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제39조(각군참모총장의 검찰사무지휘·감독)
각군참모총장은 각군검찰사무의 지휘·감독자로서 례하부대보통검찰부의 관할에 속하는 군검찰사무를 통할하며, 소속검찰관을 지휘·감독한다.
[전문개정 1994·1·5]

부칙 <제3993호,1987.12.4>
제1조 (시행일) 이 법은 1988년 2월 25일부터 시행한다.
제2조 (경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 군법회의법에 의한 군법회의·군법회의관할관·군법회의심판관·법무사·검찰관·군법회의서기·검찰서기·통역 및 기사는 각각 이 법에 의한 군사법원·군사법원관할관·군사법원심판관·군판사·검찰관·군사법원서기·검찰서기·통역인 및 기사로 본다.
②이 법 시행당시 군법회의 또는 대법원의 심판에 계속중인 사건, 이미 군법회의 또는 대법원에서 재판이 확정된 사건에 대하여는 이 법을 적용한다. 다만, 이미 행하여진 소송행위의 효력에는 영향을 미치지 아니한다.
③이 법 시행당시 이미 진행이 개시된 공시송달기간에 관하여는 종전의 규정을 적용한다.
④이 법 시행당시 군법회의관할관이 이미 행한 처분은 이 법에 의한 군사법원관할관이 한 것으로 본다.
⑤이 법 시행당시 군법회의의 검찰관이 이미 행한 처분은 이 법에 의한 군사법원의 검찰관이 한 것으로 본다.
⑥군사법원관할관은 군사법원서기 및 검찰서기의 충원이 있을 때까지 병으로 하여금 이 법에 의한 군사법원서기 및 검찰서기의 직무를 대행하게 할 수 있다.
제3조 (다른 법률의 개정) ①군형법중 다음과 같이 개정한다.
제3조중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다.
②군행형법중 다음과 같이 개정한다.
제1조중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다.
제3조제2항중 "당해법무사"를 "당해 군판사"로 한다.
③군사기밀보호법중 다음과 같이 개정한다.
제19조제1항중 "군법회의법"을 "군사법원법"으로 한다.
④군법회의의재판권에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제명중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다.
제1조 및 제2조제1항중 "군법회의와"를 각각 "군사법원과"로 한다.
제2조제2항 및 제3항중 "군법회의"를 각각 "군사법원"으로 한다.
제3조제1항중 "군법회의"를 "군사법원"으로 하고, 동조제2항중 "군법회의는"을 "군사법원은"으로 한다.
제6조중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다.
제7조제1항중 "군법회의는"을 "군사법원은"으로, "군법회의"를 "군사법원"으로 하고, 동조제2항중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다.
제8조중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다.
제9조중 "군법회의가"를 "군사법원이"로 한다.
⑤계엄법중 다음과 같이 개정한다.
제10조의 제목중 "군법회의"를 "군사법원"으로 하고, 동조제1항중 "군법회의"를 "군사법원"으로 하며, 동조제2항중 "군법회의가"를 "군사법원이"로 한다.
제12조제2항중 "군법회의"를 각각 "군사법원"으로 한다.
⑥국가안전기획부법중 다음과 같이 개정한다.
제15조중 "군법회의법"을 "군사법원법"으로 한다.
⑦공직자륜리법중 다음과 같이 개정한다.
제8조제6항중 "군법회의법"을 "군사법원법"으로 한다.
⑧사법경찰관사의직무를행할자와그직무범위에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제9조제1항 및 제2항중 "군법회의법"을 각각 "군사법원법"으로 한다.
⑨반국가행위자의처벌에관한특별조치법중 다음과 같이 개정한다.
제15조중 "군법회의로"를 "군사법원으로"로 한다.
⑩사회안전법중 다음과 같이 개정한다.
제26조제1항·제2항·제4항 및 제5항중 "군법회의법"을 각각 "군사법원법"으로 하고, 동조제1항·제4항 및 제5항중 "군법회의검찰관"을 각각 "군사법원검찰관"으로 한다.
⑪형의실효등에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호 및 제5호중 "군법회의검찰부"를 "군사법원검찰부"로 한다.
제3조 및 제4조제1항·제2항중 "보통군법회의검찰부"를 "보통군사법원검찰부"로 한다.
⑫사회보안법중 다음과 같이 개정한다.
제41조제1항·제2항·제4항 및 제5항중 "군법회의법"을 각각 "군사법원법"으로 하고, 동조제1항중 "군법회의는"을 "군사법원은"으로 하며, 동조제4항 및 제5항중 "군법회의"를 각각 "군사법원"으로, "군법회의검찰관"을 각각 "군사법원검찰관"으로 한다.
⑬국가보안법중 다음과 같이 개정한다.
제25조중 "군법회의법"을 "군사법원법"으로, "군법회의관할관을 "군사법원관할관"으로, "군법회의검찰관"을 "군사법원검찰관"으로 한다.
⑭국회법중 다음과 같이 개정한다.
제38조제1항제2호 마목중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다.
⑮헌법위원회법중 다음과 같이 개정한다.
제12조제1항 후단 및 제15조제1항중 "군법회의"를 각각 "군사법원"으로 한다.
제13조제3항중 "군법회의법"을 "군사법원법"으로 한다.
제4조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 부칙 제3조에 의하여 개정되는 법률을 제외한 다른 법령에서 군법회의법을 인용한 경우에는 군사법원법을, 군법회의를 인용한 경우에는 군사법원을, 법무사를 인용한 경우에는 군판사를 각각 인용한 것으로 본다.

부칙(군사기밀보호법) <제4616호,1993.12.27>
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정 등) ①생략
②군사법원법중 다음과 같이 개정한다.
제3조제2항중 "군사기밀보호법 제8조의 죄와 그 미수범"을 "군사기밀보호법 제13조의 죄와 그 미수범"으로 한다.
제4조 생략

부칙 <제4704호,1994.1.5>
제1조 (시행일) 이 법은 1994년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 (경과조치) ①이 법 시행당시 군사법원 또는 대법원의 심판에 계속중인 사건에 대하여는 이 법을 적용한다. 다만, 이미 행하여진 소송행위 및 검찰관 또는 관할관의 처분의 효력에 영향을 미치지 아니한다.
②이 법 시행당시 각군고등군사법원에 계속중인 사건은 이 법에 의한 고등군사법원에 계속하는 것으로 본다.
③이 법 시행당시의 검찰관·검찰서기 및 군사법원서기는 이 법에 의하여 국방부장관 또는 각군참모총장이 임명한 것으로 본다.
제3조 (다른 법률의 개정) ①군사법원의재판권에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제7조중 "군사법원의 소속검찰관"을 "군검찰부검찰관"으로 한다.
②형의실효등에관한법률중 다음과 같이 개정한다.
제2조제2호 및 제5호중 "군사법원검찰부"를 각각 "군검찰부"로 한다.
제3조, 제4조제1항 및 제2항 본문중 "보통군사법원검찰부"를 각각 "보통검찰부"로 한다.
③사회보호법을 다음과 같이 개정한다.
제41조제1항·제4항 및 제5항중 "군사법원검찰관"을 각각 "군검찰부검찰관"으로 한다.
④국가보안전법을 다음과 같이 개정한다.
제25조중 "군사법원관할관"을 "군사법원군판사"로, "군사법원검찰관"을 "군검찰부검찰관"으로 한다.
제4조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 군사법원검찰관을 인용한 경우에는 군검찰부검찰관을 인용한 것으로 본다.

부칙(국가안전기획부법) <제5681호,1999.1.21>
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①내지 ⑩생략
⑪군사법원법중 다음과 같이 개정한다.
제43조제3호중 "국가안전기획부직원"을 "국가정보원직원"으로, "국가안전기획부장"을 "국가정보원장"으로 한다.
제44조제3호중 "국가안전기획부법"을 국가정보원법"으로 한다.
제46조제3호중 "국가안전기획부직원"을 "국가정보원직원"으로, "국가안전기획부장"을 "국가정보원장"으로 한다.
⑫내지 ⑭생략
제4조 생략

부칙 <제6037호,1999.12.28>
①(시행일) 이 법은 2000년 5월 1일부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법 시행당시 군사법원 또는 대법원의 재판에 계속중인 사건에 대하여는 이 법을 적용한다. 다만, 이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 행한 소송행위의 효력에는 영향을 미치지 아니한다.

부칙(형사소송비용등에관한법율) <제6082호,1999.12.31>
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제3조 (다른 법률의 개정) ①및 ②생략
③군사법원법중 다음과 같이 개정한다.
제536조중 "형사소송비용법"을 "형사소송비용등에관한법률"로 한다.
④및 ⑤생략
제4조 생략