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제39조(각 군 참모총장의 검찰사무 지휘·감독)
각 군 참모총장은 각 군 검찰사무의 지휘·감독자로서 예하부대 보통검찰부에 관할권이 있는 군검찰사무를 총괄하며, 소속 검찰관을 지휘·감독한다.
[전문개정 2009.12.29] [[시행일 2010.6.30]]

부칙
제1조 (시행일) 이 법은 1988년 2월 25일부터 시행한다.
제2조 (경과조치) ①이 법 시행당시 종전의 군법회의법에 의한 군법회의· 군법회의관할관·군법회의심판관·법무사· 검찰관·군법회의서기·검찰서기·통역 및 기사는 각각 이 법에 의한 군사법원·군사법원관할관·군사법원심판관 ·군판사· 검찰관·군사법원서기·검찰서기·통역인 및 기사로 본다.
②이 법 시행당시 군법회의 또는 대법원의 심판에 계속중인 사건, 이미 군법회의 또는 대법원에서 재판이 확정된 사건에 대하여는 이 법을 적용한다. 다만, 이미 행하여진 소송행위의 효력에는 영향을 미치지 아니한다.
③이 법 시행당시 이미 진행이 개시된 공시송달기간에 관하여는 종전의 규정을 적용한다.
④이 법 시행당시 군법회의관할관이 이미 행한 처분은 이 법에 의한 군사법원관할관이 한 것으로 본다.
⑤이 법 시행당시 군법회의의 검찰관이 이미 행한 처분은 이 법에 의한 군사법원의 검찰관이 한 것으로 본다.
⑥군사법원관할관은 군사법원서기 및 검찰서기의 충원이 있을 때까지 병으로 하여금 이 법에 의한 군사법원서기 및 검찰서기의 직무를 대행하게 할 수 있다.
제3조 (다른 법률의 개정) ①군형법중 다음과 같이 개정한다. 제3조중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다.
②군행형법중 다음과 같이 개정한다.
제1조중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다. 제3조제2항중 "당해법무사"를 "당해 군판사"로 한다.
③군사기밀보호법중 다음과 같이 개정한다. 제19조제1항중 "군법회의법"을 "군사법원법"으로 한다.
④군법회의의재판권에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제명중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다. 제1조 및 제2조제1항중 "군법회의와"를 각각 "군사법원과"로 한다. 제2조제2항 및 제3항중 "군법회의"를 각각 "군사법원"으로 한다. 제3조제1항중 "군법회의"를 "군사법원"으로 하고, 동조제2항중 "군법회의는"을 "군사법원은"으로 한다.
제6조중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다. 제7조제1항중 "군법회의는"을 "군사법원은"으로, "군법회의"를 "군사법원"으로 하고, 동조제2항중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다. 제8조중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다. 제9조중 "군법회의가"를 "군사법원이"로 한다.
⑤계엄법중 다음과 같이 개정한다.
제10조의 제목중 "군법회의"를 "군사법원"으로 하고, 동조제1항중 "군법회의"를 "군사법원"으로 하며, 동조제2항중 "군법회의가"를 "군사법원이"로 한다. 제12조제2항중 "군법회의"를 각각 "군사법원"으로 한다.
⑥국가안전기획부법중 다음과 같이 개정한다. 제15조중 "군법회의법"을 "군사법원법"으로 한다.
⑦공직자윤리법중 다음과 같이 개정한다.
제8조제6항중 "군법회의법"을 "군사법원법"으로 한다.
⑧사법경찰관리의직무를행할자와그직무범위 에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제9조제1항 및 제2항중 "군법회의법"을 각각 "군사법원법"으로 한다.
⑨반국가행위자의처벌에관한특별조치법중 다음과 같이 개정한다. 제15조중 "군법회의로"를 "군사법원으로"로 한다.
⑩사회안전법중 다음과 같이 개정한다.
제26조제1항·제2항·제4항 및 제5항중 "군법회의법"을 각각 "군사법원법"으로 하고, 동조제1항·제4항 및 제5항중 "군법회의검찰관"을 각각 "군사법원검찰관"으로 한다.
⑪형의실효등에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제2조제2호 및 제5호중 "군법회의검찰부"를 "군사법원검찰부"로 한다. 제3조 및 제4조제1항·제2항중 "보통군법회의검찰부"를 "보통군사법원검찰부"로 한다.
⑫사회보호법중 다음과 같이 개정한다.
제41조제1항·제2항·제4항 및 제5항중 "군법회의법"을 각각 "군사법원법"으로 하고, 동조제1항중 "군법회의는"을 "군사법원은"으로 하며, 동조제4항 및 제5항중 "군법회의"를 각각 "군사법원"으로, "군법회의검찰관"을 각각 "군사법원검찰관"으로 한다.
⑬국가보안법중 다음과 같이 개정한다.
제25조중 "군법회의법"을 "군사법원법"으로, "군법회의관할관"을 "군사법원관할관"으로, "군법회의검찰관"을 "군사법원검찰관"으로 한다.
⑭국회법중 다음과 같이 개정한다.
제38조제1항제2호 마목중 "군법회의"를 "군사법원"으로 한다.
⑮헌법위원회법중 다음과 같이 개정한다.
제12조제1항 후단 및 제15조제1항중 "군법회의"를 각각 "군사법원"으로 한다. 제13조제3항중 "군법회의법"을 "군사법원법"으로 한다.
제4조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 부칙 제3조에 의하여 개정되는 법률을 제외한 다른 법령에서 군법회의법을 인용한 경우에는 군사법원법을, 군법회의를 인용한 경우에는 군사법원을, 법무사를 인용한 경우에는 군판사를 각각 인용한 것으로 본다.

부칙 [93·12·27]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [94·1·5]
제1조 (시행일) 이 법은 1994년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 (경과조치) ①이 법 시행당시 군사법원 또는 대법원의 심판의 계속중인 사건에 대하여는 이 법을 적용한다. 다만, 이미 행하여진 소송행위 및 검찰관 또는 관할관의 처분의 효력에 영향을 미치지 아니한다.
②이 법 시행당시 각군 고등군사법원에 계속중인 사건은 이 법에 의한 고등군사법원에 계속하는 것으로 본다.
③이 법 시행당시의 검찰관·검찰서기 및 군사법원서기는 이 법에 의하여 국방부장관 또는 각군 참모총장이 임명한 것으로 본다.
제3조 (다른 법률의 개정) ①군사법원의재판권에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제7조중 "군사법원의 소속검찰관"을 "군검찰부검찰관"으로 한다.
②형의실효등에관한법률중 다음과 같이 개정한다. 제2조제2호 및 제5호중 "군사법원검찰부"를 각각 "군검찰부"로 한다. 제3조, 제4조제1항 및 제2항 본문중 "보통군사법원검찰부"를 각각 "보통검찰부"로 한다.
③사회보호법을 다음과 같이 개정한다.
제41조제1항·제4항 및 제5항중 "군사법원검찰관"을 각각 "군검찰부검찰관"으로 한다.
④국가보안법을 다음과 같이 개정한다.
제25조중 "군사법원관할관"을 "군사법원군판사"로, "군사법원검찰관"을 "군검찰부검찰관"으로 한다.
제4조 (다른 법령과의 관계) 이 법 시행당시 다른 법령에서 군사법원검찰관을 인용한 경우에는 군검찰부검찰관을 인용한 것으로 본다.

부칙 [99·1·21]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [99·12·28]
①(시행일) 이 법은 2000년 5월 1일부터 시행한다.
②(경과조치) 이 법 시행당시 군사법원 또는 대법원의 재판에 계속중인 사건에 대하여는 이 법을 적용한다. 다만, 이 법 시행전에 종전의 규정에 의하여 행한 소송행위의 효력에는 영향을 미치지 아니한다.

부칙 [99·12·31]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [2000·12·26 법6290]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략

부칙 [2002.1.26 제6627호]
제1조(시행일) 이 법은 2002년 7월 1일부터 시행한다.
제2조 내지 제7조 생략

부칙 [2004.1.20 제7078호(검찰청법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 생략
제2조 (다른 법률의 개정) ①생략
②군사법원법중 다음과 같이 개정한다.
제122조중 "고등검찰청 또는 지방검찰청의 검사장"을 "고등검찰청검사장 또는 지방검찰청검사장"으로 한다.
③내지 ⑥생략

부칙 [2004.10.16]
①(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.
②(군사법경찰관의 피의자 인치에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 군사법경찰관이 구속기간의 연장허가를 받아 구속하고 있는 피의자는 즉시 검찰관에게 인치하여야 한다.

부칙 [2004.12.31 제7289호(디자인보호법)]
제1조 (시행일) 이 법은 공포후 6월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 내지 제4조 생략
제5조 (다른 법률의 개정) ① 내지 ⑭ 생략
⑮군사법원법중 다음과 같이 개정한다.
제469조제6호중 "의장권"을 "디자인권"으로 한다.
<16> 생략

부칙 [2005.3.31 제7427호(민법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제4편제2장(제778조 내지 제789조, 제791조 및 제793조 내지 제796조), 제826조제3항 및 제4항, 제908조의2 내지 제908조의8, 제963조, 제966조, 제968조, 제4편제8장(제980조 내지 제982조, 제984조 내지 제987조, 제989조 및 제991조 내지 제995조)의 개정규정과 부칙 제7조(제2항 및 제29항을 제외한다)의 규정은 2008년 1월 1일 부터 시행한다.
제2조 내지 제6조 생략
제7조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑧ 생략
⑨군사법원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제48조제2호중 "친족 · 호주 · 가족"을 "친족"으로 한다.
제59조제2항 및 제66조제1항중 "직계친족 · 형제자매 및 호주"를 각각 "직계친족 및 형제자매"로 한다.
제189조제1호를 다음과 같이 한다.
1. 친족 또는 친족관계가 있었던 자
제238조의2제1항 전단 및 제252조제1항중 "호주 · 가족"을 각각 "가족"으로 한다.
제398조제1항중 "형제자매 · 호주"를 "형제자매"로 한다.
⑩ 내지 [29] 생략

부칙 [2007.5.17 제8435호(가족관계의 등록 등에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 2008년 1월 1일부터 시행한다. [단서생략]
제2조 내지 제7조 생략
제8조(다른 법률의 개정) ① 내지 ⑤ 생략
⑥군사법원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제233조 중 “본적”을 “등록기준지”로 한다.
제368조제1호 중 “호적의 등본 또는 초본”을 “가족관계기록사항에 관한 증명서”로 한다.
제519조 중 “본적지”를 “등록기준지”로 한다.
⑦ 내지 <39> 생략
제9조 생략

부칙 [2008.1.17 제8842호]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제87조의3, 제236조의2, 제206조의2의 개정규정은 공포 후 2년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조(일반적 경과조치) 이 법은 이 법 시행 당시 수사 중이거나 군사법원에 계속 중인 사건에도 적용한다. 다만, 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 행한 행위의 효력에는 영향을 미치지 아니한다.
제3조(구속기간에 관한 경과조치) ①제132조제2항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제기된 상소사건부터 적용한다.
②제132조제3항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공소제기 전의 체포·구인·구금이 이루어지는 사건부터 적용한다.
제4조(과태료 등에 관한 경과조치) 제193조의 개정규정은 이 법 시행 후 소환장을 송달받은 증인이 최초로 출석하지 아니하는 분부터 적용한다.
제5조(소송비용부담에 관한 적용례) 제2편제1장제14절의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공소제기되는 사건분부터 적용한다.
제6조(공소시효에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 범한 죄에 대하여는 종전의 규정을 적용한다.
제7조(재정신청사건에 관한 적용례) ①이 법의 재정신청에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 불기소처분된 사건에 대하여 적용한다.
②이 법 시행 전에 검찰관소속부대의 장에게 재정신청서를 제출한 사건은 종전의 규정에 따른다.
제8조(상고 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 상고되거나 재항고된 사건은 종전의 규정에 따른다.
제9조(다른 법률의 개정) ①군의문사 진상규명 등에 관한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제32조제3항 단서 중 "「군사법원법」제304조제4항"을 "「군사법원법」제304조제5항"으로 한다.
②의문사진상규명에관한특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제32조제3항 단서 중 "군사법원법 제304조제4항"을 "「군사법원법」제304조제5항"으로 한다.

부 칙[2009.6.9 제9765호(아동·청소년의 성보호에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다. 다만, ···<생략>··· , 부칙 제6조제2항은 2010년 1월 18일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 군사법원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제206조의2제2호 중 “「청소년의 성보호에 관한 법률」”을 “「아동ㆍ청소년의 성보호에 관한 법률」”로, “청소년 또는”을 “아동ㆍ청소년 또는”으로 한다.
③ 부터 ⑤ 까지 생략
제7조 생략

부 칙[2009.12.29 제9841호]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제238조의2제10항의 개정규정 중 제87조의3에 관한 사항은 2010년 1월 18일부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 폐지) 군사법원의재판권에관한법률은 폐지한다.
제3조(재판권 쟁의에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 「군사법원의 재판권에 관한 법률」에 따라 재판권 쟁의에 관한 재정이 진행 중인 경우에는 종전의 규정에 따르되, 재판권이 결정된 경우에는 이 법에 따라 재판권이 결정된 것으로 본다.
제4조(일반적 경과조치) 이 법은 이 법 시행 당시 수사 중이거나 군사법원에 계속 중인 사건에도 적용한다. 다만, 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 행한 행위의 효력에는 영향을 미치지 아니한다.

부 칙[2011.8.4 제11002호(아동복지법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 군사법원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제206조의2제1호를 다음과 같이 한다.
1. 「아동복지법」 제71조제1항제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하는 죄의 피해자
③부터 ⑬까지 생략
제7조 생략

부 칙[2012.12.18 제11572호(아동·청소년의 성보호에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제9조까지 생략
제10조(다른 법률의 개정) ① 생략
② 군사법원법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제206조의2제2호 중 “「아동·청소년의 성보호에 관한 법률」 제7조부터 제12조까지”를 “「아동·청소년의 성보호에 관한 법률」 제7조, 제8조, 제11조부터 제15조까지 및 제17조제1항”으로 한다.
③부터 ⑨까지 생략