권자에게 각각 통보하여야 한다.
제6조 (자유무역지역의 입주허가기업체에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 자유무역지역의지정등에관한법률 제9조의 규정에 의한 입주허가를 행한 관리권자는 세관장에게 그 입주기업체에 대한 허가사항을 통보하여야 한다.
제7조 (입주허가의 결격사유에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 자유무역지역의지정등에관한법률 제9조의 규정에 의하여 입주허가를 받은 자(부칙 제5조제1항의 규정에 의하여 입주허가를 받은 것으로 보는 자를 포함한다) 또는 그 임원인 자가 이 법 시행전에 발생한 사유로 인하여 제12조제2호 내지 제7호의 개정규정에 의한 결격사유에 해당하게 된 경우에는 동조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.
제8조 (외국물품등의 사용ㆍ소비에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률에 의한 관세자유지역안으로 반입된 동법 제28조제1항 각호의 1에 해당하는 외국물품등을 이 법 시행후 사용ㆍ소비하고자 하는 자는 관세법 제241조의 규정에 의한 수입신고를 하고 관세등을 납부하여야 한다.
제9조 (견품의 반출에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률 제21조의 규정에 의한 견품의 반출허가 또는 종전의 자유무역지역의지정등에관한법률 제28조의 규정에 의한 물품의 일시반출ㆍ반입승인은 제33조의 개정규정에 의한 일시반출의 허가로 본다.
제10조 (역외작업의 신고 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률 제22조의 규정에 의한 역외작업의 신고 또는 종전의 자유무역지역의지정등에관한법률 제27조의 규정에 의한 역외가공의 승인은 제34조의 개정규정에 의한 세관장의 역외작업의 신고수리로 본다.
제11조 (외국물품등의 멸실신고 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률 제24조제2항의 규정에 의한 외국물품등의 멸실ㆍ분실 또는 폐기에 관한 신고 또는 종전의 자유무역지역의지정등에관한법률 제23조제2항의 규정에 의한 외국물품과 공급물품의 멸실 또는 분실에 관한 신고는 제38조제3항의 개정규정에 의한 외국물품등의 멸실ㆍ분실 또는 폐기신고로 본다.
제12조 (관세등의 면제ㆍ환급 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률 제30조의 규정에 의한 관세등의 면제 또는 환급과 동법 제31조의 규정에 의한 부가가치세의 영세율적용은 제45조의 개정규정에 의한 관세등의 면제 또는 환급과 부가가치세의 영세율의 적용으로 본다.
제13조 (임대료의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률 제33조의 규정에 의한 임대료의 감면 또는 종전의 자유무역지역의지정등에관한법률 제31조제2항 및 제3항의 규정에 의한 임대료의 감면은 제20조의 개정규정에 의한 임대료의 감면으로 본다.
제14조 (벌칙에 관한 경과조치) 이 법 시행전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률과 자유무역지역의지정등에관한법률의 규정에 의한다.
제15조 (다른 법률의 개정) ①수출용원재료에대한관세등환급에관한특례법중 다음과 같이 개정한다.
제4조제3호중 "수출자유지역설치법에 의한 수출자유지역안"을 "자유무역지역의지정및운영에관한법률에 의한 자유무역지역안"으로 한다.
②전기통신기본법중 다음과 같이 개정한다.
제30조의2제1항제5호중 "자유무역지역의지정등에관한법률"을 "자유무역지역의지정및운영에관한법률"로 한다.
③제주국제자유도시특별법중 다음과 같이 개정한다.
제44조제1항중 "자유무역지역의지정등에관한법률"을 "자유무역지역의지정및운영에관한법률"로 한다.
④조세특례제한법중 다음과 같이 개정한다.
제3조제1항제23호를 다음과 같이 한다.
23. 자유무역지역의지정및운영에관한법률
제16조 (다른 법률과의 관계) 이 법 시행 당시 다른 법률에서 종전의 국제물류기지육성을위한관세자유지역의지정및운영에관한법률과 자유무역지역의지정등에관한법률 또는 그 규정을 인용하고 있는 경우 이 법중 그에 해당하는 규정이 있는 때에는 이 법 또는 이 법의 해당 규정을 인용한 것으로 본다.

부칙 [2005.1.14 법률 제7335호 (부동산가격공시및감정평가등에관한법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) ①내지 <19>생략
<20>자유무역지역의지정및운영에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제25조제5항 본문중 "지가공시및토지등의평가에관한법률"을 "부동산가격공시및감정평가에관한법률"로 한다.
<21>내지 <24>생략
제12조 생략

부칙 [2006.3.3 제7864호(대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조 (다른 법률의 개정) 제①항 내지 제④항 생략
⑤자유무역지역의지정및운영에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항제4호중 "「중소기업의 사업영역 보호 및 기업간 협력증진에 관한 법률」 제4조 및 제12조"을 "「대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」 제30조"로 한다.
제⑥항 생략

부칙 [2006.12.26 제8085호]
①(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
②(자유무역지역 입주자격에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 자유무역지역 입주허가를 받은 자의 입주자격 유지 여부에 관하여는 제10조제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따라 입주허가를 받은 것으로 본다.

부칙[2006.12.30 제8138호]
제1조(시행일) 이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제2조제1항제2호의 개정규정은 2007년 7 월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조(다른 법률의 개정) ①, ② 생략
③자유무역지역의지정및운영에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제6호중 “교통세”를 “교통·에너지·환경세”로 한다.
제45조제1항중 “교통세법”을 “「교통·에너지·환경세법」”으로 한다.
④ 내지 ⑨ 생략
제6조 생략

부칙 [2007.4.11 제8356호(대외무역법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제5조 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑦ 생략
⑧자유무역지역의지정및운영에관한법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제32조제1항 전단 중 “대외무역법 제14조의 규정에 의하여”를 “「대외무역법 제11조에 따라”로, “제43조의 규정에 의하여”를 “제46조에 따라”로 하고, 같은 조 제2항 본문 중 “대외무역법 제15조의 규정에 의하여”를 “「대외무역법」 제12조에 따라”로 하며, 같은 조 제4항 중 “대외무역법 제15조의 규정에 의한”을 “「대외무역법」 제12조에 따른”으로 한다.
⑨ 내지 ⑩ 생략
제7조 생략

부칙 [2007.7.27 제8566호(특수임무수행자 지원 및 단체설립에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. [단서 생략]
제2조 생략
제3조(다른 법률의 개정) ① 내지 ④ 생략
⑤자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항제2호중 “「특수임무수행자 지원에 관한 법률」”을 “「특수임무수행자 지원 및 단체설립에 관한 법률」”로 한다.
⑥ 내지 ⑨ 생략

부칙 [2007.8.3 제8616호(물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑥ 생략
⑦자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제5조제1호다목을 다음과 같이 하고, 같은 호 라목을 삭제한다.
다. 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제2조제2호 및 제6호에 따른 물류터미널 및 물류단지
제8조제1항제3호를 다음과 같이 하고, 같은 항 제4호를 삭제한다.
3. 제5조제1호다목의 물류터미널 및 물류단지 : 건설교통부장관
⑧ 내지 ⑩ 생략
제12조 생략

부칙 [2007.12.31 제8829호(개별소비세법)]
제1조(시행일) 이 법은 2008년 1월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제10조 생략
제11조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑧ 생략
⑨자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제6호 중 “특별소비세”를 “개별소비세”로 한다.
제45조제1항 중 “「특별소비세법」”을 “「개별소비세법」”으로 한다.
⑩ 내지 ⑬ 생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 부터 <388> 까지 생략
<389> 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제4조제1항부터 제5항까지, 제6조제1항·제2항, 제7조제1항·제2항·제3항 단서·제4항·제5항, 제8조제1항제1호, 제10조제2항, 제32조제1항·제3항, 제50조제3항 중 "산업자원부장관"을 각각 "지식경제부장관"으로 한다.
제8조제1항제2호 및 제3호 중 "건설교통부장관"을 각각 "국토해양부장관"으로 하며, 같은 항 제5호 중 "해양수산부장관"을 "국토해양부장관"으로 한다.
제13조 본문 및 제1호부터 제3호까지, 제14조제2항, 제15조제2항제5호·제3항, 제28조제1항, 제52조 중 "산업자원부령"을 각각 "지식경제부령"으로 한다.
제50조제1항 중 "산업자원부"를 "지식경제부"로 한다.
제4조제4항, 제17조제1항·제2항 및 제55조제2항 중 "재정경제부장관"을 각각 "기획재정부장관"으로 한다.
<390> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략