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제16조(사업계획서 등의 제출)
원장은 대통령령으로 정하는 바에 따라 매 사업연도가 시작되기 전까지 지방의료원의 사업계획서 및 예산서를 작성하여 보건복지부장관 및 지방자치단체의 장에게 제출하여야 한다.
[전문개정 2012.2.1]

부칙 [2005.7.13 제7589호]
제1조 (시행일) 이 법은 공포 후 2월이 경과한 날부터 시행한다.
제2조 (지방공사에 대한 경과조치) ①이 법 시행 당시 「지방공기업법」에 의하여 의료사업을 목적으로 설립한 지방공사는 지방의료원으로 본다.
②제1항의 규정에 의한 지방공사의 권리와 의무 및 재산은 지방의료원이 승계한다.
제3조 (조례 및 정관에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 부칙 제2조의 지방공사의 정관 및 「지방공기업법」에 의하여 제정된 조례는 이 법에 의한 정관 및 조례로 본다. 다만, 지방자치단체와 지방공사는 이 법 시행 후 6월 이내에 이 법에 의하여 조례 및 정관을 정비하고, 등기사항 변경 등 필요한 조치를 취하여야 한다.
제4조 (임·직원에 대한 경과조치) ①이 법 시행 당시 「지방공기업법」에 의하여 임명된 사장·감사 및 이사는 이 법의 규정에 의한 원장·감사 및 이사로 임명된 것으로 본다. 다만, 임기는 「지방공기업법」의 규정에 의한 잔임기간으로 한다.
②이 법 시행 당시 「지방공기업법」에 의하여 임명된 직원은 제12조의 규정에 의하여 임명된 직원으로 본다.
제5조 (위탁운영에 관한 경과조치) 이 법 시행 당시 위탁운영 중인 지방의료원에 대하여는 제26조제3항의 규정에 의하여 위탁운영된 것으로 본다.
제6조 (과태료 부과에 관한 적용례) 제29조제1항제1호의 규정에 의한 과태료 부과는 이 법 시행 후 최초로 위반행위를 한 자부터 적용한다.
제7조 (다른 법률의 개정) 지방공기업법 일부를 다음과 같이 개정한다.
제2조제1항제9호를 삭제한다.

부칙 [2007.4.11 제8366호(의료법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 단서 생략
제2조 내지 제19조 생략
제20조(다른 법률의 개정) ① 및 ⑬ 생략
⑭지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제15조 중 “제49조의2”를 “제62조”로 한다.
⑮ 내지 <17> 생략
제21조 생략

부칙 [2008.2.29 제8852호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, ···<생략>···, 부칙 제6조에 따라 개정되는 법률 중 이 법의 시행 전에 공포되었으나 시행일이 도래하지 아니한 법률을 개정한 부분은 각각 해당 법률의 시행일부터 시행한다.
제2조부터 제5조까지 생략
제6조 (다른 법률의 개정) ① 부터 <491> 까지 생략
<492> 지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조제1항제7호, 제10조제4항 및 제5항, 제16조, 제20조제1항, 제21조제1항 본문 및 단서, 제3항 및 제4항, 제22조제1항 및 제2항, 제23조제2항, 제26조제1항 및 제3항, 제29조제2항부터 제4항까지 중 "보건복지부장관"을 각각 "보건복지가족부장관"으로 한다.
제8조제4항, 제20조제2항제3호, 제21조제5항 및 제24조 중 "보건복지부령"을 각각 "보건복지가족부령"으로 한다.
제29조제2항 중 "보건복지부"를 "보건복지가족부"로 한다.
<493> 부터 <760> 까지 생략
제7조 생략

부 칙[2009.12.29 제9847호(감염병의 예방 및 관리에 관한 법률)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.
제2조부터 제20조까지 생략
제21조(다른 법률의 개정) ① 부터 <21> 까지 생략
<22> 지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조제1항제2호 중 “전염병”을 “감염병”으로 한다.
<23> 부터 <30> 까지 생략
제22조 생략

부 칙[2010.1.18 제9932호(정부조직법)]
제1조(시행일) 이 법은 공포 후 2개월이 경과한 날부터 시행한다. <단서 생략>
제2조 및 제3조 생략
제4조(다른 법률의 개정) ① 부터 <111> 까지 생략
<112> 지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.
제7조제1항제7호, 제10조제4항ㆍ제5항, 제16조, 제20조제1항, 제21조제1항 본문 및 단서ㆍ제3항ㆍ제4항, 제22조제1항 각 호 외의 부분ㆍ제2항, 제23조제2항, 제26조제1항ㆍ제3항 및 제29조제2항 단서ㆍ제3항ㆍ제4항 중 “보건복지가족부장관”을 각각 “보건복지부장관”으로 한다.
제8조제4항 각 호 외의 부분, 제20조제2항제3호, 제21조제5항 및 제24조 중 “보건복지가족부령”을 각각 “보건복지부령”으로 한다.
제29조제2항 단서 중 “보건복지가족부”를 “보건복지부”로 한다.
<113> 부터 <137> 까지 생략
제5조 생략

부 칙[2012.2.1 제11254호]
이 법은 공포한 날부터 시행한다.