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제13조(관련사건의 관할의 병합과 예외)
①관할을 달리하는 수개의 사건이 관련된 때에는 1개의 사건에 관하여 관할권이 있는 군사법원은 다른 사건까지 관할할 수 있다. 다만, 제12조의 규정에 의한 사건, 장관급장교의 피고사건 및 타군의 군사법원의 관할에 속하는 사건은 관련의 사유로 인하여 병합관할할 수 없다.
②고등군사법원관할관은 제1항 단서에 규정된 사건으로서 타군의 본부보통군사법원관할관으로부터 그 병합관할에 관한 신청이 있는 때에는 제1항 단서의 규정에 불구하고 관계 군의 본부보통군사법원관할관의 의견을 물어 1개의 군사법원을 지정하여 병합관할하게 할 수 있다. [개정 94·1·5]

부칙
제1조 (시행일) 이 법은 1988년 2월 25일부터 시행한다.
제2조 (경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 군법회의법에 의한 군법회의· 군법회의관할관·군법회의심판관·법무사· 검찰관·군법회의서기·검찰서기·통역 및 기사는 각각 이 법에 의한 군사법원·군사법원관할관·군사법원심판관 ·군판사· 검찰관·군사법원서기·검찰서기·통역인 및 기사로 본다.
②이 법 시행당시 군법회의 또는 대법원의 심판에 계속중인 사건, 이미 군법회의 또는 대법원에서 재판이 확정된 사건에 대하여는 이 법을 적용한다. 다만, 이미 행하여진 소송행위의 효력에는 영향을 미치지 아니한다.
③이 법 시행당시 이미 진행이 개시된 공시송달기간에 관하여는 종전의 규정을 적용한다.
④이 법 시행당시 군법회의관할관이 이미 행한 처분은 이 법에 의한 군사법원관할관이 한 것으로 본다.
⑤이 법 시행당시 군법회의의 검찰관이 이미 행한 처분은 이 법에 의한 군사법원의 검찰관이 한 것으로 본다.
⑥군사법원관할관은 군사법원서기 및 검찰서기의 충원이 있을 때까지 병으로 하여금 이 법에 의한 군사법원서기 및 검찰서기의 직무를 대행하게 할 수 있다.
제3조 (다른 법률의 개정) ①군형법중 다음과 같이 개정한다. 제3조중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다.
②군행형법중 다음과 같이 개정한다.
제1조중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다. 제3조제2항중 "당해법무사"를 "당해 군판사"로 한다.
③군사기밀보호법중 다음과 같이 개정한다. 제19조제1항중 "군법회의법"을 "군사법원법"으로 한다.
④군법회의의재판권에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제명중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다. 제1조 및 제2조제1항중 "군법회의와"를 각각 "군사법원과"로 한다. 제2조제2항 및 제3항중 "군법회의"를 각각 "군사법원"으로 한다. 제3조제1항중 "군법회의"를 "군사법원"으로 하고, 동조제2항중 "군법회의는"을 "군사법원은"으로 한다.
제6조중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다. 제7조제1항중 "군법회의는"을 "군사법원은"으로, "군법회의"를 "군사법원"으로 하고, 동조제2항중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다. 제8조중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다. 제9조중 "군법회의가"를 "군사법원이"로 한다.
⑤계엄법중 다음과 같이 개정한다.
제10조의 제목중 "군법회의"를 "군사법원"으로 하고, 동조제1항중 "군법회의"를 "군사법원"으로 하며, 동조제2항중 "군법회의가"를 "군사법원이"로 한다. 제12조제2항중 "군법회의"를 각각 "군사법원"으로 한다.
⑥국가안전기획부법중 다음과 같이 개정한다. 제15조중 "군법회의법"을 "군사법원법"으로 한다.
⑦공직자윤리법중 다음과 같이 개정한다.
제8조제6항중 "군법회의법"을 "군사법원법"으로 한다.
⑧사법경찰관리의직무를행할자와그직무범위 에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제9조제1항 및 제2항중 "군법회의법"을 각각 "군사법원법"으로 한다.
⑨반국가행위자의처벌에관한특별조치법중 다음과 같이 개정한다. 제15조중 "군법회의로"를 "군사법원으로"로 한다.
⑩사회안전법중 다음과 같이 개정한다.
제26조제1항·제2항·제4항 및 제5항중 "군법회의법"을 각각 "군사법원법"으로 하고, 동조제1항·제4항 및 제5항중 "군법회의검찰관"을 각각 "군사법원검찰관"으로 한다.
⑪형의실효등에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제2조제2호 및 제5호중 "군법회의검찰부"를 "군사법원검찰부"로 한다. 제3조 및 제4조제1항·제2항중 "보통군법회의검찰부"를 "보통군사법원검찰부"로 한다.
⑫사회보호법중 다음과 같이 개정한다.
제41조제1항·제2항·제4항 및 제5항중 "군법회의법"을 각각 "군사법원법"으로 하고, 동조제1항중 "군법회의는"을 "군사법원은"으로 하며, 동조제4항 및 제5항중 "군법회의"를 각각 "군사법원"으로, "군법회의검찰관"을 각각 "군사법원검찰관"으로 한다.
⑬국가보안법중 다음과 같이 개정한다.
제25조중 "군법회의법"을 "군사법원법"으로, "군법회의관할관"을 "군사법원관할관"으로, "군법회의검찰관"을 "군사법원검찰관"으로 한다.
⑭국회법중 다음과 같이 개정한다.
제38조제1항제2호 마목중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다.
⑮헌법위원회법중 다음과 같이 개정한다.
제12조제1항 후단 및 제15조제1항중 "군법회의"를 각각 "군사법원"으로 한다. 제13조제3항중 "군법회의법"을 "군사법원법"으로 한다.
제4조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 부칙 제3조에 의하여 개정되는 법률을 제외한 다른 법령에서 군법회의법을 인용한 경우에는 군사법원법을, 군법회의를 인용한 경우에는 군사법원을, 법무사를 인용한 경우에는 군판사를 각각 인용한 것으로 본다.

부칙 [93·12·27]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [94·1·5]
제1조 (시행일) 이 법은 1994년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 (경과조치) ①이 법 시행당시 군사법원 또는 대법원의 심판의 계속중인 사건에 대하여는 이 법을 적용한다. 다만, 이미 행하여진 소송행위 및 검찰관 또는 관할관의 처분의 효력에 영향을 미치지 아니한다.
②이 법 시행당시 각군 고등군사법원에 계속중인 사건은 이 법에 의한 고등군사법원에 계속하는 것으로 본다.
③이 법 시행당시의 검찰관·검찰서기 및 군사법원서기는 이 법에 의하여 국방부장관 또는 각군 참모총장이 임명한 것으로 본다.
제3조 (다른 법률의 개정) ①군사법원의재판권에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제7조중 "군사법원의 소속검찰관"을 "군검찰부검찰관"으로 한다.
②형의실효등에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제2조제2호 및 제5호중 "군사법원검찰부"를 각각 "군검찰부"로 한다. 제3조, 제4조제1항 및 제2항 본문중 "보통군사법원검찰부"를 각각 "보통검찰부"로 한다.
③사회보호법을 다음과 같이 개정한다.
제41조제1항·제4항 및 제5항중 "군사법원검찰관"을 각각 "군검찰부검찰관"으로 한다.
④국가보안법을 다음과 같이 개정한다.
제25조중 "군사법원관할관"을 "군사법원군판사"로, "군사법원검찰관"을 "군검찰부검찰관"으로 한다.
제4조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 군사법원검찰관을 인용한 경우에는 군검찰부검찰관을 인용한 것으로 본다.

부칙 [99·1·21]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [99·12·28]
①(시행일) 이 법은 2000년 5월 1일부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법 시행당시 군사법원 또는 대법원의 재판에 계속중인 사건에 대하여는 이 법을 적용한다. 다만, 이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 행한 소송행위의 효력에는 영향을 미치지 아니한다.

부칙 [99·12·31]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [2000·12·26 법6290]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [2002.1.26 제6627호]
제1조(시행일) 이 법은 2002년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략

부칙 [2004.1.20 제7078호(검찰청법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제2조 (다른 법률의 개정) ①생략
②군사법원법중 다음과 같이 개정한다.
제122조중 "고등검찰청 또는 지방검찰청의 검사장"을 "고등검찰청검사장 또는 지방검찰청검사장"으로 한다.
③내지 ⑥생략

부칙 [2004.10.16]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(군사법경찰관의 피의자 인치에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 군사법경찰관이 구속기간의 연장허가를 받아 구속하고 있는 피의자는 즉시 검찰관에게 인치하여야 한다.

부칙 [2004.12.31 제7289호(디자인보호법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ⑭ 생략
⑮군사법원법중 다음과 같이 개정한다.
제469조제6호중 "의장권"을 "디자인권"으로 한다.
<16> 생략